G102091


Basic Information

Item Value
gene id G102091
gene name NA
gene type non-coding
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047600.1
NCBI id CM018546.1
chromosome length 31307711
location 19924262 ~ 19928951 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>TU120841
aagggaaaccataatgctacagcatgcaaatatattctagacaactgtattctttcaactttgtgggaacagtttggagaaggtccacatatgggtgtgatattcaggtgtctacatacttttggccatatagtgtgttttctgaagtgcaccagtcccttttccaggaaaacacccccacaacatgatgctgccaacTGCATGCGTCACAGTTGGGATagtgttcttcagattaaaagcctcaccctttttcctccatacatacAGCTAATCATTATGGCTAATcaatacttttaaaattttaaaaaatttttttgctaAACTTCAGTCTGCCTTTTTATGCAGGTGTTGGAGTAGGGGCTTCTTCATTGCAtgacagcctttcaggccatggcAGTGTAGACCTCTCTGAATGGTGGATGTACATGCATTGGTACCTGACGCTtccaactccttcaccagttcctttttTGTTGTCTTGGGATTTCACTGAACCTTTCAGACCAAAGTCCATTCATTCCTTGAAAGTTAATTTGTAACCCTTTCCTGAATGATGTAGTTTCTGTGTGgtccaagatttttatatttctatgcaattgtttgtacagatgcttgtgtgtaccttcagttgtttggaaattgctcctaacGAGGAACTGGACTTGTAGAGGTCCACATATTTTTTACTGAGGTCTTGGCTAAGTTGGATTTTtccatggtatcaagggcaaaaagatATGGTCTCTAAAAGCAGGCTCTTTTATAGCCACAGGTGCACTCCCAATTAATGCCTAATTATGACAGTCAGCCACTCGGAAGCTTCTGAAAGTCATTATGTctatttctggaatcttccggACTGTTTAAAGGGATAGCCAACTTGGTGTATGTTAAcctttgacccactggaattctgatgaATTTCAGGATGAAtttagtgaattaaagctgaaataaatctgtctcaaAATCTGCGAACAAAGTAGATGCCCtaattgacttgccaaaagaaacGTATTGTAACATGAAATATGTGAAGTTGTGAAAAATCGAGaatatctttatatgttttatatttagttattattgATATGTACACTGCTAGTTAAGTGAATGGAAGACAGCAGATAAgctaattaattttctgtttaatGGCAGTAATGCTACTTTACACAGAAAATTAAAGGCAGTAATGCTACTTTTTTGTGATTTCAAAATAGTGTCGCTTAGCTCTATGGCCCCTTATTAGcaaaaagtacttaaattatTTTACCTATCATTTTTATGTTTCCTTAAAGTAGCTTTACGTAATTAGGCAGCACCAAcgtaaagtgaagtgaagtgacttgtggccaagtatggtgacccatacttggaatttgtgctctgcatttaacccatccaagtgcacacacacacagtagtgaacacacacacacacacacaccgtgaacacacacccggagcagtgggcagccttttttgctgcagcgcccgggcagcagttgggggttcggtgccttgctcaagggtctcacagCATACTGCTTGAATGCTGATATGTGGAAACTCCGTGCACacctatactatactatactatactatactatagggATTTTTTTCCTAACTTTCctttaaaaacatgacaaaaatgtatatcctttgctatttctttctctttgatCATTTTCCAGAAGTGTAAACAGGTGAAATAGATACTGTTTTATTGAACTCTAACGTCTCTTGACTggtctttgtttattttgtttctgcCACTGTAGACTAATGGCACCCCTATCGCACTAGTGTTCTCTAGTGACTTTTCCTTCATAGGGGCTGTATTTGGACTGAAGTGTTCAGAGGAACGAGGTCATGATTAATCAAGTGCTTGAAGATGCATATAGAATCTTGGGTGCCTGGGAAGAAAGCACCAGTGGGTTCAAAATAGTGGCTTGGACTTGAGCTGTTGACACTTGTATAGAATCTGCTGTTCAGAATGCAGGTATTGGTTTTGATATTTTCAGATGCACCTAACTTGAAAGGagttgatgtgtttttgatatttGTAAGTAGGGTTACTGAACGTGGAGCCATTAATCAGATAACTGGGCTACATCCTGTGATTTCAAAGGCATCATCCATCAGTGGCTCCAAGTATAGGCATTAACAAATCATTAGCATACCAGAGCTTATCATACAGCCTGATTCTAAACACTGCTGTGCCATTACAAGGGCTAGAATAATGTTTGGCCGATTAGAGTGTTCTGGCTAATGCTAAACACATGTGGCTGCTGGGGAGGTATGTTATGTGGCCAATTTGAATGTGCGCTTgtgtagtgcacacacactggactTTTTGCTCCTTATGATATGCTTGTGTTGTATGTCCTTCAGTGTGAAGTATACTCACTCCGTGTGCCCAGGGATATGGGGATGGCAGCGTTGTAATGGATTCAGAGGATGGTTTAGGACTATGTTTGGGCTACAGAGaggacaaaaaaatgcatagcAAAATCGAATGATAAATATGTTGTGGTGTAACGATGGGAGGCAGACCGGGTGTGTCcgccagagaaagagagagacggcGCGGTCTAAGTTTATTTTGGAACTCCTTGGCTCAGACTTCATTGCAACACGGATGTTATGCAGTTTGCTAATCCCGTATCTGGCCTAAGAGGGATAAAAGTGAGTTTGAACTGCTAAATCAGTGTGTGGTTGTGCTGTATATTTGGGGCTGTGAGTTTCATTCGCGTTTCTGTAGAAGAATCAGCTGAGACTTAAGATGACTTGGCAGAATCACCAAGTTAGAAAAGAAAGCAGCACGATTCATGTTTCATCGTACATGTGCCTACGTGTACATACGGTCGAGCAAGAATTTTACTGACTACGAACAGTCTTGTAGAGTATGTATCAAAGCATGAGAAGTTTACAGCTAGAGAAATTCTCTGTAGTATAGAATACAGAGTTTCTCTGTATTTTGAACTTGGTTATATAACTCAAGAGTGAGTGATTTGAGCCCTCTGCTGACTTCATCTGTGACTTAACAAAATACATGGAGAATACAGTCCATGTATTAAAAGTGGTGGAAATGATCAGGTGTTATAATTTTGTACTCTACACTCTTTTAGCTAGACAGAGCTAGAAGCGCAGAGCCTCAGGGAAAGCCCCTAACATTCGGTCTGTGGTCTGGCCTGAGCAGCATGCTGGGAGATTACAGTGGGGCTAGCTTTTTGCCTTCCCTTTTGCTCTTCTATCTGGTACTCAGTAACTGTGTCAGTCACATTAATGTgcaaaataaagttattttagtGTCACACCTCTATAATACTGAGCAATCTTGAGTCACTAAATTGTGTCCTCACAGCTGTGAGATGAATCAATATTATGTAATTGTGAAACACAGATTGACCTCCGCTCAGCAGATAGTTTAGAGAGATAGAATCTACGGTGAGAGTCAAACTCATATTCCCAAAATAATTTCTTAGGTGACCAGTCAGCTCTGAATTTCACAGTATCCAAGAGAGAGCTACACAGTTTACAGCCCTTGTTAAGCTGTAATGAAGGACTAACAGATCAATTAACTGATCAGTTTAAAACTGTGGCTGTCTCTTCCGGTTGGTCATAACTTGCCATGTTTTCAGCCCATAGAGACATTCGGGATTGTTTCATACATTTGAAGAGCCATGGCAGtataacatgattaaaaaataaaaggcaaAAGGATGTGGAATGCAGACAAGACAATTCAGAAATTTCTGTTTTAATGCCAGTCCAGATGTAGGCCTAATCTGGGGGCaagggttcaagccccagcactgtcaagctgctgctgttggtaacttgagcaaggcccttaaccacatctgctccaggggcactgtatcacggctgaccctgcgctctgaccccagcttcctagcaagctgggaaATGTGAAAGaactgcatttcatttgcaCTGTACTCGTAtgctgcacaatgacaataaagttgaatcgaatcgaatctAATCTTATCACTGCAGGTCACAAATGCTGATTAGTAGAGCTTTAGGGAttctattttacttttacttttgagttgttttttttcttcttatatttatttatttataaattgaaGATTACTTTTCTTAATTGTAATGTGAAAGTAAACATAATTAATCTATTAACTTGTGCCTTCTTTGGTTTGATTCATGTCCATGTTTTGTTCATAATGGTCCTGTAGGGAGAAGTAACTTGGTATTTCAGATGGAAGTTGGGAAGAGGTGCTTAACCCTCAGTTGAGCATATGATGTTATGTCAACATGGATGCTCACACTATAAAGTACCACTTCCCTACTTTTAAATGCGACTGTAGTAGTTACAGCTACAGACGCAGTAGCTATAGCGCTGAccatacagttcactgttttggtTAAATCTATAGCACTAATCATACATTTCACTAAgtttagctggctagcttgttgctaacaggCTTTcttggaggcatccatgtttttctccactttgtAGGTGGAGTGCACCAAGGTTGAGAGTTATATAACTCAGAATTCCAATTTTCCCCTTCTGGGctaagttgaatgcagcattagatTGAGTGCACTTGGCCTCATTAATCCATCAGGAAACAGTGGAAGGATGACTATAGATGACTGAGC

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU120841 True 4665 lncRNA 0.40 2 19924262 19928951

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
si:ch211-151h10.2 LOC108264443 coding upstream 78425 19835533 ~ 19845837 (+)
prdm10 prdm10 coding upstream 88833 19801828 ~ 19835429 (+)
LOC113526906 LOC108264037 coding upstream 136370 19782594 ~ 19787892 (+)
aplp2 aplp2 coding upstream 150820 19682060 ~ 19773442 (+)
st14a st14 coding upstream 263271 19635451 ~ 19660991 (+)
treh treh coding downstream 168744 20097695 ~ 20115417 (+)
ttc36 ttc36 coding downstream 429262 20358213 ~ 20360195 (+)
trip12 trip12,LOC107679016,LOC107710892 coding downstream 644330 20573281 ~ 20630604 (+)
dner dner coding downstream 706077 20635028 ~ 20657916 (+)
sphkap sphkap coding downstream 844653 20773604 ~ 20819328 (+)
LOC113527003 NA non-coding upstream 26979 19893155 ~ 19897283 (+)
G102050 NA non-coding upstream 69519 19854517 ~ 19854743 (+)
G101990 NA non-coding upstream 216689 19706351 ~ 19707573 (+)
G101919 NA non-coding upstream 338827 19585185 ~ 19585435 (+)
G101904 NA non-coding upstream 436980 19486401 ~ 19487282 (+)
G102093 NA non-coding downstream 7212 19936163 ~ 19936424 (+)
G102089 NA non-coding downstream 42742 19971693 ~ 19972119 (+)
G102098 NA non-coding downstream 53996 19982947 ~ 19983147 (+)
G102106 NA non-coding downstream 68920 19997871 ~ 19998083 (+)
G102108 NA non-coding downstream 70441 19999392 ~ 19999674 (+)
G101602 NA other upstream 800385 19122612 ~ 19123877 (+)
sema4ba sema4b,sema4ba,LOC107691120,LOC107556264,LOC107714785 other upstream 801765 18957428 ~ 19122497 (+)
G101466 NA other upstream 1129989 18793635 ~ 18794273 (+)
G101434 znf710 other upstream 1184264 18738343 ~ 18739998 (+)
G101419 NA other upstream 1324887 18598714 ~ 18599375 (+)
bcl9l bcl9l,cxcr5,LOC108264003 other downstream 75405 20004356 ~ 20053142 (+)
ddx6 ddx6,LOC107691843,LOC107670620,LOC107572719 other downstream 148014 20076965 ~ 20092932 (+)
pid1 pid1 other downstream 709809 20638760 ~ 20686188 (+)
irf2bp1 irf2bp1 other downstream 915723 20844674 ~ 20849338 (+)
prx NA other downstream 1010462 20939413 ~ 20967271 (+)

Expression


Co-expression Network