LOC113538896 (LOC108269628)


Basic Information

Item Value
gene id LOC113538896
gene name LOC108269628
gene type coding
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047604.1
NCBI id CM018550.1
chromosome length 29376037
location 19620847 ~ 19630120 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>XM_026934326.2
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>XM_034308207.1
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Function

GO: NA

KEGG:

id description
K14341 SLC10A1, NTCP; solute carrier family 10 (sodium/bile acid cotransporter), member 1

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_026934326.2 True 2731 mRNA 0.40 7 19621347 19630120
XM_034308207.1 False 2539 mRNA 0.39 7 19620847 19630120
XM_034308208.1 False 2625 mRNA 0.39 7 19621338 19630120
XM_034308209.1 False 2412 mRNA 0.39 7 19620859 19630120

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC113538831 LOC108269613,LOC108441832 coding upstream 128484 19477213 ~ 19492363 (+)
gcfc2 LOC108270421 coding upstream 146161 19460183 ~ 19474686 (+)
ywhaqb LOC108269934 coding upstream 163288 19449741 ~ 19457559 (+)
dhx32b LOC108269478,LOC108436743,LOC107592761 coding upstream 242073 19369052 ~ 19378774 (+)
adam12 LOC108270250,LOC108436745 coding upstream 268534 19227546 ~ 19352313 (+)
mthfd1b mthfd1,LOC108269612,LOC108232073 coding downstream 16163 19646283 ~ 19669547 (+)
plcb2 plcb2 coding downstream 148448 19778568 ~ 19809259 (+)
LOC113538872 ankrd63 coding downstream 207138 19837258 ~ 19839847 (+)
spint1a NA coding downstream 293013 19923133 ~ 19937793 (+)
LOC113538714 plekhg3,LOC108269610,LOC107560184,LOC107726575,LOC107660984,LOC108430640,LOC107678711 coding downstream 311791 19941911 ~ 19984241 (+)
G168207 NA non-coding upstream 23880 19596423 ~ 19596967 (+)
G168175 NA non-coding upstream 95992 19523154 ~ 19524855 (+)
G168011 NA non-coding upstream 642371 18977016 ~ 18978476 (+)
G167913 LOC107572756,LOC107690120,LOC107579140 non-coding upstream 779237 18839609 ~ 18841610 (+)
G167909 NA non-coding upstream 783525 18837091 ~ 18837322 (+)
G168504 inafm2 non-coding downstream 142770 19772890 ~ 19774666 (+)
G168585 NA non-coding downstream 257807 19887927 ~ 19888154 (+)
G168630 NA non-coding downstream 357528 19987648 ~ 19987870 (+)
G168632 NA non-coding downstream 388641 20018761 ~ 20019038 (+)
G168633 NA non-coding downstream 389037 20019157 ~ 20020371 (+)
prlh2r LOC108269650,LOC108425589 other upstream 1042539 18569379 ~ 18578308 (+)
ldah ldah other upstream 1246767 18330467 ~ 18374080 (+)
kidins220a LOC108269813,LOC108425633 other upstream 1698096 17867416 ~ 17922751 (+)
itgb1bp1 itgb1bp1,LOC107707691,LOC107655317 other upstream 1914015 17700467 ~ 17706832 (+)
sox11a sox11b,LOC108269454 other upstream 2190096 17385507 ~ 17430751 (+)
G168191 NA other downstream 44793 19674913 ~ 19687591 (+)
LOC113538915 c9h15orf52 other downstream 92660 19722780 ~ 19766581 (+)
zfyve19 zfyve19 other downstream 249615 19879735 ~ 19886509 (+)
LOC113538658 NA other downstream 283223 19913343 ~ 19922486 (+)
G168650 cep170b other downstream 412357 20042477 ~ 20042935 (+)

Expression


Co-expression Network