G188770


Basic Information

Item Value
gene id G188770
gene name NA
gene type non-coding
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047606.1
NCBI id CM018552.1
chromosome length 26563515
location 1046500 ~ 1050620 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>TU223461
taactgGATTGTTAAAtcttgcttcatttttttttttttttcctcaagaaGCTAATTTTCACCCAAAAGCAAAATGAACTGGTCCATTCCTTTATTAATAACGTCACTAAATTAGTACGAATCTGAGCCATAAAAGCCAAAAAGATTaacgtgaaaataaaaaatattcaggGATGAAATCTGTTGTAATATTCAGAGCACCTTTAAATCCAGCTGTGATTTATTAAATCGTGACTTTTGCAGGTCGTCAGATGGAAAAGTTCAGTATTTTaaaagactttatttttttttttttgaattcaGAAGGCTGGATCGATGCACTGGAGGCCTTTAAGAGACAAATTACAGCCATACAGTTAAAGattaatgtataaaatgatattatttatcACGTGATTTTTCACTAAATTTGCTGAAAAGGCAGAAAAGCAAAACCGACTGGCGTACGTGCAGGATGTAAACTCCTAGTCTTTAATATATTAATCTTAATAGGTGAAGATTAATGTAAATCAGGGATACAatcagttttaatattattataatgaaaCCCTTTGAAATGACAGAGGAACTAGTAGAAACCCTGGTCATGTGATTTGAATTTAGCAGTAAAGATGATTTAGGAATTAAAACACGCCCAGAAATGAGCCTGAGTGCACTTTGAGCACACTGTGATGATGAACTGGGTTTGAGTTTAGTGGAAACACCGCCAGCGGATCTTCAGTAGCGTTCAGCCGATACTCGAGCTTTATCTCTACACTGCTGTTTATGcacatatagaaatatatacacacatatatactatTCTATATAGAGAGATTATGGAATATTGTGTATTTACAGGACTGTACACCAGCCTGAGCGCAAATGcaactacacactgtacatttcTCCTCATAATCACAATGTACATTATTAATTCTTACTGTATCATCCATATAgcacatattacacatatagtcttcttcttcttcttcttcttatcattattatttaatggaaTATGATTAAGCACACATTTAGCGTTACTGACGGCACGGAGTGTGATCTCGATCAGAACGTGACCTGATTATACTGTTTTTATAGCGTAACTTTACAAAAAACTCTCACTTACAGTCAAACAgcattcaggaataaaaataaaggatttatttacagtaaattaccACCAAGAACATCAAAAGACTCCGTTACAATACTGTAcgcttgtttaaaaataaatgaataattcaaaaaaaatcaccataaattacataaaaaaatgaaacagttaAAGGACAAATTTCTAGTAAAGTGTGTATTATTGATAAAAACGtccataaaaacaaataaaggacaacttttaaaaattaccATCAATCTAAAAATGACGTACAGTGAATTCCCAttaatcaagaaaaaaataaaggactattttacaataaattaccaaagtttatactgtaaatgatttttttaatgactacaatgtttaaaaaaaaaaacaactcattttttatgaattttaaaaaatgaccaattttaaaaaaaaaggacttgctgtgaattactattaattaaaaataaataaataaataaataaattgcagacTTTGggtaaattcaataaaaaaaatgacaggttAAATTTTTAGTAAAGtaccattaataataaaaaactaataaattatAGTAATTATTTACAGTCCATTGCCATCAGTACAAACATTTACAGGACCAGGTTTTAGTGCAGcattagtaataaaaaaatcaataaatgaaagGACTAATTTACAGTCagtttttatgaataaattgaCATTGTTTTCCAGTAAACTActcttaataaaaatatgaaagggTTAATTTACAGTAGAGGATTAATGAAAATAGAGGAGAGGGTTGAGTTAAATGCAGCGCTGATGAGAGAAGTGAAGTGTAGAGAAGAGACTCGGGTGTAAAATGTGCAGTaatgaatttgttttgttttgtttgtggtGTGTGATTTGGTGTAGCACTGCCTCCGGCCTCTGAACCCCACTTACTGCACACATCACAGCTCAGAGACTACAGCGTTAActccgtctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgcactacagcGTTAACTccgtcagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgcactacagcGTTAActccgtctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgcactacagcGTTAActccgtctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgcactacagcGTTAACTccgtcagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgcactacagcGTTAActccgtctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgcactacagcGTTAACTccgtcagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgcactacagcGTTAACTccgtcagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgcgcactacAGCGTTAActccgtctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgcactacagcGTTAACTccgtcagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgcgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatgtgtgtgtgtgtgtgcactacagcGTTAACTccgtcagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtacagtgttaactccgtctgtgtgtgtgtgtgtgtgcgtgtgtatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgcgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgcgtgcgtgtgtatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgacggatATAAGGCCGTTTTTTAtgcatgtttctgtgtttatgaCGGGTTTAGTCTCAGGTTCGGGCCACGATATGAATATTGTTAACTTCCTCCCTGATTTAAACTCCTCGTTATAACCACGATGTAACGATTTACACGTTTTAACACTTTGTGAGTGGATTTTTATCTGGTTTTCTAGCGCTCGGCCGTGTGCCGCATGTCTCCTGCTCTGCTCTGACAGAACGCACATCGCTACAGAGCACAGTTCACTTTACATTATGTTCGTAGTTGTAGATGATTTCTGATCAGTATGTACATATGCACGCATTCACAGGtatctgtatatataaacattaacacTTCTGTATATTATTAGCTCTAATCTAATGTGGGTGTATGAAACACACAGCTGTAACCTCATTAACGCTAACGCTAACACATGCTAAGCTAACAATCGCTGCATTATAGGAAATGTATTCCATACCATTGCGACGTTTGATTGTAAATTACTGTATAATTACGCAGAAGCTTTATGATGCGTGGAGGTGACGCAGGACGTGTGGAAATAAAAGCACACGCCTGACTGAGACCTGATCGAATGGCtggtgagagaaaaacaacGTCCATCTTTTCAGATCAAATTCACTTCCATGTTGCTTTAAGACGAACCGCAGTGTAACGTGagatccagatttttttttttctgtattaatcaaaaggctgaaataaaaaaaaatgacaacatgAAAACATGTGGCTTGTGgtggttttatttgtgtacGTCTTCATTCGTCATTTCTGAAAGTAGACAAACTAGCAttttgtaaaaaacaaaacaaaacattttgtaataaatctgcagcaacattttgaaaatccagcgtaattttttttttttttaactaaagaaATATATCAGAGttcagc

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU223461 True 3765 lncRNA 0.37 4 1046500 1050620

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
adam11 LOC108431418 coding upstream 288 1013929 ~ 1046212 (+)
dbf4b NA coding upstream 36665 998787 ~ 1009835 (+)
LOC113535123 NA coding upstream 49697 976523 ~ 996803 (+)
LOC113535268 NA coding upstream 125968 889176 ~ 920532 (+)
get4 get4,LOC104959995,LOC103374619 coding upstream 178691 858068 ~ 867809 (+)
fkbp10b fkbp10,LOC108273773 coding downstream 5171 1055791 ~ 1065735 (+)
LOC113535337 NA coding downstream 29343 1079963 ~ 1111182 (+)
LOC113536883 NA coding downstream 79249 1129869 ~ 1176044 (+)
LOC117598515 NA coding downstream 133473 1184093 ~ 1203206 (+)
LOC117598519 NA coding downstream 186778 1237398 ~ 1282630 (+)
G188761 NA non-coding upstream 70635 974797 ~ 975865 (+)
G188749 NA non-coding upstream 122010 924285 ~ 924490 (+)
G188747 NA non-coding upstream 123695 922605 ~ 922805 (+)
G188744 NA non-coding upstream 133127 905466 ~ 913373 (+)
G188730 NA non-coding upstream 211931 834103 ~ 834569 (+)
G189170 NA non-coding downstream 495178 1545798 ~ 1546582 (+)
G189190 NA non-coding downstream 559206 1609826 ~ 1612220 (+)
G189245 NA non-coding downstream 724985 1775605 ~ 1776432 (+)
G189280 NA non-coding downstream 812582 1863202 ~ 1863652 (+)
G189293 NA non-coding downstream 837030 1887650 ~ 1887870 (+)
LOC113535146 LOC108261429 other upstream 72282 957532 ~ 974218 (+)
plekha1b plekha1,LOC107716481,LOC107660484 other upstream 261509 725033 ~ 784991 (+)
ccser2b ccser2 other upstream 824081 137521 ~ 222419 (+)
LOC117598477 NA other downstream 516896 1567516 ~ 1665813 (+)
LOC117598558 NA other downstream 887067 1937687 ~ 1952224 (+)
pyyb NA other downstream 1474436 2525056 ~ 2528820 (+)
G189864 NA other downstream 1710073 2760693 ~ 2761010 (+)
LOC113547538 NA other downstream 1919505 2970125 ~ 3021609 (+)

Expression


Co-expression Network