LOC113523791 (nacc1,LOC103025552,LOC107577049)


Basic Information

Item Value
gene id LOC113523791
gene name nacc1,LOC103025552,LOC107577049
gene type misc
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047607.1
NCBI id CM018553.1
chromosome length 26458119
location 26257371 ~ 26301906 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>TU257257
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>TU257259
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>TU257262
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>TU257266
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>XM_034309823.1
ATTTCCGTGGTGGTGCCGGCCGTAGCGCCATGGCTCAGACCCTTCAGATGGCGATCCCCAACTTCGGCAACAACGTCCTGGAGTGTCTGAATGAGCAGCGGCTGCAGGGCCTGTACTGCGACGTGTCCGTGGTGGTGAAAGGCCATGCCTTCAAGGCGCATCGGGCCGTACTGGCGGCCAGCAGCGCGTACTTCCGCGACCTCTTCAACAGCGGCGCCGGCAGCAAGGCCCCGGCCGTGGTGGAGCTGCCGCCCGCCGTACAGCCTCAGAGCTTCCAGCAGATCCTGGCCTTCTGCTACACGGGCCGCCTCAGCATGAACGTAGGAGACCAGTTCCTCCTCATGTACACCGCCGGCTTCCTGCAGATCCAGCAGATCATGGAGAAGGGCACAGAGTTCTTCCTGAAGGTCAGCTCACCCAGCTGCGACTCTCAGGGCCTCCACGTCGAGGAGACGCCGCCATCAGAACCTCAGAGTCCCGTTACTCAGACGACCGCCAGCGTCTCGGCCAatgggggaggaggaggaggaggaggaggggtggCGGTCACAGCCACGGCCACCAGTCGCCCCGCCTCCTGCCTCACCCCGCTGCCTCTGGTGTCTCGAGTGAAGGCGGAGCAGCCCGAGGTCTCGCCCTACTCTGTGGTCTGCACTCCTGTGGCGAAGCGTCTTTGGGAGGGCGGGAGTCGGGATGGCACCGGAGCGTCCGGAGGATCCGGTGGGCGCAAAGCGGCACGATTTTCCCAAGAGATGGCGCGCAGTAGCGCAATCCAGCCACAGGGACTGGCTGTGGGATTGGCCGTGGCACCCGGAGGCCACACTGCTAACACTAACGGCAACGGGAACGGTTCCAGCAGCAGCGCCACCCCCGAGGGCACCAGCCCCGGCACCGTGAGCGCCTACGCCAGCGACTCGCCTATCTCTTATCacgatgatgaggaggaggaagaggcgGTGGAGGACGGTGCCGAGGAACAGTACAGGCAGATCTGCAACATGTACACCATGTACAGCATGCTCAACATGGGCGCCGCAGGTGAGACGCCACACGCTAACTTTCAGCACATAATAATGTTTAGCGCGACCCTCTCCGAGAAACTGGAGCTGGTCACAGgaactGGTGTGTTCATCTCCAGAGCTCAGCTGATGAACTGTCATGTCAGTGCAGGAACCCGACACAAAGTCCTGCTGAGGAGACTGCTGGCTGCGTTCTtcgacaggagcaCTCTGGCGAACAGCTGTGGGACGGGGATTCGCTCCTCCACTAATGACCCGAGTCGTAAGCCGCTGGACAGTCGCGTCCTTCACGCTGTTAAATATTACTGCCAGAACTTTGCGACGAGCTTTAAGGAGAGTGAGATGAACGCCATTGCGGCGGACATGTGCACTAACGCTCGGCGCGTGGTGAGGAAGAGCTGGATCCCCAAACTGAAGCTGCTGATGGCCGAGAGTGACGCTTACGCAGGCTTCCTCCCTGACGCCGTCAAGATGGAGGCCGAGGCTCTGGGGGCCGACCCCGCCTTCGAGGCAGCCGATCTAGAGGGCGGAGCCTCTCTGGAGACCACCCCCTCATCCGGCGAATCGCTGCAGGGCGTGGCTGGAGACGCCAGCGCTCTGTTCCAGTGAGTGGGCCTGAATGaagaagccccgccccctgacCCGTGTCCCCGTCTCCGCCCTGCGCCCTGTCTGCGTGACTCTGTAGGTTTAACAGAGacgctttttcttttcttatttcttcctcttttttaatttttttattttttccccaaataacCCATTTTTTTGCACAGAAGCCCCTCCGCTTCTTCACGCTTTATAAATCTGTATATCATGTGACGCTGTTCTGTTTTTGTAGTTCACCTCcatatcttacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacccctcatcAACACTGTAGTCGATTAGTTGAATGTAAACGTCTGCAGCACCACACGCTGGTGTCGAGACTCACCGATTGTATTTAGGTCGAGAGAGTCATAGTCACTGTAGAGAGACGAGAGAGGGAcggacggagagagagagggacggagggagagagagagagggacggacggagggagagagggacggacagagagagggatggagagacagacagaggtgtAGGTGGTTCGTCTGTCTCCAATTTAGAAAGAATTTATTTCCCTCCTCCACTTTCCTCTAAAATTCTGAGAttgaaagcagaaaaaaagaaagaattctgtccattgtgtctgtctctttctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctc

Function

symbol description
nacc1 Predicted to enable DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific; RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding activity; and histone deacetylase binding activity. Involved in negative regulation of transcription, DNA-templated and positive regulation of cell population proliferation. Located in cell junction and nucleoplasm.

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU257257 False 1715 lncRNA 0.41 2 26270887 26301906
TU257259 True 5292 lncRNA 0.43 4 26257371 26301906
TU257262 False 3557 lncRNA 0.40 2 26298324 26301906
TU257266 False 3454 lncRNA 0.44 5 26257371 26301906
XM_034309823.1 False 2327 mRNA 0.58 5 26284544 26296646

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
sgsm3 sgsm3,LOC107737740,LOC107695086 coding upstream 112243 26121034 ~ 26145128 (+)
gtpbp1 gtpbp1,LOC107737742,LOC107554141 coding upstream 139312 26087441 ~ 26118059 (+)
LOC113523788 LOC108276419 coding upstream 225109 26028298 ~ 26032262 (+)
LOC113523768 LOC108276424,LOC108436653 coding upstream 249674 25986792 ~ 26007697 (+)
rac2 rac2,LOC108276437,LOC107561353,LOC108436672,LOC107551172 coding upstream 284405 25956766 ~ 25972966 (+)
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G217170 NA non-coding upstream 111197 26140577 ~ 26146174 (+)
LOC113523785 NA non-coding upstream 170495 26080154 ~ 26086876 (+)
G217175 NA non-coding upstream 184691 26067748 ~ 26072680 (+)
G216515 grin2a,LOC107568390,LOC107685916,LOC107690256,LOC108413991 other upstream 1459693 24797254 ~ 24797678 (+)
si:ch211-157c3.4 LOC108278842 other upstream 1718254 24529679 ~ 24539117 (+)
G216197 NA other upstream 1799367 24457070 ~ 24458004 (+)
rbfox1 rbfox1,LOC107733849 other upstream 1927371 24038908 ~ 24330000 (+)
fbxl16 fbxl16,LOC107738613,LOC107685932,LOC107568127,LOC107733860,LOC107568165,LOC107690242 other upstream 2336968 23894247 ~ 23920403 (+)
ier2a LOC108261286 other downstream 3540 26305446 ~ 26306768 (+)

Expression


Co-expression Network