G130415


Basic Information

Item Value
gene id G130415
gene name NA
gene type non-coding
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047602.1
NCBI id CM018548.1
chromosome length 30442583
location 10519440 ~ 10524699 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>TU154002
gttttaaatgctTAAGATGGGCTAGTCAACCCATAAAATTGCTGTATATGATTAAGCACCTTGACTTGTTCAGAGTGCCTGGGTGAAACATTCCAAACAAGCTCTTAATGTTTCACAGACAATTAGTCCACATGTACAATAACAATCTGATCATTTAATGAGTTAAACAGATTATTCAGTTGCTCATGTACACCGCATGCTACAATCTTTTAATAGTATTACAAAATTAATCAGATTTCTAGAAATTTGGAAATGACACATGTAATTCAGCCCAATAATcagattattcattattattaattattcaagaAAGAACAGCATTAGTGTACACAGCTCCCGAATAAACATTTACCATTAAACCAACTCGGGTCACTTGAATCACAAGCAACTCACAAGATGTCTGTaaaattattgattaaaaaccatatagtgtgtgtgttaaaagaaaacattgtgGCTATTAATGTCACTGCTACTTGGTTGATAAAGATTTTATTACTTACAAGCCACTCAATTTTGAAAAATAGCAGTGCTACCACCAAGCTGACAAATGTAATTATTGGGCCTTATTTGTAaagagatttttaataaattgttcGCAGAAGGATTTACACAAGGCGTGTTATTGAAAGTCCAGTTAGTTctgtttgtaaaaatgtttgtatctgtatgaaagctcctgagtttgtgtaaatttatttgtaaGACGACCTGCTAATGTAAACCTTGTTTGAGCTTCAAGTTGTAGAATTGGATTGAATTAGTGTGTGAAAAGagcctacaaaaacatttattttactgaatgattaataaatgaggcccattgaaTGGACCATAAGATTACTTAAGTGTTGGTCAAGTTGTTTTCAGGTTTATTTCGTATACATAAACGGTCAAAATTGAGAAGTCCTGTAGCTGGACTGTGCCTCTTCTTATGTCTGGACATAAATCTGACGTGAGTCAGGTTGCATAACATTACAGATACACGTTGTTGCCCTGTTGCACTTCACTCGTGCGGGAAAATGCACGTCTCTGGAGCCGGCTTTCCCAGTTGCGGAGTCATGTGAAGGTGACTGGTCTGGCATACTGGGTGTGTCAGGTTATCATGATTTTCAGAGGAACTGCTGCAGAACTGGCAGAGAGGTGTGTAGAAGTTCCTGGGAATGGCACAAGTTGCATCAGTGTGAATGTGATTGACTCGACTGAGACTGCTGCAGGGCTTAAATACAAGTGCCAGTTTAATCCTTAGCCACCCTATTAATTCCAGtgttactatttttattaaataaactgcCTTGTTCTTTGACTGAATTACAGGAGTAGAGGCAAAACTGTCCCTAACGGTGCATATCACTTATCATGAACCTAAGTAGGAAGTACATTTTTAGCCTCCCTTCTCAAATTGCCCTTCGCTTGATGGACAGTGTGGGTGGTCCTGCCCATGTCTCTTGCTTCACTCACACTGTATCTACGATGGCAGCATTACCAATGTAAAAATACTGATCACAGTAACAGGAAGTATagacttcctgtttctgtgaTGTTAGGGTTGCACATGTTCTGGTAACTTGGTACAACATGCAAGCTTTAGAAAAGCTGTTTGCTGATcttcaggaaagaaagaaatcagctcaTGAAGCTATGGATTGTTATGATGGCTATTTCTGTTAATAGACATTCTAATTATCCAATATCATTGTAGGAATTCTATTGAAACCCCCTGTAccttaatgaacattttaaaaggaTGTGTTATAAAAAATGCCAATGCATAATTTTTTCTGACTCTTGTGATGTTGCAGTGTCAGTCATTTCTTTGTAGCTTCCACTTTCACTCTAGTACAGTGTCTCCTTTCAGTACTGAGGGTTTTCCACACTGTACCTGCTATAGGCCCCTTATTCACCACTGGAAGGGTTTCATATTTACCTAATAATTACcactccacaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaagtaatgtagCATCCTGAACTGGACCTTGGAAGCACTGTGTTAATATTGTAATCTGATAACATGATAACTCTTGATGACGTTAAGGATTTTGAAATCGCTTTCCACTTGTAGAAATTTGCAAAAAGAGTCACAACTTTTCATTCTCAGTTTGTGGTGACTGCGACCCTCATTAAACTTAGCCAAATATACTATATTTAGTTTCAACTTGTAAAACTAAATGGCAGCTGGTAAATGGTGTGAAATGAAGGCTTAGTGTTagcagtgtgtgtctcacaAACATTTAAATTGAGTTGTTATTGAGACTTGGTTCTAACGTTTTTCCCCATGGTGTTAAGGTGGAGGTGCACATGGGCATcctgatttgtgttttttactTGGACAGTGCACTCTGGTAAGGGTCTCTGTGTGAGTAATGTGAGAGGGTCTGTGTGTTCTGTACTCAGCAGATTTCAGACTGAGTCACGTCATTGCTGACACACACCCCCTCTGACACACAGGCACACCTTCACCCATGTCTCTGGTGACAAGCCCTAACCATGACTTGCAGATTATCATTTCACAACTGATCACTTTCAGCAAACGGAGAACTTTTAATTCCAAATTTATCATCCATATTATACCTAATAAATCATATTAGGTCCTGGAGTTTCTGTCTTTGTGGGAATGGTGGTGGAAGTGTCCTCCTTAGAATTTTCAGCATGTTCTTATGTTTCAAAAAaggttttttaattaataaacatgaaaaaatttgttttaaaagctTGAAAACCACCACCAAGAGTTTTTGAGTGAGGTGGTCTGTATCTGGTTCCAAGCAAACTGCGGTGTGGTTGGATTGGAGTGAGAAAGCGATTTGAGCCAACTgaaggaagtgaatcaaacgtGCCTTGAATTTTGGGGTGCGAACTGACCCATGAGGTGCAAACCGAGAAGAAGGACAGAGGTGTAGTGCTGCAGATATGTGACGTGTTGTGGATGGACTGACAAACAAAAAGGGAAATTAAACAGTATATGCGATACAATATCTTAAGCTTagttatttaaatgattatctaatagtttatttttagCACCGCCTCTGTGTTCTTAATGCGTGGGGAATTTCCTTTTTCGCAGTGTAATTTAGTATCCCATAACCACATTAAACTAGAGTCAGGAAATCATAATACAATATTTGTGATAAATTTGCTATTTTAAGTTCCTGAGTTAATACAATTGTTTGTTTAGCTTCTGTAAGgaactctgtctgtgtgtctgtatgtgtaacTGAGAAATCGGTCAATGTGTCAGCAATCCAGTTTTTTAGTGCTAATTTGGATCCAAAGCTAGTAGCTTGTGCGTGATTCAGCTCAGGGTTTGAAATAATCAATATTGAACAAGACCATGCAAGCCCAGTTCAGCTGTAAAAGCGTTAGCCTATCAAAACAAATTTGAACTggcatatttacaaaaatgaatataaatatttttaaaattcaaatgtttGATTGCACATTTTCCCTTTAGATTCCTAACATACAAGTCTATAAAATCCCAGACCATTTGGACAAAAGACCTTATTTCTTTATAAAGGAGAAGGGGTCAGACAATAGGCATCACTAGAGTTCTGTCGTGAGAATACCGCCAAAATTGCTGTGAGAGAAAGAATAAGACAAGATGTAGGCTGTGTTATAAAAGCATTTAAGTgcctgggagtccaagagaccAAAACTGGCCCTGCTCTCAGGGAGGgaaggatggcatactctctcgcCCCTATCAGTCGTAGCGATGATGGCCAgtcatgggcgtctgtgagctcacacATGCAGAACTGGGCAGATATTGCtttccgagtgtgttacgctgcccctTGACGTTGCAGGAGCAGCAGTTCTAAAAAATGCGTTCGGGTTGGCTTCACGTGCCTCGTAGGAGGTACGTGATAGCCTTCGCCCTCCCTGGTGTTAGGGGAGGCtatgactaaattagggagaaaatcggGGGGGAAATATCCccccaaaataataaataaaagcatttatgaCCGTGCACTTAAGAATCTTGCAATGATTGGTGAACAgttctgttttaaattaatCAGAAACACTGaagtttattataaaattatgataCTGCTGTGTGCTTAAGAAAGCAAGTTTTCAGCATCCTTGGCTTTGTTTTCCATGAGCATGTTAACACAGACCTTCTAACCTCATCAACCCTACACATGTTTGAGACCAGACCCAGCCCATGCTAGATAAAACATGGACCTCTACCCAGCAGGACTAAAGGGTGGGAGGAATGCTAAGCTGATGCCTGTCAGATGGAGATGAGGCTTGGGAGACAGGTCATGAAATTTATTTAGATGGTACTagacacatacacccacactgGGTTGTGGTGTTTTGAGAGGAGGTACATCCCACTGACCCACCTGATTACATTCTTTGGTGTGGCCTCAACACATGGAAGTCTTTAAGGAACACCATGGGGAGCTGGAAGAAGGAATCTTGTACTAGATCTCCTAAGACCTCCAGCCAAAACCTACATTAAAAACATAGTGTAGACAGTGTTAATAAGATAAAGTGAGTTTATCGACTGTTTGGTATTTCTTGGCGATGGCGATTGTTTGACTGGCAGCCAAGATCCTCCTAAGAGGAATCTTGGGGATGAGGTCAAAGATTAGATTTAGAATTACACAATGTAGTTGTTTCTTGTAGTTTTCATGTTTGGAAATAGACTGTTTATCACCACTTTCATAATAAGCTGTCTGGAAGAGTTGCAAGAAAGCTACACTTCTTGAGAGAATCCCCCAAATTGCAGTGCCTGAGCTTTATAAAGCATCAATAGAACTACAGTTGGCTTCATGTGTTGTCGTGTTGAATTTTGctaagtaccaggatatttcagcCCCAAACCTGGCTGCCAGGTTCAGACTGGGCCAAACACAActccacagaaacacagaagtGTTATGCAAGGACCATCTCACTTTCTGGATTTGAACCCTACTAAAACccctgtggtctgaattgaagcGGGAAATCTACATGCACAAATCTAAGAAAATAAGAGCTTTACATATTCTACATGGTGGAGTAGACTGCTCTATAGGTCCATCTGTAAGTGTCTGCAGCCTTGTTAAACATTACAGGAAAAGACTCTGTGCTGTTATCTCTCCACGGGAGGAACCACACAATAATAATTGTAACAGTACCAattattttgaagaaaaaaaaaagcactactTAAACTGtt

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU154002 True 5208 lncRNA 0.39 2 10519440 10524699

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
si:ch211-254n4.3 fam19a3,si:ch211-254n4.3,LOC108425093,LOC107669582,LOC106517667,LOC107711931,LOC107591764,LOC105928018,LOC107562776 coding upstream 239506 10168385 ~ 10279934 (+)
mov10b.2 LOC108265909 coding upstream 441919 10056229 ~ 10077521 (+)
wnt2bb wnt2b,LOC108425044,LOC107562779,LOC107669677 coding upstream 488252 10013340 ~ 10031188 (+)
cttnbp2nlb cttnbp2nl coding upstream 554344 9934292 ~ 9965096 (+)
ddx20 ddx20,LOC107556298 coding upstream 860881 9651871 ~ 9658559 (+)
kazna kazn coding downstream 106782 10631481 ~ 10681269 (+)
fnbp1l fnbp1l,LOC107757999,LOC107599010 coding downstream 219026 10743725 ~ 10790914 (+)
slc5a9 slc5a9,LOC107757988 coding downstream 350711 10875410 ~ 10883004 (+)
gclm gclm,LOC107699464,LOC107599012,LOC107657862,LOC107757997,LOC107603255 coding downstream 358836 10883535 ~ 10894051 (+)
dnttip2 LOC102796155 coding downstream 370740 10895439 ~ 10902076 (+)
G130285 NA non-coding upstream 372306 10085561 ~ 10147134 (+)
G130231 NA non-coding upstream 485875 10033350 ~ 10033565 (+)
G130021 NA non-coding upstream 803572 9715656 ~ 9715868 (+)
G129996 kcnd3 non-coding upstream 847105 9672067 ~ 9672335 (+)
G129971 NA non-coding upstream 916908 9600195 ~ 9602532 (+)
G130412 NA non-coding downstream 22280 10546979 ~ 10549067 (+)
G130459 NA non-coding downstream 229101 10753800 ~ 10762869 (+)
G130492 NA non-coding downstream 337705 10862404 ~ 10862638 (+)
G130608 NA non-coding downstream 383655 10908354 ~ 10908717 (+)
G130609 spata6 non-coding downstream 385194 10909893 ~ 10910207 (+)
G130390 NA other upstream 161125 10357946 ~ 10358315 (+)
LOC113532719 LOC108265185 other upstream 853747 9660815 ~ 9665693 (+)
cebpb LOC108265421 other upstream 1048161 9462088 ~ 9471279 (+)
G129247 borcs6,si:dkey-72l14.4,LOC107717508,LOC107711970,LOC107556497,LOC107669648 other upstream 2206784 8307164 ~ 8312656 (+)
LOC113526371 NA other upstream 2547691 7968235 ~ 7971749 (+)
zmynd12 zmynd12,rimkla,LOC106567384,LOC101062827 other downstream 19220 10543919 ~ 10563561 (+)
tmem51a tmem51 other downstream 158379 10683078 ~ 10696831 (+)
abl2 abl2,LOC107657876,LOC107699422,LOC107599009,LOC107758002,LOC107707589,LOC107603207 other downstream 182020 10706719 ~ 10741425 (+)
mrpl55 mrpl55 other downstream 345420 10870119 ~ 10874126 (+)
LOC113530800 LOC108266038 other downstream 1097603 11622302 ~ 11633844 (+)

Expression


Co-expression Network