G214753


Basic Information

Item Value
gene id G214753
gene name NA
gene type non-coding
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047607.1
NCBI id CM018553.1
chromosome length 26458119
location 21198542 ~ 21244785 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>TU254255
atatatatatatatatatatatatatatatatatatatacacacacacacacacacacacacacacacagggaagaCGCCATgatagtttatataaaatgttgcccaaaacacaaaacaaaagcacaaggTGCTAAAATAATACTTCCTATAAAAGTTTAAAGGTTAAACAGAAACATCTATAAACTCAGATGCCAGGGTGGAACAATGTGATAAATTCCCAATACGATCACCATATACGACTGTTTACAGCACCTCGGACAAGGGTCTTCGTGCGGAAACGTCGACCAGTGGGTGCGTCTTTGAGTGGAACAGGTGGGTGTGTCCTTAAGcccatatatatattcaaagaTATTTCTGTGTAGGCAGCTGGTGCTCAAAAGGAGCTTATGTATGCACTCAGAGGTAAGGTTTTCTCAGAAGTCACATCAAGCTAGCTCATACAatccagctagctagcattagcagtgattataaacatttgtgaataaaaatcctgtcaggttagctcaggGTAGGCATTATGTTGAAGATTTCCATATTTGGACTCAAAACCACACCCACATCTGCATCTATGTCCAATCAGAGCCACTCTCACTTCCATATAGGCTCAAGGACACACCCACAGATATTTCCATGCTCGATATGATACAGCATCACACTGATTTTATCCTATCCCAGCTAAGTGCTATGAAAGTGTGCccattatttcatcatttcttacattttcattacaaaagcAAAGTCATTGTGTTGTAGCTATATTGCATAAAAGTGATTCAAATATATGATTAATCTTTATATCAAGATTTCCTTAACTGACATGATCCAAACCttgaacttcagcattaatacaccttCAGTAtcattaacaaagtaaaaacCAAATAAGCTaactaatcaacacctacaTTAGGCAATGTTCACACCATCAGTAAAGAAAATTAAGCCAACttaaatacagatataaacaataaacatcttaataaaaattttttttttaaaaaatccaagcAAGCAGAAAGAATTTCTAGCAAAATCTAAATTTTACTGCAACATTGTTTGTCAAGATGGCTTTTTCCCCTAAATGTATGCCAAGCAACAGTAAAAAACATAGTAAGATGCACAATtccagtgaattttttttaacaaacgtCTGTgtaaagtaaacaaacaaattaattcacgtgttaacttattttgttactttgttaataATATTTGTGCTTTATTATAACTGAAGTTCcaggtttgttcatgttaaataaCGGAGTAAAGGGAACCTTAATATAAAGCCTTTccaaaattatatacatacaaaattACTAGAAAATAACATGtgaactgcatttaaaaaataaaaagtacaaatgcTACTATGACGTTAATCAAATcggtgtaaatgtaaatcactcAATCAACCTTTAAATCAATAAACTAGCTAATAAAAAGGTGTATCTCTGGGCCTTTTTAAAGCAGGCAGATTCTAAAAAATATCTGTGGTCAACTTTACTTGTGAATCAATACTCAGCTTTTATGAGCTATTTACAAAGAGTTAAAAAGCAGcatgctttgtttttctttaaaaaaaaaatgctaagcAATTTTAGTACTCGATTACTAGAAGATTAGAAGAAATCTGCATATTTGTAAAGCTTGGaattgattggtcagaagtagTAAGGCCAAAATGCAGACAcatgaggtaactgaggtaatATTAGATTCTTATGATGTACAAATTTTGTAACAAAGCCAGATGAAAACTGAACAAAGGACGCGAAGATTAAACTAGGATTACACAAGAATGTGctgatttaaaatattcagatcataattgtttaattgtttaaaaaaacactgaaaaaagagtAAGAATTCTGTCCACTAAACTTCTCAAACTTTCACAGAAGTGGCATGAACAGAATGAATGTTCCTATGTTAGCCCAAAGCAAGATAGACGTCCGATTTTATCTTTAGATAAGCTGACACTGCCTAAAACCTAAATGGCAAGGTAGTTGGTACACTTAAAGACATCCATGATAGCAATAACGTGTTAAATGTACGTATAATTGATTATACCtaatcacaaacaccaaactACATTCACAAACATagaaaaaacttaaaattatgTTAACTTACAGAAGATGCACTGTGTGATCTATTCTATATCGCGATGGCGCATTGTAAAGTatgtgtggcggcctgggaaaacccttcacatggggAAATTTTGATATTTCCTACTATATATAGCTCTGAAATAGTACAGGGTTTCCTGAACTGAAGTATGTTTCTCTTTCTAGCATTGCTAGTTCTAGTTTGTAAGGTTATCTCcacaaaaaaggaaggaaattaGCATTTTAAGATTTCACTGAGTCCACTGAAAAACAGCATCACACTGATTGTCTagcatttaatttcatatgTAATCATTaagatataacaataatatatatgATCATAAAGACTACATCTATCTTTATACCTGCCTTAATTCATTGCCTAGAGCcattttactgctgtgtttgttaatcTAGCTCCTTATCTACCTAATGTTATCTTTGCTAGGCAAGTTTAGGatgttaataaaattatttctactttttttggggaaatatatttatggtttgtAGTGGCATTTGGCATTGAGGTGCCAAAGTGATATGTAGAAAAACCCAGTTTTAGTCTTAAAACccaatattttgtctatttttcgtctagaattcagccacagtgacatccaatgggttttcccagatcACCAAACATTTATAGAGACTCGGGTAAAATGCTGAACCGATTTTATGACAGAAGGATTTAAAAGTCTGTCTCAAAAACAAGTCTGATTTGTCCtttcaatattttcattaaacaaGAAATgtttacctttatttattttttttttatatgttgcaaGTATCTTGGTTAAAGGAATACCTCCAGAGCAAAACTAAGGAAGCAAATGCCAGACAACAAACATGTCTTGACTGAATGACTACATTTAGGTTAGAAAAACAAGGGAATGATGAGGgaaattttgtacatttcattttttaaaaattttaaatttttttagctAAGTCTTTACACATCTGCTGTACCATAACACATGCAGGAGAAATGATGAGGTTTGGACATGAAAAGCTTTGTGAAAATGCAATCCCTGAGGTCCGGAGACACTACAATGTgggagggacacacacacacacacacacacacacacacacacaaaaccagcactaacaaaAGGCTCTGAATCTGAAAAGGCTGTTAGTGGTTTTAAAAGACTAAGCAATTAATTAAAGAGCTTTCCATTAATTAGCACTGAGAGCAgtacaaaagagagagagagagagagagagagatgcttgTATTGAGGAGCATTAGCACTGAGGTTCAAACTGCAGTTAACTATAGCTGTAAAATTAACAGTGTGTATCATTAACAGGTAGATTTTTGAGGTATGTGTGTCTTGTTCCTACCAGGCATGGCCTATATAAAATCATCACTATATAAATTGTAACTGTTTTCCAATATCATGGCTTCCCTATCACAATTTTGTAGTTTCAAAACCGACTGCACGTTTACTTGTACCTGTTCTCACTGGGCAGCACTTTAATCAGCACTATTGTTTCATTCCCTTTAAGGCTCGGAGATATAGTTTAAGCCGACGTAGTTTGCTCTGTGGAGGGACGCGTGTCGTGCTGCtttctaatttaaaaatctCATCTCAATTTATATGATCATGTTAATAcgtctaatacattatcgtttctattgTAACAATTTACCCAGGGACTTGTACGatggacgttccacataaatggatttaaaaacactgtgGATAAGGTGAGTTTTCCTGTAAGGAGGCGTTTATTTAGcagtttggaaggagtctccagtgtaagcgtttttgtaacagtcagaggtaaagctgtaatttttccAACAAGGCTTTAAGACAGAAGGCTCTGCACTTTCcaatttctctgtaacatgacaagttgcataagtaaaaaaagagaggctggttatgagatggctgtttatagctactataacataagaggaactaacttgtttcattgaCTTTCAACATGTATCAcacaaaatgtaactataaatggaaaaaatgtacGTCACACCTTTCacctttctttaaaaaaataaaacacttacataTAATCAGCACATTCCTGGCTTCTAGTCAAAagtgctttgattttttttttaatgtgacagtgtagtgtaacagtAGTTCACATTTTAGATCTTTAAAGTAGGGATGTACCAAGGCTGAGTATTTCTATTGGCCGATATTGGACTAAACACTGGAATGATATCAAATTTGGCTCCAATTCACCAATCCATTGCAATGATGACTGACCCAACACAAAGGGTCTTAAAAAGACAGCCACATACTGCCTGTGATGTTCCACATACAGATTGCAGGGGGTTACGACAACGTATCTGTTACTGCGACATTCTATGTTTCCTTAACATTGATACTTTGCTACAATGACATGAAGAGTGCGAAAAACTCGAAAACTCAATACTAACTTGCTACTAATGCTGTGGATGTCTTAACTCTGAAGTGGGAAGTCAAAACACAGAATTAGGTCTGTGGACGCCTCagtgttttgtcttttgttcgCGACAATGGAGCCCTGGGTACGTAAGGCTTTGGGAACATAGGATTGCACTCTTAgttactgtatatctgtataataACCTATAGCTGGTACATTCCTACTTTAAACTTTCACTCACACATATTTCTAAATTTCCAGATGTATGTTGTGACCAACAGCAGTTTTCTAGTTAAACCTGAAGATAAAGCTTGTGAGGCAGTTTTGGGTTTGattatgtttgttttgcatCCTACAAACAAACCAGACTAAGGCCTTATATTGTCTCCATAGTAACAACACAGCAACAAGCAACCAAAAAGGTAAAGGGTCTGAGGGAAAGCAACCAATGATATTAACTGCTCCT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Function

GO:

id name namespace
GO:0004806 triglyceride lipase activity molecular_function

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU254255 True 5933 lncRNA 0.36 3 21198542 21244785

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
tlr1 LOC108258270 coding upstream 13692 21181413 ~ 21184850 (+)
LOC113528291 LOC108261075,LOC108434533 coding upstream 116528 21047261 ~ 21082014 (+)
dele1 kiaa0141 coding upstream 154235 21035260 ~ 21044307 (+)
ankrd50 ankrd50 coding upstream 419310 20746708 ~ 20779232 (+)
LOC113528524 LOC108258618 coding upstream 753596 20439441 ~ 20444946 (+)
LOC113527948 NA coding downstream 43695 21288480 ~ 21293794 (+)
sec24b sec24b,LOC108434542,LOC107596339,LOC107731363 coding downstream 56858 21301643 ~ 21328754 (+)
LOC113527892 NA coding downstream 136995 21381780 ~ 21387087 (+)
LOC113527856 NA coding downstream 146118 21390903 ~ 21402724 (+)
LOC117598821 NA coding downstream 160555 21405340 ~ 21430458 (+)
G214731 NA non-coding upstream 12239 21185266 ~ 21186303 (+)
G214723 NA non-coding upstream 35238 21162900 ~ 21163304 (+)
G214694 NA non-coding upstream 40454 21144820 ~ 21158088 (+)
G214548 NA non-coding upstream 271864 20908828 ~ 20926678 (+)
LOC117598998 NA non-coding upstream 345948 20845141 ~ 20852594 (+)
LOC117598756 NA non-coding downstream 112065 21356850 ~ 21359059 (+)
G214798 NA non-coding downstream 123239 21368024 ~ 21368228 (+)
G214800 NA non-coding downstream 161588 21406373 ~ 21464629 (+)
LOC117598826 LOC108277545,LOC108280981,LOC108280985,LOC108277574,LOC108280967 non-coding downstream 169677 21414462 ~ 21416513 (+)
G214802 NA non-coding downstream 182189 21426974 ~ 21448404 (+)
nudt6 nudt6 other upstream 174455 21011774 ~ 21024087 (+)
LOC113528520 znf518b other upstream 1025190 20022509 ~ 20173352 (+)
G214015 lyar other upstream 1217162 19978314 ~ 19981380 (+)
LOC113528304 evc2 other upstream 1245256 19933824 ~ 19953286 (+)
LOC113528458 LOC108275785 other upstream 1286810 19873076 ~ 19911732 (+)
hopx hopx other downstream 95631 21340416 ~ 21349086 (+)
LOC113540568 LOC108280981,LOC108280985,LOC108277574,LOC108277545,LOC108280967 other downstream 237237 21482022 ~ 21513040 (+)
LOC113540569 LOC108280981,LOC108280985,LOC108277545,LOC108277574,LOC108280967 other downstream 269788 21514573 ~ 21565376 (+)
G215015 LOC108275153 other downstream 401295 21646080 ~ 21649152 (+)
G215022 NA other downstream 418299 21663084 ~ 22000809 (+)

Expression


Co-expression Network