LOC117598392 (LOC108270747,LOC108273219,LOC108273545,LOC108261282,LOC108273546,LOC108274210,LOC108261633,LOC108263642,LOC108268260,LOC108273691)


Basic Information

Item Value
gene id LOC117598392
gene name LOC108270747,LOC108273219,LOC108273545,LOC108261282,LOC108273546,LOC108274210,LOC108261633,LOC108263642,LOC108268260,LOC108273691
gene type non-coding
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047605.1
NCBI id CM018551.1
chromosome length 26640196
location 26445979 ~ 26511407 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>TU222980
gtgGATgcaatctgacagaggaaagctgtagagttctgtcctcagttctcagctcaaactcctccagtctgagagaactgaacctgagttacaataaactgcaggattcaggagtgaagctgctctctgctggactggagaatccacactgtacactggagatactgagatttaaacaggaagtgggtgtggtctgtaCAAGAGGGAATTTCATGTGAACCCTATCACTATGccctgaaaaacagtgaaaacatcaGGCTGctgcaaaagaaaacattttttcattcacaatttataacacatttaaatatttatttatttgtttgtttgtttattaggtttttcaaattatataattttattcaactcctgaaccagacATCCTGTGGAACTTTATGGAATGTttttctatcttctatctaatgtgactgagtaaaaaagctaactatgtttcaaaacaacaatctctttcccaaatcaagaaactgttatttactgttgacaaccatataattttatttgatcagatttactttagcttttgtgtttgttacattccagaaagatcagaaaagttcactggacatGCTATCAGAATCTGTTATAAAGATGGACATGGTACCGGCTCCatgaggacagataacatcagagaaattgcCTTATTGACCTCACCGTAAAGTACGActagtactggcatgttattaactggctgcgtttgtgtaatctgacagaggaaagctgtagagttctgtcctcagttctcagctcaaactcctccagtctgaaagaactggacctgagtgacaataaactgcaggattcaggagtgaagctgctctctgctggactggagaatccacactgtacactggagaaactgagGATGCGttactgcagtattacagatgaaggttgtgctgctctggcttcagctctgaggtcaaactcctcatcacacctgagagaactggatctgaatgataataatccaggagaatcaggagtgaagctgctctctgatctactgaaggatccacactgtacactggagacactacaCATCGAGTTGTATTAACTCACCAGGACTAGCATATGACAGGAGTCTCACCTCAATcctcttttccaggataaagcagttttagtgaagcgttagaacccgtcccacatttccagcaggttgggagctgaatcattcatattcagatgtagaagttccataacaataactgtgactgatcacatccttttatccactcagctacaagttacttcaggctttaataacatattttacaatccaaagtcaaatccttcagcatctacacacaacacagagatatcatcacatcatcacactgattatacaaatacacatccatgtgttgtagctgtttatagcttattTTTAGCTCCACATTTTTATCTAACATTCATTTCTCCAAAGATGACTGATTCAAAGGTGTgatattggtttttttttcttaaaaatgattttcaaaCCTCGGTTCTTTGTTTGCTAATCTGTGTTTAATGGTAACCATGGTAACAGCTTGGTTGTGAAATTTGTTGTTATGGTGATATTTTTACCTCACTTCTATCTGACTGGTTCCTTGGGTCCAGACCAGCAGGGTTCTTGTCCCAGACTTGAACAGTTTTTGCTGAATAATAACTAGATATTTTCTGGTGAAAAAGTACAGAATGGTTCCATCACTGGTACCTTATTTCAGtacaaaaaacatacacatgatCTGATTCGACATGAAAATGTGTGTCATGTGTCCAAAATGTAAGCTTACATCACTGagcatgacatcacttcctgtacaCATGACTACAATGAATATCTGTATCTCAACCATGTAGAAGCAGCTGAAATGTTATGATATCAGATTGTACTGATTTTTCATCACAGAGAGTCTCATGAAGAACAGAAGCGTGAAATAAAACTCTGCCTTCCTTCCTGCTAATAATCATTAATGATGATGTTAAGAGATTAATAATGTTCTTCTCTGGTGATCAGTTCACAATATGGCAGGGCTTCATTATTCTGTAACCTCACACCAGCTAATTACAATAAACATGTATATGAGTGTAAGTAATCTCATGTGATAAAACAAGTGAAAGAGCTGAACTAGAAAGTAACATGTATCACTGCATCTAAGTTTGACTTAAGATATTTATTAGATTCATAAGAAATCCATTATGGAATTATGTCCCCACAAAGccattgtgtgttctgtgtgtaacCCAGGTTACCAACACTCAACTGAGCTGGGAGTAGTTATTTTCATGAGTTCTGAAGCTGCCAGTAAGAGCATTTTGTATATTGAAGAATTGACCAATCACAAGTGAGAGTGTTGtatagcacatttttttttcctttctggaATTCGCATCCTTTCTGGTTAGcgcgtgctctctctctcttgcttcgGTGGAACAGAAGTGAGTGGAGCCGTTTCAGGTCTTTCCGATTAAAATGTAAGAATTTGATTAATCAGGTagaaatatttgattaaaaaacctaGTGATATTTGCCCAGAGACGTTATATCGAGACTAGAAGCAAAGTTGATGTAAAAAGAGACTTAAATCGGTTTGGTAGCACGCGATTGCCGAGAGGACGCCTCGTTTAACACATGTGGCGTGTTATCCAATAATTAAAAGTGTTTCACACAGAAGCAAAAGACATTTTCGATTGGAAATTAATTTCATGACTTATGAGTGAAAGACCGAGTGGAAACTGAGTTCTTTGGAGCTACAAGGAATTAAAACGGTCAAGTTCATCTGTGGTCTTGTGTGTGCTGCAAGCTCTAAGTTGACGCTGTATGGAGATCGATGCTTCACGAAATGGAGTTTCTGGATTCCCGGATTTCGTCCAAACTCCTGTGTTCACGGAGGGAGCGAGGACTGGCGAGCCGCACTGAGTTCTCAACAAGTGCTACTGAATGACATTTACATTGCTGTTGCCGAACTGGACGGTAGGGAAAGTGAACTAGCAGCACAAACAGAGCGTTTCACTGTTCTCTTTAGGGACGATCTAATAGGAGAGACTGAGTGACGAACAATTTCACTGTCGTTAACTGAATTCAGCCACATTCACAAGGATGTAAATGAACCTCAAGTACTGAATTACAAGACTCTTGAAAATTGAGCTTTGAATtcatatttgaatttatttaggTTTATCTGGGTTTCTTCctaattgtgtttttcttctaatttgGTCAAGTGTATTTGTTTTcccatttgagtttttttttcatttgaagtcCTTGAGatctataaagaaaaaaagagagagttaTTGTCAAAACAACCTGcactgaaatagtttttttttccttttctttgtttgAGAAAGTTacc
>TU222987
CGCCTACTTCGctctctaaggatgcaggctgtctatcagtaccacgcattgccaaaaccacggcagggggcagagctttctcttaccaagccccaaaattatggaatagcctcccagttaatgtacgtgaagcagacacggtctcagtgtttaagtcgaggttgaaggcttatttatttaagctaGCATTTcgcgactagtgttttagacaaagcagtagatctgggggactcgtggatgttgagtgttatggtgatctggtgtgtttggatgctgtcttcctcactctcgttagtcactcaggtttgtgacgGCAGAGTGACTGTATGCCTTACATATCAGAGATCTCTCACGTCTGTGTTTCCCCCTGgttctccttttagttatgctgttagagctagtcctgccggagtcctctgcactcctcattaagttttatctccacacggtgactgtgagtgtacctaaccactttccttctctttctgccgagctacactcctgagctgccagtgatccagacccccctacgctctcgaccagatgagcatcactcctgagctgccggtgatccagacccccctacgctctggaccagatgagcatcactcctgagctgctggtgatccagacctccccccccttcactctggacctgtccaccggcaatgcttcacactgccacgaagacgcttcagctgttttccatggactacaccaacgcacattgtacacacacacacgcacactacagtgtatacccatatgaggatgggttctctgttgagtctggttcctctcaaggtttcttcctatcaccatctcagggagtttttccttgccaccgtcgccctgcttgctcatcagagacgtcacacacacacacttcactttacttttgtttgtgtaaagctgctttgagacaatgacctttgtaaaaaagcgctatacaaataaaaatgaattgaattgaataatggtcttataataaattgtagctgagagattgtggagtgcagaaagacgtccctgctcctgtaaatgtgctgatgtggtgtcctgtcctctgatttctgctgtgggGGTGtgatctgacagaggaaagctgtagagttctgtcctcagttctcagctcaaactcctccagtctgagagaactggacctgagtcacaataaactgcaggattcaggagtgaagctgctctctgctggactggagaatccacactgcacactggagatactgtgGATGCGttactgcagtattacagatgaaggttgtgctgctctggcttcagctctgaggtcaaactcctcatcacacctgacagaactgaatctgaacggtaataatccaggagaatcaggagtgaagctgctctctgatctactgaaggatccacactgtacactggagacactacaCATTAAGGATTGTAAACTCACCAGGACTGGCGTATGACAGGAGTCTCACCTCTGTCATCGCAAAAACTCTTCaattcagaataaaaaagaCTCCCAAAGtcaaggggttctggatgccaaaaatcaataggctttattgaatcaaacaacaaagctgagatggtctgcagagcatctgatttacatagtcgtggctcatgcttttatacaattctaataTTCTTTATACAAAGCTCTCATtagatggagttttctctttttttcttttaatcacacacctgcctctcgccacaattatttcactgtcccctTACATTAGTTTTAACCGTGGCGAGGGgtcagtcagtttattttttaaaaacatttgcctTCAGACATTGGCCTTCAGACACTAGCCTTCATCTtaaaaaacatctcaaacaccACCTGCAAGGTTACACCAGTTTACACCAGTTTGTTTTCACAGAAATATCCTTGTAAAATCATATGCATAGATACTGACTGACATGATACTGATTTCAAATACTGATTGACAAGCATATTGATAAAGATAACAGAAAAATTATTCCGTACCTCAAAGctcttttccaggataaagcagttttggtgaagcgttagaacccgtcccatatttccagcagtttgggagctgaatcattcatattcagatgtagaagttccataacaataaccgtgactgatcacatccttttatccactcagctacaagttacttcaggctttaataacatattttacaatccaaagtcaaatccttcagcatctacacacaacacagagatatcatcacatcatcacactgattacacaaatacacatccatgtgttgtagctgtttatagctccttatttttatctatttactcAGTATGtgtttctgctcaacatggCTTTATTCAGTTTGTTGTAACatgacagtgattttttttttctccacagatgATTGATTTATAGTTGtgatttaatcctttttttccccaaatttttTTGTCAAACTTCTGTTCCTTGTttgctaatgtgttttttaaaggacaattctggcataaaactagaatttaatatattatttgtcaTGGTATGTAGTATTCTGTTGCATGGGATTGTATTGTTTACTGTCTGTAATCATGTAATCATGCTAACATCACGGTAGCTAAATGTGTTGTTGATAACTTCATTTATTTGACTCAGTTTAATTTTGAAAGATGTACAGTTACTCTCTGCTTGCCTCGAGTTTCTCTTCTTGCTGGTGTGACCTTTGTATGTGACGTCTAGAGTAACCACACGGAGCTGGTCAGGCTTGTGGTAACAGCAGGTTTATTCTGCAGTCTGCATTATTGATAAGGGATAAAAAGTAGAATGGGTCATCTCTTGTGGGCAAACAGCTCatactctgtctctctggaaAATCCt
>XR_004579053.1
gaagctgctctctgctggactggagaatccacactgtacactggagatactgagatttaaacaggaagtgggtgtggtctgtaCAAGAGGGAATTTCATGTGAACCCTATCACTATGccctgaaaaacagtgaaaacatcaGGCTGctgcaaaagaaaacattttttcattcacaatttataacacatttaaatatttatttatttgtttgtttgtttattaggtttttcaaattatataattttattcaactcctgaaccagacATCCTGTGGAACTTTATGGAATGTttttctatcttctatctaatgtgactgagtaaaaaagctaactatgtttcaaaacaacaatctctttcccaaatcaagaaactgttatttactgttgacaaccatataattttatttgatcagatttactttagcttttgtgtttgttacattccagaaagatcagaaaagttcactggacatGCTATCAGAATCTGTTATAAAGATGGACATGGTACCGGCTCCatgaggacagataacatcagagaaattgcCTTATTGACCTCACCGTAAAGTACGActagtactggcatgttattaactggctgcgtttgtgtaatctgacagaggaaagctgtagagttctgtcc

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU222980 True 3368 lncRNA 0.38 5 26445979 26450419
TU222987 False 2857 lncRNA 0.42 4 26508039 26511407
XR_004579053.1 False 639 lncRNA 0.35 3 26446094 26447422

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC113524564 LOC108261406,LOC108270747,LOC108273692,LOC108273544,LOC108270753,LOC108273546,LOC108261257 coding upstream 16878 26421913 ~ 26429101 (+)
LOC117598406 sdhaf2,LOC107685224 coding upstream 201259 26241072 ~ 26244720 (+)
LOC113524556 sdhaf2,LOC107685224 coding upstream 218063 26223817 ~ 26227916 (+)
helz2a helz2 coding upstream 307360 26099524 ~ 26138619 (+)
slc38a7 slc38a7,LOC107596458,LOC107683258 coding upstream 350841 26083657 ~ 26095138 (+)
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LOC117598415 rplp2,LOC108260028,LOC103139322,LOC101168608 coding downstream 52894 26564301 ~ 26566306 (+)
LOC117598394 NA non-coding upstream 9260 26429135 ~ 26436719 (+)
LOC117598395 NA non-coding upstream 24480 26420374 ~ 26421499 (+)
LOC117598393 NA non-coding upstream 25606 26419606 ~ 26420373 (+)
G188202 NA non-coding upstream 223058 26218931 ~ 26222921 (+)
G188179 LOC108270676,LOC108439640 non-coding upstream 279187 26153529 ~ 26166792 (+)
G188396 NA non-coding downstream 10006 26521413 ~ 26574817 (+)
LOC117598444 NA non-coding downstream 49384 26560791 ~ 26561738 (+)
syt7b syt7,LOC108271440,LOC103462425,LOC101476086,LOC103139426,LOC102796193,LOC100697404,LOC108250198,LOC102203020 other upstream 93944 26260530 ~ 26352035 (+)
polr2l polr2l other upstream 233864 26185862 ~ 26212115 (+)
G188164 NA other upstream 235969 26206942 ~ 26210010 (+)
LOC113523924 nell1 other upstream 749107 25531745 ~ 25696872 (+)
oaz1a oaz1 other upstream 1877336 24563400 ~ 24568643 (+)

Expression


Co-expression Network