im:7136021 (LOC108270035)


Basic Information

Item Value
gene id im:7136021
gene name LOC108270035
gene type misc
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047604.1
NCBI id CM018550.1
chromosome length 29376037
location 21760771 ~ 21766373 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>TU200820
AAGCGGCCTTACACAAAACGAGCTAACTCGATAGGACAGGTTTATTTCGATAAGCCCGGCTAATTTGCGTCAATTTCAGTTCCACAAACGAAGCTAATCGTAAGACCCGCTGAGTTAATATGGAAACAAATGCTTTTGAAAACACCTGCATCGTGTCAGGTTAATCTCGAAGCTTAGATTAGTTTGATTAACTATATTCCAAGCCTTATGCTTTCACATTCCCGTCCGGCGGAAACAATACTCAGGAACAATTGTTCCGCGGTAGTACAGTCTAAGGCAGTATAAAAATCAATGCAATCCCGCATGCATGCAAAAACATCACGAAACGTGCTAGGGTTATAAAGGACAATTGCAAaggatttattttgttttttccatataagatataaaacaatatttaaagatTTGTCTACCTATAGTAAACAAGAAGGCTAAAAAC
>XM_026919377.2
AAAATAACCCACCCTTTACAAGCGGCCTTACACAAAACGAGCTAACTCGATAGGACAGGTTTATTTCGATAAGCCCGGCTAATTTGCGTCAATTTCAGTTCCACAAACGAAGCTAATCGTAAGACCCGCTGAGTTAATATGGAAACAAATGCTTTTGAAAACACCTGCATCGTGTCAGGTTAATCTCGAAGCTTAGATTAGTTTGATTAACTATATTCCAAGCCTTATGCTTTCACATTCCCGTCCGGCGGAAACAATACTCAGGAACAATTGTTCCGCGGTAGTACAGTCTAAGGCAGTATAAAAATCAATGCAATCCCGCATGCATGCAAAAACATCACGAAACGTGCTAGGGTTATAAAGGACAATTGCAAaggatttattttgttttttccatataagatataaaacaatatttaaagatTTGTCTACCTATAGTAAACAAGAAGGCTAAAAACATGGGCTGTTTGGTGTTTTTATGTaatcctcttttttttatttgttttgcttgGGTGGCATTGCtacaacacaaaaaaagcaaaacaaataaaaaaagaaaaccagttAAATAAATGgcttattaacaaaaaaaacaaacaaaaaaaaacagttaaataaatgCCGTATTAAGCTACCATATTTCGGCAAACTTTccttttattcagatttttttttaaatcaattaaaatattcCAGTTACTAAGAGAATCTGCTGTGGTAACTGATGCTGTTCCCAGCAGAGAATTAATATACTTTAACATACGCTATATGAGTTATTTGTgctgtaatgtagtgaaatggcACACAAGCGAGTCAAGAAACATAAGAATCTGTGCACAAGCACGTAGAACATCGGGCGGGGGACGCGGATTGACGTAGTTTTAGATTAAAAATGCTTTAGGAACGGACATGCTCTGtaacttctttttctttcattcacagTGTCCATTGATTTCTGACACGCTCCTCGGAGCTTCGTATTAAGGGTggcatttaaacattaaaaacaaagacGTGCCCATGGTTTGGAAGTGACATATTGTAAGGTTTGGTCTTGGTTGGTCGGTATTGGGCGATTTTGGTACTCAGATCTGGCAACCTTGCTTTCCAGGAAGTCAAGTAAAAGTTTTGAGGAGGCGTGTGTGTTCACTGCCGAGCATAACGTCGCCGTTATAACTATTGTTTTAAAtccaaaattaaaatacatttttattacattacgtattatttatttggtgtAGGTTGGAGTAAATGATGGAAGAGTTTATCCTACCAGAAGAAGTGTGGGTCCACGTGTTTCATTTCCTTTCCACTTCTGACAAATTAAGCGTTCGCTCTAGCTGTAGATTTTTTATGAGACTGATCGATCGCCCCGTTTTGTGGAagaacaccacactgtacattGGAAAAATCAGCTCATTCACGTCTCATTCCTGGAGAACTCTCATCAACAGGAAGATAGCATCGGTTGTGGGGCTAAAGATGAATGGAAAAGAGTGGAAGCAGCTTGCGTTGCGGCTTCCGTGGATTCACTCAGTTACTGTGGATGAGTGCTGTGTCAGTGCACTTAATTCACTTAGTGAGTTTAAAAACCTAACGCGACTTGTGCTTCGGCGGTGTGTGTGTCCGAGTTTAACATCACTATCAACACTGCGCGAGCTGTCGCATCTCAGCCTGTGTGAGGTGGTCTGTGCTCCAACGTCAGACATTATTAATGCTCTTTCCCAGCTCAATAATCTGACTTCACTTCACTACCATGCTTGCAGCAAACCCATACCTACAGCAGCATTTCATAATCTATTACAACGCCTGCCAAAATTAAAACAACTCTCTTTAAAAGTGGGATCTAATCAGAGCCCTGTCTCCAACGATGCCCTCTTCCTTCCACAAGCAAACCACATGCCTGAAGATCCACAGTGCAGAGTGCCAGCATTAATCAGCCTGGAATTGCTGAACTACATGGACCCCATTCTCTCTCCTGTGGCCCTGCAGGGTCTTCCTTCCCTCAAATTCTTGACAGTGCAATATAGAGGCTGGGCTCTGGAACCAGAGCTGTGCCACCTTAAAACATGGCTGTCAACAATGCCCTTTCTCTCAGAGCTAAATATTTCATTGGGATATCAGCTTGGAGTTTATGTTAACTCAGTGCCTGCAACAGTGCATCACTTGTCCCTCAAAGGAGTGATGGCAGAGGTTAAAGCTTTGAGGGACTTAGCACAACGAGTGCCAGATCTCCTGCACCTGCACTTGGACCTATGtttccataaaaggcaaagcatCATTGCTGAAGTTCCTTGGCTTTTCCCCAAGCTGCAGAGCCTGGCAATAAGACACTACAAGGTTCCTGTGGAAGAGTTCTTGGGACTTGCACAGTTGTCCCATCTTAAGCATTTAGTCATTCTGGACCCTAATTCAGGACCAAATTCAGCTCTAAAGGATCTGACTCAAAAAATGCACATCCAGACCAACTACAGAGTTAATGTTATTCATTTGTCAGGACCAAAAGACccaaatgcttgtttttgtgcaaATTACTGATATTCAGCCCATACAGCATGTCTGTACACAGAACTTGAAATACAAATTCATGTTCAGCTCATTAATaaagcttgcatgttctcccca
>XM_034308104.1
GTTAAAATAACCCACCCTTTACAAGCGGCCTTACACAAAACGAGCTAACTCGATAGGACAGGTTTATTTCGATAAGCCCGGCTAATTTGCGTCAATTTCAGTTCCACAAACGAAGCTAATCGTAAGACCCGCTGAGTTAATATGGAAACAAATGCTTTTGAAAACACCTGCATCGTGTCAGGTTAATCTCGAAGCTTAGATTAGTTTGATTAACTATATTCCAAGCCTTATGCTTTCACATTCCCGTCCGGCGGAAACAATACTCAGGAACAATTGTTCCGCGGTAGTACAGTCTAAGGCAGTATAAAAATCAATGCAATCCCGCATGCATGCAAAAACATCACGAAACGTGCTAGGGTTATAAAGGACAATTGCAAaggatttattttgttttttccatataagatataaaacaatatttaaagatTTGTCTACCTATAGTAAACAAGAAGGCTAAAAACATGGGCTGTTTGGTGTTTTTATGTaatcctcttttttttatttgttttgcttgGGTGGCATTGCtacaacacaaaaaaagcaaaacaaataaaaaaagaaaaccagttAAATAAATGgcttattaacaaaaaaaacaaacaaaaaaaaacagttaaataaatgCCGTATTAAGCTACCATATTTCGGCAAACTTTccttttattcagatttttttttaaatcaattaaaatattcCAGTTACTAAGAGAATCTGCTGTGGTAACTGATGCTGTTCCCAGCAGAGAATTAATATACTTTAACATACGCTATATGAGTTATTTGTgctgtaatgtagtgaaatggcACACAAGCGAGTCAAGAAACATAAGAATCTGTGCACAAGCACGTAGAACATCGGGCGGGGGACGCGGATTGACGTAGTTTTAGATTAAAAATGCTTTAGGAACGGACATGCTCTGtaacttctttttctttcattcacagTGTCCATTGATTTCTGACACGCTCCTCGGAGCTTCGTATTAAGGGTggcatttaaacattaaaaacaaagacGTGCCCATGGTTTGGAAGTGACATATTGTAAGGTTTGGTCTTGGTTGGTCGGTATTGGGCGATTTTGGTACTCAGATCTGGCAACCTTGCTTTCCAGGAAGTCAAGTAAAAGTTTTGAGGAGGCGTGTGTGTTCACTGCCGAGCATAACGTCGCCGTTATAACTATTGTTTTAAAtccaaaattaaaatacatttttattacattacgtattatttatttggtgtAGGTTGGAGTAAATGATGGAAGAGTTTATCCTACCAGAAGAAGTGTGGGTCCACGTGTTTCATTTCCTTTCCACTTCTGACAAATTAAGCGTTCGCTCTAGCTGTAGATTTTTTATGAGACTGATCGATCGCCCCGTTTTGTGGAagaacaccacactgtacattGGAAAAATCAGCTCATTCACGTCTCATTCCTGGAGAACTCTCATCAACAGGAAGATAGCATCGGTTGTGGGGCTAAAGATGAATGGAAAAGAGTGGAAGCAGCTTGCGTTGCGGCTTCCGTGGATTCACTCAGTTACTGTGGATGAGTGCTGTGTCAGTGCACTTAATTCACTTAGTGAGTTTAAAAACCTAACGCGACTTGTGCTTCGGCGGTGTGTGTGTCCGAGTTTAACATCACTATCAACACTGCGCGAGCTGTCGCATCTCAGCCTGTGTGAGGTGGTCTGTGCTCCAACGTCAGACATTATTAATGCTCTTTCCCAGCTCAATAATCTGACTTCACTTCACTACCATGCTTGCAGCAAACCCATACCTACAGCAGCATTTCATAATCTATTACAACGCCTGCCAAAATTAAAACAACTCTCTTTAAAAGTGGGATCTAATCAGAGCCCTGTCTCCAACGATGCCCTCTTCCTTCCACAAGCAAACCACATGCCTGATCCACAGTGCAGAGTGCCAGCATTAATCAGCCTGGAATTGCTGAACTACATGGACCCCATTCTCTCTCCTGTGGCCCTGCAGGGTCTTCCTTCCCTCAAATTCTTGACAGTGCAATATAGAGGCTGGGCTCTGGAACCAGAGCTGTGCCACCTTAAAACATGGCTGTCAACAATGCCCTTTCTCTCAGAGCTAAATATTTCATTGGGATATCAGCTTGGAGTTTATGTTAACTCAGTGCCTGCAACAGTGCATCACTTGTCCCTCAAAGGAGTGATGGCAGAGGTTAAAGCTTTGAGGGACTTAGCACAACGAGTGCCAGATCTCCTGCACCTGCACTTGGACCTATGtttccataaaaggcaaagcatCATTGCTGAAGTTCCTTGGCTTTTCCCCAAGCTGCAGAGCCTGGCAATAAGACACTACAAGGTTCCTGTGGAAGAGTTCTTGGGACTTGCACAGTTGTCCCATCTTAAGCATTTAGTCATTCTGGACCCTAATTCAGGACCAAATTCAGCTCTAAAGGATCTGACTCAAAAAATGCACATCCAGACCAACTACAGAGTTAATGTTATTCATTTGTCAGGACCAAAAGACccaaatgcttgtttttgtgcaaATTACTGATATTCAGCCCATACAGCATGTCTGTACACAGAACTTGAAATACAAATTCATGTTCAGCTCATTAATaaagcttgcatgttctcccca

Function

NR:

description
unnamed protein product

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU200820 False 439 lncRNA 0.38 1 21760793 21761231
XM_026919377.2 False 2625 mRNA 0.41 4 21760774 21766373
XM_034308104.1 True 2625 mRNA 0.41 4 21760771 21766373

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
ap4s1 ap4s1,LOC107590907,LOC107582370,LOC107733114,LOC107694810 coding upstream 162106 21590408 ~ 21598665 (+)
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scfd1 scfd1,LOC107697716,LOC107719485,LOC107733096 coding upstream 221635 21515071 ~ 21539136 (+)
g2e3 g2e3 coding upstream 250688 21499733 ~ 21510083 (+)
foxg1a foxg1,LOC106611199 coding upstream 440357 21301911 ~ 21320414 (+)
LOC113529717 klhdc1 coding downstream 380753 22147126 ~ 22171181 (+)
klhdc2 klhdc2 coding downstream 417390 22183763 ~ 22198891 (+)
LOC113529714 mok coding downstream 474642 22241015 ~ 22254268 (+)
mpp5a mpp5,LOC108443925,LOC107553288,LOC107657730,LOC107655321,LOC107752770,LOC107707694 coding downstream 1258283 23024656 ~ 23052674 (+)
itsn2b LOC108269989,LOC108441044,LOC107594821,LOC107719497,LOC107590922 coding downstream 1301187 23067560 ~ 23107949 (+)
G169575 NA non-coding upstream 108869 21651641 ~ 21651902 (+)
G169543 NA non-coding upstream 221273 21539250 ~ 21539498 (+)
G169320 NA non-coding upstream 564479 21191166 ~ 21196292 (+)
G169287 ankrd9 non-coding upstream 576993 21181857 ~ 21183778 (+)
LOC117598333 NA non-coding upstream 653372 21104943 ~ 21107399 (+)
G169652 NA non-coding downstream 1791 21768164 ~ 21768718 (+)
LOC117598284 NA non-coding downstream 75243 21841616 ~ 21843598 (+)
G169850 NA non-coding downstream 323101 22089474 ~ 22089698 (+)
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G170012 NA non-coding downstream 330997 22097370 ~ 22097571 (+)
G169577 heatr5a,LOC108412624 other upstream 86310 21669907 ~ 21674461 (+)
LOC113530103 LOC108269986 other upstream 1229549 20521595 ~ 20531222 (+)
fsip1 fsip1 other upstream 1306966 20365174 ~ 20453805 (+)
zbtb42 zbtb42,LOC106610857,LOC106582697 other upstream 1612143 20142714 ~ 20148628 (+)
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LOC113533992 gphna,gphn,LOC108270253,LOC108443923,LOC107752769,LOC107657705,LOC107733155 other downstream 1095434 22861807 ~ 23022395 (+)
kdm1a kdm1a other downstream 2697093 24463466 ~ 24482854 (+)
cx28.6 LOC108269818,LOC108441857,LOC101482426,LOC102791942,LOC102199391,LOC100705227,LOC102313633,LOC107679991 other downstream 3228120 24994493 ~ 25000619 (+)
G171329 NA other downstream 3237610 25003983 ~ 25007766 (+)

Expression


Co-expression Network