LOC113539930 (LOC108268343)


Basic Information

Item Value
gene id LOC113539930
gene name LOC108268343
gene type coding
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047598.1
NCBI id CM018544.1
chromosome length 33267568
location 17875167 ~ 17880384 (-)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>XM_026936061.2
aactgaagtaaatctaGTAAAATATTAGCAGATGGCTATTGTTGTCATCTATAAATAATAGTtccttgatttgggaaagataCTGTTGCTTTGAAATATAgttagcttgcttactcagtcacattagacagaagatagaaagcttgccagaaagttccacaggatgtctggttcaggagttgaattATGTTCTATATGTTGTTATatgttgttataatttgtgaatgccTTTTATTCTCAACAgccctttttttcttcattgttttCCAGGGTATAGTGGTAggctacagtggatataaaaagtctacacagccctgttaaaatggcaggtttttgtgaagtaaaagaatgaaactaagataaatcatctcagatcttttcccacctttaacaTGAAGTTGCAAAGTATAcagataaagtaaaaaataaaacagaaacgtttttatggggaaaaaaacccttacaataacctagttgtataagtgtgcacatccctaaactaatactttgttgaagcaccttttgattttattacaccaggcagtctttttgggtaagaatcTATCAGTACCATCTTGACTTGGCAGTATTTCCCcattctttcttgcaaaaacattgtaGATTAATCAAATTGTGaaggcatctcctgtgcacagccagTTTCATATCatcccacagatttttagttggattcaggtctgggctctggttGAGTGGTTGAGtcaccatagccttcctgttcGCTTGAATCTAAGCCCTAAATCTGCCtgttctcctttgacctctctcattaacaagatGCTTCCACTTACAGAACTGCTGCACAAAGGGCATTTTATTGgtgttgtttttcacacaattctgtgtaatctctagaAAGCTTATCTGTGAATGATCAGTAGTTTCTGCAATTTTTAAACTGCTCTGTCTTTGCACCAACAACCTTGCTGTGGTCAAAGTCACTTCatcatttttgcccattctgatgtttgatgttaacgttaactgaagctcgtgcctacatgattttattcactgaGCTGCTGCTTCATTAAAGCCTGATTCGATATTTGAATGAAGGTGCAGATGTCCAagggttcctaataaattgatcagtgagtgtaaataacTGTAGGTGGTTAGTGGTGTTAAAACCTGTTGTAGGTGTCTGAGGTGGCCTGGGTTGGTGTGAGACTTTCTGAATCTTTGTCCCTattttgttttgggtttgtgTGTACAACAGGTTATGCAATTTTTAACAGGTTCTTGATGGTTGCTACACTGTAAATCAGAAAGACAATAAGCAATTTTCAGTTTGTAGACTagactttattttaaactttgtaTGGACTTCAAGCTGATACCAAGGCTCTTAGTTAATATTTAGCAAATAAGTTGCTTAGTAGTTATTTATTCATCCtaaaaatgatttgttaatTCACGTAACCACCtttgttttaaattgaaaatatcatttgcaaattactgtttgaatttttaaatctgtattcTTCAGCACTTCAGTTATTTTTGCTCTTAaaatttattacagtgtgttttcTGTAGCTTACAGATCTTACTGGGACATTTATTAGCATGACacactgtaattaaaaattcatttgttcattcttcagtaaccactttatcctggtctgggtcGAGTCAGTCGCAGttcaccaagcacacacacactcacatctctCCACAGAGAATAACACAATCATAATTAATTACATAGTAATTTATTACATGacaattcattattaattaataattccaTCAACTCAATCTAAACATTTCCAGCCACAATGATATTGACACTGAAGCTACTACAACTCAGCTTCCTGCCTGCCACTCGTCTAACGCTGCTGATCAGAAAGTTTGGAAATGGACATCTACTGAAATGGacaaaatctgcattttttttctggaaatgcTGAGTAGGCATCTGGCTGCTGTGTTAACCGCAATATTGTGAGTCCTGCATCACAATTTTTAGTTCTCAAAAGATTATAGCCATAGACTCTTATTTGTTGCCtgaattttgtcattttattttggcATGTGTTTTGGTCTTCAGCTTTATTTGTTCAGTATGTGGTGCATATGCAATTCTTGCAAAAGGAAATCTGATGTTTAAGCTGATGAGCATGAATGTGGTTCATTTATGTTGTTTTACCCTATCTAATGCTGTGCAAGTGTCACACCCACAACAGTTTCACATTTAGTAATCTTCTGTAGGTTTCGTAGGTAGAGTCAAGCTGATATGAATTGTAATGCCCTTATTTTTATCTGAAGTCACATAAATTGTTGCAGGAAGGGCTTGTCTCTTTGAGTGGGAATTTATTTATGTTGTAATTGAGGCTGTGTTCATACCTCTGGCCCATAGGCTTATCTGGCTACTTTTTACCAACAGAAACGGAAGCTTTGTAAAAAGGTctcgggggaaaaaaaatgagagacaTGCTCTTTGCTCTACTGAAATGGTACTTCCTGAGAAGACACGTTTAACATGATATACTTTAGCTCCTGCACAGTAAGAAAAATGAGAATGCAACATCTAAACAAATGAGCCATACTGCAGGATCTAAACTGACACAACGAATTCCCTTCACTCCTAAATGTTTTACAGCTTGCTATAAACTATTCTAAGCCCCATCCAAAAGAGGAACTATGTCGTGTAACTTGACGTGTCAGGATGCCACAGCTGAACGGTGTCAGAATCAGACAAACCATGTTTTTGTTGCAGTGTATAGTGTGGTCTGTATATCTGGGATCACTCTCAACCTTATGGCACTTGTAGTTTTTTTCTGCTGCACTAAGTCACGCTCACACACCATTGTATACATGACCAACCTTGCAATAGCAGATCTCCTTCTGGTTTGTACTCTACCATTACGGATCTATTATCACTTGGGATTTCAAGGCCTATCACAAAAGGTCTGTGAGTTTGCTGGTCTTATACTGTTAGCCAACATGTATGGAAGCATCTTGCTCCTTACCTGTGTTAGCCTTGACCGCTGCCTGGCTGTCTGCTTCCCTATGTCATCCCGAGTGCGTGAAGGCCGCAAAAAGGCACCACTAGTCTGTCTGGGGATTTGGATGCTAACAGTTGGAGCCAGCCTGTCCATGTACCCGAACAGTAAATTAAGAGGAAACAATAAAAACGAAACCATCTGTTTTAGAAGCTTTCCAGCATATGCCTTAAACGCTGTTAACCTTACCTCCTCACTGACAGTAGGATTTGGGATGCCGCTGATCATCATGATTCTCTGTTCTTGGGGGTTAGTACGTGCTGTCAGCAAAAGCACAGCAGCCCAGATGTCCGGCTTGCTTGACAGCTGCAAGATCCAGAGGATGGTAAGCATTAACCTGGCCATATTTCTGTGCTGCTTTCTGCCATATCATTTCATGCTGGCGGTGATTTACTCCTACAGAGACCATATCGAAATAATACCATGTTCAGTGATATCTGCCTACTACTATGCTTTGATGATAAGTTGTCTGAATGCCATTCTGGACCCACTGGCTTACTATTTTACCACAGAGACTTTCCGCAAAAATGTCGAAATTGACACTGTTCGAAGAATGCTGCCCATGAACAATCTGAGCTCTGACGGAAACACCCGCTCCAGAGCACTTGTCAGTagttaaaatctaaaatagtCTTTTTGGCTGGAAGTAGTGGAAATTACCATCGACAGACATCTGCAAATAAACATTACCATTGACAGACATCTGCAAATAATCATTATGGTGATATGGCTGTCTTCTCAACAGGATTTTACTAACTGCACCACATGGGAAATGAGAAAGTCACATTAAATGCTAGGATCACAATACAGAGCTGATAATATTTCATGGGGCTGGATTTATTCATatacaaaa
>XM_034303566.1
aactgaagtaaatctaGTAAAATATTAGCAGATGGCTATTGTTGTCATCTATAAATAATAGTtccttgatttgggaaagataCTGTTGCTTTGAAATATAgttagcttgcttactcagtcacattagacagaagatagaaagcttgccagaaagttccacaggatgtctggttcaggagttgaattATGTTCTATATGTTGTTATatgttgttataatttgtgaatgccTTTTATTCTCAACAgccctttttttcttcattgttttCCAGGGTATAGTGGTAggctacagtggatataaaaagtctacacagccctgttaaaatggcaggtttttgtgaagtaaaagaatgaaactaagataaatcatctcagatcttttcccacctttaacaTGAAGTTGCAAAGTATAcagataaagtaaaaaataaaacagaaacgtttttatggggaaaaaaacccttacaataacctagttgtataagtgtgcacatccctaaactaatactttgttgaagcaccttttgattttattacaccaggcagtctttttgggtaagaatcTATCAGTACCATCTTGACTTGGCAGTATTTCCCcattctttcttgcaaaaacattgtaGATTAATCAAATTGTGaaggcatctcctgtgcacagccagTTTCATATCatcccacagatttttagttggattcaggtctgggctctggttGAGTGGTTGAGtcaccatagccttcctgttcGCTTGAATCTAAGCCCTAAATCTGCCtgttctcctttgacctctctcattaacaagatGCTTCCACTTACAGAACTGCTGCACAAAGGGCATTTTATTGgtgttgtttttcacacaattctgtgtaatctctagaAAGCTTATCTGTGAATGATCAGTAGTTTCTGCAATTTTTAAACTGCTCTGTCTTTGCACCAACAACCTTGCTGTGGTCAAAGTCACTTCatcatttttgcccattctgatgtttgatgttaacgttaactgaagctcgtgcctacatgattttattcactgaGCTGCTGCTTCATTAAAGCCTGATTCGATATTTGAATGAAGGTGCAGATGTCCAagggttcctaataaattgatcagtgagtgtaaataacTGTAGGTGGTTAGTGGTGTTAAAACCTGTTGTAGGTGTCTGAGGTGGCCTGGGTTGGTGTGAGACTTTCTGAATCTTTGTCCCTattttgttttgggtttgtgTGTACAACAGGTTATGCAATTTTTAACAGGTTCTTGATGGTTGCTACACTGTAAATCAGAAAGACAATAAGCAATTTTCAGTTTGTAGACTagactttattttaaactttgtaTGGACTTCAAGCTGATACCAAGGCTCTTAGTTAATATTTAGCAAATAAGTTGCTTAGTAGTTATTTATTCATCCtaaaaatgatttgttaatTCACGTAACCACCtttgttttaaattgaaaatatcatttgcaaattactgtttgaatttttaaatctgtattcTTCAGCACTTCAGTTATTTTTGCTCTTAaaatttattacagtgtgttttcTGTAGCTTACAGATCTTACTGGGACATTTATTAGCATGACacactgtaattaaaaattcatttgttcattcttcagtaaccactttatcctggtctgggtcGAGTCAGTCGCAGttcaccaagcacacacacactcacatctctCCACAGAGAATAACACAATCATAATTAATTACATAGTAATTTATTACATGacaattcattattaattaataattccaTCAACTCAATCTAAACATTTCCAGCCACAATGATATTGACACTGAAGCTACTACAACTCAGCTTCCTGCCTGCCACTCGTCTAACGCTGCTGATCAGAAAGTTTGGAAATGGACATCTACTGAAATGGacaaaatctgcattttttttctggaaatgcTGAGTAGGCATCTGGCTGCTGTGTTAACCGCAATATTAAACGGAAGCTTTGTAAAAAGGTctcgggggaaaaaaaatgagagacaTGCTCTTTGCTCTACTGAAATGGTACTTCCTGAGAAGACACGTTTAACATGATATACTTTAGCTCCTGCACAGTAAGAAAAATGAGAATGCAACATCTAAACAAATGAGCCATACTGCAGGATCTAAACTGACACAACGAATTCCCTTCACTCCTAAATGTTTTACAGCTTGCTATAAACTATTCTAAGCCCCATCCAAAAGAGGAACTATGTCGTGTAACTTGACGTGTCAGGATGCCACAGCTGAACGGTGTCAGAATCAGACAAACCATGTTTTTGTTGCAGTGTATAGTGTGGTCTGTATATCTGGGATCACTCTCAACCTTATGGCACTTGTAGTTTTTTTCTGCTGCACTAAGTCACGCTCACACACCATTGTATACATGACCAACCTTGCAATAGCAGATCTCCTTCTGGTTTGTACTCTACCATTACGGATCTATTATCACTTGGGATTTCAAGGCCTATCACAAAAGGTCTGTGAGTTTGCTGGTCTTATACTGTTAGCCAACATGTATGGAAGCATCTTGCTCCTTACCTGTGTTAGCCTTGACCGCTGCCTGGCTGTCTGCTTCCCTATGTCATCCCGAGTGCGTGAAGGCCGCAAAAAGGCACCACTAGTCTGTCTGGGGATTTGGATGCTAACAGTTGGAGCCAGCCTGTCCATGTACCCGAACAGTAAATTAAGAGGAAACAATAAAAACGAAACCATCTGTTTTAGAAGCTTTCCAGCATATGCCTTAAACGCTGTTAACCTTACCTCCTCACTGACAGTAGGATTTGGGATGCCGCTGATCATCATGATTCTCTGTTCTTGGGGGTTAGTACGTGCTGTCAGCAAAAGCACAGCAGCCCAGATGTCCGGCTTGCTTGACAGCTGCAAGATCCAGAGGATGGTAAGCATTAACCTGGCCATATTTCTGTGCTGCTTTCTGCCATATCATTTCATGCTGGCGGTGATTTACTCCTACAGAGACCATATCGAAATAATACCATGTTCAGTGATATCTGCCTACTACTATGCTTTGATGATAAGTTGTCTGAATGCCATTCTGGACCCACTGGCTTACTATTTTACCACAGAGACTTTCCGCAAAAATGTCGAAATTGACACTGTTCGAAGAATGCTGCCCATGAACAATCTGAGCTCTGACGGAAACACCCGCTCCAGAGCACTTGTCAGTagttaaaatctaaaatagtCTTTTTGGCTGGAAGTAGTGGAAATTACCATCGACAGACATCTGCAAATAAACATTACCATTGACAGACATCTGCAAATAATCATTATGGTGATATGGCTGTCTTCTCAACAGGATTTTACTAACTGCACCACATGGGAAATGAGAAAGTCACATTAAATGCTAGGATCACAATACAGAGCTGATAATATTTCATGGGGCTGGATTTATTCATatacaaaa

Function

NR:

description
PREDICTED: lysophosphatidic acid receptor 4-like

GO:

id name namespace
GO:0007165 signal transduction biological_process
GO:0004871 obsolete signal transducer activity molecular_function

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_026936061.2 True 3891 mRNA 0.38 2 17875167 17880384
XM_034303566.1 False 3449 mRNA 0.39 3 17875167 17880384

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
her8a her8a,LOC108267186,LOC108262021,LOC107750660,LOC107563304,LOC107754663,LOC107666285 coding downstream 4253 17868627 ~ 17870914 (-)
gal3st4 gal3st4,LOC108443973,LOC107593694 coding downstream 21798 17843154 ~ 17853369 (-)
trnas-uga NA coding downstream 103936 17771150 ~ 17771231 (-)
zgc:77439 LOC108268285,LOC108443975,LOC107666303,LOC107561800,LOC107750567,LOC107669018 coding downstream 105281 17765148 ~ 17769886 (-)
serpine1 serpine1,LOC101154654 coding downstream 123528 17747955 ~ 17751639 (-)
mblac1 mblac1 coding upstream 131 17880515 ~ 17883360 (-)
sox19b LOC108267652 coding upstream 25149 17905533 ~ 17907890 (-)
eif4a1a if4a1,eif4a1,eif4a1a,eif4a1b,LOC108443969,LOC107561738,LOC107687036,LOC107704251,LOC107593628,LOC107599941 coding upstream 32188 17912572 ~ 17918873 (-)
LOC113540701 NA coding upstream 35246 17915630 ~ 17915771 (-)
senp3b LOC108267653 coding upstream 38862 17919246 ~ 17928221 (-)
G66355 NA non-coding downstream 10284 17864010 ~ 17864883 (-)
G66349 NA non-coding downstream 62641 17799122 ~ 17812526 (-)
G66350 NA non-coding downstream 66153 17801666 ~ 17809014 (-)
G66318 NA non-coding downstream 173913 17696777 ~ 17701254 (-)
G66311 NA non-coding downstream 188069 17686886 ~ 17687098 (-)
G66387 NA non-coding upstream 134760 18015144 ~ 18020809 (-)
G66651 NA non-coding upstream 506177 18386561 ~ 18386990 (-)
LOC113539972 NA non-coding upstream 618967 18499351 ~ 18514718 (-)
G67016 NA non-coding upstream 1066934 18947318 ~ 18947539 (-)
G67454 NA non-coding upstream 1447964 19328348 ~ 19340529 (-)
map11 c7h7orf43,cunh7orf43,si:dkey-3k24.5,LOC107687048,LOC107594676,LOC107754664,LOC107561780,LOC105895567 other downstream 35252 17792226 ~ 17839915 (-)
G66281 NA other downstream 240299 17593748 ~ 17634868 (-)
rnaseka LOC108267746 other downstream 430979 17439477 ~ 17444188 (-)
G66053 NA other downstream 472703 17400594 ~ 17402464 (-)
bmp15 LOC108267203 other downstream 1269450 16603809 ~ 16605717 (-)
LOC113540242 adamtsl1 other upstream 1169766 19050150 ~ 19155221 (-)
zgc:112271 bola2,LOC105907194,LOC108436240,LOC105020731,LOC107569065,LOC106511278 other upstream 1999584 19879968 ~ 19881640 (-)
G67587 NA other upstream 2007795 19888179 ~ 19888726 (-)
LOC113539792 LOC108267751,LOC108440128 other upstream 2039096 19919480 ~ 19943834 (-)
snrpf snrpf,LOC106609479,LOC107738052 other upstream 2082198 19962582 ~ 19965851 (-)

Expression


Co-expression Network