LOC113542354


Basic Information

Item Value
gene id LOC113542354
gene name NA
gene type coding
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047595.1
NCBI id CM018541.1
chromosome length 35600603
location 22114417 ~ 22132220 (-)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>XM_026939825.2
CATTCATAGTACGTGTTCTTCGCTTTGAGACTCAACTCCTCCAGAGAGATCGTACGATATTTAAAATTCAAGTCTGCCTATTTTCACCCCCTAAATTAAAGTAATCAGTTTGTGAAAAAGATGGCACTTGCTCTCAGTTGATACATAGAATCAGTGCTTTAGTGTTTCTCGGCCCACtggatgattttatttattgcatatcAGTTACATATCTACTGaatttttttggagaaaaaaatcattctttcaTCTGTGGATATATTTTCTTGGCTGAACATTCATAAGTGATTTAAAAGGACCTAAACCAGAGTGGAAAAACCGCCTGACGCATGTCTGGTAAACCAAAAGAACTTCTAGAAGGAGCTGAAAGAAGAGAGGCAGCAGTTTTTACAGTAGCCCTGGTCATTTTACTCTGTTGGACTAGTATCAGAGAGTACTGGAAATTTCCCTGATGTCTAATTCTCTGATGTTCAGCTAATAACAACCTGATGCAAGTGTGCTTGAACAAGTGTTAATAACACTGCTGTTACTGGTCAAAGAACAGAAAAGCTGGTCAGCTGGGACATACTCATCTAAGACAAGTTTGTGACACTCATTGTGAGTCACATTCACCATGGAACCAGTCCTTGATCTCTCCTCCCTCCCACACCAGACCCCCACAGTGACATATGACCCTAAGTCTGAAACTGTGACTTTCCCGAGTGGGGTGGTCTCTGTTGCAGGCGTCACTGTGATAACTGGGGGCACTGAGCTGTCCTGCGGCTCCTGTATGTTGGCCTTTGGGTTTTGGGGCACTTTGGTTGGCCTGAGTGCACTGTGTGTGGGACTGAGGGAGTACTCACTGCTAAACGAGGGCAGTATTTCAAACCTGATGGCTCTGGGTTTGGTGGTCCTAATTATAAGTCTAGGTATTATGGTTGGAGTGTGTGGGTTTCATTTAATCAGGAAGAAGGCAGGAATaatgagaagagagagggaagaaggAAAAGTTGTGCTGGTCTGTGAGGAAGGGCAGAGTGTCGTAAAAACAATGACTGTCTGAAAGGAGAGAAAGCAAAagatgcatgtgtgtttcagcAGACTGATCTCATGTTTCAGTTGCACAATAGATTTATATAGTGCTAACATCTGTGTATTGATATTTTGACATGGCAATAATCCTAATTCAAGACTGCTGAAAACTTCAGATTCAGAGGtttgatatatttattatcagAATGCCCTATATTCATGCTATGACTATTAGATACTGATACAACTGATATTCTGATATTCTTACAGGCTACTTCATCAATCATTTTACCTACTTAATACTACTtctttgtaaatgaaaaaaataaggaatTAAGGATATTTAAGTTTTTACCATaatgattctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctttctctctctctccctctgcacACTAACAGAGAAATTAACACAGGAAATAATTATCTGAATTTCCTGCAAGCAGAGTGGACACATATAAGGATTTCCTGTGTAAACAGTTCTGTCTGAATTCTGACATTAGCTGAgattataaacaataatttcTGTAGAAATACAAATgaatgttggtttttttttaagagaaatatgaaaatagGTCCtccaaaacaatttattttttcttttaatagttAGAACCCTGCTGTATATCCTGTAATCACTATGATATTATTTTAGTAGAAAACCCTGACTATTATGTGAATGCATAAACTGTTGCTTAAGCTTTGTCAGGCTtaagaatttaataaaatatttgtctCCATCTGCTCAGCATTCTTTATGATACTTCACATTTCACCAGCTTATCCAAGTGCTTTTTCCACTTTAAcagagtaataaaatatttccgTTGTTATTCAAgtgaatgatttttgttttaaatgaaggtACCTTAGGTATTTCATGTTAGTCCTGGATAGTCCTGGATTTCTCAGGTTTAATCCTAAACTCAGGCTGTGTaatgtttctgtgcatgttctccccatgtccacatGATTTTCATttaggttctccggtttcctcccacctcccaaagaTGGACTTAATTCCCCCTACTGTAcgtttaactgtgtgtgtggcatcccatccagggcgTATTATCAGGGTAGGCTCTGGTTACACTGCTATCCTGTTGAGCATAATGTGGTTactatgaatgaatgattgaatattattgttttattttactggacTATTTTGCAAAAATACATCGGCATAAGCTCGGTCCGTCTATccaggagagaaaataaagctgTGTCCTAATCAGGAAAGGGTACCTACACAATCAAATATGTTGGAAACAGATATGAGAGCAGCCCTAATCCAAAGGGCACTTCAGCATAAGGAAGTAGACAGTGTCATTACGCAGTCCCAGTGCTGTATAGATCTCAGTGCATTATAGTGCAAATGTGAAACCAGACTACAAAACAAGCCAGAAATCATGGAGAAAGCAATGGTGGTTACTCTGATCATAACTCTGCTAACAGGGTTCAGTCAAGAGCAGAATATATTACCACCAGGACCAATCAATAAGGAAGTAGGAGCAAATGTGCTTTTTACCATAATCTCTTCCCCTGAACCAGTACATGCTATCAGATGGCACTTCAATGGCAGTGAAGTGATCAGGTATATCCCTCCAGGACCTGAGATAGTGAACTCCGACTACCGTGGTAGAGTCTTTCTGAACTATAGTTCAGGAGACCTGGAGCTAAAAGGCCTGAGCATGAATGACTCTGGACAGTACACCATAATCTTAACATTTCAAAGTGGTCTAGGGGTTCAAGACCATATTTTACTGCAAGTTTTTGAGCCAGTGTTTGTTATAAGTATCACCAGCCCTGAGGGCAATCTCATTGAGTATAGCAGTGCCAACTTCACCTGTGAGGGAAATGGCACCATCAGTACTACAGTGTGGATGAAGGAATATGAGATTCTAGCTCCTAGCAGCAGCATCCAATTCTTGGATGACAacagaacaatggtgatcagtccGGTGAAGAGATCAGACAGTGGTAATTACCAATGTGCAATGAGTAACCCTGTCAGCTCTAGCAGTGCCCATTACAGCATTACTGTTAACTATGGGCCAGATGTGAGGATATTTGGTGCACAGACTTTAGAGGAAGGCTCAGATATCCTCCTCCTCTGCTCCCCTGATTCTGTGCCCCCTGCCACTATTACATGGACTGTGAAAGGCATGTCTACAAGAAGTGCAGCCCTGTATGTCACAGAAAACAGTAACCCAAGCGATAGTGGGGATTATAACTGTACGTGCTGGAACAATGTCACTGGGATCACAGCCTCTGCAGTTCAAGTTCTGACAGTGAGAGctgtgtcCTCTAGGCTCGGTCCTGGCGTAGAAACAGGTATTATACTGGGTGTTATTGCTGTCGTGCTGATTCTGGTTGTGGTCATCTATTTCCTCATAAAGCGCTCTAAAAAACCTGCTAAagctgtgagagaaacacctgtatCAAtGACAGCAGATCAACAAACCGATGTAACATCCGGTTATAACAATATGGTGGCAGAAACTCTAAAAAGATCAAAAGAACTCACAGCTGGGTTCACATATCATACGCAAAATGGAAGGTCAAGCCCGCCTCTCTATGAAAACCAAAGCCAAACAACTCCAGCCCGACGGAATCGACCACCATTGCCACAAAACAGGGAGACAAACGATTCAGAGTTGTACTGCAGTGCAATAGTAACTTCTAACAATTAGTTGCTGGCCCTCCAAGACATCAGAGTTTTATCTTTCACTGAAGATggcaaaataattaacaacCATTACAGTTGTCTTTTATCTCATGTTCCTTGTTCTGCAATTTATAGCtaacaaaaatttttaaatttaattgaataaacGATGTAGCAACATAAATAATAAGTCATATTTGtgctatatttttataatactaCACTTCTGATATTGGCAACAGTAAAGCCTATATAAAGCTTTAAgcaagatttttgtttttactttaacaAACAATTACTTCTTTTGCTTCTTATATTTAGTCTTTCCTTAGTGGATTAGAAATGCAGCCCAGGATTCTTCCCCCTGTTCTATTTCATTAAGAGAGGTTTGGTGATAGACAGAGCTGAGCCTGTAGCTTCAGTGATGTGTATCTGGTTCAGTGACCTTTGGTCGTTAAGTGAATAATAGGTGATATTGTAACCGTAAGTGGTATATCAAGACTATCTCGATAACAGCACTGATAACAGGTAATATGGATTGAGTTTACAGGAAAAAGGCAATGCTTTCCGGGCACATTGCTGTGTAATAAAACtcttacagtaaaaaaaaaaaaaaaaagtcttaatttATGAA
>XM_034304402.1
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Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_026939825.2 True 4360 mRNA 0.40 12 22114417 22124619
XM_034304402.1 False 4080 mRNA 0.40 12 22114417 22132220

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
fdps fdps,LOC107673012 coding downstream 3714 22103097 ~ 22110703 (-)
rusc1 rusc1 coding downstream 13323 22087349 ~ 22101094 (-)
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si:ch211-149k23.9 LOC108266957 coding upstream 1212 22133432 ~ 22140874 (-)
atg12 atg12,LOC107692547 coding upstream 8783 22141003 ~ 22143447 (-)
grwd1 grwd1,LOC107692548,LOC107750005,LOC107549456,LOC107737912 coding upstream 23318 22155538 ~ 22161293 (-)
zgc:174888 NA coding upstream 37707 22169927 ~ 22180493 (-)
flcn flcn,LOC107692552,LOC107750008,LOC107549459,LOC107673020,LOC107598420 coding upstream 49936 22182156 ~ 22193202 (-)
G12375 crabp2a,LOC108272314,LOC107598461,LOC107596745,LOC108437453,LOC107673000,LOC107685576 non-coding downstream 154118 21872276 ~ 21960299 (-)
LOC113542638 NA non-coding downstream 176632 21934683 ~ 21937785 (-)
G12377 NA non-coding downstream 184274 21927459 ~ 21930143 (-)
G12373 NA non-coding downstream 255577 21857615 ~ 21858840 (-)
G11974 NA non-coding downstream 579218 21493358 ~ 21535199 (-)
G12498 NA non-coding upstream 200905 22333125 ~ 22334604 (-)
G12639 NA non-coding upstream 557756 22689976 ~ 22690185 (-)
G12641 NA non-coding upstream 558751 22690971 ~ 22691193 (-)
G12642 NA non-coding upstream 559068 22691288 ~ 22691526 (-)
G12656 NA non-coding upstream 617393 22749613 ~ 22753941 (-)
rxrbb rxrbb,LOC108267229,LOC108413045,LOC107596638,LOC107581542 other downstream 839076 21263577 ~ 21275341 (-)
G10832 LOC108267614 other downstream 2290734 19816477 ~ 19823683 (-)
trnaq-cug_9 NA other downstream 2367534 19746526 ~ 19746883 (-)
trnaq-uug NA other downstream 2368477 19745650 ~ 19745940 (-)
LOC117597712 NA other downstream 2411257 19702611 ~ 19703160 (-)
aicda aicda other upstream 554187 22686407 ~ 22691804 (-)
zgc:92606 zgc:92606,LOC108432344,LOC107549485,LOC107724707,LOC108266696,LOC107672985,LOC107598403 other upstream 769131 22901351 ~ 22908140 (-)
LOC113542417 NA other upstream 988252 23120472 ~ 23129313 (-)
cxcr3.2 LOC108266514 other upstream 1000706 23132926 ~ 23165584 (-)
cicb cic,LOC107582035 other upstream 1344938 23477158 ~ 23527323 (-)

Expression


Co-expression Network