rtn3 (rtn3,LOC108267754,LOC108440822,LOC103032175,LOC107679257,LOC107731898)


Basic Information

Item Value
gene id rtn3
gene name rtn3,LOC108267754,LOC108440822,LOC103032175,LOC107679257,LOC107731898
gene type coding
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047598.1
NCBI id CM018544.1
chromosome length 33267568
location 20458841 ~ 20479797 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>XM_026937239.2
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ACATCTATAAGGGACTTAAATATAAGAGGAGAAAACTCAATGCACTTTGCTTATTGCCTGCTCTATGTTTGGCACTGAATATTCTAACCAAATCTTGCTTTAAATGTACCTGGAAGCACTCTTATCTTAGACTTCAGTGTCAAAAGTACACCTGTATTTATTAATGCACCAACGTATAAAATGAGCACCGGATTAATAGAGTAactactgctaatactactacaCACGTCTACCAACTGCTGAATGTTTCATACTAATATTTATACAGAATTCTGACTGTCGCATGCAACCCTGCGTGTTCGTGTTGGAAACTGTTTCAGTGCAGTGCAAAATTGCTTTGTGTGGATTGTTTCATGAAGGTTTAGTTCACTGAACATGGCATTGATGTACAAAACACAATATCACCCTTAAAGCTTGACTGTAGTCTGAGTCAGGATCCTGAATGTTTATTTAGGccttttaagttttttttttttttccttcttcttctttcatgtATGCATGCAAACAGCACACCTAGACACACTCATGAACAGGTGAAAGTGTCCATCGTGTGTACCTGTGTCTTCGTGTTGCTGAACTAACATGCGTTATATAACTCATGGGTATGGTGATGCTTGAAGAATAGGAtaattttttaagttaaaatttgttcttccttcctttcccaTCTCTTaaagaaacaacatttttttaataggtGCAAACCTCTCGCTTTCATTCTATCTAGACAGTGTGTCATATTTCTCCTTAGTGTTTCAGTTAcgaatttgcatattttttaacTTAATCCTATAATCTGTCAGCATGTTTGCTGTCGTTTCTTTTGGAGTTTCTCTCTTGGGGAGGGAGTTGCAGAAGTcatgttttctttggtttttgctTTTGAGTCTAGATGTGATAACTAATATCCATGTTCAGTTTGTTAGCAATGAATTAAGTTAATCTGGgagctttggaaaaaaaaaatggggggTCCATGTAATTGTCaacatgaaattaataaaaacattaaaaa
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>XM_026937241.2
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Function

symbol description
rtn3 Predicted to be located in endoplasmic reticulum membrane. Predicted to be integral component of membrane. Is expressed in gill; heart; musculature system; and nervous system. Orthologous to human RTN3 (reticulon 3).

NR:

description
Reticulon-3

GO: NA

KEGG:

id description
K20723 RTN3; reticulon-3

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_026937239.2 True 6018 mRNA 0.42 9 20458841 20479797
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XM_026937241.2 False 3095 mRNA 0.42 7 20458920 20479797

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
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fcer1g LOC100305060 other upstream 304064 20147795 ~ 20154777 (+)
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G66864 NA other upstream 1600189 18856456 ~ 18858652 (+)
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Expression


Co-expression Network