G190865


Basic Information

Item Value
gene id G190865
gene name NA
gene type misc
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047606.1
NCBI id CM018552.1
chromosome length 26563515
location 4755097 ~ 4839369 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>TU225933
gaAACCGATCTgtctgaacactgaacactctgaacactctaccatggcagaaaacatactgactgttacaaagtgctgaaactggagtctccttccataaatgttaaatgaatatCTCGAGAGGCCTAGACtatgttcaagttcaagtgttcaagtggagtttattgtcatttcagccatatacaagtacatagtgaaacgaaacaacgtttcttcaggaccaaggtgctacataagaaacacagaacaacatagaactacaagggactacataaattatacaataaagtgcacaagtgtaaacatgtgcagacagcacaagacagtacaagacagtacaatgactactgggacagacaatgggcatagtaagtcccagtgcagcgcccaccagtacacagttctgttcaaagtgaacctagtgacaatagtgcaaatagtacaagagaacaaaacaagtagctgaaatagtataaacataagtgtaaacataagagtagcagcctatgaacagtataatataatgagtaatgtagcagcatagacatgtgcaaaaacttgcagaaaggatgctcagttgtgtgtgtatattggtatgtgtgtgtgtgtgttccttcagtccagtttctgagtattggaggtatgtgtgagtgcgttccttcagtccagttactgagtattgaggagtctaattgcatgggggaagaaactattgcacagtctggtcatgAGGGCCCGAATgtttcggtaccgtttaccagacagcaggagggtgaagagtgtgtgagaggggtgtgtgggggtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgggtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatacacacacactctcactgtacactttaataggaacacctgcacacccaTTACAGAATTTCTAACCATTATTTCATTGATCTTGTGTTCATCTTGCTAGGAATGATCTCTCTTTCACTTGCACCAAGGCTTTATTTGAATGGAAGTCATAGTTTCACCGGGGTTCAAAGCCAGTGCCAAAATGCAAGTCACAACAAGAAGTCTTATTCAAATTATTACAGTCCTAATACCAGCCAAGAATATTTCCAGTTATCACATTAGCAATTAAGCAAAATAGCAAGATTTAACAGACTGTAAATCTCCAGTATTAGCAATGCCAGTTTCAGTAAGTTGTTCCATACTGTCGTTTTTAATTTCAATAAGTTTACTTTAGGAGCTTTGTGccatattaattaatgtatgCGTGCTTTTTCTGAACTTCATGCAACAACACATTGTTTTGtgcaaaatatgtttttgtggttttgtgtttgtAATGTAGAATAAATAGCACAATTTCAATGCATAAAGGCTGTAAAAATATATGatggtgagtcaaatgaaaaccttaaaattGCGACAAATTAGAATTAAAGCAAATTTGTTTCTAAAAGAATCCAGGCACTCATTACACACTGGAACACTTGTATTGAACTAAATGTAGGTTatatagaaaaatgaaaaaacacctatttgcaataaccaaaaaaaataaataaatttaaagaagttaatgttttcatttgacttGCCCTTTTATTTACAGGATACCTGTTTTTAAAGTGTATAAGCCATAGAGAATGCCCAGTGCCCTCTCTCATCATTGTTACACTTTATTCcttcacattatatatttattaaatagtaTTTTATGCCCTAAGGTACCCAGAGTTTCTCACTCACAGTCTATATGATCATCTATCTTTCTatgtataaaaacatatattaatcTAGCTTTGCTTGGCTTTTGTTACTAAAGACTCTATACTCTTGCTAGCCCAAACCTTGAGCTGGTTTCTTGACACTTGCAGTCATTAGAACTGCAGGTACCATAAACAGTGGACCatatgttctttttcttttttaaatttgatttcagTTTTGCGTTGATTTCCAGTGTGTCATcaacaaaatgattttttggTATAGCTTGTCGTAATGGCAGTTTAAGCAATAAAAAGTTGCCGAGatgtttgtattcattttttctaCTGAATGCTTAATCATGAAGTGTTTAATCCTGTGTAGGGCAAATGGATGTATCATTAAAATGAAGTCATAATGTATGCCAACCACAAGGGGGcagtttttggttttggttcAGTTATTAGCTTAATGTTTGTTAAATCTGGAAAAATAGTGGCTTGTTTCGTATCCATGATTGACACTGGTTTATAGTGCTGAAACTGGCTAAGTTTTAAAGTGGAAAGTAAACTTGGATAAACCTGGCCCCCACTGAAACTGCACTGGCTTGCCCTGAACTGTTTTGTGGAATAAAGGAAAGCTTGCTAATAAGTAGAAATTCCATGTAAGCATTCCAAAAGCACAAGAAAATCTTGGCTAACCACATTTTCTGTATCTTACAATGAAGC
>TU225934
gaAACCGATCTgtctgaacactgaacactctgaacactctaccatggcagaaaacatactgactgttacaaagtgctgaaactggagtctccttccataaatgttaaatgaatatCTCGAGAGGCCTAGACtatgttcaagttcaagtgttcaagtggagtttattgtcatttcagccatatacaagtacatagtgaaacgaaacaacgtttcttcaggaccaaggtgctacataagaaacacagaacaacatagaactacaagggactacataaattatacaataaagtgcacaagtgtaaacatgtgcagacagcacaagacagtacaagacagtacaatgactactgggacagacaatgggcatagtaagtcccagtgcagcgcccaccagtacacagttctgttcaaagtgaacctagtgacaatagtgcaaatagtacaagagaacaaaacaagtagctgaaatagtataaacataagtgtaaacataagagtagcagcctatgaacagtataatataatgagtaatgtagcagcatagacatgtgcaaaaacttgcagaaaggatgctcagttgtgtgtgtatattggtatgtgtgtgtgtgtgttccttcagtccagtttctgagtattggaggtatgtgtgagtgcgttccttcagtccagttactgagtattgaggagtctaattgcatgggggaagaaactattgcacagtctggtcatgAGGGCCCGAATgtttcggtaccgtttaccagacagcaggagggtgaagagtgtgtgagaggggtgtgtgggggtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgggtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatacacacacactctcactgtacactttaataggaacacctgcacacccaTTACAGAATTTCTAACCATTATTTCATTGATCTTGTGTTCATCTTGCTAGGAATGATCTCTCTTTCACTTGCACCAAGGCTTTATTTGAATGGAAGTCATAGTTTCACCGGGGTTCAAAGCCAGTGCCAAAATGCAAGTCACAACAAGAAGTCTTATTCAAATTATTACAGTCCTAATACCAGCCAAGAATATTTCCAGTTATCACATTAGCAATTAAGCAAAATAGCAAGATTTAACAGACTGTAAATCTCCAGTATTAGCAATGCCAGTTTCAGTAAGTTGTTCCATACTGTCGTTTTTAATTTCAATAAGTTTACTTTAGGAGCTTTGTGccatattaattaatgtatgCGTGCTTTTTCTGAACTTCATGCAACAACACATTGTTTTGtgcaaaatatgtttttgtggttttgtgtttgtAATGTAGAATAAATAGCACAATTTCAATGCATAAAGGCTGTAAAAATATATGatggtgagtcaaatgaaaaccttaaaattGCGACAAATTAGAATTAAAGCAAATTTGTTTCTAAAAGAATCCAGGCACTCATTACACACTGGAACACTTGTATTGAACTAAATGTAGGTTatatagaaaaatgaaaaaacacctatttgcaataaccaaaaaaaataaataaatttaaagaagttaatgttttcatttgacttGCCCTTTTATTTACAGGATACCTGTTTTTAAAGTGTATAAGCCATAGAGAATGCCCAGTGCCCTCTCTCATCATTGTTACACTTTATTCcttcacattatatatttattaaatagtaTTTTATGCCCTAAGGTACCCAGAGTTTCTCACTCACAGTCTATATGATCATCTATCTTTCTatgtataaaaacatatattaatcTAGCTTTGCTTGGCTTTTGTTACTAAAGACTCTATACTCTTGCTAGCCCAAACCTTGAGCTGGTTTCTTGACACTTGCAGTCATTAGAACTGCAGGTACCATAAACAGTGGACCatatgttctttttcttttttaaatttgatttcagTTTTGCGTTGATTTCCAGTGTGTCATcaacaaaatgattttttggTATAGCTTGTCGTAATGGCAGTTTAAGCAATAAAAAGTTGCCGAGatgtttgtattcattttttctaCTGAATGCTTAATCATGAAGTGTTTAATCCTGTGTAGGGCAAATGGATGTATCATTAAAATGAAGTCATAATGTATGCCAACCACAAGGGGGcagtttttggttttggttcAGTTATTAGCTTAATGTTTGTTAAATCTGGAAAAATAGTGGCTTGTTTCGTATCCATGATTGACACTGGTTTATAGTGCTGAAACTGGCTAAGTTTTAAAGTGGAAAGTAAACTTGGATAAACCTGGCCCCCACTGAAACTGCACTGGCTTGCCCTGAACTGTTTTGTGGAATAAAGGAAAGCTTGCTAATAAGTAGAAATTCCATGTAAGCATTCCAAAAGCACAAGAAAATCTTGGCTAACCACATTTTCTGTATCTTACAATGAAGC
>TU225936
gaAACCGATCTgtctgaacactgaacactctgaacactctaccatggcagaaaacatactgactgttacaaagtgctgaaactggagtctccttccataaatgttaaatgaatatCTCGAGAGGCCTAGACtatgttcaagttcaagtgttcaagtggagtttattgtcatttcagccatatacaagtacatagtgaaacgaaacaacgtttcttcaggaccaaggtgctacataagaaacacagaacaacatagaactacaagggactacataaattatacaataaagtgcacaagtgtaaacatgtgcagacagcacaagacagtacaagacagtacaatgactactgggacagacaatgggcatagtaagtcccagtgcagcgcccaccagtacacagttctgttcaaagtgaacctagtgacaatagtgcaaatagtacaagagaacaaaacaagtagctgaaatagtataaacataagtgtaaacataagagtagcagcctatgaacagtataatataatgagtaatgtagcagcatagacatgtgcaaaaacttgcagaaaggatgctcagttgtgtgtgtatattggtatgtgtgtgtgtgtgttccttcagtccagtttctgagtattggaggtatgtgtgagtgcgttccttcagtccagttactgagtattgaggagtctaattgcatgggggaagaaactattgcacagtctggtcatgAGGGCCCGAATgtttcggtaccgtttaccagacagcaggagggtgaagagtgtgtgagaggggtgtgtgggggtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgggtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatacacacacactctcactgtacactttaataggaacacctgcacacccaTTACAGAATTTCTAACCATTATTTCATTGATCTTGTGTTCATCTTGCTAGGAATGATCTCTCTTTCACTTGCACCAAGGCTTTATTTGAATGGAAGTCATAGTTTCACCGGGGTTCAAAGCCAGTGCCAAAATGCAAGTCACAACAAGAAGTCTTATTCAAATTATTACAGTCCTAATACCAGCCAAGAATATTTCCAGTTATCACATTAGCAATTAAGCAAAATAGCAAGATTTAACAGACTGTAAATCTCCAGTATTAGCAATGCCAGTTTCAGTAAGTTGTTCCATACTGTCGTTTTTAATTTCAATAAGTTTACTTTAGGAGCTTTGTGccatattaattaatgtatgCGTGCTTTTTCTGAACTTCATGCAACAACACATTGTTTTGtgcaaaatatgtttttgtggttttgtgtttgtAATGTAGAATAAATAGCACAATTTCAATGCATAAAGGCTGTAAAAATATATGatggtgagtcaaatgaaaaccttaaaattGCGACAAATTAGAATTAAAGCAAATTTGTTTCTAAAAGAATCCAGGCACTCATTACACACTGGAACACTTGTATTGAACTAAATGTAGGTTatatagaaaaatgaaaaaacacctatttgcaataaccaaaaaaaataaataaatttaaagaagttaatgttttcatttgacttGCCCTTTTATTTACAGGATACCTGTTTTTAAAGTGTATAAGCCATAGAGAATGCCCAGTGCCCTCTCTCATCATTGTTACACTTTATTCcttcacattatatatttattaaatagtaTTTTATGCCCTAAGGTACCCAGAGTTTCTCACTCACAGTCTATATGATCATCTATCTTTCTatgtataaaaacatatattaatcTAGCTTTGCTTGGCTTTTGTTACTAAAGACTCTATACTCTTGCTAGCCCAAACCTTGAGCTGGTTTCTTGACACTTGCAGTCATTAGAACTGCAGGTACCATAAACAGTGGACCatatgttctttttcttttttaaatttgatttcagTTTTGCGTTGATTTCCAGTGTGTCATcaacaaaatgattttttggTATAGCTTGTCGTAATGGCAGTTTAAGCAATAAAAAGTTGCCGAGatgtttgtattcattttttctaCTGAATGCTTAATCATGAAGTGTTTAATCCTGTGTAGGGCAAATGGATGTATCATTAAAATGAAGTCATAATGTATGCCAACCACAAGGGGGcagtttttggttttggttcAGTTATTAGCTTAATGTTTGTTAAATCTGGAAAAATAGTGGCTTGTTTCGTATCCATGATTGACACTGGTTTATAGTGCTGAAACTGGCTAAGTTTTAAAGTGGAAAGTAAACTTGGATAAACCTGGCCCCCACTGAAACTGCACTGGCTTGCCCTGAACTGTTTTGTGGAATAAAGGAAAGCTTGCTAATAAGTAGAAATTCCATGTAAGCATTCCAAAAGCACAAGAAAATCTTGGCTAACCACATTTTCTGTATCTTACAATGAAGC

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU225933 False 2441 lncRNA 0.37 3 4755097 4839369
TU225934 False 2445 TUCP 0.37 3 4755097 4839369
TU225936 True 2447 lncRNA 0.37 3 4755097 4839369

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
antxr1c antxrl,antxr1c,LOC108437311,LOC106589351,LOC105893913,LOC107693662 coding upstream 4247 4731130 ~ 4750850 (+)
rbp3 rbp3 coding upstream 29034 4722512 ~ 4726063 (+)
gdf2 LOC108273396 coding upstream 37062 4716066 ~ 4718035 (+)
gdf10b gdf10 coding upstream 40434 4711495 ~ 4714663 (+)
frmpd2 frmpd2 coding upstream 85239 4651720 ~ 4669858 (+)
taok2b LOC108273910,LOC107562015,LOC107693686,LOC107708977 coding downstream 82861 4922230 ~ 4961609 (+)
maz maz coding downstream 122991 4962360 ~ 4972009 (+)
tlcd3bb fam57b,LOC108274141,LOC107708980,LOC107693684 coding downstream 138508 4977877 ~ 4988518 (+)
vps25 vps25 coding downstream 159522 4998891 ~ 5005921 (+)
wnk4a wnk4 coding downstream 171218 5010587 ~ 5059438 (+)
G190797 NA non-coding upstream 126221 4625619 ~ 4628876 (+)
G190795 NA non-coding upstream 158168 4596690 ~ 4596929 (+)
G190775 NA non-coding upstream 268341 4486523 ~ 4486756 (+)
G190748 NA non-coding upstream 457858 4296393 ~ 4297239 (+)
G190668 NA non-coding upstream 468446 4232895 ~ 4286651 (+)
G190964 LOC108274181 non-coding downstream 220148 5059517 ~ 5063419 (+)
G191026 g6pc3 non-coding downstream 417072 5256441 ~ 5262085 (+)
G191032 NA non-coding downstream 429878 5269247 ~ 5282643 (+)
G191258 NA non-coding downstream 468850 5308219 ~ 5309374 (+)
G191266 NA non-coding downstream 523919 5363288 ~ 5363503 (+)
lrrc18b lrrc18 other upstream 159068 4593107 ~ 4596029 (+)
p4ha1a p4ha1,LOC108273903,LOC107753313,LOC107560551 other upstream 824654 3903347 ~ 3930443 (+)
rasd1 rasd1,LOC107653935,LOC107720458,LOC108412952 other upstream 971488 3781161 ~ 3783609 (+)
lmf1 lmf1,LOC107580192 other upstream 1031854 3697794 ~ 3723243 (+)
LOC113547484 LOC108273453 other upstream 1301671 3430313 ~ 3453426 (+)
gngt2b NA other downstream 463708 5303077 ~ 5304909 (+)
LOC113527051 LOC108274342,LOC108274341,LOC108425932 other downstream 490673 5330042 ~ 5340563 (+)
LOC113527671 LOC108441166,LOC108273636 other downstream 890785 5730154 ~ 5740905 (+)
G191581 NA other downstream 1130374 5969743 ~ 5983237 (+)
LOC113527389 NA other downstream 1885952 6725321 ~ 6728391 (+)

Expression


Co-expression Network