G102286 (LOC107557830)


Basic Information

Item Value
gene id G102286
gene name LOC107557830
gene type non-coding
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047600.1
NCBI id CM018546.1
chromosome length 31307711
location 20422021 ~ 20464632 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>TU121064
caaaacatttattcagaACACAAACCAGTCAAAGTGACACAAtcagtactactgttacacaccaTGTCTCTCactgagagcagagagaacGTGCGCGCTTCAGAGTATACAAGTTATTTGCCGGTGATCAGTGGATTCCTCAGCACCACGATGACCGAGTCTCCTCTCAGGAACATCTTGGAGATGTAACGGTCTTTATTCACTGGTTTGGACTTCTTCTTTCCCTTTCCGCTCTTAGGCACCTCAGTCCACATCTCCTTTacgttctccaggaccatgttACAGTgtctgcacatacacacaaacacacacacagtgagactgGACAAGGAGCACAACATCCTGTAGAGATCACTGAGCTGCACTCTTCCATCACCACacagacagatgtacagacTGGCTCAGACAGTTCAATACACAGAATAGAAACAGTTTATCAATATGGGAAGAAAAATTGCACATAGACACAACAATGTAGACAGACAGTTTGAGACAGACAAATTTATAGAAAGATGGATGTACACTCAGACAACACAGACAGAGGGATGGACAGACTGAGTAATGGATGAAGAGACAGGGACAGTATATTGGTTCTATATGCGAGCTGTAGGATAGAGATGTGTATCAGGCCTGGGAACCCAACAGAGAAGTCACAGGCATACACATTTGTTTACTTGTGACAAACAAATCCCACGTTCAT
>TU121065
ggtAGTTTTAGTGgtagtttttaaacatcatttctCAATCCAAGTGACAATTCAGTCCAATATGTTTCATATATCATTCAATATGTGGGATTGCCAACTCCTTCAGACTGGACCAAAATAAGAACCCTTAGAAGACAGCAATACATAAGCAGCCTTAGAATGAGAGATTAGAATGATTTTGTCAACTGATGAACAGGATATGCTTATGTAACACACAGAGgcatttcagaacacacacacacacacagataacacaGAGGCATGTTGATGCAGCAGCAGCTGTATTTGGGTATAAAAGCAatgctccagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtttcagtgtaaaaaaagtttcaaatatAGTAAAGCATTATAAACAAAAACCCAATAACAAGAAAGTCAATAATCACAAACCCTGCCCACCAAAagatcagtgtgtatgtgtgtgtatagatctGTACACTCACACTGCATATCTGGttgcacacacatttgtatCAAAGGCAATTTGGTCTAAACAGAAATACCGTTATTTCTatcaagttgattatttatatCCATTCCCAGAGCTGGAAGTTGATCCCAAAAAGAGCTGATTACCTGATTCTAGGCATTGGGACTCAAAAGTGATTTAGAGTCAATTCCACACATTAAAAAGATTCAGCTCAAATTCAGACAGGACATAGTGCAAGAACATGTGCTATTCAACTGTTAACATTGGACAATTGCCTCTGTTCTTGGCAAATACATGAGCAGTCTGGCAGTATTTCACTGTAGAGAAAACAGGGAGGGAAAAATGGCAAATTTGTGATAAAATGATGCCAATGCTAATGCCTTGAACCTGGCCAACCACAGAAGCTGAGAAGAGTCAGGTACACGTTTAAGTATAGGTAATATTAGCATAAGTTTATTCAggcattaaacaaaaaaagctcaCTGAGTTCATTGTCAAGGACACGCAGCCTAAAAGATTGTGTGGAATCAACTCCTttaacacttggaatcaactccaattgattatttaaatgtggTTAAATTGGAATGTGTTGCAGTGATGTTTGAATGAAGCGTTGCATAGTGACTGTGTGATTGTGTTCAggagtgtttattttatgtaatgcAATAATTAAATCCccctgagtgtgagtgtgtgtgtctgtgtgtctatccATCAGCTCATTAGTGTAACAGTGTACCTGGTAGTGACTTACAATACTCTATTATTGTTGGTGTGTATTATCAGGTTTGATGACTGTCTAGCTTGACTGCTGTGTGACAAACGTATGTAACACCCTGTGTACTCCAGCTATTGTGTTTACAGTACTGCTTCTGTTCTCTACACCAGTGTCCCTGTCTTGTCTGGAGCACACGTATCGCTGTCAATCTCATAGTGTACACCACATCACTCTAAGCTGCTCTGGATAGAAGTGTTTGCTGaaagaaaatatgtaaatgtagacTAAATCACATCACCATCCTGAGAGACTACGTGGCTGTACAGACGCAAAAGTTCtcaattttatacaaataagtCCAGCTAGAAACACCAGGAACCTGTCAGGATCATCAGAGAATCCATCTCTATGTCAGATCATGAGTTCCTTACAGGAATCTGTTCATTTGAGTATCTGCTTCAAACACTGATGTAAAATGCCTGGCCTGCAAGGCTGGCTACATGGCTAACTAACATataatatctatctatcccaGCAGGCAGctaatgttaaaaacaaaatcagtgtttctaGGAAGTATGCAAATCTATGTTGTTTCTCAAATCTCAGCATGCGTACTTCCATAGTGCACACTTGGAAAATCAGTGAGATGTAGTGTACTATTAATACCTGGATGGTGTGCTAGGACTGAGCAGAAATGAAGTGCTGCACACCAGATACTTTTTAATGCTTGGTGGTTGCAGTCTGCTCTAAGCAGCAGAAGGGATAGAGCCAGCAGAAGCCTTTATGGTTTGAAATTTTCATAATGGCCAACAAGAATGCCATTACACCACAGATACAAATGAGGAGAAAAGAGTTGAGGTGGATTTAAAATGTGCACTTGTTCTGGCAGAAGGTGTTCTGGCACAGCTTAATAATGTGAGGTGCCACATGATGCAGTGTCATTTATGTTTAGTGAAAAGCACTAGTGTTTGATTTGTGTTACTGCCTGATAAAAGTCCAGGTACTACATAGTGTAATAATATAGTGCATAGTGCGCGATTTGAGACAGAGCCCTGAATTGAAAAAATACCTCCACTGAAGCTAACTCGCCTGCTTGCTTGCTAGTTCCATAATACGGTTCACTAGTGAACTATGGCACAGACGCCTACTACTATTTACAAGACATAATCTTTAGCTGTGCTCTTTAGGAGCAGCACACAGTCTTGCATTTGGCTGTACTCTTAATATGTAGCGCAACACAGACCGGTTAGAGCAATGAAGAGCCATGcattcacttcctgtctgtaGACAAGTGCAAGTCTGGTGTGGTtgctgagtgagagagagagagagagagagagagagagagagagagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgcatgaaagagagagactatgTGCTTCTCCTCTGTAACTCCTGAATGATTG
>TU121067
ggtAGTTTTAGTGgtagtttttaaacatcatttctCAATCCAAGTGACAATTCAGTCCAATATGTTTCATATATCATTCAATATGTGGGATTGCCAACTCCTTCAGACTGGACCAAAATAAGAACCCTTAGAAGACAGCAATACATAAGCAGCCTTAGAATGAGAGATTAGAATGATTTTGTCAACTGATGAACAGGATATGCTTATGTAACACACAGAGgcatttcagaacacacacacacacacagataacacaGAGGCATGTTGATGCAGCAGCAGCTGTATTTGGGTATAAAAGCAatgctccagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtttcagtgtaaaaaaagtttcaaatatAGTAAAGCATTATAAACAAAAACCCAATAACAAGAAAGTCAATAATCACAAACCCTGCCCACCAAAagatcagtgtgtatgtgtgtgtatagatctGTACACTCACACTGCATATCTGGttgcacacacatttgtatCAAAGGCAATTTGGTCTAAACAGAAATACCGTTATTTCTatcaagttgattatttatatCCATTCCCAGAGCTGGAAGTTGATCCCAAAAAGAGCTGATTACCTGATTCTAGGCATTGGGACTCAAAAGTGATTTAGAGTCAATTCCACACATTAAAAAGATTCAGCTCAAATTCAGACAGGACATAGTGCAAGAACATGTGCTATTCAACTGTTAACATTGGACAATTGCCTCTGTTCTTGGCAAATACATGAGCAGTCTGGCAGTATTTCACTGTAGAGAAAACAGGGAGGGAAAAATGGCAAATTTGTGATAAAATGATGCCAATGCTAATGCCTTGAACCTGGCCAACCACAGAAGCTGAGAAGAGTCAGGTACACGTTTAAGTATAGGTAATATTAGCATAAGTTTATTCAggcattaaacaaaaaaagctcaCTGAGTTCATTGTCAAGGACACGCAGCCTAAAAGATTGTGTGGAATCAACTCCTttaacacttggaatcaactccaattgattatttaaatgtggTTAAATTGGAATGTGTTGCAGTGATGTTTGAATGAAGCGTTGCATAGTGACTGTGTGATTGTGTTCAggagtgtttattttatgtaatgcAATAATTAAATCCccctgagtgtgagtgtgtgtgtctgtgtgtctatccATCAGCTCATTAGTGTAACAGTGTACCTGGTAGTGACTTACAATACTCTATTATTGTTGGTGTGTATTATCAGGTTTGATGACTGTCTAGCTTGACTGCTGTGTGACAAACGTATGTAACACCCTGTGTACTCCAGCTATTGTGTTTACAGTACTGCTTCTGTTCTCTACACCAGTGTCCCTGTCTTGTCTGGAGCACACGTATCGCTGTCAATCTCATAGTGTACACCACATCACTCTAAGCTGCTCTGGATAGAAGTGTTTGCTGaaagaaaatatgtaaatgtagacTAAATCACATCACCATCCTGAGAGACTACGTGGCTGTACAGACGCAAAAGTTCtcaattttatacaaataagtCCAGCTAGAAACACCAGGAACCTGTCAGGATCATCAGAGAATCCATCTCTATGTCAGATCATGAGTTCCTTACAGGAATCTGTTCATTTGAGTATCTGCTTCAAACACTGATGTAAAATGCCTGGCCTGCAAGGCTGGCTACATGGCTAACTAACATataatatctatctatcccaGCAGGCAGctaatgttaaaaacaaaatcagtgtttctaGGAAGTATGCAAATCTATGTTGTTTCTCAAATCTCAGCATGCGTACTTCCATAGTGCACACTTGGAAAATCAGTGAGATGTAGTGTACTATTAATACCTGGATGGTGTGCTAGGACTGAGCAGAAATGAAGTGCTGCACACCAGATACTTTTTAATGCTTGGTGGTTGCAGTCTGCTCTAAGCAGCAGAAGGGATAGAGCCAGCAGAAGCCTTTATGGTTTGAAATTTTCATAATGGCCAACAAGAATGCCATTACACCACAGATACAAATGAGGAGAAAAGAGTTGAGGTGGATTTAAAATGTGCACTTGTTCTGGCAGAAGGTGTTCTGGCACAGCTTAATAATGTGAGGTGCCACATGATGCAGTGTCATTTATGTTTAGTGAAAAGCACTAGTGTTTGATTTGTGTTACTGCCTGATAAAAGTCCAGGTACTACATAGTGTAATAATATAGTGCATAGTGCGCGATTTGAGACAGAGCCCTGAATTGAAAAAATACCTCCACTGAAGCTAACTCGCCTGCTTGCTTGCTAGTTCCATAATACGGTTCACTAGTGAACTATGGCACAGACGCCTACTACTATTTACAAGACATAATCTTTAGCTGTGCTCTTTAGGAGCAGCACACAGTCTTGCATTTGGCTGTACTCTTAATATGTAGCGCAACACAGACCGGTTAGAGCAATGAAGAGCCATGcattcacttcctgtctgtaGACAAGTGCAAGTCTGGTGTGGTtgctgagtgagagagagagagagagagagagagagagagagtatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtaggtttaaaTTTAAAGGTTTAAAGGGTGTTAGTGTACCTGGGTGTCAGAGCAGTGAAGGCGGGTGAATCCAGACCTCGGGTAACAGAGTTATTCCTGTATGAAACAcaaactgtgtatatatatatccacataTATACCCACACTCTGACTGGACAAGATTAAACAATAATCAGGTGGCGGGACGGGGAGGTTGTTAAgttgtgtgtctttgtttttttgtgtgtgagtgaaagggTGTACCACTCTAAACACTCCACCGTAATGTGCTCATTAACCCTAAATATATTGGCACATCTCTGCTCCGGTGAGCCACTGATATTCCTCTGTGCCCTACTGAGAGACCATTtagtaataaaacattacagcagAAATGCATGCTGGGGAATTCTGCCTCACCTGGGGATGGTTGCAGACTTCTCCCACGGCCTCCTTAACGTGTCTgataatacaaaatacacagtgAAGCCATG
>TU121068
TCAGTGCTGTATTCAGTAGCGTAAGATCATGAAGGCCCTCATTACCTGTCGAAGGCTTTGACTCGACCCAGCAGCTTCTTGTTGTTGCGGCAGTTGATCAGCACCTGCGTGTTGTTCTTGACGGACTGCGTGAGGACAGACAGCGGCCCGGTGTtaaactcctcctcctcacgCTTCTGCAGCTCCTCAGGGGTCATCTCCGACTTTGGCTTATTCAAAAGACTCattttgttttatccTCTGTTACAACTCTGACAGATAAAACAGGTAGCAGGTCTGCTAACACGCTGACTGAACGTCGCTGGTGATGGC

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU121064 False 700 lncRNA 0.44 3 20460261 20461015
TU121065 False 2639 lncRNA 0.40 3 20422021 20424905
TU121067 True 3061 lncRNA 0.40 3 20422021 20430288
TU121068 False 312 lncRNA 0.51 2 20463045 20464632

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
ttc36 ttc36 coding upstream 61826 20358213 ~ 20360195 (+)
treh treh coding upstream 306604 20097695 ~ 20115417 (+)
si:ch211-151h10.2 LOC108264443 coding upstream 576184 19835533 ~ 19845837 (+)
prdm10 prdm10 coding upstream 586592 19801828 ~ 19835429 (+)
LOC113526906 LOC108264037 coding upstream 634129 19782594 ~ 19787892 (+)
trip12 trip12,LOC107679016,LOC107710892 coding downstream 108649 20573281 ~ 20630604 (+)
dner dner coding downstream 170396 20635028 ~ 20657916 (+)
sphkap sphkap coding downstream 308972 20773604 ~ 20819328 (+)
foxa3 foxa3 coding downstream 396150 20860782 ~ 20864194 (+)
pld3 pld3 coding downstream 441431 20906063 ~ 20924289 (+)
G102285 NA non-coding upstream 22063 20395867 ~ 20399958 (+)
G102124 NA non-coding upstream 366789 20055032 ~ 20055232 (+)
G102108 NA non-coding upstream 422347 19999392 ~ 19999674 (+)
G102106 NA non-coding upstream 423938 19997871 ~ 19998083 (+)
G102098 NA non-coding upstream 438874 19982947 ~ 19983147 (+)
G102325 NA non-coding downstream 8710 20473342 ~ 20473737 (+)
G102327 NA non-coding downstream 11172 20475804 ~ 20476171 (+)
G102370 NA non-coding downstream 113986 20578618 ~ 20581945 (+)
G102374 NA non-coding downstream 141970 20606602 ~ 20607594 (+)
G102415 NA non-coding downstream 465555 20930187 ~ 20934094 (+)
ddx6 ddx6,LOC107691843,LOC107670620,LOC107572719 other upstream 329089 20076965 ~ 20092932 (+)
bcl9l bcl9l,cxcr5,LOC108264003 other upstream 368879 20004356 ~ 20053142 (+)
cdon cdon other upstream 452234 19920049 ~ 19969787 (+)
G101602 NA other upstream 1298144 19122612 ~ 19123877 (+)
sema4ba sema4b,sema4ba,LOC107691120,LOC107556264,LOC107714785 other upstream 1299524 18957428 ~ 19122497 (+)
pid1 pid1 other downstream 174128 20638760 ~ 20686188 (+)
irf2bp1 irf2bp1 other downstream 380042 20844674 ~ 20849338 (+)
prx NA other downstream 474781 20939413 ~ 20967271 (+)
LOC113526807 sptbn4,LOC107670604,LOC107672319 other downstream 561395 21026027 ~ 21102216 (+)
zbbx zbbx other downstream 1297815 21762447 ~ 21813210 (+)

Expression


Co-expression Network