tnrc6c1 (tnrc6c,LOC107724432)


Basic Information

Item Value
gene id tnrc6c1
gene name tnrc6c,LOC107724432
gene type coding
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047607.1
NCBI id CM018553.1
chromosome length 26458119
location 18633498 ~ 18697593 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>XM_026917183.2
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Function

symbol description
tnrc6c Predicted to enable RNA binding activity. Involved in gene silencing by miRNA; positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay; and positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening. Predicted to be located in cytosol. Predicted to be active in P-body and nucleoplasm.

NR:

description
PREDICTED: trinucleotide repeat-containing gene 6C protein-like

GO: NA

KEGG:

id description
K18412 TNRC6, GW182; trinucleotide repeat-containing gene 6 protein

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
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Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
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LOC113527984 LOC108258094,LOC103035820,LOC108438916 coding upstream 569837 18062037 ~ 18063661 (+)
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rgs9a rgs9,rgs9a,LOC108278703,LOC108438013,LOC107590386,LOC107721500,LOC107719993 coding downstream 180081 18877674 ~ 18899981 (+)
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G213475 NA non-coding downstream 409617 19107210 ~ 19161120 (+)
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LOC113528171 NA other upstream 218151 18409841 ~ 18415347 (+)
LOC113528485 prkar1b,LOC107661853,LOC107653458 other upstream 290538 18183693 ~ 18342960 (+)
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LOC113528458 LOC108275785 other downstream 1175483 19873076 ~ 19911732 (+)

Expression


Co-expression Network