LOC113533795


Basic Information

Item Value
gene id LOC113533795
gene name NA
gene type non-coding
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047605.1
NCBI id CM018551.1
chromosome length 26640196
location 15713433 ~ 15755867 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>TU215579
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Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU215579 True 3865 lncRNA 0.43 3 15722653 15744437
XR_004579097.1 False 2579 lncRNA 0.41 4 15713433 15755867
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XR_004579099.1 False 2549 lncRNA 0.41 4 15724374 15755867
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XR_004579102.1 False 2423 lncRNA 0.40 4 15714252 15755867

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
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gpr52 gpr52,LOC107655251,LOC107715120,LOC107599442,LOC107592687 coding upstream 502668 15205449 ~ 15210765 (+)
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cilp2 cilp2,LOC107728576,LOC107719612,LOC107599460,LOC107655229,LOC107687716 coding downstream 85130 15840997 ~ 15855719 (+)
cbarpb cbarp coding downstream 256601 16012468 ~ 16030851 (+)
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G181945 NA non-coding upstream 330256 15373220 ~ 15383177 (+)
G181946 NA non-coding upstream 336206 15376076 ~ 15377227 (+)
G181944 NA non-coding upstream 340463 15372758 ~ 15372970 (+)
G182154 NA non-coding downstream 42816 15798683 ~ 15799329 (+)
G182155 NA non-coding downstream 48680 15804547 ~ 15804748 (+)
G182152 cirbp,LOC108271114 non-coding downstream 117143 15873010 ~ 15885825 (+)
G182167 NA non-coding downstream 137425 15893292 ~ 15893527 (+)
G182115 NA non-coding downstream 182233 15938100 ~ 15987981 (+)
borcs8 borcs8,LOC107728595,LOC107554813,LOC107599453 other upstream 39451 15668798 ~ 15673982 (+)
pdzk1ip1 NA other upstream 1001706 14708927 ~ 14711727 (+)
si:dkey-121a11.3 LOC108270690,LOC107588106,LOC107592730 other upstream 1063748 14622543 ~ 14649685 (+)
ankrd29 ankrd29,LOC107731532,LOC107653646,LOC107715109,LOC107669827 other upstream 1113454 14589880 ~ 14599979 (+)
LOC113540185 NA other upstream 1150423 14561555 ~ 14563010 (+)
LOC113532318 NA other downstream 499180 16255047 ~ 16256782 (+)
G182819 NA other downstream 827436 16583303 ~ 16584943 (+)
G182877 NA other downstream 1157391 16913258 ~ 16922922 (+)
si:ch211-126j24.1 LOC108270963,LOC108411470,LOC107550685,LOC107588448,LOC107697062 other downstream 1366032 17121899 ~ 17189315 (+)
LOC113528769 klc4 other downstream 1440413 17196280 ~ 17222532 (+)

Expression


Co-expression Network