G134604


Basic Information

Item Value
gene id G134604
gene name NA
gene type non-coding
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047602.1
NCBI id CM018548.1
chromosome length 30442583
location 18031925 ~ 18039306 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>TU159027
gaaaaatataatatgtgTGGGCGAGAGGTGGACCCACTGTCCATGCGGCCGTGTCTGCAGCGCATAAGGAAAAATATAGGGGGATATCAGGGTCAACTGAACTTGTAAAACTTGCCATCTGTACCTTACAGTAAGAGGAGAGTGGGTGGGGATAAAAactgtactgcagccagccactagagggtctcagagacattttggcttcacttctGAATCCCTGTAATGACGTCCACGCGTATATTCAGTCATTGGATTTGCCACACTACTTCCAAGTATTGCCCAGCAATGCTGTTTTTCATAGCTGGCAGAACGGCAACGTTGCATTTAGTCAGTGAATAACAATTATTCTAGCACTAATGGTGATTTTCTTGTAGAATCTATGTAAAAAGTCTATTCCTGATACTATTATGATCACATTGTGTCATCCAGAGCAAGTATGGCAAGGGAGCGTCAGTGGCCTTTAAGTTTCCTTGGTATGAGTGTGCCTTCagaactagctagctaggttagcAGTGTCAGGGAAAGTAACCTTTACTGTGAGATATGAGCACATATGATTTATTTGGCAGTTAGGCAGTGATGTTACATTATACCATTCCTTGTGTAACAGAGTTATgaatatacagttgaggtcaaatgTTTATATAGatctaggctaaagacattgaAACTTATTtccacaactccacacatttcatgttactatatgcttcctgtgttaagtcaacTAGGGTATTTATTTTCCTAAGAGGCAATTTCAAAATAACAGTTAAGAGTTACTTAAACTTTTATTAATCATATCAGCTTTTCAGTGGGTGATATGTTTGTTAGTATGTGGGGGCATTGCCATGTAATTGCTCGACTTGACTCAAGCACTTGGGATAGCCtcccacaagcttctcacaatactttgccaGAATTTTCgcccattcctcctgacagaactggtgtaactcagtcaggttttttGGCCTCCTGAGATTTagtttttcagttcagttcacaaATGCTCTGTGGGGagtcaggtcagggctttgtgatggccactcatATACATTCACTTTGTTgcctttaagccattttgttacaattttGGGCCCAGTTATGaccacatttaaattttttgacGTAAGTCTTGATCTGTATTCAgcatttctagataatcctcttTCTTCATGAAAGAAAATTATCTatttctattttctgaagtgcaccagtcccttttccaggaAAAGacccccacagcatgatgcagTCAACTCCTTGCTTCACAGGTTGGATCATGTTTGTAGGAGTAAAAGCCTCaccttttttcctccatacatatTGCCGATCATTATGGTCaaacagttacatttttgttttgtgtgacCAGACAGcactcctccaaaaggctaGGTCTTTGTCCTGCTAACCACCTGCAAACTTTACTCTAGCTTTTTTATGCCGGTCTTGGAGTAGGGGCTACTACCTTGCATGACAGACTTTCAGGATGTGGCAGTGTAGTGGATGTATATAATTTGGTACTTGATGCTTCCAacaccagttcctttgttgttgtgcAAGTCAGTTGAACCTTTTAGGCTAAAGTTCATTCATCCCTGcgagttaatttgtgcctccttCATGGACGATGAAGTGTCTATGTGGTACAGATGTTcgtggtaccttcagttgtttggacATTGCTCCTTGGGATGAACCAGACTTTTGGGGGTCCACAAGGTtagctgagttgcttggattctCCTATGGCATCAAGGGCAAAATATCACTGATTCTAAAAATAGGACCTTAAACACAGCTACATGTGCCCTCCCAGTTAAATTctaattatgacaattggccaatcagaGGCTTCTAAAAGTGATTATGTAAATTtatggaatcttccagactttaaagagacagtcaacttcGTGTACATTTTTGACCccctggaattctgatataataaattaaagatgaaataaatctgtcgcTAATCATTGGTTTTACATTACCTTTGCTGTGAACAACATACTGTAGATGCCCtaattgacttgccaaaagaaatgaatggagacatgaaatgtgtggagttttgaaaaaaataatatagttTATCTTTACCCtaggcatatgtaaactttggctcaaataaactttttttcagatgtttgtATAATTACACATAATGTCACGTGTCAATGTGAGCCTGATGAGTTGCTGCATATGCCATCTTATTGTGATGCCTGATTCTCCTCCTGCTCCTTTATATCCTCCCCCCGACCCCCAAATgtacataagtacacttgtaGGTTGAAtattatattcaattcaattgaatTCTGCTAGAGCTGGTAGCAGGCAGGCATTTAGGCATGTTCAGCATCAAAAACATGCCTAggtaattaaatttttataccAGAGTAATcaaattttacatgttcataTCTTCTTGTCAGATCCAGTCTGCTACTTAATTTAGCAAATTCACTCAAAACTTAATGTGAATGTCCCTATTTTTTCATAAAACTTCCACTGACTTCATGCCATTCATTAATTCTGATTTGGCCCCATGCAGCTTATAACTCGTACCTTGAAATAGGCTTATACATTTTTTCCCTGctgatgataaatgatttatTCATCCAGTACTGTTAGCctaaaaaagacaagaaaacgAGCATTTCAATGTCAGCAAAGTAGGGGAGGGCATAATTATATTACCAGCTCTGCAGTCGGAAACTGCAGCAATTGCAAAAATTCAGGTGGATGTGGGGTTTCGAAGTGACTCTGTGATGCAGTAGTGTTCAGTAAACAGTTTAGATATTGATATGTTTGATATAATCTTTTTACAACTTCATTGCCTAATGTacacatggctgacattttcgAAGTTGATCTGCTGCTCAGTGTCACCGTTAAAGTAAGAAGTAGTggatttaatcattttctaattgctatttatattatttaagtgTTCGACACTTGATTTGACACTTTCTTgtaggtctggtaatataatgtaattggCGATAAAACGTCCCTGGAAAGCATAGTGTAGGTCCATGCATCCACAGATAGGGGTCGCACCTTTATTATAGGTACATTTACAGCAACCAGAACTACGTAAGACGAGTATACATCACCCCTGCGAAAAATCAAAAGGACTTCACCAGCCTTTGTTGACACTCTCTGGGCCCAGCAGGCAATTTTAATGGTAAGTGAAACCACTGCTTTCAACCACTGCTCCTTGAGTTATAAAGCCGACTGAACTTGATCAGGAAGTGAATCCACGGAAGGATCAACCTGCAAAATGCATGTGAAGACAAACTAAAACATGCTGCATCACCATTCATCAGCACCTAACACTGCACTAGGACAACTCCTTCAAAGGCCGCAATCAGCGTTCATTCACACAGATGCTTCAAAAGCTCGAGTTGCATTCTTCTCATGCTCATGACGAACTAAAAACAACTCCTAGACTGTACAtctgtactgtacattttaggATAGTGTTCACTATAATTTCTTTCACAGTTTTATTGTGGTGAATCTGCAAACTGTTTGTTAAAATCAGTAGTCTTTTAAACAATGGGAATCGTGCGATACGAatctccttccttctctctttgatctctctctctcttatctttGCATTTGAGCTCACTCTGTGCTTACTAACATGGTCACGCAGTCAGTGAACTCCGTTTATGTCAAGTAAAAATAAGATCCAGATTCTGTAGCGTTATTACCATTAGTGCACTTTGGAACTTACTTTGTCATcggaaatatttttatagtttctatCACTGGCCATCCACcatgtgcatgttttttaaagTCCCTGCCATATTTCTATTCCCTGTTGTTGTCCTTGTTTCATATACCAGGAAGCGTGGCCATGTATCTCACATGGTTCATGTTTATAAGCAGAGTACGAATGCACACACAGACGCTTAAGCTCTAGAGCAGAGtgcatatccacacacacacacacacagacacacgctctctctttcccttatgcacatacatgcacatattcctttgtctgtctctatttAGAATTAGGTTCATGGTTAATAGTTAATTGgtgtttattgttttctgtttcaatAATTGCTATATTATTGAACATCTCATTGCCTTGTTGTGGCTATTACTTTGATACTGCGAGAAGCCAAACTATTCAGAACTAGGCCTTCAGAAACCAAGtcattgatttttattgttCTCAACTAAAACTgaggttttaataattttgacttttatttaaaggtttgtaatttttaattttgaattaaaattctAAACATGAAAAGGGGATATTCTATGAGACTGATTAACTAAGGAGACTGATTTAATGAGGCTGATCATTTCATGAGACTGaataattaaatttacagtgaagcactacactcactgagcactttattgcacacaccattctgagtaaactctagagacttttgtgtgagaaaatcccaggacagTTATGgaagttatagaaatactcaaatcaaCCAAACTCAGCCTAGAGATGACAAAAgaatgaactagtttttctgcatcttgtagtgatatatttttttttatcttggcATTATTTCTGAGATGGAAGAAGattatcctagtaatattatctacatgagcttcaaatgagagactggagtcaataatcacaccaaggccTTTTACTCTTTCACATGATAcaactgaaaggccatccagagctACTCTATAATCACAAAGCTTGCTTATAGCTTATTGCCTGAGGTCCTAGTTGAAATACTTCTGTCCTTTTAGCATTAAATAGGAGGAAGTTATTCAACATATGTCTAATATCCTTTACACaatcctcaactttattaagctggtgtcttgtcatctggctttgctgaaaaatatagctgtgtgtcatcagtatAGCAGTGGAaactaataccatgtttatgaataattgtaCCTAGGGGTAGCATAGAGAGAGCCATTGGCTTATAGTTAGACAGCAG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Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU159027 True 7349 lncRNA 0.37 2 18031925 18039306

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
polb polb coding upstream 92230 17928424 ~ 17939695 (+)
enkd1 NA coding upstream 115286 17905804 ~ 17916639 (+)
lhx2b lhx2,lhx2b coding upstream 410279 17611386 ~ 17621646 (+)
crb2b LOC108264959 coding upstream 582863 17411108 ~ 17449062 (+)
seta seta,LOC108265615,LOC103031932,LOC107752982,LOC107699670,LOC107754404,LOC107560061 coding upstream 679335 17349316 ~ 17352590 (+)
plat plat coding downstream 48635 18087941 ~ 18118075 (+)
snrnp200 snrnp200,LOC107686403,LOC107602857,LOC106585548 coding downstream 104741 18144047 ~ 18191595 (+)
vsig8b LOC108265910 coding downstream 164851 18204157 ~ 18215143 (+)
acaa2 acaa2,LOC107671002 coding downstream 202623 18241929 ~ 18251704 (+)
rpl6 rpl6,LOC107699672,LOC107671003 coding downstream 213440 18252746 ~ 18258724 (+)
G134586 NA non-coding upstream 83963 17947331 ~ 17947962 (+)
G134557 NA non-coding upstream 130020 17901705 ~ 17901905 (+)
G134553 NA non-coding upstream 134326 17897388 ~ 17897599 (+)
G134551 NA non-coding upstream 135483 17896233 ~ 17896442 (+)
G134550 NA non-coding upstream 135994 17895711 ~ 17895931 (+)
G134598 NA non-coding downstream 34829 18074135 ~ 18084479 (+)
G134655 NA non-coding downstream 82573 18121879 ~ 18122161 (+)
LOC113533180 NA non-coding downstream 231190 18270496 ~ 18271764 (+)
LOC113533181 NA non-coding downstream 232639 18271945 ~ 18272850 (+)
LOC113533555 NA non-coding downstream 356555 18395861 ~ 18416432 (+)
G134341 NA other upstream 735042 17296111 ~ 17296883 (+)
gucd1 gucd1,LOC102792582 other upstream 1163157 16859976 ~ 16868768 (+)
bicdl1 bicdl1,LOC107724381,LOC107699624 other upstream 1293941 16716133 ~ 16737984 (+)
mtmr3 mtmr3,LOC107699659 other upstream 1410159 16580257 ~ 16621766 (+)
si:ch211-166a6.5 LOC108265755,LOC107714554 other upstream 1612416 16402748 ~ 16419509 (+)
pbx3b pbx3,pbx3b,LOC108434408,LOC107550583,LOC107669256,LOC107555108 other downstream 396879 18436185 ~ 18681932 (+)
G135287 LOC108265174 other downstream 1448181 19487487 ~ 19502643 (+)
LOC113533656 gnas,LOC108261582,LOC108265241,LOC108434415,LOC104936173,LOC102796627 other downstream 1786492 19825798 ~ 19902367 (+)
LOC113533164 abracl,LOC107727609,LOC107558932,LOC107553474 other downstream 2141462 20180768 ~ 20185618 (+)
LOC113533440 erc2,LOC108264953 other downstream 2183109 20222415 ~ 20442191 (+)

Expression


Co-expression Network