ldb1a (ldb1,ldb1a,LOC108442788,LOC108444470,LOC107707596)



Basic Information


Item Value
gene id ldb1a
gene name ldb1,ldb1a,LOC108442788,LOC108444470,LOC107707596
gene type coding
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information


Item Value
chromosome id NC_047597.1
NCBI id CM018543.1
chromosome length 33776708
location 15034063 ~ 15058779 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence


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>XM_026941697.2
ctctctctctgtcagtcctttctttgtttaaagGCTAATTGACCCAGCTTCAGATCGTAGGCACTCAGTGCTTGGTCTGCCACAAACATCGCAGCTCTTGAAGAAAGAGAACGTGAGGAAGCCCATGCTAGCAGTGCGTGGACTCAACAGCAGCTTTCTGTTCCAAGCAGAGCCAAACATGTGAGAAGATGTCTGTTGGAGGTTGCGCTTGCCCAGGCTGTTCGTCCAAGTCATTCAAGCTGTACTCCCCAAAGGAGCCTCCCAACGGTAGTGCCTTCCCCCCATTTCACCCAGGCACTATGCTGGACAGAGATGTGGGCCCAACACCTATGTACACCCCTTCGTACATGGAACCTGGAataggGAGGCATACACCGTATGGAAACCAAACAGACTACAGAATATTTGAACTCAATAAACGACTGCAGAACTGGACAGAGCAGGATTGTGATAATCTGTGGTGGGATGCCTTCACTACAGAATTTTTCGAAGATGATGCCATGTTAACAATCACATTCTGTTTGGAAGACGGCCCTAAACGATATACCATTGGCCGGACGTTGATTCCTCGCTACTTCAGAAGTATCTTTGAGGGGGGAGCTACTGAACTCTTCTATGTACTAAAGCATCCCAAGGAGTCTTTCCACAGCAACTTTGTGTCCCTTGACTGTGATCAGTGCACCATGGTCACACAGAATGGCAAGCCCATGTTTACACAGGTTTGTGTAGAAGGCAGGTTGTATCTGGAATTCATGTTTGACGATATGATGCGCATAAAGACGTGGCACTTCAGCATCAGACAGCACCGGGAAGTCGTGCCACGCAGCATATTGGCCATGCATGCACAAGACCCTCAGATGCTTGACCAGCTCTCAAAAAACATCACAAGATGTGGGTTGTCCAATTCAACGTTAAACTACCTCCGACTGTGTGTAATCCTGGAACCCATGCAGGAGTTAATGTCCAGACACAAGACATACAGCCTCAGTCCTCGAGATTGCTTAAAGACGTGCTTATTTCAGAAATGGCAAAGGATGGTTGCCCCACCAGCTGAGCCGGCAAGACAAGCGCCAAATAAGCGACGGAAACGGAAGATGTCTGGTGGCAGCACCGTGAGCACTGGTGGGGgcaccaacaacaacagcaacagcaagaAGAAAAGTCCAGCCAGCAGCTTTGCGCTCTCCAGCCAGGACCTGGTTGGAACAAAAACCTGTACAGTTCCGGAGCTTGAGGACCGGAGTTGAGAACCACTACGTAAAATCtcttaataaagaaataaattaataaaataagcaaataagtGAAAGCCTCGATGGTACTGGAGTTGTGGTCATGCTCAGTATGGTCATAAGCAGAAGTGGACCATGAAGCCAGGCTCCAAAgaggtgtttgtttttctcatttgtttttgagttgttgttttttatttttctaacaaTTTGTAAGGGAAAAATTATGAGCAAGTAAGAAATACCCTGAATATCCTTTGCACTGTTGCCACTCTATTTTTGATctatttttcttaaaagaaaattatagtacatttttgtttctttttattcttcccTATTATTAATAAGTGGAATTTGATTAAATATGTAACTGGAGAATGGTAGATTTATATATGATGataatttgtattattaaagttattactTTGCGGTACAAAGCTGAGGTCCTGTTAAATGTGTACTAAAGGTTTCATGGCATGTATGTCTGGAATCTGCATGTTCCAGGCATAAGGCTTACAGCGAGAGAAGCTAATTATTTACAGGATCTCCCCTTTTTATGTAATCATATTTGGAGGGCTTTACCTCCATGTGTATGGTACACCTACTCATTAATTTGAGTTGATGTTCTCATGAAAGAGATTTTTAATCTGTACAGGAAAGTAGTCAACTCAATACCTATTAAAGGCTTCATGGTACACTAACCATGTGGTTTCAAATGCATAAGCAAAGCACCTCTTTTCCTCAACAATAGAGTACGTGTTTATTTTAGTCTCCCAAGAatggtttggttttgttttgttttttttatatgctacAGACCAAGGAGCTAAGAGCAAGATAATTCAACTCAACTATTGTGTATTTGATTCTATGAAGAATacttttcataattttgtttgtgtatttgtgcttGTATATTTAAGACTGTAGCTAAGGTCTGTATAAGTGTAATTGTATTTACTCGTCTTTAGAACATCTCTAAGGActtgcattttaatgtaaaaaagcaaaaaaaaaaaaaaaaaaaacatgcattgtaGTCAGTGTTTTTAGAGA

Function


symbol description
ldb1a Enables LIM domain binding activity. Predicted to be involved in negative regulation of transcription by RNA polymerase II; nervous system development; and positive regulation of transcription by RNA polymerase II. Predicted to act upstream of or within regulation of transcription by RNA polymerase II. Located in nucleus. Is expressed in several structures, including eye; gill; heart; pleuroperitoneal region; and post-vent region. Orthologous to human LDB1 (LIM domain binding 1).
ldb1 Enables LIM domain binding activity; RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding activity; and enzyme binding activity. Involved in negative regulation of transcription, DNA-templated and positive regulation of transcription by RNA polymerase II. Located in chromatin. Part of beta-catenin-TCF complex.

NR:

description
PREDICTED: LIM domain-binding protein 1 isoform X1

GO:

id name namespace
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GO:0030274 LIM domain binding molecular_function
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KEGG:

id description
K15617 LDB1; LIM domain-binding protein 1

RNA


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Neighbor


gene id symbol gene type direction distance location
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pcbd1 pcbd1,LOC107743500,LOC107601888,LOC107655445,LOC107559335 other upstream 1533013 13498048 ~ 13501050 (+)
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Expression



Co-expression Network