G125308


Basic Information

Item Value
gene id G125308
gene name NA
gene type non-coding
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047602.1
NCBI id CM018548.1
chromosome length 30442583
location 2280212 ~ 2313941 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>TU148116
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>TU148117
attttcctataacagcacatccacgtgtgttttattcctcttacaccacaactaTTTTCCAACATTTACCACGTTAtacttttttattctgtttatagatacatttaatgttacggAACGtgttaattcctgttctcacttacgttatagcagctataaactctcgttccctcaccagcctctcttttttctctctcttgaagttaataagacaaaaaaaaaaacgcagcttgtcatgttaccgagaaactgcaaagaagcgtaaactctgtcctgaagatgtcggaaaaattacgtctttacctctgactgatacaaagcactgacactggagactccttccataaatgttaaataaacttcttacagaaaactttgccatagcaatgattttttaataatataatttagaaAGCAGAGCGTCCGCCGTACAAAGCGtccgctgtgaatgagctgttactatagaaacgataatgtattagaaggagcacattaatataaacttgtgatttgcagccgcactactgtcagagctgctgttatagaaaattcgtcaacaccttctgaccaatcagaatcgagaggtccacagcgctgtggtataaactgcGTAATAAACACGATGTATGATATCTTAATAAATATATCTTAATTGTGGATGGTTTAAATCTCACCCTGTGTTCGTAGGCTGCGTTTCGGGGCAGTGTTTGTGCTTCCATTCAGTAGGCAGTATGTGCTGATGCGGTTCAGCAGTATGGAATTAATGTTTTGCACCACTAGGATTTGGAAGTGAATTGTATTTTGAACTTTATATTTGatgttttaaagttaaaattgtttaaatttgtttgcAAATTTGTTTGTTCTAGTTAGCCTGTTTAGTAGCGCATTTACCCTAGAATTGCCATTAGCACTACTAGCAATAACAAtagttagctggttagctaggcacttcctgtttgtgtagTCTGGGGTTTCATTTGCGAGGTTTGTAGCTAGCAAAGTTGTCCCATTAACTCTCGGTTTGTGCCACCAGAATTTAAAATTTGACTTTTGTACATCTGGTGGTTATAAAATCGAATTTGATTAAATTGGAATTCGTGTCGAATTCATTCAACATCAAAAGTAAAGTATAATGTCAGATTAATTTCAGATTGACAAAATGAAAATCCACATTGTAACAAAGGCTTGAAATTCAACTCTGTAGTAatcatatataattataattttcaaatttttcaaaTTCCTACGCAAATGTGTACACTGCTGAACACGGAAACGCAACTGGCGCcaattcagccaatcagcattcAAGAAATTATTCCACTGCCTCCAAATCTGAATTTGATGCGATCAATTTGTgctgcaaatatttttttaattttttgtttttagatattcagattattttaaaattcaatgTGATTAATGTGAAATTCAAACTGATTTTGTTTAAATCAACTTTAATTTCAAtgtaaagtggaaaaaaatcagatttaaaaaaaaaaatccacatctTAACAAAGGCTTGAGAGTcgaaattaattttaaatgtgttataatttaATTCTGATTCAGATTTTAAACACTATATCAGAGCACCTCAGAAATGCAAACAGTTGATGccatttcagccaatcagcagtcAGTAAAAAATGCCCCCGATGGAGAATCTGAATTTGATTCGCTGAATTTGTCCCAACAAAAGTTTTAACTTTGGAcatctgatcattttaaaattgaatgTTACTGAATGAAAATTCAGGTTGATCTAATATAACTTAGAAATGACAACGTCAACATAAAACACCAATAATTCagatttatgaaataaaaatccgTAACAAAGGCTTGAAATGCCAAATTAATTCTGATCTTGGTGACACACTTCAAATTTGATTCTTCAATTTCTGGTTCAAATTTATACGTGACCTATCGAAGGCCTTCAGAAACGCAAACAATTGGCAGCATTTCATCCAATCGGCTGTCCATATAATAACAAAGGCTAGAAATtcaatttctaaataaaaataatttgaattttttgaTGACACGACACATCCAAGCAAACAAATGGCTccatttcagccaatcagctgcctctgaatttatttatttcactattttgtCCCTATtctttttctgtactttttttcaTAATTGAATGTGACTAAATTGGAATTCAGACCTAAACCTTTAAACTAAgcataaaaattcatttatttattaggaaATCCAAATTTTAGTGGCACAAATATGATTCCATATACACCAAACAAGAGTCCAATGATcgtttataagaaaataaataaataaatgtagtaaTGGCGTACTACTCGCTCCAACTGAGTAACACGGAGATAACTGTCTCATAGCTAACATTCCttaacagtttattatttttctcattttaaaaatgattgaaaattaaacttttttcaaCAAGACCTTCAAGCTGAGTACTGAgtgagtgctgagtgctgagtaGTGAGTGCTGAGTGAGTATTGAGTGCTAAGTAGTGAGTACTGAGCGCTGAGTAGTGAGTACTGAGTGCTAAGTAGtgagtactgagtgcTGAGTGCAGAGTAGTGAGTACTGAGTGAGTACCGAGTACTGAGTGCTGAGTGCAGAGTAGTGAGTACTGAGTGAGTAGTGAGTACTGagtgagtactgagtactgagtgcTGAGTGCAGAGTAGTGAGTAGTGGTTAACCAGCTTCCATCCAGCGAGCCATTTATTTTATCACCAGGTGAGATAATATCTTCTGTTCACTCcattaatctttaaaatatatatataacttaaaAGCCACTGATTAAGGAATAACTTACTGtagtgtttttactttttaaatttcaatatCATGAACTGTAATTTAAAAGTTAAGCAGGTATTATTTGGGGAAAATTTTTACACTGGCCCATGTCTACTTCTAATCATTTCACTTTTAGAAAACAGTTTTAGTGCACTTTGCAattggaagaaaagaaaagctgtaACCACGGACGAAAATCTCAGGACAGACGGCTACGGTGTAAAAATAGTGAAGGCAGGTGAAGACACCAGAATCAACAGCAAACAACAAAATCAGATTTAGCATTAGCCATATTTTGGTCTTTGCTaaaactgacagaaaaaaaaaagaataaaaatcacCGCTAGCCCTATTAGttccataacacacacacacttatcataAAGTGAATGCACTTCTTACATGTGCACTAATGAACCTCACAGTTACTTCCAGAAAAGCTAATTAACCCATGGTGCTCCATTTAGCATGCTCTAGCCATAAATCGTATTCTATTACCCTGACATTAGCTACAGTTTGTGAAAATATGGTGTAAtatgttataaaaacaaatctatacCGAGCTCAAGTTGACCTCCAGGTTTCTCGCTGGATAAAATACCCTTTCataagtcatttttatttcctcGTACAGTCGAGTCCAAACGTCTGAGTGCAATACAGCTAAGTAACACCTAATATATCCCACAGTATTAGCAATATTACATCTTTGAAAGCGGAAAACCTATGAGAAGCTAGTTAGGGCTTCAGAAGCTAGCTAACAGTAGGGGAAAACACTTTCGTGAGAGGATATTCCCATACAAAGCTAGCGAGGTAACATTAAAAATTCCCCAGCAATTAAAAgctagaaaacatttttaaaaatgttagctagctaatatgcaacatcaaaaaagaaacaaaaccaaaaatcctaaaaaaaaaaaaaaaaagaaagaaaaatatttaatggatAAATCTGAGGATATCCCCACACAAAGCTAGCTGATGTTAGCAATTAACATCTTACAgccaaactagctagctacccTGAGAAAAAATcctatatataaatctataaattaaCTAACACTAAAATTGTTTCAtagctaaactagctagctaacattagagtAAATCCCCTTTCTTGGGATATGCCCATaaaaagttagctagctaagataaaaaaaaacagggaaaaaactAAATAACAGAAAGATCTAGATATCTACATAACATCAGATAACATCCCATTTCAAgataagctagctagctcacattagAAAATGTCCCACagcaaactagctagctaatgttagggAAAATTTAGTTTCTTAGAGAATATCCTAACAAaaagatagctagctagttactaAAATTTAGGAAATGTCTCACAGCAAAACTATTTCACAAAATTAGAGAAAATTCCATTTGTTAGAGGATATGCTAATACATAGATATCTAGCTATCTAACAAATGTTAAGAAATGTACCATTAGCTAACATCAGAGAAATGTGTATTTGTTAGAAGATACCTTCATACAAAGATAGATAGCTAGCTCACATTAGAAAATGTTCCACAGAAaggactagctagctaatgttccagaaaaatccCATTTCTTAGAGGATATCCTAATACAAAGATAGCATGCTAGTTACCGAACATTAGTTAATGTCCAACAGCATAACTAGCTAGCGAACTTTAGAGAAAATCCCATTTGTTAAAAGGTACACTAATATAAagataagctagctagctaacagaaGTTAGGAAATGTCCCACagcaaactagctagctaaccttaGAGAAAATCCCATTGTATTTGAAAAGTGTATTTGTAAAAAGATATCCTAATACaaagatagctagctagttagtaaACGTTACGAAATCTCTCACAGGAAAcctggctagctaactttagATAAAATCCCATTTGTTAGAAGATATGCTAATATATAGATAGCTAGCTATCTAGTAAATGTTaggaactagctagctaacattaaagaAGCTGTCATTTGTTTGAAGATATCCTTAAACGAAGCTCTTTACCTAGTTAACCAACATTCGGACATGTCTCACAGTAAAACTAGGGGGAAAAAGTCATATCTTGATGTGATTCAACTGTAAAACTAGCTAGTTAGCGAAAACTAGTCACATCAGATACTTAACAACGCTTGTATTTGACACAGTCGT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Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU148116 True 6946 lncRNA 0.35 2 2306812 2313941
TU148117 False 6606 lncRNA 0.35 3 2280212 2313941

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
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atp2b3a atp2b3a,LOC108265719,LOC107755305,LOC107758015,LOC107699155,LOC107603076 coding upstream 428662 1820191 ~ 1851550 (+)
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mpnd mpnd,LOC106591182,LOC107750615 coding downstream 95384 2409325 ~ 2418955 (+)
LOC117597819 NA coding downstream 326770 2640711 ~ 2642606 (+)
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G125312 NA non-coding upstream 27696 2251442 ~ 2252516 (+)
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G125208 NA non-coding upstream 286808 1960604 ~ 1993404 (+)
G125334 NA non-coding downstream 35274 2349215 ~ 2351001 (+)
G125362 cpox non-coding downstream 43272 2357213 ~ 2358821 (+)
G125332 NA non-coding downstream 107617 2421558 ~ 2426331 (+)
G125337 sh3gl1,LOC108265290,LOC107750655,LOC107700047 non-coding downstream 117785 2431726 ~ 2432649 (+)
G125497 NA non-coding downstream 335748 2649689 ~ 2651252 (+)
alkal1 LOC108265007 other upstream 48072 2216102 ~ 2232140 (+)
LOC113535242 glis1 other upstream 292640 1877028 ~ 1987572 (+)
si:ch211-229n2.7 LOC108265723,LOC103028085,LOC108411637 other upstream 473422 1803475 ~ 1806790 (+)
G125062 LOC108265639 other upstream 933627 1344336 ~ 1346585 (+)
doc2d doc2d,LOC108265638,LOC108413517,LOC107665068,LOC107598995,LOC107755308,LOC107603001,LOC107699113,LOC107757985,LOC106602691 other upstream 1078286 1155413 ~ 1201926 (+)
LOC113535041 edem3 other downstream 531768 2845709 ~ 2918231 (+)
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wdr13 wdr13 other downstream 1436563 3750504 ~ 3777490 (+)

Expression


Co-expression Network