fbxw2 (fbxw2,LOC107723354)


Basic Information

Item Value
gene id fbxw2
gene name fbxw2,LOC107723354
gene type coding
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047621.1
NCBI id CM018567.1
chromosome length 18889892
location 10102353 ~ 10113155 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>XM_034300853.1
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Function

symbol description
fbxw2 Orthologous to human FBXW2 (F-box and WD repeat domain containing 2).

NR:

description
PREDICTED: F-box/WD repeat-containing protein 2

GO: NA

KEGG:

id description
K10261 FBXW2, MD6; F-box and WD-40 domain protein 2

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_034300853.1 False 3252 mRNA 0.45 7 10102484 10113155
XM_034300854.1 True 3352 mRNA 0.45 8 10102484 10113155
XM_034300855.1 False 2907 mRNA 0.46 7 10102495 10113155
XM_034300856.1 False 2866 mRNA 0.45 7 10102353 10113155

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
ncs1a ncs1,ncs1a,ncs1b,LOC107693863 coding upstream 7546 10053793 ~ 10094807 (+)
gpr107 gpr107,LOC108427620 coding upstream 59379 10004996 ~ 10042974 (+)
ntmt1 ntmt1,LOC107693833,LOC107597156,LOC107587381,LOC107740971 coding upstream 114725 9980300 ~ 9987628 (+)
ptpa ptpa,LOC104951750,LOC107693860,LOC107587375,LOC102782294 coding upstream 340515 9743409 ~ 9761838 (+)
lrsam1 lrsam1 coding upstream 395238 9687039 ~ 9707115 (+)
gas1b LOC108260269 coding downstream 19123 10132278 ~ 10135643 (+)
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LOC113531012 ns:zf-e68,myhz2,myhz1.1,myhz1.2,LOC108415768 coding downstream 98787 10211942 ~ 10223032 (+)
tescb tesc,tescb,LOC108441567,LOC107660769,LOC107723336,LOC107681843,LOC107740949 coding downstream 139432 10252587 ~ 10261745 (+)
G384212 NA non-coding upstream 266441 9835704 ~ 9835912 (+)
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G384182 NA non-coding upstream 310442 9791144 ~ 9791911 (+)
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G384466 NA non-coding downstream 16088 10129243 ~ 10129531 (+)
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G384606 NA non-coding downstream 244504 10357659 ~ 10358263 (+)
G384178 ier5l,LOC108228905 other upstream 334317 9765740 ~ 9768036 (+)
G383625 LOC108260351 other upstream 1327219 8764902 ~ 8775134 (+)
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atf5a LOC108260316,LOC108429764,LOC107587340 other upstream 1537096 8558826 ~ 8565257 (+)
G383217 NA other upstream 1889246 8182391 ~ 8213107 (+)
G384593 NA other downstream 265058 10378213 ~ 10379665 (+)
ajm1 c28h9orf172 other downstream 1184819 11297974 ~ 11326055 (+)
fcho2 fcho2,LOC107700925,LOC107655928 other downstream 1604863 11718018 ~ 11835044 (+)
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G386294 NA other downstream 3708633 13821788 ~ 13824055 (+)

Expression


Co-expression Network