LOC113527942 (tom1l2)


Basic Information

Item Value
gene id LOC113527942
gene name tom1l2
gene type coding
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047607.1
NCBI id CM018553.1
chromosome length 26458119
location 10872034 ~ 10898540 (-)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>XM_026916141.2
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Function

symbol description
tom1l2 Predicted to enable clathrin binding activity. Predicted to be involved in signal transduction. Predicted to act upstream of or within intracellular protein transport. Predicted to be integral component of membrane. Predicted to be active in endosome and membrane. Orthologous to human TOM1L2 (target of myb1 like 2 membrane trafficking protein).

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_026916141.2 True 5416 mRNA 0.42 16 10872034 10898540
XM_026916142.2 False 5350 mRNA 0.42 15 10872034 10898540
XM_026916143.2 False 5290 mRNA 0.42 14 10872034 10898540

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
srebf1 srebf1,LOC107691218 coding downstream 2950 10847701 ~ 10869084 (-)
nptx2a nptx2,LOC108275595,LOC107665931,LOC107724745,LOC107713953 coding downstream 314234 10546321 ~ 10557800 (-)
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LOC113528015 NA coding upstream 125132 11023672 ~ 11025804 (-)
baiap2a LOC108277336,LOC108432239,LOC107711237,LOC107672452,LOC107670476 coding upstream 175977 11074517 ~ 11145832 (-)
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G208771 NA non-coding downstream 581149 10221710 ~ 10290885 (-)
G209189 NA non-coding upstream 190473 11089013 ~ 11144984 (-)
LOC113528410 NA non-coding upstream 320119 11218659 ~ 11221378 (-)
G209529 NA non-coding upstream 490420 11388960 ~ 11389231 (-)
G209538 NA non-coding upstream 502182 11400722 ~ 11401423 (-)
G209541 LOC108256081 non-coding upstream 504538 11403078 ~ 11476796 (-)
tecpr1b LOC108276900 other downstream 401516 10450724 ~ 10470518 (-)
hoxb8a hoxb8a,LOC108278530,LOC108413053,LOC103044850,LOC107582957,LOC107662386,LOC107585089 other downstream 1139468 9729851 ~ 9732566 (-)
copz2 copz2,LOC108260256,LOC108413159,LOC107740614,LOC107662379,LOC107710054,LOC107585036,LOC107687783,LOC105013247,LOC108246742,LOC106527321,LOC106912034 other downstream 1397556 9464331 ~ 9474478 (-)
prr15la LOC108273894,LOC108412372 other downstream 1452450 9409804 ~ 9419584 (-)
dnal4a dnal4,LOC108261343,LOC108412416,LOC108436609,LOC106591471 other downstream 1668394 9196496 ~ 9203640 (-)
hmox1a hmox1,LOC108432221 other upstream 743617 11642157 ~ 11647997 (-)
zgc:162612 foxd1,LOC108278341,LOC107757501 other upstream 801309 11699849 ~ 11701172 (-)
LOC113528332 hs3st6,LOC102795972 other upstream 1399236 12297776 ~ 12315498 (-)
msrb1a msrb1 other upstream 1435314 12333854 ~ 12339269 (-)
tom1 LOC108260160 other upstream 1647793 12546333 ~ 12559213 (-)

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