LOC113528294 (zwi)


Basic Information

Item Value
gene id LOC113528294
gene name zwi
gene type non-coding
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047607.1
NCBI id CM018553.1
chromosome length 26458119
location 8752715 ~ 8772476 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>TU246197
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>TU246198
ATCCATTCACTTCATACAGGGGAGGTATGTGGCCTTCTTGAGCCCACGTCGTCCTTCTCAACAACAGCTTTTTGCTGCTACATGGGGGTTGTACCGAATGCGCTTAGCATTCTGGTCCCATCCCAGCACTTGCTGCGTGGATCCGTCACACCCTGCCAGGCATTGTCTGTGCAAGTGTGCTGCTACAAGAGTATGTGATGAGCCATTACAACTTTGTCCTGTGAAAccaaagaagcaaaaaaacCTAACTTCCCCAGGGAGAAGAGACAAGATTTAACCCCAACGTGCTCAACATCTCCCAGGCTGGCTGCTGCGGGAGGAGATCCcctgctactcctcctccaccacGAATTGGTTCTCCTCCACCATGGGTAACACCAGCTTCACAGAGGGCAGGACAGCCCTCAACCTGGGAAGCACATCCATCAAGAGGGAGAAGAGCAAGATTTTGATGGGCAACACCTCAATCTCTCGTGGGAAGAGCACCACATCCCTGGGCTCCTCAACCATTACTAGTGGCAAGACCAAGATCTCCCTGGGGAGTGCTTCCTTCAGCAGAGGCACCAAGACCACATCCTTCCGAAAGGCATTCATGCCCAAAAGGAAGACTCTTTAACAGGGAGTGGAGCCAAATTGTCTGGTCAAGGGTGTGTGGGGAGGGTGTGGGGCACCAGGAAGGTGGAGGGAGTTTTCTACAGTGTATcaaatacagaaaatttcaaCGAAAACTGAAGCCAAAGCATCATCACAACGGAATTCTGAGGGGGTTATTCTGGGcatcaagtttatttattttttacacccAGAAACTGTGGGATTGAATTTGACATCAAGGTTTCTTCTGTTCCAGTAACTGCTTTGGATTAAGTCAAAGATGCAGCCCTCAAACATGTGGAGACTTACCTAAAACAGAGACTTTCTTCAGACCTGCTGGAACTCTGACCTCTCAACTTTGACCTGGAACAGAAGTCATCATGCCCCATGCAAAACCCCCAGATCACCCTGTGACGATGATGATACCATTTACTCCTGTGTTACTGTCcttatattgtgttttatatcaCTGTATTCATGTCATATAAATGGAGATCATAATAGTCCATGCAATAAGCAGTGCCCTCAGTGTCTATATAACATTGGGAAATGAAAGCCAAAAACTGATCCCAGTAAGCACAGTCTCTTAATTTCTATACCTATGACTTCAGACATATGCACCTCTGTACAATGTGCTGTAAGGCACAGATACAGATGAAATATCCTAAAAATACTTGTTTTATTTCGAAAAAGGTAAACGTAAACCGTGTCACCATGTAAAACTGTGTGTAGTGTGGATTATGtctgtgaaatgtgtgaaaggTAGAAGGGTAAAAAAATAGCCAACTACATCATTACTAATGCTTTAGACATTAATGCTGACCCACCACAGATGGAACAGGTTGGGCAAGGACATGTGAAGGTTTCCTGTCAAACCAACTGTGTTTTTGAACGTCTAATGTGCCATCATGTGTAATCACAGTCTACAGGACTGttcagacagtggtgctgggAAACTTGtcccatatttaaaaaaaaaaacaaaaaaacaaaacaaaaaactatagAAGTTAGCCTCCATACTACGTACTCCATGCTGCATACCTCAGCCTTCATTGATTACATAATCACATTACAGTAGTGCTTTAATATACTGGTAATACAAGTAATACAATATATCTATGCataaattatgaataaaaaatctaaacaacAGAAACGGCATTACTTTAGATCAAACACCTACTTGTCCTCAATGATGTCTTCACAAGATGATGCAATGATGAACCCAGCTGAGGAAGCCAGGACTGCTTGAATGGAGGACACTAGCCTGTAAAAATGTAGTAAGAAAATCAAACCATTCCATACTTTCTTGTAAggaagaaacaataaaatactattaaaaaggtgatgtaaaaaataagaCATGACAGGCTGTACTATTACAGG
>XR_003402924.2
CAGGGAGTGGAGCCAAATTGTCTGGTCAAGGGTGTGTGGGGAGGGTGTGGGGCACCAGGAAGGTGGAGGGAGTTTTCTACAGTGTATcaaatacagaaaatttcaaCGAAAACTGAAGCCAAAGCATCATCACAACGGAATTCTGAGGGGGTTATTCTGGGcatcaagtttatttattttttacacccAGAAACTGTGGGATTGAATTTGACATCAAGGTTTCTTCTGTTCCAGTAACTGCTTTGGATTAAGTCAAAGATGCAGTACTTACAGGATCAGCTGAATTTATGGGATGCCTCCTTTCTTGAAGCCCAACAGCAGACCTAAGATCAGCATTTAAAACTTTTCTCCAAATCTTTGTCATTATATGCTAAGACCACACCAGATCAGGAACTATACATATGAATTCAGTTGGTTCAGCTGTATATCAGCTTGGCAATGAAGCCCATAACATCCAATATTCAGTTTTCCATCAAGTATGACGAAGTTAAATGTCTATTGCATGTGTTAAGTAAACGGCAAATGTATGTAAATTCTGAGGATTGACAGAGGCTGAGATTAGAGGGTGTGACATCCTGTACTGAACACAGAGTCAATAAAGGAGTGATGAATGGTCAATATTAAGGAATTCAGAAAGCAAGCAGTTggagtaaatataaatgtgatttAAGGACAGAGACTACAAGAGAGAAATGAATCTTTACACAAAAATAGAGTGTTTGGATTCACTCCATACtacaatgttgttgttttttcttatttagccttttaaattaatttaaaaggctaaataagaaattaacttaaattcatataaattaaCCTAAATTGATATTATAGTTACTGcattttaatggtcttaaacTCAAATTCATTCAGCAATCTTTAAAGTGAGACtggaattttttattatattaaatcttTCCTGGTGAGCACAAACTGccttttcaaaaataaaagaggGATGCAGGAGATGCTCGGAGCAGGAAACAAGTCACGGCAGTGAAGTGCTCTTGTCCCTTTCTCTGAAAAGCTCTCCAGATAAAAAGTGGCTCACTTTAAATACCATGTTACCTCATGTATCAAACCTTCAATTCATTTCTTCCTTCTAAACCTGATCCCAGGTTCTTTCACATGATGGGAGAAAAACCTCAAGAGAgcaataagaaattaataattaaaaaattataatattaatgttaaaattttatttttcttaggTTGAACATGCTGCCACCACCAACTTCCCTAAGCATCTGCTACACGATTTAGCCTTCTATATGAGACAAATTACTTCTGTTCCTTCTATTCAACAGCCTGCACTTCTGCCTAGTTTCCACAACAgcctttgtctttttaaaaatctttacacAATGTTTTGAGTAAGAGCCATTGTTCCCTGAACTTACAACTCCAGGAATCAGTCAATTCAGGGAAGAGGCTTATTTTATGCTAAgttcaaaatgttttctttatgttcttGATGAAATTGTGTCATCCAAATTTTCATTCAGCCCTCAAACATGTGGAGACTTACCTAAAACAGAGACTTTCTTCAGACCTGCTGGAACTCTGACCTCTCAACTTTGACCTGGAACAGAAGTCATCATGCCCCATGCAAAACCCCCAGATCACCCTGTGACGATGATGATACCATTTACTCCTGTGTTACTGTCcttatattgtgttttatatcaCTGTATTCATGTCATATAAATGGAGATCATAATAGTCCATGCAATAAGCAGTGCCCTCAGTGTCTATATAACATTGGGAAATGAAAGCCAAAAACTGATCCCAGTAAGCACAGTCTCTTAATTTCTATACCTATGACTTCAGACATATGCACCTCTGTACAATGTGCTGTAAGGCACAGATACAGATGAAATATCCTAAAAATACTTGTTTTATTTCGAAAAAGGTAAACGTAAACCGTGTCACCATGTAAAACTGTGTGTAGTGTGGATTATGtctgtgaaatgtgtgaaaggTAGAAGGGTAAAAAAATAGCCAACTACATCATTACTAATGCTTTAGACATTAATGCTGACCCACCACAGATGGAACAGGTTGGGCAAGGACATGTGAAGGTTTCCTGTCAAACCAACTGTGTTTTTGAACGTCTAATGTGCCATCATGTGTAATCACAGTCTACAGGACTGttcagacagtggtgctgggAAACTTGtcccatatttaaaaaaaaaaacaaaacaaacaaaaaaaaaaacaacacacatttaaatgattGGATTATTGCACTTGTATGAATTTTCCATGTCACCATCCTTTAGAAAACCGATTCCCAACCCTGGTCTTGGAATACTTcatgtcctgcacattttaatgttttccctgctcccaacacatTTGATTCAACTAGTCAGCTAATAAAGAGCTCTACATACGTTGACATGGGTGAGCAGGGAAAGCGCAAAGTTGTGCAGGACCAGGGCTGGTTGGTTCACCAAGAAGCAGTGCTGTGCTGCCCTCTAGAGGGTTTGGGTGCAATGAAAAGCCTTTGTTTTGACCAGCACTACTTAAGAATACTGAAAGAATATCTGTTAGTCCCCACGCCGGATGTAACATATGTGATAAGACATTAAGCCACTGCTGATCTATGATATCGGCCGAACCTTCCCATGGCTGCAAATGAATTTTGCTGTCATTTCACTGCATAACAGCAAAATTAGCATCTAATTGATCAATAAACATGAGTTGGCAATTCAATGGAGAACACAGTCTGGCAACTGAGAGTTAAGGGACATGGACAACAAAGCTGAAAACCAGACCAAGAAACACAGTAGGTTTCAGGTACATCAAGTTTTAGAGTCCTTAAGAACTAATTTATATAGCTACCCTAAAATGCCATGGTCATTTACTGTTGAGATGTCTATTCTAGCAACTATTAATTAAATTTCAGGGTTTAACCTTGTTATTCTATTCAAGTCCTTGTCGTAGCTTGTCTTTAAATGTCTGAGATTATATTGGTCTTCATGTGGTCAAGTAGGGGTTCTGGAGGAAAAATGGCCACTGTTCCTGTCAATGAAAATGTCTTCGTGTTTACTGAAATTCCATTTttgaagttctttttttttctctcttgctgtgttagcatgtttgtgtttaaccAATTTTCAATAGACACCTGGAAAGCAAGGTTCTGACTGTAGTGCTTGTTTAATAAACAGTTGCTGACTTTT
>XR_004579363.1
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Function

symbol description
zwi Located in myelin sheath. Is expressed in nervous system.

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU246197 False 2368 lncRNA 0.43 3 8752715 8759793
TU246198 False 1983 lncRNA 0.43 3 8754701 8772476
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XR_004579363.1 False 3199 lncRNA 0.38 2 8753247 8759792

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC113528522 nxph3,LOC107660556,LOC105012985,LOC107754835,LOC107590800,LOC107710880,LOC107568907 coding upstream 267771 8454003 ~ 8484944 (+)
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LOC113528069 NA coding downstream 124142 8896618 ~ 8902677 (+)
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G208004 NA non-coding downstream 79327 8851803 ~ 8874292 (+)
G208105 LOC107552474,LOC107739385,LOC107754658 non-coding downstream 209551 8982027 ~ 8983311 (+)
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trnas-cga_1 NA other upstream 744304 8008186 ~ 8008411 (+)
G207480 LOC107834952 other upstream 899206 7853191 ~ 7853509 (+)
spsb3a spsb3,spsb3a,LOC107689049 other upstream 1430750 7309207 ~ 7321965 (+)
LOC113528597 gjc1,LOC108412533,LOC107754260,LOC107731105,LOC107567456,LOC107653474,LOC107570945,LOC107690314 other upstream 1620748 7108178 ~ 7131967 (+)
eftud2 eftud2,LOC107690313,LOC107731090,LOC107653466 other upstream 1650500 7084441 ~ 7102215 (+)
asphd1 asphd1,LOC107568490,LOC107755186,LOC107552472,LOC107739384 other downstream 177990 8950466 ~ 8958100 (+)
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rapgefl1 rapgefl1,LOC107717207,LOC107662398,LOC107740631,LOC107667751,LOC107585050,LOC106600822 other downstream 1171830 9944306 ~ 9987773 (+)
G208781 cacng4b,LOC108259704,LOC106606650,LOC107565862,LOC107691234,LOC106601773,LOC107724746,LOC107713946 other downstream 1576926 10349402 ~ 10781459 (+)
cdc42ep4a LOC108256079,LOC108432235,LOC103033379 other downstream 2507604 11280080 ~ 11388020 (+)

Expression


Co-expression Network