G124432


Basic Information

Item Value
gene id G124432
gene name NA
gene type non-coding
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047602.1
NCBI id CM018548.1
chromosome length 30442583
location 154481 ~ 197198 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>TU146950
cacacacacatacacacacacacacacacacacacacgagtcatGCAGAGATAAAATCCTTTATTATGTACAAACATCAGTAacgtttttttattattagaaaattGAAGTGTGTTAAACCCGAACCTGAGGGACGAGCTGCAGGTTTCTGACTAAACACACACcgataatcatcatcatcatcatcatcattattattattattattgttattattgttattattgttattattattattatattctataGAGAAATGCTACAGAGAGATTTGaaaatctttacattttgtCATCAGCGTTTTCTGTTTTCAGATTCAGTAACTTCAGATTGTGCGAGTGCAGACTTCATGATCTACAGCAAAACTTCACTTAACACTTAACACCCTTAACACACTTAACACCCTTAACACACTTTACACCCTTTACACCCTTTACACCCttaacacactttacacactttacacactttacacacttcactGTTTCTCATTTCACTGTAGATTTATTCTATTTCCTTTACTCCTACATTTACTGattgacttttcagacacccattgttctgtgtgtgtgtgtgcgtgtgtgtgtttcagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgagtgtatataagtgtgtgtgtgtgtgtgagtgtgtgtgtgtgagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgagtgtgtgtttcagatctgCTGCATCGGCTTCAGGTCAGGAGAAACCTGCAGGAAGTAAGCAGAGAGAATACAGCCGTTAGTGAACATTAACTCTGGAGCGCTGTGAGTCTCAGAGCCGTTTACACGAccacgttttcagccaaaaacgggaaacttttaTGCGTTTTGCGtgttcgtttacacgacaacggcgttttggggactgaaaacgcatatttttgaaaatgggTTTCgaagtgcaagtttttgaaaacgctgccgttatcgtctccatgtaaacacccgaTACGGGGATCTTTGAAAGCGGTGACGTCACGCGCGTGTGTAGTACGTGTTCGGTGTGTAGTACGTGTATGTAGACGGTGTGTAGTACGTGTTCGGTGTGTAGTACGTGTATGTAGACGGTGTG
>TU146952
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>TU146953
cacacacacatacacacacacacacacacacacacacgagtcatGCAGAGATAAAATCCTTTATTATGTACAAACATCAGTAacgtttttttattattagaaaattGAAGTGTGTTAAACCCGAACCTGAGGGACGAGCTGCAGGTTTCTGACTAAACACACACcgataatcatcatcatcatcatcatcattattattattattattgttattattgttattattgttattattattattatattctataGAGAAATGCTACAGAGAGATTTGaaaatctttacattttgtCATCAGCGTTTTCTGTTTTCAGATTCAGTAACTTCAGATTGTGCGAGTGCAGACTTCATGATCTACAGCAAAACTTCACTTAACACTTAACACCCTTAACACACTTAACACCCTTAACACACTTTACACCCTTTACACCCTTTACACCCttaacacactttacacactttacacactttacacacttcactGTTTCTCATTTCACTGTAGATTTATTCTATTTCCTTTACTCCTACATTTACTGattgacttttcagacacccattgttctgtgtgtgtgtgtgcgtgtgtgtgtttcagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgagtgtgtgtgtgtgagtgtgtgtgagtgtgtgtgtgtgagtgtatataagtgtgtgtgtgtgtgtgagtgtgtgtgtgtgagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgagtgtgtgtttcagatctgCTGCATCGGCTTCAGGTCAGGAGAAACCTGCAGGAAGTAAGCAGAGAGAATACAGCCGTTAGTGAACATTAACTCTGGAGCGCTGTGAGTCTCAGAGCCGTTTACACGAccacgttttcagccaaaaacgggaaacttttaTGCGTTTTGCGtgttcgtttacacgacaacggcgttttggggactgaaaacgcatatttttgaaaatgggTTTCgaagtgcaagtttttgaaaacgctgccgttatcgtctccatgtaaacacccgaTACGGGGATCTTTGAAAGCGGTGACGTCACGCGCGTGTGTAGTACGTGTTCGGTGTGTAGTACGTGTATGTAGACGGTGTGTAGTACGTGTTCGGTGTGTAGTACGTGTATGTAGACGGTGTG
>TU146954
cacacacacatacacacacacacacacacacacacacgagtcatGCAGAGATAAAATCCTTTATTATGTACAAACATCAGTAacgtttttttattattagaaaattGAAGTGTGTTAAACCCGAACCTGAGGGACGAGCTGCAGGTTTCTGACTAAACACACACcgataatcatcatcatcatcatcatcattattattattattattgttattattgttattattgttattattattattatattctataGAGAAATGCTACAGAGAGATTTGaaaatctttacattttgtCATCAGCGTTTTCTGTTTTCAGATTCAGTAACTTCAGATTGTGCGAGTGCAGACTTCATGATCTACAGCAAAACTTCACTTAACACTTAACACCCTTAACACACTTAACACCCTTAACACACTTTACACCCTTTACACCCTTTACACCCttaacacactttacacactttacacactttacacacttcactGTTTCTCATTTCACTGTAGATTTATTCTATTTCCTTTACTCCTACATTTACTGattgacttttcagacacccattgttctgtgtgtgtgtgtgcgtgtgtgtgtttcagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgagtgtatataagtgtgtgtgtgtgtgtgagtgtgtgtgtgtgagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgagtgtgtgtttcagatctgCTGCATCGGCTTCAGGTCAGGAGAAACCTGCAGGAAGTAAGCAGAGAGAATACAGCCGTTAGTGAACATTAACTCTGGAGCGCTGTGAGTCTCAGAGCCGTTTACACGAccacgttttcagccaaaaacgggaaacttttaTGCGTTTTGCGtgttcgtttacacgacaacggcgttttggggactgaaaacgcatatttttgaaaatgggTTTCgaagtgcaagtttttgaaaacgctgccgttatcgtctccatgtaaacacccgaTACGGGGATCTTTGAAAGCGGTGACGTCACGCGCGTGTGTAGTACGTGTTCGGTGTGTAGTACGTGTATGTAGACGGTGTGTAGTACGTGTTCGGTGTGTAGTACGTGTATGTAGACGGTGTG
>TU146958
cacacacacatacacacacacacacacacacacacacgagtcatGCAGAGATAAAATCCTTTATTATGTACAAACATCAGTAacgtttttttattattagaaaattGAAGTGTGTTAAACCCGAACCTGAGGGACGAGCTGCAGGTTTCTGACTAAACACACACcgataatcatcatcatcatcatcatcattattattattattattgttattattgttattattgttattattattattatattctataGAGAAATGCTACAGAGAGATTTGaaaatctttacattttgtCATCAGCGTTTTCTGTTTTCAGATTCAGTAACTTCAGATTGTGCGAGTGCAGACTTCATGATCTACAGCAAAACTTCACTTAACACTTAACACCCTTAACACACTTAACACCCTTAACACACTTTACACCCTTTACACCCTTTACACCCttaacacactttacacactttacacactttacacacttcactGTTTCTCATTTCACTGTAGATTTATTCTATTTCCTTTACTCCTACATTTACTGattgacttttcagacacccattgttctgtgtgtgtgtgtgcgtgtgtgtgtttcagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatgagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgagtgtatataagtgtgtgtgtgtgtgtgagtgtgtgtgtgtgagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgagtgtgtgtttcagatctgCTGCATCGGCTTCAGGTCAGGAGAAACCTGCAGGAAGTAAGCAGAGAGAATACAGCCGTTAGTGAACATTAACTCTGGAGCGCTGTGAGTCTCAGAGCCGTTTACACGAccacgttttcagccaaaaacgggaaacttttaTGCGTTTTGCGtgttcgtttacacgacaacggcgttttggggactgaaaacgcatatttttgaaaatgggTTTCgaagtgcaagtttttgaaaacgctgccgttatcgtctccatgtaaacacccgaTACGGGGATCTTTGAAAGCGGTGACGTCACGCGCGTGTGTAGTACGTGTTCGGTGTGTAGTACGTGTATGTAGACGGTGTGTAGTACGTGTTCGGTGTGTAGTACGTGTATGTAGACGGTGTG
>TU146962
gtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatgtgtgtgtgtgagtgtgtgtgtgtgagtgtatataagtgtgtgtgtgtgtgtgagtgtgtgtgtgtgagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgggtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU146950 False 1242 lncRNA 0.42 3 154481 177138
TU146952 True 1298 lncRNA 0.42 3 154481 177138
TU146953 False 1254 lncRNA 0.42 4 154481 177138
TU146954 False 1246 lncRNA 0.41 3 154481 177138
TU146958 False 1246 lncRNA 0.41 3 154481 177138
TU146962 False 169 lncRNA 0.49 3 161954 197198

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
ipo11 ipo11 coding upstream 133843 112 ~ 20638 (+)
LOC117597813 NA coding downstream 18963 216161 ~ 217382 (+)
LOC117597814 NA coding downstream 64201 261399 ~ 264259 (+)
fpgt fpgt coding downstream 137705 334903 ~ 341086 (+)
tnni3k tnni3k,LOC107550356,LOC107743849,LOC107657874,LOC107710912,LOC102789447 coding downstream 145464 342662 ~ 366781 (+)
prkcz LOC108265357,LOC108415018,LOC108250564 coding downstream 213791 410989 ~ 456088 (+)
G124416 NA non-coding upstream 21766 132234 ~ 132715 (+)
LOC117597797 LOC108268894,LOC108261282,LOC108273219,LOC108273545 non-coding upstream 45671 104204 ~ 108810 (+)
LOC113525545 LOC108263117,LOC108268894,LOC108270753,LOC108273545,LOC108264971,LOC108273692,LOC108273546 non-coding upstream 51175 96368 ~ 103306 (+)
LOC117597868 NA non-coding upstream 58177 94047 ~ 96304 (+)
G124405 NA non-coding upstream 78429 74042 ~ 76052 (+)
G124451 NA non-coding downstream 733 197931 ~ 200943 (+)
G124453 NA non-coding downstream 10073 207271 ~ 230868 (+)
LOC117597786 NA non-coding downstream 10963 208161 ~ 209413 (+)
G124481 NA non-coding downstream 144240 341438 ~ 341758 (+)
G124499 NA non-coding downstream 203717 400915 ~ 402096 (+)
G124403 NA other upstream 68398 70073 ~ 86083 (+)
G124399 NA other upstream 103409 48978 ~ 51072 (+)
G124387 NA other upstream 131189 12688 ~ 23292 (+)
G124462 NA other downstream 75219 272417 ~ 330399 (+)
G124498 NA other downstream 202558 399756 ~ 407434 (+)
si:ch73-70k4.1 LOC108265358 other downstream 309866 507064 ~ 508910 (+)
cept1a LOC108265319 other downstream 408661 605859 ~ 658563 (+)
G124541 cept1a,LOC108265319 other downstream 448768 645966 ~ 647953 (+)

Expression


Co-expression Network