LOC113539948


Basic Information

Item Value
gene id LOC113539948
gene name NA
gene type coding
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047598.1
NCBI id CM018544.1
chromosome length 33267568
location 26941327 ~ 26951857 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>XM_026936086.2
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ATCTTGGTCTGGGCACATTGTGTGTTCCTGGGTCTTAGTGTGCATTCCACTCTAAAATGTCCTTTATGTCTGCAGTATATACACATGCTTATGTTTGTGTGGTTTCAAACAAACCAGGTTTTGTTTTGGGTAAGGAGAAAGCATAACCCCcttgacaatgacaataaatcttgaaccttgaacctggTCACAGTTCGCCTGGTTTTAATGAATATGTCTCTAACCTGCATCTTTTCTGGAGACTTGATGGTCAAATACTTCTCCAAACTCTTTCTTGAACTCTGCAAATGTTTGAGATAGCATTGCTTAGTCAAACATTTGAGCTTGGTCAAAAATGGTGATGCTCTACCGCAGAAAAGAAATAGAACTTGTCGGATTTTGTCCACATCTCTGGGGTGAACAGAGTGAACTTTCAAAGAGTAATAAGCATTGACCAGGAGAGCCAGATAGAGCTTTTGGGTAAAccaaacagctataaacaaaagCACGGCAAGAAAGAATGGCCCAGAACTTTTTAGAATAAGAAACCTTTATGCGtcatcccagcttgttaggaagttggggtcggAGCTCAGGGTCAGCAGTGATACAGTGCCCCTGAAGCATAGAGGGTTCACGGCCATACACTAATAATAGTACTTAGCATGGCTTCatggtgtgtatgagtgtccATGTGCTTTATATATTATGGGAAAAGGAAATGAGTATGATAATGGAAGAAGAGTCCTAACCCTAAACCTTCAGAACATCACCGCatggttaattattttcctataagagcatgccTTGTAATGTAATAGTCCATGTATATTTAATCACCAGGTAGTTTTATCTTTTAGTCATTATAATTTTAGTCAtacacaatgaaattctttaatactttaaaactcattaataaaatattgtcaACAGGTTTTGTTCCAGTCATCCTGTCGACCATGACATTAAGCTCTTTCCTCATCAATAAAACCATGACATGGGCAGATGCACAAAATTACTGCAAGACTGTATATGTTGACCTGGCTATGGCTAAAAGTCAAACCTCTTTGCTGAAACTAAGAGACACattagcaaaacaaaatgtcacAGGGCCTGTCTGGATGGGACTGTACAATGACTTAGACACCTGGCGCTGGTCCTACAACAGTCGCCTGTTAAATAATATAACCCTAAGAATGTGGGCTGGTGGACAACCTGATAATCAGAACGGTCATGAATGCTGTGCTGCAATAGACAACAATGGAACGTGGTGGGATATGTCCTGCCTAGACGTAAACCCCTTCATATGCTATAGTGCTAGTGGTGCAAACAGGTATGTTGGTGTTACTACTATGTTGAACTGGGCTGATGCTCAGGCTTACTGCAGGCAGTATTACACAGACCTGGCCAGCCCATTCAATGCCACAGATAACAGCCTGGTACAGCAAGTGGCAACAGTCCAGGGGTTTTCTTGGTTCGGTCTATTCAGGGACAGCTGGAGGTGGGTAGATGGGACCAAAGTTGGCCAACTCTTGTGGCAATCCCCACTGCCTGATAATGTTGATCCCCAGGAAAACTGCGGCACACTTAATGGCGGAATATTTGATGATACAAAATGCACCAACCAGTACTATTTCATCTGTGACATCATTCCAGTGGTGAAATATGCAGTGAAACTGCAGGTGAAGTCTGATCAGAGTGTGTTTGATCCTGCTGTGATTGCAGCCATTTTAGAGCAGccCTTGAAATTGCTTGGAAAATATGTTAACCTGTCTGTTTTACTCCTGCCTGGTTATCTGATTATTCCTCTGGTTTTGGGAATACTGTGATCATTGTTTTTGACCCTGACCCTTCAAAGTACCACAGGACCAGATGCTCTCTGAGGTCAGATGTTACAAAAAATGTTACAGCAAAACTCATTTttacagttaattttttttgggaaaaaaatgactatatgtggaatacacacacatgaaatcATGATTCCACATTTTCTCAGTCAGATcagattaaatatttattcataaatatttatctatttatataatgttataacctaaacattttatttattaacttgtttatttctgtgtctcttttgtttctgatttctgtttttataactttttttgtcCTCATTGTTTTTGTGAGAATTAGAtactgtaatgtactgtaaataattaaacatgcaGACTTCTGGACCACAAAACGTTAGACATTTTTTAGGCAGGGTTTTTCTCCACCAATAAATAAAGGTGCCTTCAACTGTCAGTTTAAGGtctgttttaatttgtaatcTAGATGTCGATTGtgctttttgtttcattttatctGCCTCCTGAATTCTGTTTTAGATCATTTAAATGAGGG
>XM_026936088.2
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TGTGGCAAACTTAGTTCCCTAAAACAGAATCTTGTGAAAACAACATACTGCAGTTCCTTTACATACAAATTTACGAAATATAGCCATTAGTAGGTTATAATACTATAATAGCCAGTGGATTTTTTAAACCTAGCTGGAAGGAGCATTGGAGTGATCCAAACTGCAATCTCATCCTATTTATGTACAAAATACACCATGCCATGTTCATGACTCGCAGCTAGTTGTCCATCATGAAGCTGATGCTTTTACATCTTCTGTGTCTGACTGGTTTTGTTCCAGTCATCCTGTCGACCATGACATTAAGCTCTTTCCTCATCAATAAAACCATGACATGGGCAGATGCACAAAATTACTGCAAGACTGTATATGTTGACCTGGCTATGGCTAAAAGTCAAACCTCTTTGCTGAAACTAAGAGACACattagcaaaacaaaatgtcacAGGGCCTGTCTGGATGGGACTGTACAATGACTTAGACACCTGGCGCTGGTCCTACAACAGTCGCCTGTTAAATAATATAACCCTAAGAATGTGGGCTGGTGGACAACCTGATAATCAGAACGGTCATGAATGCTGTGCTGCAATAGACAACAATGGAACGTGGTGGGATATGTCCTGCCTAGACGTAAACCCCTTCATATGCTATAGTGCTAGTGGTGCAAACAGGTATGTTGGTGTTACTACTATGTTGAACTGGGCTGATGCTCAGGCTTACTGCAGGCAGTATTACACAGACCTGGCCAGCCCATTCAATGCCACAGATAACAGCCTGGTACAGCAAGTGGCAACAGTCCAGGGGTTTTCTTGGTTCGGTCTATTCAGGGACAGCTGGAGGTGGGTAGATGGGACCAAAGTTGGCCAACTCTTGTGGCAATCCCCACTGCCTGATAATGTTGATCCCCAGGAAAACTGCGGCACACTTAATGGCGGAATATTTGATGATACAAAATGCACCAACCAGTACTATTTCATCTGTGACATCATTCCAGTGGTGAAATATGCAGTGAAACTGCAGGTGAAGTCTGATCAGAGTGTGTTTGATCCTGCTGTGATTGCAGCCATTTTAGAGCAGATCAAACAGAAACTGGATAAAAAGACCACTGTGTCCTGGAGGGTTCAGCCAGACAGAAACATCTTTCACAAGAAAATCCAGCCCAACAGccCTTGAAATTGCTTGGAAAATATGTTAACCTGTCTGTTTTACTCCTGCCTGGTTATCTGATTATTCCTCTGGTTTTGGGAATACTGTGATCATTGTTTTTGACCCTGACCCTTCAAAGTACCACAGGACCAGATGCTCTCTGAGGTCAGATGTTACAAAAAATGTTACAGCAAAACTCATTTttacagttaattttttttgggaaaaaaatgactatatgtggaatacacacacatgaaatcATGATTCCACATTTTCTCAGTCAGATcagattaaatatttattcataaatatttatctatttatataatgttataacctaaacattttatttattaacttgtttatttctgtgtctcttttgtttctgatttctgtttttataactttttttgtcCTCATTGTTTTTGTGAGAATTAGAtactgtaatgtactgtaaataattaaacatgcaGACTTCTGGACCACAAAACGTTAGACATTTTTTAGGCAGGGTTTTTCTCCACCAATAAATAAAGGTGCCTTCAACTGTCAGTTTAAGGtctgttttaatttgtaatcTAGATGTCGATTGtgctttttgtttcattttatctGCCTCCTGAATTCTGTTTTAGATCATTTAAATGAGGG

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_026936086.2 True 2441 mRNA 0.39 5 26947719 26951857
XM_026936087.2 False 2352 mRNA 0.39 4 26947719 26951857
XM_026936088.2 False 1869 mRNA 0.39 8 26941327 26951857
XM_026936089.2 False 1796 mRNA 0.39 7 26941327 26951857

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
gpr160 gpr160 coding upstream 38961 26900847 ~ 26902366 (+)
zgc:101744 LOC108267447,LOC107738186,LOC107684405,LOC107591448,LOC107659369,LOC108411183 coding upstream 75812 26857531 ~ 26865515 (+)
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sec62 sec62 coding upstream 109754 26823686 ~ 26831573 (+)
gadd45bb LOC108267448 coding upstream 122478 26816061 ~ 26818849 (+)
LOC113540685 LOC108267717 coding downstream 31884 26983741 ~ 27013645 (+)
LOC113540681 NA coding downstream 78883 27030740 ~ 27038359 (+)
LOC113540738 NA coding downstream 161291 27113148 ~ 27113254 (+)
ebna1bp2 ebna1bp2 coding downstream 192207 27144064 ~ 27151124 (+)
LOC113540389 LOC108267490 coding downstream 222204 27174061 ~ 27237097 (+)
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G71519 NA non-coding upstream 273199 26667762 ~ 26668128 (+)
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G71482 NA non-coding upstream 477013 26464011 ~ 26464314 (+)
G71819 NA non-coding downstream 90846 27042703 ~ 27042912 (+)
G71827 NA non-coding downstream 121984 27073841 ~ 27074076 (+)
G71864 NA non-coding downstream 244144 27196001 ~ 27196373 (+)
G71868 NA non-coding downstream 265495 27217352 ~ 27217839 (+)
G71869 NA non-coding downstream 266370 27218227 ~ 27218455 (+)
gng7 NA other upstream 59857 26872676 ~ 26881470 (+)
LOC117597079 LOC108267150,LOC107738160 other upstream 565501 26353189 ~ 26375826 (+)
zgc:66427 zgc:66427,LOC108267510,LOC107738154,LOC101067737,LOC107100876,LOC103396713,LOC104950485,LOC107659393,LOC107668973,LOC107706368,LOC107557724,LOC107591360 other upstream 648543 26288290 ~ 26292784 (+)
G71385 NA other upstream 712136 26228764 ~ 26229191 (+)
LOC117597118 LOC108261462,LOC108261092,LOC108261095 other upstream 717289 26216064 ~ 26224038 (+)
sgip1b LOC108267185,LOC108430747,LOC107593781,LOC107719259,LOC107681818,LOC107709351 other downstream 432950 27384807 ~ 27406398 (+)
insig1 insig1 other downstream 1350994 28302851 ~ 28383422 (+)
htr5ab htr5a,htr5ab,LOC108412811,LOC103024346,LOC107684958,LOC107659435,LOC107591053,LOC107742155,LOC107598724 other downstream 1364547 28316404 ~ 28338173 (+)
gng5 NA other downstream 1806688 28758545 ~ 28761451 (+)
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Expression


Co-expression Network