LOC113540385 (klc2,LOC102775952,LOC107728029)


Basic Information

Item Value
gene id LOC113540385
gene name klc2,LOC102775952,LOC107728029
gene type coding
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047598.1
NCBI id CM018544.1
chromosome length 33267568
location 9712583 ~ 9723961 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

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ACGCCGCGCTGGATTGTGGGAGCCGCTTGGCACAAACAGCCATTTTCAGTTTGCGGCTGTCAGTCAGTGTAACTGCCGAGAAGCTTCTGCGCTGAAGTCGTgcgtgttttttgttttaattttattgcaaAACGCCACTGAGGATGGACGGAAGGAAAGCTTTTGGGGGCAGGAAGGAAAGTTTGCTCTTCGTGTGCTGAGAATAAACAGAGGAAAAGCGCTGTTTGTGATTGTGAGCAGAGCGGAGCGTTCTCAGGCAATGTCCACTATGGTGTACCCGAGGGAGGAGGCTCTGGAGAGGCTGAGTCAGGATGAGATTGTGTTGAGCACGAAGGCGGTGATGAAGGGGCTGGAGACACTGCGGGGCGAGCACGCTCAGCTCCTCAACTCCCTGCTGGACTGCACTCCACCTCCCGCCGCGCAGGAGAAATCCGGTCTGCTCCGCAAGAGCCTGGAGGCCATTGAGCTGGGCCTGGGGGAGGCGCAGGTGATCATCGCACTGTCTGGTCACTTGAGCGCCGTGGAGTCGGAGAAGCAGAAGCTGCGGGCTCAGGTGCGGCGTCTGTGCCAGGAGAACCAGTGGCTGCGGGACGAGCTGGCCAGCACCCAGCACAAGCTGCAGAAGAGCGAGCAGAATGTGGCCCAGCTcgaggaggagaagaagcaCCTTGAGTTCATGAACCAGATACGCAAGTTCGACGACGACACCACGCCCTCAGAGGATAAACccggagaaaaagaaaaggacaacCTGGACGATCTGTTCCCCAACGACGATGACCATGGACCAGCCCAGCGCAGCGGTGAGGTGGCAGCACAGCAGGGAGGATACGAGATCCCAGCTCGGCTCAGGACGCTGCACAACCTGGTGATCCAGTACGCCTCTCAGGGTAGGTACGAGGTAGCCGTGCCGCTCTGCAAACAAGCTCTGGAGGACCTGGAGAAGACCTCAGGCCACGACCACCCCGACGTCGCCACCATGCTCAACATCCTCGCTCTCGTCTACAGGGATCAGAATAAGTACAAAGAGGCGGCTCACCTGCTGAACGACGCGCTGGCAATCCGTGAGAAGACTCTTGGGAAGGATCACCCCGCCGTGGCCGCCACCCTCAACAACCTGGCCGTGCTGTATGGCAAGAGGGGCAAATACAAGGAAGCTGAACCCCTGTGCAAGAGGGCGCTGGAGATCAGGGAGAAGGTTTTGGGGAAGTACCACCCCGATGTGGCTAAGCAGCTGAATAACCTGGCACTGCTGTGTCAGAACCAGGGAAAGTACGAGGAGGTTGTGTACTACTACAGCCGTGCACTGGAGATCTACGAGAGCAAGCTGGGGGCCGACGACCCCAACGTGGCCAAGACCAAAAACAACCTGGCCACATGCTACCTGAAACAGGGCAAGTTTAAGGACGCTGAGGCGCTGTACAAGGAGATCCTGACCCGTGCCCACGAGAAGCAGTTCGGCTCCGTCAACAATGACAACAAGCCCATATGGATGCATGccgaagagagagaggagagtaaGGGCAAGAAGAAGGACTCTGGTCCCTACGGTGAGTACGGCAGCTGGTACAAGGCCTGCAAAGTGGACAGTCCCACAGTCACTAACACACTGAGGAGCCTGGGGGCGCTGTATCGCCGGCAGGGCAAGCTGGAGGCCGCTGAGACTCTGGAAGAGTGTGCTACAAAGAACCGCAAACAGGGCATAGATGCGATTAACCAGAGTAAAGTGGTGGAGCTGCTGAAGGACGGCGCCTCTAGTGGAGATAAGCGGCACAGCAGAGAGGGGCTGAACGGTTCTGGAGGTCCTCGTGACTCTGAGGGAGACGAGGCCGAGTGGAGTGGGGATGGGAGCGGCTCTCTGCGGCGTAGCGGCTCCTTCGGGAAGATCCGAGATGCTCTGAGACGCAGCAGCGAGATGCTGGTGAAGAAACTGCAGGGCAGCGGCCCACAGGAACCACGCAACCCAGGgaTGAAGAGAGCGAGCTCTTTGAACTTCCTCAACAAGAGTGTAGAGGAGACCTCACAGGATGTAAACAGCGGCCTATCAGAATGTAGAGGACTGAGCACCAGCAACGTGGACCTTTCAAGACGAAGCTCCCTGATTGGTTAGAGAGTGTGGTTGGGGTATTAAAGAGGGCGGAGCAAAGCAGACAGGCTGTTTGCCTTGTGCATTCAAATCAGAACAGcattatgtaatttttattttccaacatTTTTATTAGTCTTTAATTTGACAGCTGGTGTGCTACCAAATAGCTGTGTCTGCTTTGCTTTATTAAACTGCACTGATCAGATTATTAACACACGACAGGTAGATAGAGTTACAGTTCAATGCGCAATGCAGACTGGCATTGCACTGCGCTCAATTCTTTCAGTCCACGGCCAGCCTGTTCTcctgaaaataaaaccacacgGTTAATGCAATACAGCATGCTGCTTACTACACTGGATGTGTGTCTGCATTCAAGGCACTTAATCGCATCTCAGAGACATGGCATGGTTTAAAAAAGTTATACACCATACAAGGAATCATAATGTGTGTAACTGCAAGCATTAACTTTAATTACCTGTGATCAAAATGTTATGTACTTGACTAGAAGCATGGAGGCTGCAAATGTGGCTCCACACACCCAAAAATCACAGTTGATCGAGTGGTACGATCTCGAGTGTTTTGTTATAGATGAACAAAATGTTAGgatggaaaactttttttttatttatttattttaagtaaagTGTCTCTGCTCTGAAATGAACAGAAAGTAGTGTTGTGGTAGAGGTATGGCCTcacttttgccttttttttctgtatatacaGGTTTAACTTATTGAAATTGTCGTTTCCTTCTTTGTAAATACCACACACGGTTTTGTTTACATAGAAGGAAGTAGGTGAATCTCTGTGAAGAACAAATCCTACTACAGAGTAGTGAACTGTTAAAGAAACACTGGGCTTTGTTGCATGTTTAAACTGCTGTGTGATCAGAAGAGCTCTCACTGTAGTTGCTCTTTATGCTGCGAAAGACAAAGTTAATACTGAAACTGGACCCAAGTTGTGTTTTGCTGATTATtttgatgtcattctttaatttctCAGTCCTGGTTACTGTCCAGAATCACATGATAAAGTCAAGAGTTTGTATATAATTGTATGTATAGTTATTTGCAGTTCAGAGTTTAACATCCAGCACCATCATGAGAATGTGAATTTGTGATTGGTTGAATTTATTTGCTCCGAACAATGAGTGAACTCTGATTAGAACAAATCTCCATGCTCACTAATTTACTTGTTCATTTAGCATCCTCCTAAATGGCAATTATTTCTACATGTATGTATGAGCCAAAACAAAGAAGTCCTCCACTGTGGGCTTATGTACTGTATTCTTGTGTTGTGGTTGTCAGGCACACAGCAGTATTATTGTACCTGCTGTGTCACTTGAGCCATTTATTTGACTGAACGGTTTTGCAGTAAGTAGGTGAAATGGAAAttttattaaaggtgcagtttgtagtTTTCTTTCCCtactatattaatataaaatcaaaGATATCTGCGATGCAACGCAAATGTCTATAGCAgacttttatttacatttttctggccctgaaattggCTCAGCCCTCAGCTAAACTTTGCCCCGCCCCCTACGAGGACACAGATGGTGTACATgatgttataccacagtgctgtagaaTTATCGAATCTGAACTTTTTATTACTTTCAATAACACAGTACTATtgggctgtaattcaaatcacaggatcatattaatgcacttgttctaataaattatcgtttctgtagtaacagcttgttcacagggacatgtatagCAGACAATCTGCATAGTCTAAGGCtagtaataaatggattaaaacacgtttaacaaagaacaacatgtaATCATCGATATGGTGTAGCTtactgtgaggagacgtttctttaacatttttggaaggagtctccattgtcagtaggttttcctcaatgggacagtcttcaggacagaggaatcgCATTCCGATTTCTTTGTAACATAATTAGCTGtgtggtggttttttttgtgtgtgtgtgtcttgggtGTTCACATCACCTCAGAGCCAGCAGAGGgcactaaaataaaattacaaactgctcctttaaatacACATCCATCTGTTTGGCTGATTTCGGTTGTGCAGAATGGTGTTGCTGGAAAATGAGAATAGGTAATGAAAGGTAGAAGGGACATTGACTTTGGACTTTTGGTAGGTGAAggtgttaaaaatgaatgtgagGTTGTAGGAGTGTAGGAAGGAAAATGGAAAGACTTTGCGCTGTGATATAAAAACAGACTGTCAGCTGTGGAAACGTTTCATTCACTGTGTCATATCTCCACACATGGATTCTGTATTGTTTTGTAACTGTCTGTGTATCGCTCAGGCAGATAGGTAATCTCTAGTGTAGTGCTCAAGAGTGcttttacactgcaaaaagcttTAACCCCACCCACTCACCATAACAGTCGATTGTATTATGAGCCTGAGATTTATGATTTCCTTTGATTAGCGAGCTGTCTTGGCTGTGTTAGTATAAGGAAGACTAGCTGTGCAACAAGGCTGTGTGCTATTGACCTAATACCATATTCTGATCATGTTACAGCTACACTATCATCAAAACACTAATCCTCGATGATCTTTGATTAaggataaaataattattttactcCATATCAAATCACTACACTAAGCTAGGAACAAATTAgcttcattatttctttttattttaaataaacagaaaccaGCCTTTTTGCATTGTACATTATTAACCTACATTCCTGTTACACATcagttaatcagaataaaacactcctcGTCAcgttagatttattattttaagagaTTCACTCAAATACAATTAGTCTCTAATTAAATCCTTTAGTATTAACTAATTAGCTAAGCTCACATATACTGCAGTCagttatatttaatctgaaaatTGTGAGTATGAATCGTGCAGCCCTAGACCCTAGTTTGCATATCGCAAATGTTAATATTGTAATGACTATTAACAAATGATAGAATGTGCAGCCATGTTGTTCAGTGCAGGCGGATCACAAGGTCTGCTGGGAACTACTGATGTCACAGGTACAAGATGGCTACGTATGCTGAGAACGTCTTTCTTCCTTTATCAGACACACCACAAAACTCACATCAGCTCATCTGCAGTGTGCAGCTTTTCCTACTCTGTAGAACGTGTTTGTGCAGGTTTAATGTGGTTTTTGGGGGAGGGGGGAGGTTACCTGTGAACAGGCCGATCTGATGTAAAATgatcaaaagaaataaaacctcTCACTTTTCAAACCAA

Function

symbol description
klc2 Acts upstream of or within swimming behavior. Predicted to be located in cytoplasm and microtubule. Predicted to be part of kinesin complex. Human ortholog(s) of this gene implicated in SPOAN syndrome. Orthologous to human KLC2 (kinesin light chain 2).

NR:

description
PREDICTED: kinesin light chain 2

GO:

id name namespace
GO:0008152 metabolic process biological_process
GO:0005871 kinesin complex cellular_component
GO:0003777 microtubule motor activity molecular_function

KEGG:

id description
K10407 KLC; kinesin light chain

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_026936838.2 True 5378 mRNA 0.46 15 9712583 9723961
XM_026936839.2 False 5351 mRNA 0.45 14 9712583 9723961
XM_026936840.2 False 5375 mRNA 0.46 15 9712583 9723961
XM_026936841.2 False 5348 mRNA 0.45 14 9712583 9723961

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC113539871 LOC108440271 coding upstream 4647 9649304 ~ 9707936 (+)
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LOC117597148 LOC107663573 coding upstream 721131 8987729 ~ 8991452 (+)
LOC113539763 LOC108267503,LOC108440269 coding downstream 768 9724729 ~ 9746048 (+)
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actn3b actn3,LOC108440266 coding downstream 52535 9776496 ~ 9805341 (+)
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G61638 NA non-coding upstream 119840 9578364 ~ 9592743 (+)
G61600 NA non-coding upstream 256423 9449043 ~ 9456160 (+)
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LOC117597235 NA non-coding upstream 369469 9342902 ~ 9343114 (+)
LOC117597225 NA non-coding upstream 370611 9341759 ~ 9341972 (+)
G61689 NA non-coding downstream 157107 9881068 ~ 9968900 (+)
G61696 pfdn2,LOC103133045,LOC103145934,LOC107745204 non-coding downstream 190274 9914235 ~ 9918783 (+)
LOC113540370 NA non-coding downstream 300624 10024585 ~ 10096068 (+)
G61735 NA non-coding downstream 322631 10046592 ~ 10047551 (+)
G61785 LOC108267738,LOC108267740,LOC108267935,LOC108267929 non-coding downstream 441568 10165529 ~ 10297564 (+)
LOC113539869 LOC108267273,LOC108267272,LOC108267212,LOC108267213,LOC108267290,LOC108261494,LOC108267722 other upstream 342098 8724545 ~ 9370485 (+)
G61359 LOC108267272,LOC108267273 other upstream 815854 8894470 ~ 8896729 (+)
LOC117597156 NA other upstream 988143 8695352 ~ 8724440 (+)
LOC113526345 LOC108268111,LOC103023736,LOC105899422,LOC108436874,LOC101065160 other upstream 1649744 8056056 ~ 8062839 (+)
LOC113547228 NA other upstream 3008237 6684336 ~ 6704346 (+)
rbm14b rbm14b,LOC108267504,LOC108440267,LOC107567604,LOC107728024 other downstream 34499 9758460 ~ 9774049 (+)
gal3st3 gal3st3 other downstream 83360 9807321 ~ 9832280 (+)
si:ch211-168d1.3 LOC108267908,LOC108440265 other downstream 136933 9860894 ~ 9882713 (+)
G61786 LOC108267738,LOC108267931,LOC108267740,LOC108267937,LOC108267932,LOC108267739,LOC108267929,LOC108267241 other downstream 443885 10167846 ~ 10266279 (+)
trnak-cuu_13 NA other downstream 750807 10474768 ~ 10486042 (+)

Expression


Co-expression Network