G99433


Basic Information

Item Value
gene id G99433
gene name NA
gene type non-coding
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047600.1
NCBI id CM018546.1
chromosome length 31307711
location 14448856 ~ 14453107 (-)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>TU117912
ctcttgaaaaaataaatttttcatgtttattttttcacaaagtTAGCTTTGTTTTCAAACCTCTGACCggtagtgtaaaaaaaaaaaaaatccatagtACTAACACTTTGCATTTCATTTCGGGCCTAATTTGTTAGTAGTTAAATAAaattcctaaataaaaaaaataaaagtaaaagttgtGCATGCATTTTACAAAAGCACATTTTGCAGTACTTTTACAGGAACAAGTTTGAGGCTTGTGGACTGACAATTCAATAAATAAGTTGAGAAGATTTACAACTGTTCTGAAAAATGATCTGTGAAGGCCACCAAGAAGAAGAACATGATAAAAGTGTCTTTTTGACTTTTTACAGTGGGATGATCATTTCCTGGTCCCACTGTCTCCTGTTATGAAAGTCTATAAAGTaccttaaattatatttattgcaTGTATAAAAAGGATGTTCATTTATTGTACCACAATCGTATCATATTGTATAGGACATGAGTAGTCCTAAGTTAGCAGGAGCTCATGAAGGCAGAGTCTCTGTTAGTGTCTGATTGCCTGGGGCTTAGAGACGAGTGTCTTGGATGTCGTCCTCAGTCTCCTCCTGTAGTGTAAGTGTGACGGAACTCAGTTTGGGCTGCGGCACACGCATGCTAGAGTTGCGGCGTGGGAACAGTTTGAGGCGCTCGGCTGGACTCATGGCCTGTTTCAGCTGGCTGGTCTCGTTCAGCAGGCGCTGGATTGACTCATAAGTCTTTACCTTGCCCTGCTCCATCATCTATAGCAAGAGGGTGAACATACATCACAGAAAAACTTTAGTACCACTCTAATTAACTGTATTGTTAATCTCAaacataatatcataatatcaaaTATAACTAGTATGACAGAATGATATTGTTAATCTCCAATATGACTGCTCATATTAAATATAGCTAGTATAACAAAATGACATTGTTAATCTCCAATATGGCTGCTCTTATTAAATATAGCTAGTATaacaaaatgacattattaatcTCCAATATGACTGCTCTTATTAAATATAGCTAGTATAACAAAATGACATTGTTAATCTCCAATATGACTGCTCATATTAAATATAGCTAGTATAACAAAATGACATTGTTAATCTCCAATATGACTGATCATAATAATAGCTTGAGGGGTCTGCCCCACTGAGGACCGTGATCCAGATGGACCCAGCTGCTGATATCACTGTGTTCAAACTGTGAAAGCATGAATAATTGTGAAAGCATGAATAACATCCAAGTTAATTCAAGCTAAAGTACACTCACGCCTTCCGCCTTTTGGAAGTAGACAATGAAAGATGTTTCACTGTTACAATTTGCTTTTCTATTACATCTAATACTATACAATATTAATGCATTATTTTGTGCTAATTTTGTGGAATTTGAAAGATAATCCATGGTTTTCCCAACTTTTAGAGATCTGGGAGATCTTGAAaatgtgtattgtatgtaataGGGAATGTATAAGAAGTCACTAATGATTGATCAGGTTACATCGCTTTGCttacatatactatatggccaaaagtatgtggacgcctcACCATCATACTcgtgccacaatgttggaagtacacaattgtctagaatgcctTGGTATGCTTTAACATAAGGATTTCCCTTTACTTTTCCAGCAgaacaatgtccctgtgcacaaagtgaggttcaGACCCATTATAATctataatgggatgttcaataagcacatatggatgCGATTGATCAGgtttccacatacctttggccacgTAGTGCAAAGGTAAAGGTAAATGGATCGGATCCATTTTTACATGTGGTCTTTATGGCAGCTTGTCTCCTTCCTTAACAACTAACAACAAACTTAACAGCTTACCACTGTTAAGTGGTAAACGTCATAACCACATTAGCAAATGCTAATGGTTTGGTACTTTTTAATGCACATACTATATAGTTAGCTAACAGCTGCAAGTTATGGCATATTGATCTGTCTTGTAGTGTATTCAAATTCACCTATTTGCTGAAATGAAAGCCTGTCAAATTCTCACCAGAATGAGTGAGCAACCTATCTGGCTTTGTTGTTATTTGGTCATGGCTGCCATCTCAGTATTTGCATATAATGCTGTGATTATCACAGATAAAAGCTGTGAATTCAGGCAGCAGTGCCAAAATACTGCAGTGGATGTAAATGACTTAGAAGCCATGCTTGTTTTAAGCAGTTAAGCAGGTATAGACAGTACTACATGGCATAACAGGGCTACCAGGTTACTGACTGTTCATGTTATATTAAGTATGTGGGAGTGtgtacatgcttttttttaaaggtaacaTGAGTTGGGCCCAAATGTAATGTTTGCACAAGAGTTCACTGTGACAAAAATCCACCACTGATCATTTCTGTCTCATCATGCATTTACATTAGCCAACATCCTCCCACTTTGCCCAAGTTTCCAACAATTAGGCTCAGTTCAATAGTCAGCACTGAAATGAATGCCATCTGTTGCAAAGCAGGTTTTGTGCAAGCAGGTTATTTTATTATCTAGCTCATATTATGAATGCTATCTTACAAATTTGTGAATGCTAATATGACATTATTGCTGATAATCATGACAGTATGTCTAAATAACCTACTTGCAACTGGCACCCCAAAtgacaaagaaatggaataaCACTTAAGTAATGTATTTGTGCTGTGCTGCAAAAATGATTGTTTGTGCTGGTTTGATTGCTGAGATATTTCAACAGCTGTATTTCACTTTAAATACAGATGTTATAGTTACTTCAGAGAtgctttttactttaaaaaatccaaccaaattactgttattaatatatgttgttgttttttctgtacaaaaacagcacatttaaGTTTTTCCACATATTACGGGTTCAATTCACTGTGACGGCCATTGACTTTAATTTAGaccaaaaggtgttgattaattttctataacagcagctcagacagtagttctggctgtaaggtttatattaatgtgctcattctaatccATAATCATTTCATAGTAACAACTTaaatagggacttgtatggcacatactccacataaacagattaaaaaaaatgtgtacttGTTggtatgatgaagttttctgtctggagacatttatgtaacatgtttggaaggagtgtccagtgttagcactttgtaacagtcaagaGGTAAACTTTTCCTTCACAGAACAGAGGGCTTTGcactttctgtttcttctttaaCATGAcaggctatgttttttttgtcaagagagtgaaaaaagagcTGGTGAGGGAGCAACTGTTAATAGCATGCTGtgacaagtgataacaggaactaacttaaaaccacagacattccacaacattaaatataactacaatCTGTTAAAACGTACAAAATGCCGTTATTTGGAAACTTcacagtggtaacagtaacaccacTTTGTGTCTGGCCACATCAGACCCCCTTGTTGCtgattttcttataacagcatgttttattcattacatataatgctataatatctcaaaaacaaaaccaatacACACTATCAttttacagcacaaaaaaaTGACTTATTTAAGTTTTATATAATTGATTTTTATATTGGGGCCAACTTCAGTAGCATGGCTGCTGGGTTTCCTAATTGGTGAAATAAAAGTGATGACAGAGAGAGCTTTACCAGGAAGCACTGGCACTCAAGCAGCGGTTCCACTTTGTGTTCACACAGTAAGATAGTGCAGGAGGAGAAGGACTGCCTGAGCGTCTTCTTCAGTACCTTCACAGTTCTGTAATCCATCACAGTTAGCATAACACAACTCATCAGTTACCATAACAAAAACCAGTGTAGCAATTTAATCTCAAATTGAAGTTCTTGTTTCTACCAACAAGGATTTCTCTTAGCACAGATCACAGAACAATGTTAGCCATCTTCTATGTGCTATGGTTATGCTGGTGGTTCACCTACATGGGGTCAAGGTGGGCACTGGGTTCATCCAGCAGCAAGATTCGGGCCCTACTGAGGATGGATCGAGCCAGACACATCAGCTGCTTGTGGCCGTAGCTGAGCACATGACCCCCGTATTCCAGCTGGAAATCCAGTTTATCTGGAAATTGCTCAATCACTGACTTAAGCcccacctgaaaaaaaaaaacaaattaaaactatCCACACAGGAATTACACATTTCTCAGAATTTGACATTTCTCATTGCAAATAACAGTAAGAAGCA

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU117912 True 4230 lncRNA 0.37 2 14448856 14453107

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
asz1 asz1 coding downstream 26079 14401868 ~ 14422777 (-)
wnt2 wnt2,LOC107708232,LOC107738769,LOC107596948,LOC107660945 coding downstream 50588 14389899 ~ 14398268 (-)
bcl2l13 bcl2l13 coding downstream 64072 14366807 ~ 14384784 (-)
ighmbp2 ighmbp2 coding downstream 124418 14315835 ~ 14324438 (-)
LOC113534338 NA coding downstream 154416 14289025 ~ 14294440 (-)
cttnbp2 cttnbp2 coding upstream 1230 14454337 ~ 14502230 (-)
synm synm coding upstream 67560 14520667 ~ 14529857 (-)
igf1ra igf1r,igf1ra,LOC107672255,LOC107596941 coding upstream 82972 14536079 ~ 14629951 (-)
anpepa anpep coding upstream 204863 14657970 ~ 14667731 (-)
si:dkey-12e7.1 si:dkey-12e7.1,LOC108264421,LOC108427511,LOC103035474,LOC107596938,LOC107583743,LOC107738678,LOC105904526 coding upstream 217206 14670313 ~ 14673362 (-)
G99401 wee2 non-coding downstream 93237 14349718 ~ 14355619 (-)
G99408 NA non-coding downstream 114722 14328927 ~ 14334134 (-)
G99202 NA non-coding downstream 413315 14035267 ~ 14035541 (-)
G99187 smad3b,smad3,LOC108264458,LOC107738715,LOC108424035,LOC107686302,LOC107672260 non-coding downstream 498135 13950147 ~ 13950721 (-)
G99188 smad3,LOC108264458,LOC107686302,LOC108424035 non-coding downstream 501945 13944751 ~ 13946911 (-)
LOC113534271 NA non-coding upstream 57817 14510924 ~ 14519784 (-)
G99453 NA non-coding upstream 80713 14533820 ~ 14536010 (-)
G99482 NA non-coding upstream 148116 14601223 ~ 14603472 (-)
G99493 NA non-coding upstream 194971 14648078 ~ 14648993 (-)
G99780 NA non-coding upstream 696296 15149403 ~ 15150315 (-)
dennd11 kiaa1147,LOC107738692,LOC107686315 other downstream 101848 14335936 ~ 14347008 (-)
c6h15orf39 c4h15orf39 other downstream 886282 13550680 ~ 13562574 (-)
G98770 NA other downstream 1396545 13045823 ~ 13052311 (-)
akip1 LOC108264820 other downstream 2024878 12420437 ~ 12423978 (-)
znf143b znf143,znf143b,LOC107672322 other downstream 2043575 12396507 ~ 12405281 (-)
tmem170a tmem170a,LOC106573739,LOC107596918 other upstream 894059 15347166 ~ 15357563 (-)
G101178 NA other upstream 3734340 18187447 ~ 18196806 (-)
LOC113527007 NA other upstream 5526962 19980069 ~ 19980259 (-)
akt2 akt2,LOC108264340,LOC107711004,LOC107557843,LOC107692744,LOC107714435,LOC107572728 other upstream 5942759 20395866 ~ 20416574 (-)
G102566 NA other upstream 6500495 20953602 ~ 20966910 (-)

Expression


Co-expression Network