G66492 (LOC108267609,LOC108437090)


Basic Information

Item Value
gene id G66492
gene name LOC108267609,LOC108437090
gene type unknown
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047598.1
NCBI id CM018544.1
chromosome length 33267568
location 18197312 ~ 18208564 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>TU78855
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Function

NR:

description
PREDICTED: synaptopodin-2-like isoform X1

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU78855 True 9563 TUCP 0.41 2 18197312 18208564

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
rap1gds1 rap1gds1,LOC107552992 coding upstream 114882 18049289 ~ 18082430 (+)
spata6l spata6l coding upstream 169261 18020211 ~ 18028051 (+)
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LOC113540162 LOC108268287 coding upstream 229001 17966324 ~ 17968311 (+)
sec24d sec24d,LOC103036498,LOC107732696 coding downstream 13060 18221624 ~ 18243797 (+)
gba3 LOC108267130,LOC108437095 coding downstream 217794 18426358 ~ 18430359 (+)
sod3a NA coding downstream 640601 18849165 ~ 18851580 (+)
ppp1r15a NA coding downstream 742483 18951047 ~ 18954000 (+)
LOC113540597 col25a1,LOC102793499 coding downstream 962135 19170699 ~ 19327377 (+)
G66452 NA non-coding upstream 19670 18177234 ~ 18177642 (+)
G66426 NA non-coding upstream 85397 18111685 ~ 18111915 (+)
G66263 NA non-coding upstream 100729 18091588 ~ 18096583 (+)
G66237 NA non-coding upstream 205065 17990435 ~ 17992247 (+)
G66186 NA non-coding upstream 221953 17973998 ~ 17975359 (+)
G66637 NA non-coding downstream 173392 18381956 ~ 18382162 (+)
G66654 NA non-coding downstream 221998 18430562 ~ 18431136 (+)
G66670 NA non-coding downstream 282808 18491372 ~ 18491581 (+)
G66754 NA non-coding downstream 460478 18669042 ~ 18669250 (+)
G66855 NA non-coding downstream 619615 18828179 ~ 18833827 (+)
frem1a frem1 other upstream 53681 18113433 ~ 18143631 (+)
ctdnep1b ctdnep1,ctdnep1b,ctdnep1a,LOC108413724,LOC107659132,LOC107679908,LOC107747382 other upstream 186350 18000158 ~ 18010962 (+)
LOC113539940 NA other upstream 577233 17609492 ~ 17620079 (+)
arrb2b arrb2,arrb2b,LOC108434652,LOC108267683,LOC105904870,LOC101076921,LOC107750580,LOC107593814,LOC107561939 other upstream 795924 17335497 ~ 17401388 (+)
LOC113540582 cyb5d1,LOC108267266,LOC108434590,LOC107738084,LOC107683579,LOC106577649,LOC105907155,LOC107595290,LOC107707052,LOC107702060 other upstream 1826355 16367956 ~ 16370957 (+)
G66864 NA other downstream 647892 18856456 ~ 18858652 (+)
dock11 dock11,LOC107683516 other downstream 1782120 19990684 ~ 20067220 (+)
fcer1g LOC100305060 other downstream 1939231 20147795 ~ 20154777 (+)
G68232 LOC108267516 other downstream 2811694 21020258 ~ 21033753 (+)
plag1 plag1,LOC107570635 other downstream 3105654 21314218 ~ 21323967 (+)

Expression


Co-expression Network