G140884


Basic Information

Item Value
gene id G140884
gene name NA
gene type non-coding
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047602.1
NCBI id CM018548.1
chromosome length 30442583
location 29239482 ~ 29246316 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>TU166461
AGGCCAGCACAGGTTTTATTCAGAAGGACTTTGACAGGTTCGGCTTCACATGCAATCAGCGTAGTATGACACCTCTCTCTTCAAATCACATGtgcgtatatgtgtgtatatgactgtatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtaagtgtatggaagtgtgtgtaagtgtgtgtcaCGCACACAGACAATGGACAGAAGTGACACACAAAGTGCAAACCTTGACGTGGGCACTACCCGGACTGCACGGCTAAAAAGGAGGCACTTCGTTTGGATTTGACTCTCGCGATGAGAAATGAGAAACGAGAACCGTGAATCCCGTCGTCTCCTGcggttgaaatgaaaaaaaaaatctcctcgTCGTATCGAGGGACGacggggaaaaaaatccacttcggttcctttttttttttttaaatttttttggtcATTGTTTAAAAAGAAGGCAATGTCCCTTTAATGCAGCATATTAGCTATGTCACCGCTAGGCACGTGCTGATAATCAGTGTTTCATTAACGTCAAAACTAGCTAACGTTTATTACAAATTTGTCCgccatgtttttaaatgcattttgtaacacagcaaacacaagaCTACCTTTCCAAATTGCGCACATTTACGTTAATCCTTAGCCACATAGCTAGCCAGGTTtataacaagctagctaacgttagctagacTACTTTATTGTCTAAATAAATTTAAGTGTGAGGTTTGCTAGCGTTTTATATTGTCTAGCCAAGTTTGCTAGCATGAGATCTCATACTCCGTTGCCTACACGGCCAGCCTCCATCCGAATCGATCACGATTTAACGGattatcggcacatgcctaGTCACAGAACAAATCATTTGTCATATCGCATATGGAAAACatacattattcatattataataCATCGAGTGTACATGTGTAACGCTAATGCATTGAAATAGAAATTCATGCTCCAAATAAGACACAGGGGAATGACGTATTAGCAAATAGAATCAACATCGTTATGTCGTCATCAGGCCCTCGCTATGAAATGTCACGAACGGTTAATAAATCATCAGCACGCCATAATGCTCAGGATGGAAACACTCTACGAAAATACAGCAACACCTAACACGACAGCCTAGTCAGTCTTAACCAATCACGATGTACGGTACTGCATCTACTATAATGCTAAAGTCTTCCTTCCAAATAACAGAAATGGGCCATtcgcagaaagaaaaaaaaaaaaaaaaaaaggattcagcTCTCTTCAAACGACTCATATAAACGAATCAAAATCAGGTGAATCAATTCAATGATTCATTTGAATCAGAATGTTTAATGTTACGTTGCCTGACGTTAACTAGCAAGCCATGTTTGCTAGAACATTAGGTAAAGTATTTTGGTGATGTCATGCCATCAAGATTTCTATTGGCTAATCACATGTAGCTTAAACTCTGCCCATGTTGACCGTCTTACTGAGCAAAATCAGGACTCTGCGCGTAAAATAACATTAGCGGTTTAGCATTATTTGGTACAACCAGCACATAATCTGCAACATTGTTCAGACTTCTGGCATTAGGAGGCTCAGAGTTAGCTAAATTAGACAGCTAATCTCTCAGTAATCGCCTCTggtaaatttagctagctagctagctaactctgTTCTGACGTTTACCAAGAGGAGGCTTTGCTTAGAAGAGTTAGCCAGCTAGCGGCAAGCTCCTGTGTTAATGTCCACGTCAACGGAACTTGGCTGCGTGTTTTATCCAATTCGtagctgtttatttataattatagaaTAGAAAACTGACGCAGGATCAATGTGCTTTAAGCTATGCTCAACTATGTCGACTTGAGCTCAGCCTAATATGGatgtttattttgatatttctcATGAAAATGTTAAgccaagttagctagctagcaaaaaccTCTCATGGTGAttgtaactagctagctagctgagtaACCAATGTCAGTCAGCGTAACTTAATGGATTGTTACTGCTataatctttttctttctctttttaagaATTATCTTAGGTAACGTTGCTAGCTGCTAGCGTTTCTATGTTCTTGTTTGTTCTTACAAGATAACTTAGTGAGACAAGGTAACTTAGACACAATCTGCGAAATAAGAATCATAAAGCTTGAAATTGATTCACTTAAATGAGTCGTTTGAAAGAATCAAATCACTGCAGTGAATCACGATTCTCCGTCACTACATATTAACAGACCAACACGACACAAGGCAGTAacggcaaagaaaaaaaaaactcccggGTGTTTCCGATTTCCCCGGTAAACTCCCGACGTGACTCCCGGGAGAGAAACGGGATTTATAaattctatattaaaaaaaaaacaaacactaaaaatTCTACCATTAACCCTGATTGTGGCACGACAAAGTTTCTCAGCACTGCTAACAGCTACGTGACACAATCCTGTACACGCTCGCACCGGCCACTCGGCTATCGCGTACATCTTCCCCTCCGCACACACCGGGGGACGACTAGAGAAATGTTCATGTCTACTAAACGGTACTTATAAGAAACGCAACTGGAAATATCTAGCTTATCCGAAGAGAACTGGCTCTTTGTCCCTATACAGTTTTCATAACGGAATATTTGTATACGAATGATTAGAAAAAACTGGACCCGAAATGTTTTTAGTGAAATCACAACAATTCCCTGTTAACGTTTATTATAAACATCTAGGCTTTTTCGCACTAATAATACACAACTCCTCAGCAGGCATGTGCCGATGTTAACCTTCCATGTCACGAATATTAGCATAAAATTTGTATGTTAACTTACGTTTTGCCTTTCACGGACTAAAATGGTGGACTTTCGCCTTCTCCAAAAAAGGACGCGCCATCAAATTTACCCAAAATAATCAACCTTACAAGAGAGTCACCCTTCCCAATAggactttagctagctagcttgctagctaggtTAGCATTGTCAGTGATGGATAATCTGGCTCCACCTAGCTAAACATGTCTAGTCTGATAAATATTGCAGAATATCATACAACCTaattatcagcacatgcctactTTGACATACGTAGACTGAAATCTAAATACTTAGATGTTTATCGAGAACAAACATGGCACAGTTTCACTTCAGGCACCCTATTTTGAAGTTTAACGTATAATCTGATTCACTAAAGAAATGAACTGCGTGCTTTGACTTTACATTTGGCGAAGTTCTCGACATTCCAGCCAAAGTAACCTTTCCGAAACACGCCACGACCGTGATCATAACGACTGATCGGTTCAGTAATACATCGCAAACGCCCATTCCTTACACGGTACTTAAACCGTTTATGATTTCTTTtcgctttaataataataataataataataatattaataatattaataacaataatgttaaaaagcactgaaatgCTCCGTCCGGTTGACATTCAGTCTAAATCCATGATACTTGTCCACGATACGTCTGAAGCTAGAAGAATGCAGCTGTTAGCCACCGCGTGGAGTGTCTCAACGACACGAAGTGGTGTAAAACTGTAATGCTGTGGAAAGTAGATGAGTGAAGTGGTGTGTTGAGGTATGCTGGTTTAAGGTGAACCTGCTTTACTGAGTGTAAACAGTACGGTGAAAACGTCTCGGcttcggaaaaaaaaaacagccgaGACTGGAAGGAGAGCTGCGTTTGTTAACGCCGCGTTCGTTAACGCTGTGTTCGTTAACGTTGTGTTCGTTAACGTCACGTTTGGCAACGTTCTGGAGATGAGTGCAGTGGAGATGAATATGtctgtgaaggtttttttttcagtcacgCAAGTCACTGAGAATCTCCAAGGAGTAAGACGAGGTGACCGGACTTGTGTCGTCGCTTTCAAGACAGTATGATACGATATTTCTTCTCGACAAACGATCCGAAGTTTGAAATGTCTATTTAAAGCAGCTAAAGGTTcaatattatatgatataatgCAATATGATGTGATGCACTTTACTGTCAAAGAAGCACCACGATAACACAAGTCTGGCTGCTTCGACTTCGACTTACAAATATTCGATGAACAATCAGCGTCTCTTTTCAAATTCCACTGTGACTTCTTCGACTGTTGATggatttaaaaggaaaaaaaaacatacaacaaaGAAAGCCATCAACTGGTTTTCCTTCATGTTTTGGCCAGCAGGTTTTGGCACATACAGCATTTCTTCGTTACCCTGCGTTCACACCGGCAGTGAGACTCGGTCATTTGGAGCGACGATCAGCAAAgagaagtgggcggggctaaggGACACGACAAATGCTTCCGAAAGTTGCAAAGTTGTAATTACGAAGTCATCAGAGTGCACCGTTAACATAAGCTAGCTTAATCAACTTTGAAATTTTTCCTAACTACGTACATCCATGATGTAATTGAGTTATTTAGAAATGTAGAATTTAgaaaaagaattatttaatttttttaatgtgaaccAGCGAAATAAATCGACAAAACTTAGTAACCAATCGGAAACTCGAGTATTACGACGGTTCCCGGAGCTCTTCTTCTTGTAAATGTGTCTTTAACGGACGTTTATGTGCAGCCTTTAGGTTGCGAATTCTTATTTACGATAAATCCGATAGAAAGTAAAGATGCAAATGAGAAGAAAAGCGTTAGCCAATAGGAGTGAGGCACAGTGGGACTATTTTTCTGTCGTGATTTAATGCTTTGAAATATATCGGAATGTacgaaatatttaaaaaatgtttggagaaattttttaaaatgaagctagctagcttaaatAACTGTGTGAATGACGACATATGCTTTGTTACTAAAACTGTCTATTAAttaagatttttattatttatatatatatatatatatatatatatatatatttaaataattctgTAAATATTAGTCGCATTGATTGTGCAATGCAGCTAAACACTATACTTCTAAGAAAATTTGTGAAGGCGACCACTATATTATCTAGGTGCTAGCATGGTTACCACGGCAACCAGGATTAACGTT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Function

NR:

description
unnamed protein product

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU166461 True 6733 lncRNA 0.39 2 29239482 29246316

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
pold2 pold2,LOC107747204 coding upstream 61069 29167480 ~ 29178413 (+)
sf3a1 sf3a1,LOC107564451,LOC107550953 coding upstream 74494 29153546 ~ 29164988 (+)
glt1d1 glt1d1 coding upstream 744449 28468419 ~ 28495033 (+)
si:dkeyp-14d3.1 tmem132c coding upstream 826323 28196856 ~ 28413159 (+)
LOC113546156 NA coding upstream 1129384 28103189 ~ 28110098 (+)
bag4 bag4,LOC107702866,LOC107548251,LOC103396927 coding downstream 60695 29307011 ~ 29313313 (+)
LOC113546128 LOC108265329,LOC103021710,LOC108414840 coding downstream 69503 29315819 ~ 29318495 (+)
rsph14 rsph14 coding downstream 72706 29319022 ~ 29325104 (+)
si:dkey-220o5.5 LOC108265324 coding downstream 108667 29354983 ~ 29409064 (+)
si:ch73-138n13.1 LOC108265491 coding downstream 165511 29411827 ~ 29472922 (+)
G140830 NA non-coding upstream 73276 29158731 ~ 29166206 (+)
G140759 LOC108265444 non-coding upstream 491027 28582894 ~ 28748455 (+)
G140754 LOC108265443 non-coding upstream 495068 28577545 ~ 28744414 (+)
G140755 NA non-coding upstream 495645 28631888 ~ 28743837 (+)
G140765 NA non-coding upstream 599745 28638119 ~ 28639737 (+)
G140910 NA non-coding downstream 50734 29297050 ~ 29297797 (+)
G140935 NA non-coding downstream 174564 29420880 ~ 29421294 (+)
G140943 NA non-coding downstream 257367 29503683 ~ 29504872 (+)
G141242 NA non-coding downstream 673416 29919732 ~ 29937740 (+)
G141247 NA non-coding downstream 691192 29937508 ~ 29954068 (+)
slc7a4 slc7a4 other upstream 436308 28748834 ~ 28803174 (+)
arpc5la arpc5la,LOC108265305,LOC108411248,LOC107571143,LOC107753090,LOC107550963,LOC107676626 other upstream 1212032 28019184 ~ 28027450 (+)
dbnlb dbnl other upstream 1379780 27838245 ~ 27859702 (+)
nr6a1a nr6a1,LOC107563838,LOC107721088,LOC107678448,LOC107698081,LOC107753334 other upstream 1749021 27405450 ~ 27490461 (+)
LOC117597881 LOC108265326 other downstream 79618 29325934 ~ 29351762 (+)
LOC113546008 LOC108264940,LOC108412050 other downstream 613872 29860188 ~ 29876280 (+)
LOC113546064 hps4 other downstream 657197 29903513 ~ 29929070 (+)
G141234 hps4 other downstream 663713 29910029 ~ 29929154 (+)
ggt5a LOC108264907 other downstream 782545 30028861 ~ 30040856 (+)

Expression


Co-expression Network