LOC113528521 (tnrc6a,LOC107719974,LOC107590441,LOC107721518,LOC107654452,LOC107688138)
Chromosome Information
| Item |
Value |
| chromosome id |
NC_047607.1 |
| NCBI id |
CM018553.1
|
| chromosome length |
26458119 |
| location |
19373236 ~ 19455034 (+) |
| genome version |
GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome |
Sequence
>TU253041
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>TU253043
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>TU253044
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>XM_026917118.2
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>XM_034309662.1
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TGAAAGCAGCTCAGGGAGAACCAACTGGCTCGTTCTAAAAAATCTCACACCTCAGATTGATGGCTCCACCCTGCGTACCTTGTGCATGCAGCATGGTCCACTCATCACATTCCACCTGAACCTGCCACACGGAAATGCTCTCGTCTGCTACAGCTCAAAGGAGGAGGCGGCAAAGGCTCAGAAATCACTGCACATgtgtgtgttggggaaCACTACTATCCTGGCTGACTTTGCAAGCGAGGAGGAGATAAATCGTTTTTTTGCACAAGGCCAGTCGATGTGCGTGTCTGCGGGTTGGCAGGCGCTAGCGTCCTCTCAGAGCCGACTCTCGTCAGACGCCTTTTCTAGCGGCGGCGGTGGGGGTGAGCTGCACTCGTCCTCCTCACTGTGGGGGGCACCGAGCTACTCCAGCAGCCTGTGGGGATCCAGCGCCTGCCCTGAGGGGGGCAATCGGCTTAGCAGCCCCTCCCCCATTGCCTCCTTCCTGCCGGTGGATCACATGACAGGAAGCGGCGACTCCATGTAATGCatcaaaatacaacacaaaaaaCCCTGTGACCTCAGCGTGGCATAGCTCATCTGAATCATGACTATATAGATtctttatggaaaaaaaaaaatctaaaggcACTAGTTTCTTCACTTACAagcataataatattaatcacAATAAGGCGGGGTCAACCTGTGGAAGTAAGTTAcgactttttgtttttgatttttttttttttctctctgcacaTATGTCCACTTTGTTTTAgcccaaaaacaaaaacatatcagTGTGAATACTTGAATCATGCAGGCCAATACGATAATGTGAAAGGATGCGTTTTAAACCTTCCAGGTCGTGCTCTTCATGCAGACATACAGGAAAAACTAAATCTTTCAGCTTATTCATGTTTATCTGAATTccagttcttttatttttttatgcgTGTTTGTTTGCTGACAAtgtttgagctttttttttttttttttcttttctttttttttttttttttaactttgcacTGAATGTGGTTTTTCTCAGTATATAACTCTGCAATATCGAGGGAGCCGACAGTTCCAGTGTAGATGTTTACTCAAGGATGTTCTTAAAATGCGTATGTGTgcgtttgtgagtgtgtgtgtgtctgtgtgtgcgcgcgagtgcatgtgtgtgtgcgctctaCTATGCCTTGACGTACGCCTACCTTATCGTGGTATTGTGGAGTCCGAGATCAAGATAAGATGCTGACCTTTAGGATTACCTGATGGTGATATTACACGTTAAATGAGTATTGCACcaatttatctttctttttttgtgtgttttaaaagaaaactaaaGAATTTAGCATTCTGCAGTCTAAAGAAACTGTAGCCACAGCTGTGACTCgcaaaaaaacagcactttgaAGATAGGCTTTGGATTACTTTGGTCTTTTTTGGAGGCGCCACATCGGGTTCCTCTTGTTTACAGACTTTCGAGGGGGGAAACGTACGCTCATTCTTccttcattttaaatgagaaacaaaaaaaatgcacaaaaacctttaaaaaattataaaatgagggaaaaataaataaaaaaatttaaaaataaaaaaagttggaaaaaaaaaaaaaaacctacagaaACCGTTGTGGATGAAGACGATGCGGTGTATCTCTGGGAAATACTGATCAGTGTTCGGCCATGCCGTCGGTTATTTGATGTATTCCTGTCGTCTGCTCAATAACCAGCATGGTTCTCAGGAAATATAGCCAGTTTTTCCCCCTCAAATAAAAACTCCTAATTGTAGGAAAAATCAACTTTTAGCACTGAAATGACTACTTGGAGCTGAGTGCGTTTATTTCTCTGCCAAATACCTGCTTTAAGCTGGAGACATTCTACACACCGCGCTCATCAAACTGCCCCACTCGCTTCCTTTCTCTAAGTCTGCTTCTTGCTGTCCTActcctcttttatttttgctaatatTCTCTTCTTATTACTCTTTGGAATTGTTTGGTCTTTTTTCCTTTATCGTTTATACAGTGGTTTTGTTTCATCTCTAgtcttttccatctttttttcttattctcattcttcttctcctctttctgCGTTTCATTCTTTCTCAGTTTTTCCTGCACCTTTACTCATATTCTACTATTGTTCCTTTTTTGTCtcattgttctttttcttcagtgtttgagtgtggtttaaaagaaaagaaaaagcagaaactATGCATTTCCTGTAGCTCTGTGACGgacttgctttttcttttttaagctcAAGTTTTCCCAAAAGGCATTTTGAAAAGCTCGTTGTAGATTAGCCTTTATTTTTCAGCACCGCCACAGACGGCAGTGTTAGTCTAACTTTTAACAGTCATCTacatttcattaaatgttttttttttttgttttgttttgttttttttttccatccccGAAGATGATGCAACACCGtggctttttaactgtttacaaATCGAGTATGATTGTAATGTGTACAGGTCTCTGAAGTTCTTTTACATTATGGATCAATCTGGCTGCTCGTGTCATTACTATTATCATTATCactatgattattattattattattattattattgtgttttccCTTTGGTTTCTCAGCGCTGGTGTGTCGGTGTGTGAACAGCTGGAGCCTCTGATTGCGCCCTCAGAGGGGAATGTAACCTAAACACACGCGTTAGTCATGTACATAACCATATATCGCATTGTTGATGCACAGAGATGTCAGCATTAGGCGAAGCCATGGaccttaatgtgtgtgtaagctgttTATGCTCCCtatttgcgtgtgtgtatgtgtgtgtgagagagatacaTGTTTAAACCCGTGAGTATTAGCCTTTATTTTGCGACTTTATGCTGAGTGTGCCAGTATTGAACCGTTTTAATAACCGCTTTACCAAATCGACTTTAATCAAAAGCTTCTGCGCTAAATGATTCCacaaatccattaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaccttaaaaaaaaaaatcctaaaatgcCTTGCGATTGCACTTGGTGTGTACAGTCACTGATTAAAGTGTTTGTCCACACAGAGTGTAGCTGTAGAGTGAGAGGAGGattatactctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatctgtctgtccgTCCCCATTACACTCTAACTGTAccccactatacacacacttttactttgtgttgctctgtgtgtgtgtgtccagtccCTGGGGACGCTGttccccttcacacacacacacttccttgaTGTGTGGTGCTCCAAacttttgtgtgtgcatgcaggtATATGTCCACAGTGTCCGTTACACCTCACCCAACTGTCCATGACTACAGTACTCTTATTTAGCCTCTTCTAAATCCTTATTTGTTTgcaatgggtgtgtgtgtgtgtgtgcgcgtgcgtgcatgtgtggaAAATgctcaacaattacacacatctgCCTAGGCATGACTTTTCCGTGCGTGTTTTCTTACAATAATGCAGACTTAATGATTGTGAGTGTTGGTGCTGgtttgttcagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtttgcttcctCTTTATGTTCATGTATTGCTCAGTCTGTCAGACTCTGTGCAGTGTTAATTCCACTTCTCATGTGCATTTCTGAATACGTGCTTTGTTTTGTGCGAGTGTGTGGGTTCTACCCATGTCGTCTtcactgtatgtgtgaatgaaCAGCTATGGATCTTCCTAGACTCCGTgtcccagcacacacacttcctttaaTGTGTattgttcctgtgtgtgtttcaccacAGTCTCCGTTACACTCATTACACTCTAACTACATGCGTCCATTACTACACTGCTGTTTATCCACCCAgtacattttttgtgtgtgttaatgtggagAAAAATCCTCTCTGAGCTTTAACAATTGTTCTAATTTGCGCTCGTTTCCCCCACAACTAGCTGACTGAAATAGAACAGGGGGGAGGGGGGCTTTAGCCACTGAGTTTCTTTCGTTTTCATTTTGTCCTCTTGTATATGCGGTGTTTATGTATGAATGAGAAAACAGTTCTGTAATCCACTGTCATGCCAAATCTAGGGAGGGAGTGCAGGAGGAAAGGGATTACTCTTTAAAAGCtggaatgtgtatgtgtgtgtttatgctaaCTGGATGGCAATGTACAATCCCCATAATGCATAATGGCAGCCGGGTAAACGGGGGTGGGAAGGGGTGGAATCTGGCATAGACATTCTACTTTTGTACTGAATGATTTGTTTCTAATTGATCCTGTGAGCAAATCatcgcagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatttttatttctttttaaaaaaaaaaaatcgttccTACTGTTTGCAATTTTCGACTTTAAACTGTGAGAGCGTCTCGCCGTCGGTTGTTGTCGTTCCGATTCTCGATTGACAAAACCCTAAAAGCTTTAGAAAAAACCAGCACAAAGAGGCCGAACGAGAAACTCTTCCACCCTGGAGAACATTCGGAGAACGTCTATGCAGCGAAGGACGAGGCTTCCATTAGAATAATCTGTGTTTatgcttaataataaataaaataaaataatcccaAGTGGaatttaagggttttttttttaaaaataattaaaaaaatccttcaaACGCACGTGCCATGACTGACATCcgtatttttttgtgttttcttctccAAAAATAAAGCGGGCCAGTTGTAGCAGACTTTGGAGCATTATTAGCgttaatgttattgttaaatattaattcagCGACTTCATGACACTCCTCAGCggcaaaaatgtacacaaaaaaaaagttttaaactgAAAATACACCATTCTGGTTTTATGCTCACACAATGCGCGCATCCTTGATATGCACACTGCTTCGCTAGgactgtttttgaaaaatacaaagatttaAACGTCGCAGAAATGACATGAGCGAGCAGGAGGTCTCCTCAGCATTCCTGCTGTCGTCGTTAGCATCAATGTGTTTAGCTTGGGGGAAACTGCACTTTTTGAAGGACAATCCTTATTTGTAACGGTCATTGTTAACAATATTTAGTCGACGAATAATAACGAGAACACAAGGTAGAAACTCTTGTAGTGATGAATGTTTCCTCTAacgctgtttttattttcctctttgttGCTTGGTTTTCGATTTTAGTGCCCGATTTAAGTGGAATAAAGCCGTAGAGTAGGtttttagctctttttttttttttttttgttgcctcTACTTGTAGACTGATTAACTGTTTGTAATGTTCTGATCTTAATATCAGAATACAAAGCTGTATAAACTCGGGTGCAACccgcaataaataaataaaaagtctaaCATTGAA
Function
| symbol |
description |
|
tnrc6a
|
Predicted to enable nucleic acid binding activity. Acts upstream of or within nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening. Predicted to be active in P-body and nucleoplasm. Human ortholog(s) of this gene implicated in familial adult myoclonic epilepsy 6. Orthologous to human TNRC6A (trinucleotide repeat containing adaptor 6A).
|
GO: NA
KEGG:
| id |
description |
|
K18412
|
TNRC6, GW182; trinucleotide repeat-containing gene 6 protein |
RNA
| RNA id |
representative |
length |
rna type |
GC content |
exon number |
start site |
end site |
| TU253041 |
False |
4155 |
lncRNA |
0.39 |
2 |
19418068 |
19422256 |
| TU253043 |
False |
4151 |
lncRNA |
0.39 |
2 |
19418068 |
19422256 |
| TU253044 |
False |
410 |
lncRNA |
0.38 |
2 |
19373236 |
19422256 |
| TU253047 |
False |
416 |
lncRNA |
0.43 |
4 |
19378888 |
19455034 |
| XM_026917118.2 |
False |
10339 |
mRNA |
0.46 |
22 |
19378853 |
19422393 |
| XM_034309661.1 |
True |
10432 |
mRNA |
0.46 |
23 |
19378853 |
19422393 |
| XM_034309662.1 |
False |
10385 |
mRNA |
0.46 |
22 |
19378853 |
19422393 |
Neighbor
| gene id |
symbol |
gene type |
direction |
distance |
location |
| ndufab1b |
LOC108258021,LOC102794063
|
coding |
upstream |
11072 |
19355856 ~ 19362164 (+) |
| dctn5 |
dctn5,LOC107579625,LOC107590401
|
coding |
upstream |
24812 |
19340379 ~ 19348424 (+) |
| caskin1 |
caskin1,LOC107654476,LOC107721515
|
coding |
upstream |
102327 |
19140426 ~ 19270909 (+) |
| suz12a |
LOC108278724,LOC108436970
|
coding |
upstream |
275468 |
19082598 ~ 19097768 (+) |
| rab11fip4a |
rab11fip4,rab11fip4a,LOC108274243,LOC108436969,LOC107601264,LOC107654480,LOC107719982,LOC107688103
|
coding |
upstream |
346710 |
18981873 ~ 19026526 (+) |
| nsfa |
nsf,LOC108260232
|
coding |
downstream |
288961 |
19743995 ~ 19768874 (+) |
| msx1a |
msx1,msx1a,LOC107682425
|
coding |
downstream |
353929 |
19808963 ~ 19810891 (+) |
| LOC113528548 |
stk32b
|
coding |
downstream |
371616 |
19826650 ~ 19842682 (+) |
| LOC113527852 |
stag3
|
coding |
downstream |
405372 |
19860406 ~ 19885555 (+) |
| mcm7 |
mcm7,LOC107716516,LOC107744067,LOC107665623
|
coding |
downstream |
433281 |
19888315 ~ 19900984 (+) |
| G213499 |
NA
|
non-coding |
upstream |
101423 |
19271599 ~ 19271813 (+) |
| G213498 |
NA
|
non-coding |
upstream |
101647 |
19271331 ~ 19271589 (+) |
| G213475 |
NA
|
non-coding |
upstream |
212116 |
19107210 ~ 19161120 (+) |
| LOC117598754 |
NA
|
non-coding |
upstream |
291079 |
19079462 ~ 19082157 (+) |
| G213314 |
NA
|
non-coding |
upstream |
412496 |
18959030 ~ 18960740 (+) |
| G213678 |
NA
|
non-coding |
downstream |
14828 |
19469862 ~ 19471356 (+) |
| G213792 |
NA
|
non-coding |
downstream |
175857 |
19630891 ~ 19631311 (+) |
| G213834 |
NA
|
non-coding |
downstream |
209670 |
19664704 ~ 19706850 (+) |
| G213864 |
LOC108256143
|
non-coding |
downstream |
242970 |
19698004 ~ 19715559 (+) |
| LOC117598770 |
NA
|
non-coding |
downstream |
329379 |
19784413 ~ 19792659 (+) |
| gng13b |
NA
|
other |
upstream |
60018 |
19301354 ~ 19313218 (+) |
| G213491 |
NA
|
other |
upstream |
227996 |
19144074 ~ 19145240 (+) |
| smim22 |
NA
|
other |
upstream |
453294 |
18914726 ~ 18919942 (+) |
| zgc:163143 |
NA
|
other |
upstream |
938708 |
18425179 ~ 18434528 (+) |
| LOC113528171 |
NA
|
other |
upstream |
957889 |
18409841 ~ 18415347 (+) |
| LOC113528458 |
LOC108275785
|
other |
downstream |
418042 |
19873076 ~ 19911732 (+) |
| LOC113528304 |
evc2
|
other |
downstream |
478790 |
19933824 ~ 19953286 (+) |
| G214015 |
lyar
|
other |
downstream |
523280 |
19978314 ~ 19981380 (+) |
| LOC113528520 |
znf518b
|
other |
downstream |
567475 |
20022509 ~ 20173352 (+) |
| nudt6 |
nudt6
|
other |
downstream |
1556740 |
21011774 ~ 21024087 (+) |
Expression
Gene
RNA
