G173260



Basic Information


Item Value
gene id G173260
gene name NA
gene type non-coding
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information


Item Value
chromosome id NC_047604.1
NCBI id CM018550.1
chromosome length 29376037
location 28933960 ~ 28985241 (-)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence


>TU205103
CACGATCAttttcctgtatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatgtgtgtgtatttgtgtgtatatgtatgtgtgtatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatatgtgtgtgtgtatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgttagtgatatTCATACAGAAACATTTCTCTTTCCATAAACGACTCTTCTGGCTCACACACTGGAAAATCCGGCGTGTGTACAAAAGCAACAAAAGCGAGCGAGTGTTTTCCGTCTGCAACACggtttgattgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtttttatccgAGAGCTCGTGTGGAGAGTTTTTAAACACGAACAGCTGTGAAAACTCACTGGCCGTCACATTTTAGTGAGCCGAGCTGCTTTCTTTCCCGTTTAACGAACACGCTGCGGCTCTGCTCGGGTTACAGGACCGACGGCTGCGTCCCAAACGCCTACGCCGTGTATTCTAACTGTAAGCCTgggacggtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtacatgtactGCATCACAGAGAACATGGGGTGCCATAACTTTTAGACTTTACAATATGCATGAGGAGATTGTAGTCTGCTAGTCTGCTAGCTAAGCGAGTAACTAGCGGTTCCTATGAGATATTGATAGCTGATAATCTGCTAGCTGATGACGTAATTCACTTCATGTGCTTTTCactaaaaacaaagaaaacaaataattcaTTATGATGAAAAAGCATTCATTCACTTTCACTAAGCCTTATTTCAGGCTAATCCTAATGCTAAACTTCCTTATAGTCGCTTTAAATTACTCTACATCATGTACAATAAGTAGCTAAGGTTAATattcttatttataaataaagaaaacacatgATCTTTCCTAATctgaataatatttacataaccctattttattttttttttatgaatataaagtCTGAACTAAAATcagttcattaaaatatttttattttaatattaacactgACGACTCGTCTGAACCCTCGTggatttctgattattttccaaaacgTAGGAAATGAAGCGGAATATTCCAGGACTTTTCCAGGATTTCGGAGAAGGAAGCGTTAACTCCACGTGTTGCTTCTTTCTCAGTGTGAAAGTTCAGCTGATTTAAACCCAGGACAGATCcatggccacgcccacaagaggcGGAGCTGTGTaaaattaaatatctttatttaacACATGTGCTGCCAACAAACACATTCAGAGTCACAGGTTAAACCGCGAGGAGCCGCCACACGTCACGCGGGCTTCAGTTATTCAGCTTCCGTTTCCACCGTTTACAAAGTGAACGTGTTTTCTGAGGGAAAgagtcaaaataataataataataataataataataataataccagcTGGTAATGCAGAAGAGCGAGAGCAGCGTGACGCGTCACTCGAGGCGAGGGTTAGCAGAAACATCTCCTCTCGTTACAAACAGTTAGTGATGAAGTCAGACATTGCTTTGgaatttttcataaaaaaacaaacaaaaacaatgttctATTGATGCTAATTCTCTTTACAGTCGCTTTAAACTCGCACTCGTAATTTCTTTGGCTTTCAGCTGTAAGCACTTTTTCACTGTCTCATTACCAAACCAGGTCATACAAAGATGCTAGTGCTAAAGCTAATTCTCTTTATAGGCACTTTAAAGCTGAAATGCATGAAGGGAGAATGTCAATGTTTTGGTCTGGTTGCTCTGACAtcatgtgaaatatttattttttctgcattgaCCATCCTGGATTTAAGGGAACGCTCTCAACTCAGTGCTAATGCTAGTGGTAACAGTCTTAATGCTAACATTAATGCTAAAACACTTTATCGGCCCTTTAAAGTTGTCATCATTCGGCTTCATTTGTATCATATTCCTTATTGTCTCTAACGCTAATATCCTTTATTGGCTCTTTAAAGTCGTAGTCATAGTTGTTTTGCTGTAGCCATTTTTATAAAACTTCATTGAGAGATAATGTCTTAAAagaatgctaatgctaatgttgctTATAGGCGCTTTAATGTTGATTCACATTGAGGAACACTAACTATTCTGTCAGATGAAGTGAAATGGAGTTAAATTACAAGCCTGAaaattgtcatttatttatttatttatttatttgtttatttatcattgcCTGTAAATATTagccttttttatttatcctGAAATCGTATTTcgttgtttttattaaaacctcATTTTTAATTCTTAGACAGATCTTGTGTGTATTATATtgtgagttttcttttttctataatGTTCATTGATGGCGATGGTTTCCATAGTTACCAGCCAACgtaaagcatttttatttttttgctcttctttccaaacacacacacactcacacacactcacacacacacacacacacacacacacactcacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacac
>TU205104
TCAGTGTGAAAGTTCAGCTGATTTAAACCCAGGACAGATCcatggccacgcccacaagaggcGGAGCTGTGTaaaattaaatatctttatttaacACATGTGCTGCCAACAAACACATTCAGAGTCACAGGTTAAACCGCGAGGAGCCGCCACACGTCACGCGGGCTTCAGTTATTCAGCTTCCGTTTCCACCGTTTACAAAGTGAACGTGTTTTCTGAGGGAAAgagtcaaaataataataataataataataataataataataccagcTGGTAATGCAGAAGAGCGAGAGCAGCGTGACGCGTCACTCGAGGCGAGGGTTAGCAGAAACATCTCCTCTCGTTACAAACAGTTAGTGATGAAGTCAGACATTGCTTTGgaatttttcataaaaaaacaaacaaaaacaatgttctATTGATGCTAATTCTCTTTACAGTCGCTTTAAACTCGCACTCGTAATTTCTTTGGCTTTCAGCTGTAAGCACTTTTTCACTGTCTCATTACCAAACCAGGTCATACAAAGATGCTAGTGCTAAAGCTAATTCTCTTTATAGGCACTTTAAAGCTGAAATGCATGAAGGGAGAATGTCAATGTTTTGGTCTGGTTGCTCTGACAtcatgtgaaatatttattttttctgcattgaCCATCCTGGATTTAAGGGAACGCTCTCAACTCAGTGCTAATGCTAGTGGTAACAGTCTTAATGCTAACATTAATGCTAAAACACTTTATCGGCCCTTTAAAGTTGTCATCATTCGGCTTCATTTGTATCATATTCCTTATTGTCTCTAACGCTAATATCCTTTATTGGCTCTTTAAAGTCGTAGTCATAGTTGTTTTGCTGTAGCCATTTTTATAAAACTTCATTGAGAGATAATGTCTTAAAagaatgctaatgctaatgttgctTATAGGCGCTTTAATGTTGATTCACATTGAGGAACACTAACTATTCTGTCAGATGAAGTGAAATGGAGTTAAATTACAAGCCTGAaaattgtcatttatttatttatttatttatttgtttatttatcattgcCTGTAAATATTagccttttttatttatcctGAAATCGTATTTcgttgtttttattaaaacctcATTTTTAATTCTTAGACAGATCTTGTGTGTATTATATtgtgagttttcttttttctataatGTTCATTGATGGCGATGGTTTCCATAGTTACCAGCCAACgtaaagcatttttatttttttgctcttctttccaaacacacacacactcacacacactcacacacacacacacacacacacacacactcacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacac
>TU205105
ACGACTCGTCTGAACCCTCGTggatttctgattattttccaaaacgTAGGAAATGAAGCGGAATATTCCAGGACTTTTCCAGGATTTCGGAGAAGGAAGCGTTAACTCCACGTGTTGCTTCTTTCTCAGTGTGAAAGTTCAGCTGATTTAAACCCAGGACAGATCcatggccacgcccacaagaggcGGAGCTGTGTaaaattaaatatctttatttaacACATGTGCTGCCAACAAACACATTCAGAGTCACAGGTTAAACCGCGAGGAGCCGCCACACGTCACGCGGGCTTCAGTTATTCAGCTTCCGTTTCCACCGTTTACAAAGTGAACGTGTTTTCTGAGGGAAAgagtcaaaataataataataataataataataataataataccagcTGGTAATGCAGAAGAGCGAGAGCAGCGTGACGCGTCACTCGAGGCGAGGGTTAGCAGAAACATCTCCTCTCGTTACAAACAGTTAGTGATGAAGTCAGACATTGCTTTGgaatttttcataaaaaaacaaacaaaaacaatgttctATTGATGCTAATTCTCTTTACAGTCGCTTTAAACTCGCACTCGTAATTTCTTTGGCTTTCAGCTGTAAGCACTTTTTCACTGTCTCATTACCAAACCAGGTCATACAAAGATGCTAGTGCTAAAGCTAATTCTCTTTATAGGCACTTTAAAGCTGAAATGCATGAAGGGAGAATGTCAATGTTTTGGTCTGGTTGCTCTGACAtcatgtgaaatatttattttttctgcattgaCCATCCTGGATTTAAGGGAACGCTCTCAACTCAGTGCTAATGCTAGTGGTAACAGTCTTAATGCTAACATTAATGCTAAAACACTTTATCGGCCCTTTAAAGTTGTCATCATTCGGCTTCATTTGTATCATATTCCTTATTGTCTCTAACGCTAATATCCTTTATTGGCTCTTTAAAGTCGTAGTCATAGTTGTTTTGCTGTAGCCATTTTTATAAAACTTCATTGAGAGATAATGTCTTAAAagaatgctaatgctaatgttgctTATAGGCGCTTTAATGTTGATTCACATTGAGGAACACTAACTATTCTGTCAGATGAAGTGAAATGGAGTTAAATTACAAGCCTGAaaattgtcatttatttatttatttatttatttgtttatttatcattgcCTGTAAATATTagccttttttatttatcctGAAATCGTATTTcgttgtttttattaaaacctcATTTTTAATTCTTAGACAGATCTTGTGTGTATTATATtgtgagttttcttttttctataatGTTCATTGATGGCGATGGTTTCCATAGTTACCAGCCAACgtaaagcatttttatttttttgctcttctttccaaacacacacacactcacacacactcacacacacacacacacacacacacacactcacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacac

Function


GO: NA

KEGG: NA

RNA


RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU205103 True 2671 lncRNA 0.39 2 28933960 28985241
TU205104 False 1366 lncRNA 0.37 2 28933960 28983936
TU205105 False 1491 lncRNA 0.37 2 28933960 28984061

Neighbor


gene id symbol gene type direction distance location
gpn1 gpn1,LOC107729295,LOC107725955,LOC107682285,LOC107693155 coding downstream 5065 28916376 ~ 28928895 (-)
il17a/f2 LOC108269798 coding downstream 48851 28882252 ~ 28885109 (-)
lrrc57 lrrc57,LOC107682003 coding downstream 56079 28867671 ~ 28877881 (-)
nfkbiab nfkbia coding downstream 161798 28768475 ~ 28772162 (-)
ppp2r3c ppp2r3c,LOC107682116,LOC107725453,LOC106611177 coding downstream 191889 28736318 ~ 28742071 (-)
khk khk,LOC107729261,LOC107693158,LOC107725530 coding upstream 2118 28987359 ~ 28996157 (-)
mrpl57 mrpl57 coding upstream 87463 29072704 ~ 29075467 (-)
calm1a LOC108270185 coding upstream 103931 29089172 ~ 29092223 (-)
ndnfl LOC108270182 coding upstream 133132 29118373 ~ 29130728 (-)
LOC113525666 LOC108261332 coding upstream 152779 29138020 ~ 29146605 (-)
G173293 NA non-coding downstream 59642 28873443 ~ 28874318 (-)
G173292 NA non-coding downstream 62005 28871470 ~ 28871955 (-)
G173268 NA non-coding downstream 67285 28865913 ~ 28866675 (-)
G173289 NA non-coding downstream 69793 28862908 ~ 28864167 (-)
G173282 NA non-coding downstream 71352 28861401 ~ 28862608 (-)
G173262 NA non-coding upstream 29108 29014349 ~ 29014929 (-)
G173338 NA non-coding upstream 84794 29070035 ~ 29071425 (-)
G173339 NA non-coding upstream 91022 29076263 ~ 29077297 (-)
G173288 NA non-coding upstream 93173 29078414 ~ 29080610 (-)
G173349 NA non-coding upstream 122635 29107876 ~ 29108297 (-)
stmn4l stmn4,stmn4l,LOC108413759,LOC107682023,LOC107586609,LOC107693156,LOC107729296,LOC107589635 other downstream 25408 28900904 ~ 28908552 (-)
ralgapa1 ralgapa1,LOC107589631,LOC107725466,LOC107682070,LOC107586611,LOC107693153 other downstream 73949 28798149 ~ 28860011 (-)
G172919 NA other downstream 1021416 27912237 ~ 27912544 (-)
si:ch73-204p21.2 NA other downstream 1023070 27899482 ~ 27910890 (-)
efcab11 efcab11 other downstream 1208203 27671623 ~ 27725757 (-)
G173434 kif26b,LOC107589674 other upstream 250678 29235919 ~ 29239270 (-)
smyd3 smyd3 other upstream 260728 29245969 ~ 29329076 (-)

Expression



Co-expression Network