LOC113528887 (LOC108271171,LOC108439433)


Basic Information

Item Value
gene id LOC113528887
gene name LOC108271171,LOC108439433
gene type coding
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047605.1
NCBI id CM018551.1
chromosome length 26640196
location 17507207 ~ 17532678 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

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Function

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RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_026917744.2 True 2895 mRNA 0.46 15 17509244 17532678
XM_026917828.2 False 2812 mRNA 0.46 15 17509244 17532678
XM_026917910.2 False 2714 mRNA 0.46 15 17509244 17532678
XM_026917998.2 False 2804 mRNA 0.45 16 17507207 17532678
XM_026918069.2 False 2680 mRNA 0.46 15 17509244 17532678
XM_026918155.2 False 2144 mRNA 0.49 12 17509244 17521990
XM_034308402.1 False 2605 mRNA 0.46 15 17507225 17532678

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
wwtr1 wwtr1 coding upstream 10028 17453782 ~ 17497179 (+)
commd2 commd2 coding upstream 57426 17446400 ~ 17449781 (+)
mark1 mark1,LOC108271264,LOC108411950 coding upstream 175957 17281249 ~ 17331250 (+)
ptk7a ptk7,LOC108411955,LOC107702250,LOC107588446,LOC107732247 coding upstream 229752 17240492 ~ 17277455 (+)
soul4 LOC108270966,LOC108411954 coding upstream 271519 17224426 ~ 17235688 (+)
cp cp,LOC100533122 coding downstream 1766 17534444 ~ 17545067 (+)
senp5 LOC108270997 coding downstream 106111 17638789 ~ 17645112 (+)
phka2 phka2,LOC108439424,LOC107718215,LOC107715813 coding downstream 116257 17648935 ~ 17669132 (+)
nlgn1 nlgn1,LOC107593140,LOC106584306 coding downstream 345562 17878240 ~ 18133981 (+)
si:ch211-51h4.2 LOC108442512 coding downstream 894404 18427082 ~ 18551154 (+)
G183032 NA non-coding upstream 56471 17450457 ~ 17450736 (+)
LOC113535983 NA non-coding upstream 83887 17416730 ~ 17423320 (+)
G182932 NA non-coding upstream 423678 17079637 ~ 17083529 (+)
G182910 NA non-coding upstream 517688 16989319 ~ 16989519 (+)
G182906 NA non-coding upstream 545908 16960659 ~ 16961299 (+)
G183058 LOC108270510 non-coding downstream 44964 17577642 ~ 17583785 (+)
G183478 NA non-coding downstream 192085 17724763 ~ 17725260 (+)
G183566 NA non-coding downstream 355449 17888127 ~ 17888353 (+)
G183578 NA non-coding downstream 370107 17902785 ~ 17902984 (+)
G183585 NA non-coding downstream 383325 17916003 ~ 17916210 (+)
LOC113536271 ankub1 other upstream 60959 17439796 ~ 17446248 (+)
kcnh1b kcnh1b,LOC108270513,LOC108411957,LOC107689936,LOC107753489,LOC107570545,LOC105026838,LOC103369331,LOC106564801 other upstream 95782 17365698 ~ 17411425 (+)
LOC113528769 klc4 other upstream 284675 17196280 ~ 17222532 (+)
si:ch211-126j24.1 LOC108270963,LOC108411470,LOC107550685,LOC107588448,LOC107697062 other upstream 317892 17121899 ~ 17189315 (+)
G182877 NA other upstream 584285 16913258 ~ 16922922 (+)
anos1b LOC108271321,LOC108439428 other downstream 65786 17598464 ~ 17636395 (+)
mcf2l2 LOC108270998,LOC108439422,LOC106613920 other downstream 139493 17672171 ~ 17751502 (+)
ect2 ect2,LOC107674529,LOC107718889 other downstream 221498 17754176 ~ 17781814 (+)
G183549 NA other downstream 262767 17795445 ~ 17796619 (+)
LOC113526284 naaladl2 other downstream 633944 18166622 ~ 18409057 (+)

Expression


Co-expression Network