G13819


Basic Information

Item Value
gene id G13819
gene name NA
gene type non-coding
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047595.1
NCBI id CM018541.1
chromosome length 35600603
location 24614253 ~ 24619949 (-)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>TU16422
aaaaaaaaaaaaaaaaaacccaaagtcCAGAGCATAAAGTTGGTTGCACTTgggaaaatgtaaagaaatattttaatgatgaaAGAGTATTGAAATAGTGGAAATGGTGCAgtggaataattttttttttttttggtcaaatgcccaaaaaaatccaaaaagaaTCTGAGAATCTGTAAGCATATTACTCTTCAGTGTGCTTTTAGGAGAAGAAAAGGGGGTTCCTTTAGGAATCTTTGAGTGGGTTCTAGTTCTGTCAACAGAAACATCTACGTAAAATGTTTAAGCTTTCCCCAGAGCAAAAAACTCTTTAGAAGAACCCTGTAGAGTCTTGCAGAGCCTTAGAGTGTAGTGATATGAGAGCTTCTGCCAaagattttccttttttttttttttcccccacataaGTACTTTTATTctagttgcttttttttttaggaggtAATATCTCACATTTACAATGGGATAAAATGTAAAGTATTTcagatttataccacagccatgTTAAATCTTCTAATCAGAAAATGTGGATTAATGTAATCTGAAAtctaaatttaatattaatgcacttgttttaatatgttattgtttctatagtaacagctcattcacaggaacacTTTATGGTTTTtctggtaacatgacaagctgtgttttttttcctcttattaatttgaagggaaagaaacagagagagacttGTACGGGGGTAACAACATGAATTAatttgtctcatggatgttccataatattaaatgaaactataaatggctaaaaaaacATGACCTGTAGTTtgttagtaaattaaaaattttaattgctgGCAGATCACTTTGGTGTTAGAGGAATTgcggattattttcctatagcagcgcacttcagcatgttttattctttacttattttattccttatctgCCCACACTACCGTTTACTGTCTTCAGTGTTCAGCtcaattttacatttcatttcagtcatcCACTTTTGACTTCCAAAGGCCAACTGCAAAGGGTTCTGATTCACTGTGCTCACTACATGCAGTCAGCTCCAGAGTTATTGGCAATGCCTAAAAAAGGATGTGGAAAAGTATTtcttttaatcaaaataaactTATTCTAACAAAGTACAAAAACACATATTAGGAAATACTACATGTTAAAACTatgtgtcacaattattggcactgCGTGAGTCTGCCGATCACCCACAACTTTCAGAGAAGTCCTTCTATTCGGACTACAGTTAGTGTTATATGATGGGAAATATGATCCTGCATTTGGATTAGTAACTGTAACTAGAATGCTGACCCTtatttattagctttttttttttaagcgtgTTTTACTTGTCACTTAACAAGTGTCTTGGTCAGTGTGAATCCCCAGTGCATTTATCTGCACAGGCAGGATCACCAAATCTGCTTTTCATGGGTGTCAGTTGAAGCTTGAGCATGACTAAAGCAGTATTCACTCCCCACGCCACCCTGCCAGCATTCCAACTTCATCCCCCTGCCATGTTGGATCAGTCATCCTTTGGTTTACTTCCTCACTTTGTTCCAAGTCATGTCTTACCAGAGCAGCAGGcatttcactaaacattttagatGCTAGAATGCATAGACAACAGTcctataagtaaggaataacacatgatggaccatgctgttataagaaaataatccacaccagaGTGGTGTGACACAGCCCCATGCGAAAcagattatatgattttatttagtaatgaatgtctgtgagacaagttagttcctgttatagcagctataataaATAATCGCTCGCTCGCCAgcctctcctgaagttaataaagcaaaaaaaaataaataaataaatcgacGCATCATGTGactaagaaaccagaaagcacaaactcctctctcctgaagactctTCAATGTCTGGAAACTTattggctgttacaaagcactgacacccgAGACTACTTGTATAAATGTTACGTAAACTTATCTTAACAAAAAGTTTCAGTGATTACTGAACAaaaatatcagtgattatacatttttgtttattaaacaacacatttttaaatcttaaattatgtgaagtctctgtgaatgtgctgttactgtAAAAACTATAATGTAATAGAACGatcaaattaatataaacctacgAAAATACTGTCAGAGgcatgctgttctagaaaattaatgcCGACCTTCTCTTTCGAGActtcagctgctctgtgtgtgtataagaccTCTTAATAATTGATGCTTCTGAGTGTTTATAGAGGTTTGGTGGCCAGGGGATCAGGTGTATTCTCATAATCCAAATGCTGAATGATGCACAGATTTAGCGTACACACACAGTAGCAAATTGGCTTACGTATAGTATATTACAATTTATGTTCTGCTAAGAAAACGTTTAAACAGTAGTGAGTCTGTCGTGTCAGGacctcacaaaaacacaaaatcgaAAAACACATTCACTATATGATTATTGTGGTCAGATTTGATCATGATAGGCTTCAGTGTAAATGCACAGAGCCTGTGTAAACCCATATAGATGTCATAGATCTTAAAATGTGCATCTCTAAGCATTACAGCCACATAGACCACAGCGCTTGTgtatttgcagattttttttttctcttttgaacaACCGGCACACTGAAGATCAAGCAGCAAACATCAAGCAAAACACAGTGGGAACCGAAATGGTTTCACATTATAGATTAATTCCTTGCCATGGCAATGAGCACAACAGCGCTGTTACTTTTAAAGCTCTACACAGCCATTAGTGTGTCTCAGAAATCACAGGTTGTCGCAGCACACACAGTCTTAAGTAACAGCTGGCGACACACACCACAGCAGGTGACTGATATAAACATAGCCTGCATTTTGCTTCACAAGCAGAAGCTGTTGAGTTTACAGCTAAAAAAACAATGGAGTTGCACAAAATATTGTAGAGATTAGCTGAGGTCAAATCTTAAGTTTAACCTAAAGTTTAGCTTTAAGCTCACAAGATTAGACCTTAGCTTTAACCTTAAGCTTAAAATTGCAAGCTTCCAGGTTTTGAAAGAAGGATTGTTCACCCAGTACTTTCTCCTATGCTGAAGGTTTCAGAAACTCTTAAGTTTAGGGAAAATTAAGTTGCATTAAGAATAATTTCATTCATCCCTGCTGAAACTCTATCTTGGTGTCACCTCCTACCAGACTGGTACACCATCTTAGCCAGTGGaattttattttccagcttccttattacTTAAGTAAattgatcaataaatgtttattattttctaattgctgtactgttgtgctgttttcaataattattttatttatgatgtaGCATTAATAGAGGTCATTCAcaaactgtttcctgtttatcaGCACCTACCAGCTAGCAAAGATGTTCTGGATCAGCTTAGCCTgaacaagctgtattttttcagCAGAGGTAGCTTAATTTATTCTAAATGCAGTTTAATATAGCAGGGATGGCTGTTGCTCATTAATAGCACATAAGCTACATTGTAATGGTGCATTTTTCAGCATTGGTGTGCCAGATCGAATGCAACTTGatatatatttgattttaaCATTTTCGCCTTACGTTAGCTTGccatatttctaaatatttaacatgGCTTTATTTGTGTCTGTACCAGTCTCAGTCAGAGTAGCAGCAGACAAGCtaatcacaaaaaaatcacagaaactattttattctattctgttttttGGAGAAGAGATTTAATCGGAGCCCTTGTGAAGTTGTAAATCCAGCTGTAAATTATGAACAGGTATTTAAGTGACACAAATCGTTTATTTTTAGCCTAAATGAATTTTTGCCTAAATATAggtgtgttaaatctgtaacctTAGGAAAAATCACCAGTACTAacttaataaatagaaatatatatatataatgtcttctgctatgtgaaattttccattttcttgcTCTAATCGGTAACACCTGGTAACTTATAGAccagcagtggcagctggtggtttttaaaataggggaagcacagctgtctgtctgcacAGCTGTCTCACAGCACTACAAGCCAGCCCGTCAACTTTACCAGACCAAGAGAGCTGAAAGGACCTGTTTTTGCTCCCTGACTTCTGAAGTAAATCAACCTTAGGCATTGGTCTGCCCTCCTGTTTCATTCTCAGTCAAGTAAGGGCATCAAAAGAAAATTAGGTCGACAACATTAGCACTGAAATgctaaatttcactgaaagTAGTaacaactagctagctagacctataaataataataaacaaatacaaataatccaaacaaatacaaataatcaaacagaacttagaatttatttacaatatttttaagttacgaaaagaaaataacaaactgTATTAGTTGTGTAAAACTGTTTTGAATTAGGTTACTTAACTAACCACTACCTGCTCTGTGGGTTTCGTGGTTGACTGACTGACACtgatatgtttacattttaaatattttctgtcaCTTTGCTTATTGTTTCAAAGATTGACAGTTGGTTGCTAGGTTCAGCCCCTTTAAGAGGTCTCTCCATCATTATATGGAGAAGCCAGCCATCtgagtaaaacaaaaaagcatttatGAAGACTAACACTCAGTAAATGTTGAGATATTTTTTCCTATGCACTTTTGTCTTATCACCCATGATAAACTCATTGACTCCCAGTGAAGCTGTTAATCTTTGCTCCATTAAAACAAAGTGTACTTTAATCTGTTATAGGATCCCCTTGAAGCTATGCATCGTGCACCAGGCTGTTCTGTCCACCGAAAACACCTTGTGTTAAATGAACAAACTGTGAGATACTGCAGATATTTTGATTTGCTAATATACTGAATTTCAGTATTGAAGCTTGGTGAATAATATAGAACATTTCATTGccacattttaatgaatttttatgtttgtattttgtaattttgtaatttttcaatATATACACATGGTCCTTTCGAAATGTCATTGTCTTTCTAAT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Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU16422 True 5564 lncRNA 0.35 3 24614253 24619949

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
lenep NA coding downstream 30429 24582501 ~ 24583824 (-)
LOC113542308 NA coding downstream 63765 24547264 ~ 24550488 (-)
s100t LOC108265897,LOC107594934,LOC107714712,LOC107673706,LOC108441953 coding downstream 79758 24532771 ~ 24534495 (-)
LOC113542274 cgn coding downstream 139045 24442387 ~ 24475208 (-)
tuft1a LOC108265940 coding downstream 181287 24419481 ~ 24432966 (-)
si:dkey-246i14.3 LOC108269281 coding upstream 150327 24770276 ~ 24807929 (-)
trim46a trim46,trim46a,LOC108429934,LOC107723477,LOC107714687,LOC107582073 coding upstream 415456 25035405 ~ 25052980 (-)
osgin2 osgin2 coding upstream 698337 25318286 ~ 25333708 (-)
LOC113545493 NA coding upstream 715652 25335601 ~ 25336609 (-)
rps19 rps19,LOC107657656,LOC100689943 coding upstream 901540 25521489 ~ 25527931 (-)
G13783 NA non-coding downstream 222849 24390511 ~ 24391404 (-)
G13782 NA non-coding downstream 226250 24387289 ~ 24388003 (-)
G13748 NA non-coding downstream 295833 24317682 ~ 24318420 (-)
G13752 NA non-coding downstream 344449 24266654 ~ 24269804 (-)
G13725 NA non-coding downstream 386484 24224266 ~ 24227769 (-)
G13834 NA non-coding upstream 94040 24713989 ~ 24718852 (-)
G14303 NA non-coding upstream 443519 25063468 ~ 25065486 (-)
G14315 NA non-coding upstream 479453 25099402 ~ 25101229 (-)
G14333 NA non-coding upstream 525892 25145841 ~ 25148263 (-)
G14435 LOC108266725,LOC108257096,LOC108266736,LOC108266743,LOC108280559,LOC108429918,LOC108429917 non-coding upstream 730470 25350419 ~ 25377539 (-)
pbxip1b pbxip1 other downstream 36006 24561500 ~ 24578247 (-)
LOC113542209 LOC108265814 other downstream 52878 24552298 ~ 24561375 (-)
si:ch211-105c13.3 LOC108265907 other downstream 67412 24535860 ~ 24546841 (-)
si:dkey-92i15.4 LOC108265956,LOC108429986 other downstream 209723 24391530 ~ 24404530 (-)
LOC117596842 NA other downstream 374174 24236292 ~ 24240079 (-)
rps27.2 rps27,LOC107699547,LOC108429942,LOC107582081,LOC106605923,LOC107379597,LOC100304576,LOC100705775 other upstream 642091 25262040 ~ 25266771 (-)
bcam bcam other upstream 775538 25395487 ~ 25487425 (-)
G14258 NA other upstream 780807 25400756 ~ 25404306 (-)
cadm4 cadm4,LOC107714698,LOC107657657,LOC107699529 other upstream 927085 25547034 ~ 25705515 (-)
fxyd7 LOC108429921,LOC103043934 other upstream 1138106 25758055 ~ 25764694 (-)

Expression


Co-expression Network