LOC117598752


Basic Information

Item Value
gene id LOC117598752
gene name NA
gene type misc
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047607.1
NCBI id CM018553.1
chromosome length 26458119
location 14988086 ~ 14991450 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>TU250373
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>TU250374
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>TU250376
AGCAGATCAGGGTAGAGTAGCACAGAGGGTGGAGTATGAGTTCACTAAGATACGGATAGTGTTTTGAGATTAAAGCGAGTGAGAAAGCATGCTCATGTAATCCAGGACACGGAGCCGGTGCGGGAGCTGGCGGTTGTGGAGCAGCGCGCGCTGAACCGCGGCTTATGGCGGGACTCTCGTGCCTGGTGCTCCGCTTTTCGGGCTCCGCAGGTCGGACCTACGGCGTGTTTTCTAAAGGACTAACGAGGACTTTGTTGATCTTTTTTGATCTGGCGTGGCGTCTCCGCATCCGATTCCCGTATCTCTACCTCATCGCCTCCATGATGTTTAACGTGCGCttacagGTTCACATTGAGATACATTAATTCACGATCTTCCGTTAACTGAAGTGTCATCATCTCTGGACCAGAAGGCTcatatgctgctgctgctgcttcagaAGTCAGCTGAGGCCAAAAGGATCCCCAGTACTGGAAGAACTATGGACACATACACAGAGGCAAAGCTGAAAACGTACCTACACTGTTTCCCCACAGGATAGTGTACAGAAGACGCTCTAGTAGCTCCACAAAAAAATGGGAGTCTTGTGGGATTTTACAGCCGGGCATCTCATACAGCGGCTCGCTGCTGACGGCCGTGGATTTGGAATGGAAATATTTGAGTATTTGAATATAATAGTGTGTTCTGTAACACAATAAAGTAAATGTTGGACATTTCAGGGAGATGTTACAACCTTGGCTCACTTGTAACAATCACAAAAGTGACCAGTTTTGGTTTAGGGAAATgtttattgcctttttttttaataggtcCACTACAGCTCTGAGATGAGTTCGCCTCTTAATTATAGAGGCTTTATCACTGTTGCAAGATGCACACATACTCTCACATGCTCAGTTTGTAAAAGGTCAGGGGAGTTTTTGTTGATTTGGTTATGTAGCACTTGACTGATCTCGCACTTTCGCCGCATGCCACTGAATGTGCTGATTACAGACAGTAATGACTTCTTCTTGTTTACCACTTAGTTTATAATAGAGCCTCTCATGGGATAtggtttttaaatgtacataagGTAACATCAGATTTGtgggttgttgttttgttttggtttttttttcagcacaaatggcatttttctttttttgggatTAGTTAAGCAAAATGTTATGGCCTATATCCTGCAGTAGCCTATAATTTACATTGAAACACACCTTCATAATTACCAAAGGATATtggcacattttaaaacaaagagtCTACTTCGGATTTTGATACAAAAGCATGTCAAGAGGATAAGTTTTAATTGTGGATGCAAAAGATGATTCAGGCAATAGGGTGGcatgaaaaaaaactttagttACAGTCCCTATTCTACCGTTTTACCTCGTGTTGATGAGATGGACTGTTTTGGATGAGTAGTGCTCtgatgtttattaacatttttttttttcatttataatatttttaaagaatgccACAGAACAATAATCCCATCATTTTGTCTGATGGGTTCCACtaattattagtttttattttctgtaaattgCAGTCTTGCCTCCTG
>TU250378
CGCATATCCAGCCTTTACGGTAACCGGAAGTGCGTCTCCCAGTATTTGCTCCGGGTCGAGCAGATCAGGGTAGAGTAGCACAGAGGGTGGAGTATGAGTTCACTAAGATACGGATAGTGTTTTGAGATTAAAGCGAGTGAGAAAGCATGCTCATGTAATCCAGGACACGGAGCCGGTGCGGGAGCTGGCGGTTGTGGAGCAGCGCGCGCTGAACCGCGGCTTATGGCGGGACTCTCGTGCCTGGTGCTCCGCTTTTCGGGCTCCGCAGGTCGGACCTACGGCGTGTTTTCTAAAGGACTAACGAGGACTTTGTTGATCTTTTTTGATCTGGCGTGGCGTCTCCGCATCCGATTCCCGTATCTCTACCTCATCGCCTCCATGATGTTTAACGTGCGCttacagGTTCACATTGAGATACATTAATTCACGATCTTCCGTTAACTGAAGTGTCATCATCTCTGGACCAGAAGGCTcatatgctgctgctgctgcttcagaAGTCAGCTGAGGCCAAAAGGATCCCCAGTACTGGAAGAACTATGGACACATACACAGAGGCAAAGCTGAAAACGTACCTACACTGTTTCCCCACAGGATAGTGTACAGAAGACGCTCTAGTAGCTCCACAAAAAAATGGGAGTCTTGTGGGATTTTACAGCCGGGCATCTCATACAGCGGCTCGCTGCTGACGGCCGTGGATTTGGAATGGAAATATTTGAGTATTTGAATATAATAGTGTGTTCTGTAACACAATAAAGTAAATGTTGGACATTTCAGGGAGATGTTACAACCTTGGCTCACTTGTAACAATCACAAAAGTGACCAGTTTTGGTTTAGGGAAATgtttattgcctttttttttaataggtcCACTACAGCTCTGAGATGAGTTCGCCTCTTAATTATAGAGGCTTTATCACTGTTGCAAGATGCACACATACTCTCACATGCTCAGTTTGTAAAAGGTCAGGGGAGTTTTTGTTGATTTGGTTATGTAGCACTTGACTGATCTCGCACTTTCGCCGCATGCCACTGAATGTGCTGATTACAGACAGTAATGACTTCTTCTTGTTTACCACTTAGTTTATAATAGAGCCTCTCATGGGATAtggtttttaaatgtacataagGTAACATCAGATTTGtgggttgttgttttgttttggtttttttttcagcacaaatggcatttttctttttttgggatTAGTTAAGCAAAATGTTATGGCCTATATCCTGCAGTAGCCTATAATTTACATTGAAACACACCTTCATAATTACCAAAGGATATtggcacattttaaaacaaagagtCTACTTCGGATTTTGATACAAAAGCATGTCAAGAGGATAAGTTTTAATTGTGGATGCAAAAGATGATTCAGGCAATAGGGTGGcatgaaaaaaaactttagttACAGTCCCTATTCTACCGTTTTACCTCGTGTTGATGAGATGGACTGTTTTGGATGAGTAGTGCTCtgatgtttattaacatttttttttttcatttataatatttttaaagaatgccACAGAACAATAATCCCATCATTTTGTCTGATGGGTTCCACtaattattagtttttattttctgtaaattgCAGTCTTGCCTCCTG
>XM_034309689.1
TACGGTAACCGGAAGTGCGTCTCCCAGTATTTGCTCCGGGTCGAGCAGATCAGGGTAGAGTAGCACAGAGGGTGGAGTATGAGTTCACTAAGATACGGATAGTGTTTTGAGATTAAAGCGAGTGAGAAAGCATGCTCATGTAATCCAGGACACGGAGCCGGTGCGGGAGCTGGCGGTTGTGGAGCAGCGCGCGCTGAACCGCGGCTTATGGCGGGACTCTCGTGCCTGGTGCTCCGCTTTTCGGGCTCCGCAGGTCGGACCTACGGCGTGTTTTCTAAAGGACTAACGAGGACTTTGTTGATCTTTTTTGATCTGGCGTGGCGTCTCCGCATCCGATTCCCGTATCTCTACCTCATCGCCTCCATGATGTTTAACGTGCGCttacagGTTCACATTGAGATACATTAATTCACGATCTTCCGTTAACTGAAGTGTCATCATCTCTGGACCAGAAGGCTcatatgctgctgctgctgcttcagaAGTCAGCTGAGGCCAAAAGGATCCCCAGTACTGGAAGAACTATGGACACATACACAGAGGCAAAGCTGAAAACGTACCTACACTGTTTCCCCACAGGATAGTGTACAGAAGACGCTCTAGTAGCTCCACAAAAAAATGGGAGTCTTGTGGGATTTTACAGCCGGGCATCTCATACAGCGGCTCGCTGCTGACGGCCGTGGATTTGGAATGGAAATATTTGAGTATTTGAATATAATAGTGTGTTCTGTAACACAATAAAGTAAATGTTGGACATTTCAGGGAGATGTTACAACCTTGGCTCACTTGTAACAATCACAAAAGTGACCAGTTTTGGTTTAGGGAAATgtttattgcctttttttttaataggtcCACTACAGCTCTGAGATGAGTTCGCCTCTTAATTATAGAGGCTTTATCACTGTTGCAAGATGCACACATACTCTCACATGCTCAGTTTGTAAAAGGTCAGGGGAGTTTTTGTTGATTTGGTTATGTAGCACTTGACTGATCTCGCACTTTCGCCGCATGCCACTGAATGTGCTGATTACAGACAGTAATGACTTCTTCTTGTTTACCACTTAGTTTATAATAGAGCCTCTCATGGGATAtggtttttaaatgtacataagGTAACATCAGATTTGtgggttgttgttttgttttggtttttttttcagcacaaatggcatttttctttttttgggatTAGTTAAGCAAAATGTTATGGCCTATATCCTGCAGTAGCCTATAATTTACATTGAAACACACCTTCATAATTACCAAAGGATATtggcacattttaaaacaaagagtCTACTTCGGATTTTGATACAAAAGCATGTCAAGAGGATAAGTTTTAATTGTGGATGCAAAAGATGATTCAGGCAATAGGGTGGcatgaaaaaaaactttagttACAGTCCCTATTCTACCGTTTTACCTCGTGTTGATGAGATGGACTGTTTTGGATGAGTAGTGCTCtgatgtttattaacatttttttttttcatttataatatttttaaagaatgccACAGAACAATAATCCCATCATTTTGTCTGATGGGTTCCACtaattattagtttttattttctgtaaattgCAGTCTTGCCTCCTGCCTGCAAGTCAATTCAGCTGTTTTTAAACAACAGAAAATGGtactttaaaatgtctttaaatatgATATGGATTTTcttgtttgtcttttgtcagtgcattattttaaatgtgcaatTACTTTGAACAGCAAGCATAAGTAATGTAAAAAttagaaaacaataaaagaatGAAGATCAA

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
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TU250378 False 1619 lncRNA 0.42 2 14988086 14991269
XM_034309689.1 True 1783 mRNA 0.40 2 14988101 14991448

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
stk19 stk19 coding upstream 9080 14974576 ~ 14979006 (+)
zgc:112148 tvp23b,LOC105899270,LOC108437154 coding upstream 46992 14935237 ~ 14941094 (+)
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zgc:158403 zgc:158403,LOC108258290,LOC108441004,LOC107718630,LOC107553678,LOC107661656,LOC107695678 other upstream 1494144 13464085 ~ 13493942 (+)
znf653 znf653,LOC104961106,LOC107553636,LOC103393609 other upstream 1542400 13435381 ~ 13445686 (+)
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arhgap17b LOC108279379,LOC108432202 other upstream 2798016 12158703 ~ 12190070 (+)
G211913 NA other downstream 926767 15918217 ~ 15968759 (+)
LOC113527983 sstr5,sstr2,LOC108260271,LOC103373483,LOC107083133,LOC104918336,LOC102291375 other downstream 1148880 16140330 ~ 16146326 (+)
srl srl,LOC108261333,LOC107695714,LOC107661647,LOC107718567,LOC107553668 other downstream 2095834 17087284 ~ 17113156 (+)
cenpx cenpx other downstream 2707223 17698673 ~ 17733006 (+)
LOC113528485 prkar1b,LOC107661853,LOC107653458 other downstream 3192243 18183693 ~ 18342960 (+)

Expression


Co-expression Network