slc25a21 (slc25a21,LOC107679800)


Basic Information

Item Value
gene id slc25a21
gene name slc25a21,LOC107679800
gene type coding
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047604.1
NCBI id CM018550.1
chromosome length 29376037
location 16540840 ~ 16620401 (-)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>XM_026934098.2
GGCACTAAGTCCAGCTCTGGCCATGCGGTCCAGCTGAATGAGACAAGCCCCAGCTCTGAACAGTGAGCTCTACTGCTGCAGGCCAATCAGCTGTGTTCATACAGTTTAATAGCGTATCAAAACAGACTAGAAATGAGTACGAAAAGGAGTTTTGTGCGGGAGGCGTCTCATCAGATCATTGCAGGCGGATCTGCAGgTCTGGTGGAGATATGTCTGATGCATCCGCTGGACGTTGTGAAGACCAGGTTCCAAATTCAGCGAGGAGTGAGTGACCCAAACAGCTATAAAGGCCTGGGGGACTGTTTCAGAACCATATTTCACAAAGAGGGAATGTATGGTTTTTACAAGGGAATCCTGCCACCAATTCTAGCTGAGACGCCAAAGAGAGCAGTTAAGTTTTTCACCTTTGAGCAATACAAGAACCTGCTAAGTTACACTGCCTTATCTCAGGGCCTGGCTCTCTCCCTAGCTGGGCTTGGCTCAGGTTTAACAGAAGCTCTGGTGGTTAATCCATTTGAGGTAGTGAAAGTAAACCTTCAGGCCAACAGAGATTCCTTCAAAGTGCAGCCATCCACATTTACCCAGGCTCGAATGATCATTAATTCAGATGGCATTGGTCTGCGTGGGCTAAATAAGGGCCTGACCTCCACACTGGGTCGCCATGGCGTCTTCAACATGATCTACTTTGGCTTCTACTTCAATGTTAAAAACACCCTTCCTGCCAGCCAGGATCCTCGTCTGGAGTTTATGAGAAAGTTTACTATAGGTTTGCTGGCAGGAACCATCTCATCCTGTGTGAACATCCCCTTTGACGTGGCTAAGAGCCGTATCCAGGGTCCCCAGCCAGTCCAAGGGGAGATAAAGTACAGGAGCTGTTTCCAGACCATGGCTCTGGTATACCGTGAAGAAGGgtATCTTGCATTATACAAAGGACTAATTCCCAAGATCTTGAGACTTGGACCAGGAGGTGCTGTCATGCTGCTAGTGTATGAGTATGTCTCCGGCTGGCTGCAAAGAAACTGGTGATAAGAGCTGTCAGGCAGCAGACAAATTTCACTCTGTGGGTCGCAAGTACATGCATGCATCGGCTATCAAAATCATGCCAGTGTGTTCTaagataaaaaggaataaaGCGGCTTAATAGCAATTGTTGACCAGGATTAGCCCTGAACTACAAAATGATATGTTATATCTTATTACATATCCTATCTCATTCTGCTCTCACTGATTTTGAgagaaatataaacattttcttatgaGGTATTCTTATGTGTGATGCTAGGATGTCAAGGGAAGTTAATATgcactggtactggtactggtcCTGTAACCACAGAAGCATTTCACACCCGAAACAAAGCCTGCAGTCTTTTACACTCACCACTAGCAGGAAATGGGATCAAATTCAGCTTACATTAAAGCAAGTTTAAGGCTCTTGTCTATTTCTAACTTCCTCTCTGATGGAACACCACCAAAGAATCCCTTTTAGCTCCAAAAAGTGTACTGATGAGGGTGGAGTTGAGCTCAGCAATATGTTGTTAAGATGTTGTATCAGATGATTAGTGATAATTCAGAATTTAACACAAGTCAATACTCATTTTTATGTATCAAGTCATTATTTGTGAATTGTGAATGAGGCAAAAAGTATgtcatatttcttttcttcatgaTTGCTTATATgtagcattttaattttacattaatcTTAATGTGTGATGAACTTGATAGCAATTATGTGAgtattgaatttaaaaatattttattgaatattgctttttttttattcattatgtaaATGATATTTGAATAGTTTACAATGTTTCACAATGTTTGCTACTAAATATGCCTAAATATGCCTTGTAAACACAGGCCTTGAATAGCTcttgatttttaattatgtttaaaatgtcatagATCTATTGGAAACTGATTAAATGTGAGTCCTATTCCTTCTAACTCTGCTTAATGAAGGCACAGTAAAGAATGAAAATTAGAAGTAATAGGGAGACGAgggaaaatttttttaaacagtttgtgcACTAATgaaatttacatatatttacacatattgTTACTGGTCATATTTCTGGAAATAAACATTCaaagaacataaataataaaataagatgtTATGTGTATTTGATTTCGCAATGCACCTGGCAAAAAGTCTTTCACTGAAATGTTTGTTGGAGATCTTTGAAATAAAATTCTTGGATTTTCGTTctgata
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>XM_026934100.2
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>XM_026934101.2
GGCACTAAGTCCAGCTCTGGCCATGCGGTCCAGCTGAATGAGACAAGCCCCAGCTCTGAACAGTGAGCTCTACTGCTGCAGGCCAATCAGCTGTGTTCATACAGTTTAATAGCGTATCAAAACAGACTAGAAATGAGTACGAAAAGGAGTTTTGTGCGGGAGGCGTCTCATCAGATCATTGCAGGCGGATCTGCAGgTCTGGTGGAGATATGTCTGATGCATCCGCTGGACGTTGTGAAGACCAGGTTCCAAATTCAGCGAGGAGTGAGTGACCCAAACAGCTATAAAGGCCTGGGGGACTGTTTCAGAACCATATTTCACAAAGAGGGAATGTATGGTTTTTACAAGGGAATCCTGCCACCAATTCTAGCTGAGACGCCAAAGAGAGCAGTTAAGTTTTTCACCTTTGAGCAATACAAGAACCTGCTAAGTTACACTGCCTTATCTCAGGGCCTGGCTCTCTCCCTAGCTGGGCTTGGCTCAGGTTTAACAGAAGCTCTGGTGGTTAATCCATTTGAGGTAGTGAAAGTAAACCTTCAGGCCAACAGAGATTCCTTCAAAGTGCCATCCACATTTACCCAGGCTCGAATGATCATTAATTCAGATGGCATTGGTCTGCGTGGGCTAAATAAGGGCCTGACCTCCACACTGGGTCGCCATGGCGTCTTCAACATGATCTACTTTGGCTTCTACTTCAATGTTAAAAACACCCTTCCTGCCAGCCAGGATCCTCGTCTGGAGTTTATGAGAAAGTTTACTATAGGTTTGCTGGCAGGAACCATCTCATCCTGTGTGAACATCCCCTTTGACGTGGCTAAGAGCCGTATCCAGGGTCCCCAGCCAGTCCAAGGGGAGATAAAGTACAGGAGCTGTTTCCAGACCATGGCTCTGGTATACCGTGAAGAAGGgtATCTTGCATTATACAAAGGACTAATTCCCAAGATCTTGAGACTTGGACCAGGAGGTGCTGTCATGCTGCTAGTGTATGAGTATGTCTCCGGCTGGCTGCAAAGAAACTGGTGATAAGAGCTGTCAGGCAGCAGACAAATTTCACTCTGTGGGTCGCAAGTACATGCATGCATCGGCTATCAAAATCATGCCAGTGTGTTCTaagataaaaaggaataaaGCGGCTTAATAGCAATTGTTGACCAGGATTAGCCCTGAACTACAAAATGATATGTTATATCTTATTACATATCCTATCTCATTCTGCTCTCACTGATTTTGAgagaaatataaacattttcttatgaGGTATTCTTATGTGTGATGCTAGGATGTCAAGGGAAGTTAATATgcactggtactggtactggtcCTGTAACCACAGAAGCATTTCACACCCGAAACAAAGCCTGCAGTCTTTTACACTCACCACTAGCAGGAAATGGGATCAAATTCAGCTTACATTAAAGCAAGTTTAAGGCTCTTGTCTATTTCTAACTTCCTCTCTGATGGAACACCACCAAAGAATCCCTTTTAGCTCCAAAAAGTGTACTGATGAGGGTGGAGTTGAGCTCAGCAATATGTTGTTAAGATGTTGTATCAGATGATTAGTGATAATTCAGAATTTAACACAAGTCAATACTCATTTTTATGTATCAAGTCATTATTTGTGAATTGTGAATGAGGCAAAAAGTATgtcatatttcttttcttcatgaTTGCTTATATgtagcattttaattttacattaatcTTAATGTGTGATGAACTTGATAGCAATTATGTGAgtattgaatttaaaaatattttattgaatattgctttttttttattcattatgtaaATGATATTTGAATAGTTTACAATGTTTCACAATGTTTGCTACTAAATATGCCTAAATATGCCTTGTAAACACAGGCCTTGAATAGCTcttgatttttaattatgtttaaaatgtcatagATCTATTGGAAACTGATTAAATGTGAGTCCTATTCCTTCTAACTCTGCTTAATGAAGGCACAGTAAAGAATGAAAATTAGAAGTAATAGGGAGACGAgggaaaatttttttaaacagtttgtgcACTAATgaaatttacatatatttacacatattgTTACTGGTCATATTTCTGGAAATAAACATTCaaagaacataaataataaaataagatgtTATGTGTATTTGATTTCGCAATGCACCTGGCAAAAAGTCTTTCACTGAAATGTTTGTTGGAGATCTTTGAAATAAAATTCTTGGATTTTCGTTctgata
>XM_026934102.2
ACATCTGCGCCAGGGATGAGACgTCTGGTGGAGATATGTCTGATGCATCCGCTGGACGTTGTGAAGACCAGGTTCCAAATTCAGCGAGGAGTGAGTGACCCAAACAGCTATAAAGGCCTGGGGGACTGTTTCAGAACCATATTTCACAAAGAGGGAATGTATGGTTTTTACAAGGGAATCCTGCCACCAATTCTAGCTGAGACGCCAAAGAGAGCAGTTAAGTTTTTCACCTTTGAGCAATACAAGAACCTGCTAAGTTACACTGCCTTATCTCAGGGCCTGGCTCTCTCCCTAGCTGGGCTTGGCTCAGGTTTAACAGAAGCTCTGGTGGTTAATCCATTTGAGGTAGTGAAAGTAAACCTTCAGGCCAACAGAGATTCCTTCAAAGTGCAGCCATCCACATTTACCCAGGCTCGAATGATCATTAATTCAGATGGCATTGGTCTGCGTGGGCTAAATAAGGGCCTGACCTCCACACTGGGTCGCCATGGCGTCTTCAACATGATCTACTTTGGCTTCTACTTCAATGTTAAAAACACCCTTCCTGCCAGCCAGGATCCTCGTCTGGAGTTTATGAGAAAGTTTACTATAGGTTTGCTGGCAGGAACCATCTCATCCTGTGTGAACATCCCCTTTGACGTGGCTAAGAGCCGTATCCAGGGTCCCCAGCCAGTCCAAGGGGAGATAAAGTACAGGAGCTGTTTCCAGACCATGGCTCTGGTATACCGTGAAGAAGGgtATCTTGCATTATACAAAGGACTAATTCCCAAGATCTTGAGACTTGGACCAGGAGGTGCTGTCATGCTGCTAGTGTATGAGTATGTCTCCGGCTGGCTGCAAAGAAACTGGTGATAAGAGCTGTCAGGCAGCAGACAAATTTCACTCTGTGGGTCGCAAGTACATGCATGCATCGGCTATCAAAATCATGCCAGTGTGTTCTaagataaaaaggaataaaGCGGCTTAATAGCAATTGTTGACCAGGATTAGCCCTGAACTACAAAATGATATGTTATATCTTATTACATATCCTATCTCATTCTGCTCTCACTGATTTTGAgagaaatataaacattttcttatgaGGTATTCTTATGTGTGATGCTAGGATGTCAAGGGAAGTTAATATgcactggtactggtactggtcCTGTAACCACAGAAGCATTTCACACCCGAAACAAAGCCTGCAGTCTTTTACACTCACCACTAGCAGGAAATGGGATCAAATTCAGCTTACATTAAAGCAAGTTTAAGGCTCTTGTCTATTTCTAACTTCCTCTCTGATGGAACACCACCAAAGAATCCCTTTTAGCTCCAAAAAGTGTACTGATGAGGGTGGAGTTGAGCTCAGCAATATGTTGTTAAGATGTTGTATCAGATGATTAGTGATAATTCAGAATTTAACACAAGTCAATACTCATTTTTATGTATCAAGTCATTATTTGTGAATTGTGAATGAGGCAAAAAGTATgtcatatttcttttcttcatgaTTGCTTATATgtagcattttaattttacattaatcTTAATGTGTGATGAACTTGATAGCAATTATGTGAgtattgaatttaaaaatattttattgaatattgctttttttttattcattatgtaaATGATATTTGAATAGTTTACAATGTTTCACAATGTTTGCTACTAAATATGCCTAAATATGCCTTGTAAACACAGGCCTTGAATAGCTcttgatttttaattatgtttaaaatgtcatagATCTATTGGAAACTGATTAAATGTGAGTCCTATTCCTTCTAACTCTGCTTAATGAAGGCACAGTAAAGAATGAAAATTAGAAGTAATAGGGAGACGAgggaaaatttttttaaacagtttgtgcACTAATgaaatttacatatatttacacatattgTTACTGGTCATATTTCTGGAAATAAACATTCaaagaacataaataataaaataagatgtTATGTGTATTTGATTTCGCAATGCACCTGGCAAAAAGTCTTTCACTGAAATGTTTGTTGGAGATCTTTGAAATAAAATTCTTGGATTTTCGTTctgata
>XM_026934103.2
GCGGTCCAGCTGAATGAGACAAGCCCCAGCTCTGAACAGTGAGCTCTACTGCTGCAGGCCAATCAGCTGTGTTCATACAGTTTAATAGCGTATCAAAACAGgTCTGGTGGAGATATGTCTGATGCATCCGCTGGACGTTGTGAAGACCAGGTTCCAAATTCAGCGAGGAGTGAGTGACCCAAACAGCTATAAAGGCCTGGGGGACTGTTTCAGAACCATATTTCACAAAGAGGGAATGTATGGTTTTTACAAGGGAATCCTGCCACCAATTCTAGCTGAGACGCCAAAGAGAGCAGTTAAGTTTTTCACCTTTGAGCAATACAAGAACCTGCTAAGTTACACTGCCTTATCTCAGGGCCTGGCTCTCTCCCTAGCTGGGCTTGGCTCAGGTTTAACAGAAGCTCTGGTGGTTAATCCATTTGAGGTAGTGAAAGTAAACCTTCAGGCCAACAGAGATTCCTTCAAAGTGCAGCCATCCACATTTACCCAGGCTCGAATGATCATTAATTCAGATGGCATTGGTCTGCGTGGGCTAAATAAGGGCCTGACCTCCACACTGGGTCGCCATGGCGTCTTCAACATGATCTACTTTGGCTTCTACTTCAATGTTAAAAACACCCTTCCTGCCAGCCAGGATCCTCGTCTGGAGTTTATGAGAAAGTTTACTATAGGTTTGCTGGCAGGAACCATCTCATCCTGTGTGAACATCCCCTTTGACGTGGCTAAGAGCCGTATCCAGGGTCCCCAGCCAGTCCAAGGGGAGATAAAGTACAGGAGCTGTTTCCAGACCATGGCTCTGGTATACCGTGAAGAAGGgtATCTTGCATTATACAAAGGACTAATTCCCAAGATCTTGAGACTTGGACCAGGAGGTGCTGTCATGCTGCTAGTGTATGAGTATGTCTCCGGCTGGCTGCAAAGAAACTGGTGATAAGAGCTGTCAGGCAGCAGACAAATTTCACTCTGTGGGTCGCAAGTACATGCATGCATCGGCTATCAAAATCATGCCAGTGTGTTCTaagataaaaaggaataaaGCGGCTTAATAGCAATTGTTGACCAGGATTAGCCCTGAACTACAAAATGATATGTTATATCTTATTACATATCCTATCTCATTCTGCTCTCACTGATTTTGAgagaaatataaacattttcttatgaGGTATTCTTATGTGTGATGCTAGGATGTCAAGGGAAGTTAATATgcactggtactggtactggtcCTGTAACCACAGAAGCATTTCACACCCGAAACAAAGCCTGCAGTCTTTTACACTCACCACTAGCAGGAAATGGGATCAAATTCAGCTTACATTAAAGCAAGTTTAAGGCTCTTGTCTATTTCTAACTTCCTCTCTGATGGAACACCACCAAAGAATCCCTTTTAGCTCCAAAAAGTGTACTGATGAGGGTGGAGTTGAGCTCAGCAATATGTTGTTAAGATGTTGTATCAGATGATTAGTGATAATTCAGAATTTAACACAAGTCAATACTCATTTTTATGTATCAAGTCATTATTTGTGAATTGTGAATGAGGCAAAAAGTATgtcatatttcttttcttcatgaTTGCTTATATgtagcattttaattttacattaatcTTAATGTGTGATGAACTTGATAGCAATTATGTGAgtattgaatttaaaaatattttattgaatattgctttttttttattcattatgtaaATGATATTTGAATAGTTTACAATGTTTCACAATGTTTGCTACTAAATATGCCTAAATATGCCTTGTAAACACAGGCCTTGAATAGCTcttgatttttaattatgtttaaaatgtcatagATCTATTGGAAACTGATTAAATGTGAGTCCTATTCCTTCTAACTCTGCTTAATGAAGGCACAGTAAAGAATGAAAATTAGAAGTAATAGGGAGACGAgggaaaatttttttaaacagtttgtgcACTAATgaaatttacatatatttacacatattgTTACTGGTCATATTTCTGGAAATAAACATTCaaagaacataaataataaaataagatgtTATGTGTATTTGATTTCGCAATGCACCTGGCAAAAAGTCTTTCACTGAAATGTTTGTTGGAGATCTTTGAAATAAAATTCTTGGATTTTCGTTctgata

Function

symbol description
slc25a21 Predicted to act upstream of or within transmembrane transport. Predicted to be located in membrane. Predicted to be integral component of membrane. Human ortholog(s) of this gene implicated in mitochondrial DNA depletion syndrome. Orthologous to human SLC25A21 (solute carrier family 25 member 21).

NR:

description
mitochondrial 2-oxodicarboxylate carrier isoform X3

GO:

id name namespace
GO:0055085 transmembrane transport biological_process
GO:0016021 integral component of membrane cellular_component

KEGG:

id description
K15110 SLC25A21, ODC; solute carrier family 25 (mitochondrial 2-oxodicarboxylate transporter), member 21

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_026934098.2 False 2229 mRNA 0.40 11 16542771 16620401
XM_026934099.2 False 2325 mRNA 0.40 11 16542771 16620377
XM_026934100.2 True 2825 mRNA 0.42 12 16540840 16620401
XM_026934101.2 False 2226 mRNA 0.40 11 16542771 16620401
XM_026934102.2 False 2055 mRNA 0.39 10 16542771 16584979
XM_026934103.2 False 2134 mRNA 0.39 10 16542771 16620377

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
nkx2.9 nkx2-8 coding downstream 25660 16513235 ~ 16515180 (-)
nkx2.1 nkx2-1,nkx2.1,LOC107578306,LOC107582966,LOC107679765,LOC107666245 coding downstream 32325 16505893 ~ 16508515 (-)
mbip mbip coding downstream 49795 16479179 ~ 16491045 (-)
cdan1 cdan1,LOC107582945 coding downstream 120055 16409811 ~ 16420785 (-)
stard9 stard9,LOC107662650,LOC107679770,LOC107724018,LOC107730214,LOC107572014,LOC108270056 coding downstream 132698 16379857 ~ 16408142 (-)
plekhh1 LOC108270359,LOC108425659,LOC107679799,LOC107752725,LOC107741858 coding upstream 6554 16626955 ~ 16657370 (-)
tmem229b tmem229b,LOC107752730,LOC107679790,LOC107594722,LOC107578043,LOC107666241,LOC107708331 coding upstream 141187 16761588 ~ 16775576 (-)
mta1 mta1,LOC107679789,LOC107666257 coding upstream 156302 16776703 ~ 16811216 (-)
tmem62 tmem62,LOC103132791 coding upstream 287321 16907722 ~ 16922047 (-)
hadhab hadha,LOC100304971,LOC103035446,LOC108425650,LOC102203549,LOC107594700,LOC102787580,LOC107752738 coding upstream 308444 16928845 ~ 16937439 (-)
G166633 NA non-coding downstream 94835 16444841 ~ 16446005 (-)
G166484 NA non-coding downstream 273325 16267229 ~ 16267515 (-)
G166390 NA non-coding downstream 540328 16000219 ~ 16000512 (-)
G166380 NA non-coding downstream 607403 15933157 ~ 15933437 (-)
G166319 NA non-coding downstream 644270 15895667 ~ 15896570 (-)
G166865 NA non-coding upstream 124205 16744606 ~ 16744822 (-)
LOC113538645 NA non-coding upstream 218680 16839081 ~ 16865427 (-)
G166967 NA non-coding upstream 304875 16925276 ~ 16928196 (-)
G167011 NA non-coding upstream 347055 16967456 ~ 16969965 (-)
G167007 NA non-coding upstream 432083 17052484 ~ 17055548 (-)
eml5 eml5,LOC108435760 other downstream 778122 15715560 ~ 15762718 (-)
ktn1 ktn1,LOC107668535 other downstream 877345 15633002 ~ 15663495 (-)
pgfb pgf,LOC108435746 other downstream 1218789 15303235 ~ 15322051 (-)
capn3a capn3,LOC108269768,LOC108435782 other downstream 1423476 15107120 ~ 15117364 (-)
nenf nenf other downstream 1458635 15079696 ~ 15082205 (-)
mideasb elmsan1 other upstream 252878 16873279 ~ 16898730 (-)
htr1b htr1e,LOC108269541 other upstream 546467 17166868 ~ 17247823 (-)
cmpk2 cmpk2 other upstream 995337 17615738 ~ 17624534 (-)
G167566 apob other upstream 1685342 18305743 ~ 18316207 (-)
gdf7 LOC108270114 other upstream 1755002 18375403 ~ 18382455 (-)

Expression


Co-expression Network