slc6a5 (slc6a5)


Basic Information

Item Value
gene id slc6a5
gene name slc6a5
gene type coding
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047605.1
NCBI id CM018551.1
chromosome length 26640196
location 25455708 ~ 25484810 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>XM_026910028.2
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Function

symbol description
slc6a5 Predicted to enable glycine:sodium symporter activity. Predicted to be involved in glycine import across plasma membrane; glycinergic synaptic transmission; and sodium ion transmembrane transport. Predicted to be located in membrane. Predicted to be integral component of membrane. Predicted to be integral component of plasma membrane. Is expressed in central nervous system and glycinergic neurons. Human ortholog(s) of this gene implicated in hyperekplexia 3. Orthologous to human SLC6A5 (solute carrier family 6 member 5).

NR:

description
sodium- and chloride-dependent glycine transporter 2

GO:

id name namespace
GO:0006836 neurotransmitter transport biological_process
GO:0035725 sodium ion transmembrane transport biological_process
GO:0016021 integral component of membrane cellular_component
GO:0005328 neurotransmitter molecular_function

KEGG:

id description
K05038 SLC6A5_9, GLYT; solute carrier family 6 (neurotransmitter transporter, glycine) member 5/9

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
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XM_034308863.1 False 7399 mRNA 0.38 16 25456587 25484810

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
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pcdh17 pcdh17,LOC107687749,LOC107572292,LOC107718221,LOC107739552 other upstream 3074688 22312442 ~ 22381020 (+)
trnap-agg_1 NA other upstream 3496749 21958888 ~ 21958959 (+)
si:dkey-28e7.3 LOC108270845,LOC108438669,LOC107718874,LOC107753848,LOC107674537,LOC107680538 other upstream 4190653 21252145 ~ 21265055 (+)
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syt7b syt7,LOC108271440,LOC103462425,LOC101476086,LOC103139426,LOC102796193,LOC100697404,LOC108250198,LOC102203020 other downstream 775720 26260530 ~ 26352035 (+)

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