G208488 (col1a1a,LOC108279263,LOC107585052,LOC107740634)


Basic Information

Item Value
gene id G208488
gene name col1a1a,LOC108279263,LOC107585052,LOC107740634
gene type non-coding
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047607.1
NCBI id CM018553.1
chromosome length 26458119
location 10039409 ~ 10061965 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>TU246973
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tgagaaaaaaacacacacgcttAAAGTGGTTTATGTAACTCCTTCTCAAGACATTCATTCGATGTTTATACTCATCTAATGTCTATTCACAATCTTCCCGGTCTTATTTCTTATCCCAAGCATGCTTTGTTGTAAATTTGGAGTGTTTAGGCTACcaatacctacacacacacatatccaaaGCATATCTGAAGAGTTGTCATGCTCAGCAATTGTGCTGTCCCTGTTCTCCTGCCTGAGCAGTTAGGAAGGTGATGTTAATGTGCAGATGGTAAAAGCTGTAGCTGCAGGCTGTAGATAGCGCATGGCTGGGTGGAGGCGCGCGTCTCCAAACCTGCACCAACTTGCCTTCACAGGCTCGAGCTCGCAAGCACGCAAAGAGGGTCACTGGGGGCTAGTGCACCTCAAAACCACAGCCTATTCTGCACTTCTATCACATTTAACATGAGCTATTCACAAGCACCAGAAAGAGGAAAACACTGAACAAAGAGAACAACTCTGCAAGTCCAGAGGAGGCACTTTCCCACTGGGGCCTCTGCATTCTGCATCCTGGTTATAGCATCGCTTTTCCTCAGTTCAGATAggtagagcaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaagaaaaagaaaaaaaaaatggaaagaaagaaagttataCTCACGGTCGTCCTCGCCTTGTCCCCTTGCTAAAAGCACTGTTGCGCTGAGCAACAGCGCCAGCCGGATATCCACAAAGCTGAACATGTCTAAATATTAGACATGTAGACTCTTTGAGGCGAGGGaagttctcttttttctccctttagACTCCAGTCATACACAGTAGGGTCCGGTCTCCTCTGATTCCAGTGCGGACCCCAGCAGAAACTCCCTACTGCCCAAGCAAACTTTTTGCCCAGGCTTTTATACTCCAAAGTTTTGGGGAGGTGCCGG

Function

symbol description
col1a1a Predicted to be an extracellular matrix structural constituent. Acts upstream of or within several processes, including bone mineralization involved in bone maturation; fin development; and fin regeneration. Located in cytoplasm. Is expressed in several structures, including head; integument; myotome; pectoral fin; and vertebra. Used to study osteogenesis imperfecta and osteogenesis imperfecta type 3. Human ortholog(s) of this gene implicated in several diseases, including Ehlers-Danlos syndrome arthrochalasia type 1; aggressive periodontitis; bone disease (multiple); cutaneous leishmaniasis; and dentinogenesis imperfecta. Orthologous to human COL1A1 (collagen type I alpha 1 chain).

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
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TU246974 True 22062 lncRNA 0.41 6 10039409 10061965
TU246978 False 20928 lncRNA 0.41 9 10039409 10061965

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
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asphd1 asphd1,LOC107568490,LOC107755186,LOC107552472,LOC107739384 other upstream 1081309 8950466 ~ 8958100 (+)
trnas-cga_1 NA other upstream 2030998 8008186 ~ 8008411 (+)
G207480 LOC107834952 other upstream 2185900 7853191 ~ 7853509 (+)
G208781 cacng4b,LOC108259704,LOC106606650,LOC107565862,LOC107691234,LOC106601773,LOC107724746,LOC107713946 other downstream 287437 10349402 ~ 10781459 (+)
cdc42ep4a LOC108256079,LOC108432235,LOC103033379 other downstream 1218115 11280080 ~ 11388020 (+)
luc7l3 luc7l3,LOC107674472,LOC107726809,LOC107654661 other downstream 1505154 11567119 ~ 11577823 (+)
tbc1d16 tbc1d16,LOC107559246,LOC107689993,LOC107670685,LOC107562324 other downstream 1987442 12049407 ~ 12086058 (+)
LOC113528416 LOC108275780 other downstream 2073304 12135269 ~ 12140371 (+)

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