G66274


Basic Information

Item Value
gene id G66274
gene name NA
gene type non-coding
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047598.1
NCBI id CM018544.1
chromosome length 33267568
location 17571331 ~ 17637986 (-)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>TU78544
ATTAGAATAAACACTACCCTCATTGACATTTAGCTGCTTAACAAGCAGCAaactatttgtatttaaaattgtaaattttacAAGAAATGCTGTAACATACTTGGACCTGTGATTTCAGATACAACACTGTCGCAATACCCTCCTATAAAACCAGGGGCGCAGAAACAGCCATTGTCTGTTGGAGTTCCACCATTTTGACATGATACAGGTTGTTTTGTAGTTGGAGTTATAGTGGTTTTTTCTGTGGCATCTGTTGTTGTGGCTGCTGATGTGGATGTAAGAGAGTTTTCTGTGGTGGTTTCCAAACTCTCTGCTGTTGTGACAGAGTCACTAGTTGTTACGGTTGCATCTGGGGTAgctgtaagagagttgtctgtggttgtttccgaactctcagctgttgtggcagaatcactagtggttgtaagagaattgtctgtggttgtttctaaactctcagctgttgtgccagaatcactagtggttgtaagagggttgtgtgtggttgtttctgaactctcagctgttgtggaagaatcactagtggttgtaagggagttgtctgtggttgtgtctgaactctcagctgttgtgccagaatcactagttgTTGCAGTTGCATCTGATgtagttgtaagagagttgtctgtggttgtttccgaactctcacctgttgtgccagaatcactagttgTTACGGATGCATCTGGGgtagttgtaagagagttgtctgtggttggttccgaactctcagctgttgtgccaggatcactagtggttgtaagagagttgtctgtggttgtttccaaactctcagctgttgtgccaggaTCACTAGttgttgtaagagagttgtctgtggttgtttctaaACTCTCAGCTGTAGTggcagaatcactagtggtcgTAAGAGGGTTGTgtgtggttgtttctgaactctcagctgtagtggcagaatcactagtggttgtaagggAGTTCTCTGTGGTTGTGTCTGAACTCTCacctgttgtgccagaatcactagtggttgtaagggagttgtctgtggttgtttctgaactctcagctgttgtgccagaatcactagtggttgtaagggagagttgtctgtggttgtttccgaacTCACAGCTGTTGTGGCAGAGTCTCTAGTTGTTACGGTTGCATCTGGGgtagttgtaagagagttgtctgtggttgtttccgaacCCTCAGCTGTTGTgacagaatcactagtggttgtaagagagttgtctgtggttgtgtctgaactctcagctgttgtgccagaatcactagtggttgtaagagagttgtctgtggttgtgtctgagctctcagctgttgtgccagaatcactagtggttgtaagagagttgtctgtggttgtgtctgaactctcagctgttgtgccagaatcactagtggttgtaagagagttgtctgtggttgtgtctgaactctcagctgttgtgccagaatcactagtggttgtaagagagttgtctgtggtggtttctgaactctcagctgttgtgccagaatgactagtggttgtaagagagttgtctgtggttgtttctgaactctcagctgttgtggcaGAGTCTCTAGTTGTTACGGTTGCATCTGGGgtagttgtaagagagttgtctgtggttgtttccaaaccctcagctgttgtgccagaatcactaGTAGTTGTAacagagttgtctgtggttgtttccgaactctcagctgttgtgccagaatcactagtggttgtaagagagttgtctgtggttgtttccgaactctcagctgttgtgccagaatcactagtggttgtaagagagttgtctgtggttgtttccgaactctcagctgttgtgccagaatcactagtggttgtaacaGAGTTGTCTGTAGTTGTTTCCGAACtgtcagctgttgtgccagaatcactagtggttgtaagagagttgtctgtggttgtttccaaactctcagctgttgtggcaGAGTCACTAGTTGTTACGGTTGCATCTGGGgtagttgtaagagagttgtctgtggtagtttctgaactctcagctgttgtgccagaatcactagtggttgtaagagacttgtctgtggttgtttccaaactctcagctgttgtggcaGAGACAGTAGGTGTTACGGTTGCATCTGGGgtagttgtaagagagttgtctgtggttgtttccgaacTCTGAGCTGTTGTGCCAGCATCACTAGtcgttgtaagagagttgtctgtggttgtttctgaactctcagctgttgtggcaGACTCACTAGTCGTTGTAAGAGAgctgtctgtggttgtttctgagctctcagctgttgtgccagagtCACTAGGTGTTACGGTTGCATCTGGGgtagttgtaagagagttgtctgtggttgtttctgaactctcagctgttgtgccagaatcactagtggttgtaagagagttgtctttGGTTCTTTCTGagctctcagctgttgtgccagagtCACTAGGTGTTACGGTTGCATCTGGGgtagttgtaagagagttgtctgtgattgtgtctgaactctcagctgtcgtgccagaatcactagtggttgtaagagagttgtctgtggttgtttccaaACTCtgagctgttgtgccagaatcactagtggttgtaagagactTGTCTGTGGTGGTTTCcaaactctcagctgttgtggcaGAGACAGTAGTTGTTACGGTTGCATCTGGGgtagttgtaagagagttgtctgtggttgtttccaaACTCTCACCTGTTGTGCCAAAATCACCAGTTGTTATGGTTGCATATTGTGTACTCTGAGCTGCAAATAAATTTTGTTCTTTGGTCATTTTATAGCATCCATGTATATACAATCAGTTCCAGAGTGAGCCTGCACTTTACCAACTCAGGAACTTCTTTCTTCACCATCAACATTCAGGTGTTCTGatattaaagcaaaaactgataTGTAGCACGGACATTT
>TU78553
gttgtaagagagttgtctgtggttgtttctgaactctcagctgttgtgccagaatcactagtggttgtaagagagttgtctgtggttgtgtctgaactctcagctgttgtggcaGAGTCACTAGTTGTTGCAGTTGCATCTGGGgtagttgtaagagagttgtctgtggttgtttccgaactctcagctgttgtgccagaatcactagtggttgtaagagagttgtctgtggttgtttccaaactctcagctgttgtgccagaatcact
>TU78558
ATTAGAATAAACACTACCCTCATTGACATTTAGCTGCTTAACAAGCAGCAaactatttgtatttaaaattgtaaattttacAAGAAATGCTGTAACATACTTGGACCTGTGATTTCAGATACAACACTGTCGCAATACCCTCCTATAAAACCAGGGGCGCAGAAACAGCCATTGTCTGTTGGAGTTCCACCATTTTGACATGATACAGGTTGTTTTGTAGTTGGAGTTATAGTGGTTTTTTCTGTGGCATCTGTTGTTGTGGCTGCTGATGTGGATGTAAGAGAGTTTTCTGTGGTGGTTTCCAAACTCTCTGCTGTTGTGACAGAGTCACTAGTTGTTACGGTTGCATCTGGGGTAgctgtaagagagttgtctgtggttgtttccgaactctcagctgttgtggcagaatcactagtggttgtaagagaattgtctgtggttgtttctaaactctcagctgttgtgccagaatcactagtggttgtaagagggttgtgtgtggttgtttctgaactctcagctgttgtggaagaatcactagtggttgtaagggagttgtctgtggttgtgtctgaactctcagctgttgtgccagaatcactagttgTTGCAGTTGCATCTGATgtagttgtaagagagttgtctgtggttgtttccgaactctcacctgttgtgccagaatcactagttgTTACGGATGCATCTGGGgtagttgtaagagagttgtctgtggttggttccgaactctcagctgttgtgccaggatcactagtggttgtaagagagttgtctgtggttgtttccaaactctcagctgttgtgccaggaTCACTAGttgttgtaagagagttgtctgtggttgtttctaaACTCTCAGCTGTtgtggcagaatcactagtggttgtaagagagttgtctgtggttgtttccgaactctcagctgttgtgccagaatcactagtggttgtaagagagttgtctgtggttgtttccgaactctcagctgttgtgccagaatcactagtggttgtaagagagttgtctgtggttgtttccgaactctcagctgttgtcgcagaatcactagtggttgtaagagagttgtctgtggttgtttccgaactctcagctgttgtgccagaatcactagtggttgtaagagagttgtctgtggttgtttccgaactctcagctgttgtggcagaatcactagtggttgtaagagagttgtctgtggttgtttccaaactctcagctgttgtgccag

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU78544 True 3006 lncRNA 0.45 3 17571331 17637986
TU78553 False 269 lncRNA 0.46 2 17574775 17575306
TU78558 False 1270 lncRNA 0.44 3 17574943 17637986

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
ache ache,LOC108267799,LOC107668174,LOC107593784,LOC107750572,LOC107749789 coding downstream 18191 17540590 ~ 17553140 (-)
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G65984 NA non-coding downstream 262247 17254830 ~ 17309084 (-)
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rnaseka LOC108267746 other downstream 127143 17439477 ~ 17444188 (-)
G66053 NA other downstream 168867 17400594 ~ 17402464 (-)
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tnfsf12 tnfsf12 other downstream 1144707 16419164 ~ 16426624 (-)
map11 c7h7orf43,cunh7orf43,si:dkey-3k24.5,LOC107687048,LOC107594676,LOC107754664,LOC107561780,LOC105895567 other upstream 154240 17792226 ~ 17839915 (-)
LOC113540242 adamtsl1 other upstream 1412164 19050150 ~ 19155221 (-)
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G67587 NA other upstream 2250193 19888179 ~ 19888726 (-)
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Expression


Co-expression Network