prrt2 (LOC108273486)


Basic Information

Item Value
gene id prrt2
gene name LOC108273486
gene type coding
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047606.1
NCBI id CM018552.1
chromosome length 26563515
location 6253948 ~ 6259961 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>XM_026914749.2
TCCCTGGGATGGATGCTGGCTTTGTGCATCTCTCAGTTTCAGatctaataataaatttttttttaaaatatgcttgTCGGAGAAATACGACAacgtgggattttttttttctaatgcaaATTTAGGGAATAACAATTAGAGACAAGAACAATTACAACATGAAATCTGCCAGTGGCTTTAATTGGAGAATGTGAATGAGGTGGATATCTTATCCCTGTTCAAAGCATCATCAATTTGGACATTCTGACCTCTTTCTCCATAAAAATGGACAACCACCAGACACTGACAGACTCATTGCTTGGACCCCAGGATAGAGCGCCATCAGGCAGCCAGACTCCAGGCCCTGTTACAATTCAGCCAACTGAGACAGCCTTCTCTGCACACAAATCTGACTCATTCCCCTGCCTGCAACCTCTCTCTTTGCACCAGCAAGCCCAGGGAGAGGTACATGAGTCTGGAGAGGTCGTAGTAGTCGTCAAACAGAAGACTGCAAATGCAGGTCATGGAGTCTACTCCTCTCCTTCAGAAGCGAAAACATCAGTTCCCAGACTCTCCTCTCCACCTCGGCGTCATCATTCCATGCCCCATGCACACCCCCCTCACTTTGGACGCACGCGAAAGGGTAGCAGATCCAGCTCCATTGCTTACACAGCATTCTCCCCACGGCCTTCAATCTCCCGCCACTCCAGCTTGGCAACCAACCCACCGCTGGATCGCTCCAAACCCAAAGATTACCTCATCCTGGCTATTATTGCCTGCTTCTGCCCCGTTTGGCCAATTAACATTGTGGGATTTGTCTACTCTGTCATGTCCCGCAACAGCTTGGAACAGGGGAATATTGATGGAGCCATACGGCTGGGCCGGGTAGCTAAGCTACTTTCCATCGTGTCAATTGTGGGTGGGGTTATCATCATAGTGGCATGTGCTGTCAATTTATCAAttaATGTGAAATCCTGAGGTGAGCTTTATCCTCTCAAATTCAGCTTCGCATCAGACTACTGACCAGAAGACCATACCTCTCTCTGGCTATCTATCTGTTCCTGTGATCACAGTTTTAGCTAGGTGGTTAATAAGTAAGCTGACACCTTGTTCCTCTCTAGCACActctaattaataataataataataataataatacgctACACTGAACATGAAACTCCGCCACAAGAAATAGAGGAgaaatgcatgaatgtttgaatcAGTGTTTGCTGCAGACCATTTTAGCCAAAAGCACTTGATGCTCGTGTTGAAAATGATGAAGCCCTAATCCACACACAGTCCACTTTATGAGAATATGGCTTGGTCAGGATGCACGTTTCAGATCAGCTGTGAGAATCGCACTGCGTCATGCAAAATTTTATGAGAAGCTTTTCATGAGAAAAATGCACCGTAAGTCCTGAGACTTTCCCTTGTCAtgtgaagaggaggagaaaacaCATTGCACTTTTAGAGTGTAAAATGATATGGCCACATTGGCAGATACTGAAACCAGAacttaatgttttaatgtgaaaaatgaattgcATTGCTGGAGTAGAAGCAAAAAGATGGCAGCTCCttaattaatacataatttatgtaattgaaaaatgttttttagtttgttttacaCATGTTGAAAaatatatgttgtaatttttttaaacttctttaaattaaagttttgttgttttttttttatttaacatattttaataatgttcacaaatgacattttgttcacAAATTGTAGTAATGACTGAACAACTTGCCTGAATTTACAGTATGTTGCTGTATTTTGTCAGGTTATCTTATATTTtgcttatatttgttttttagctTGATCTGATTATCATAAATTATCATCTTTGTGATCATTTAAAACAATAGTGTCATAAATATGGCccttaaaaaatgcaataatacaGTTACAAAAATTCCACTTTTCTTgatttattacaaaatgaaatatgtagcctgtttgataaaaaaaaaaggatgcaaGTGCTTGAAGAAAATTTGAAATTTGGGATGGTTTCATAGGACACAATGTCTCCTACAGGTGAAGCACTCATTGTTGTATATTGACTTTAtatgctgtgattttttttgtactaaaaGGTATTGTAGGATTTACATATAAGCACTGTGTAACCTTTAAATTCAAACTTTCATCACTCGTGGACTAACAATGAAACCTCGTGTTTCGTATTATGTATTGCATTAGCTAGTAATTATTATCCCTTTCCATACCTGCAGTGGGAATGTTGGATTCCTGATGCAGATATATTAGTGATttggattttcttttaaatatatattgtgctatttttaattataatgttGTAAGTAGTTgtcattttatgattttataataACAGTATGATATGAATAGTCACAAAGTTGATGAATAGGCTGATTTCCACAGCTTCATTTGTTTAACTTACAGTAATTGTCTGCCCATGTGGTAgaatctttatttcattttattttattttattttattttaatttactttattttattttattgatttttgcaTTGTATAAAACAAGCATATTACAAGCATGGCACTTAGATTTGCATGGTGTTTTTTGTAAGTCCTGTAGCCTTCACAGTGTGTATCTAAagggaaaagagaaataaactgtTGTAAATATCTGTTA
>XM_026914750.2
TCCCTGGGATGGATGCTGGCTTTGTGCATCTCTCAGTTTCAGatctaataataaatttttttttaaaatatgcttgTCGGAGAAATACGACAacgtgggattttttttttctaatgcaaATTTAGGGAATAACAATTAGAGACAAGAACAATTACAACATGAAATCTGCCAGTGGCTTTAATTGGAGAATGTGAATGAGGTGGATATCTTATCCCTGTTCAAAGCATCATCAATTTGGACATTCTGACCTCTTTCTCCATAAAAATGGACAACCACCAGACACTGACAGACTCATTGCTTGGACCCCAGGATAGAGCGCCATCAGGCAGCCAGACTCCAGGCCCTGTTACAATTCAGCCAACTGAGACAGCCTTCTCTGCACACAAATCTGACTCATTCCCCTGCCTGCAACCTCTCTCTTTGCACCAGCAAGCCCAGGGAGAGGTACATGAGTCTGGAGAGGTCGTAGTAGTCGTCAAACAGAAGACTGCAAATGGTCATGGAGTCTACTCCTCTCCTTCAGAAGCGAAAACATCAGTTCCCAGACTCTCCTCTCCACCTCGGCGTCATCATTCCATGCCCCATGCACACCCCCCTCACTTTGGACGCACGCGAAAGGGTAGCAGATCCAGCTCCATTGCTTACACAGCATTCTCCCCACGGCCTTCAATCTCCCGCCACTCCAGCTTGGCAACCAACCCACCGCTGGATCGCTCCAAACCCAAAGATTACCTCATCCTGGCTATTATTGCCTGCTTCTGCCCCGTTTGGCCAATTAACATTGTGGGATTTGTCTACTCTGTCATGTCCCGCAACAGCTTGGAACAGGGGAATATTGATGGAGCCATACGGCTGGGCCGGGTAGCTAAGCTACTTTCCATCGTGTCAATTGTGGGTGGGGTTATCATCATAGTGGCATGTGCTGTCAATTTATCAAttaATGTGAAATCCTGAGGTGAGCTTTATCCTCTCAAATTCAGCTTCGCATCAGACTACTGACCAGAAGACCATACCTCTCTCTGGCTATCTATCTGTTCCTGTGATCACAGTTTTAGCTAGGTGGTTAATAAGTAAGCTGACACCTTGTTCCTCTCTAGCACActctaattaataataataataataataataatacgctACACTGAACATGAAACTCCGCCACAAGAAATAGAGGAgaaatgcatgaatgtttgaatcAGTGTTTGCTGCAGACCATTTTAGCCAAAAGCACTTGATGCTCGTGTTGAAAATGATGAAGCCCTAATCCACACACAGTCCACTTTATGAGAATATGGCTTGGTCAGGATGCACGTTTCAGATCAGCTGTGAGAATCGCACTGCGTCATGCAAAATTTTATGAGAAGCTTTTCATGAGAAAAATGCACCGTAAGTCCTGAGACTTTCCCTTGTCAtgtgaagaggaggagaaaacaCATTGCACTTTTAGAGTGTAAAATGATATGGCCACATTGGCAGATACTGAAACCAGAacttaatgttttaatgtgaaaaatgaattgcATTGCTGGAGTAGAAGCAAAAAGATGGCAGCTCCttaattaatacataatttatgtaattgaaaaatgttttttagtttgttttacaCATGTTGAAAaatatatgttgtaatttttttaaacttctttaaattaaagttttgttgttttttttttatttaacatattttaataatgttcacaaatgacattttgttcacAAATTGTAGTAATGACTGAACAACTTGCCTGAATTTACAGTATGTTGCTGTATTTTGTCAGGTTATCTTATATTTtgcttatatttgttttttagctTGATCTGATTATCATAAATTATCATCTTTGTGATCATTTAAAACAATAGTGTCATAAATATGGCccttaaaaaatgcaataatacaGTTACAAAAATTCCACTTTTCTTgatttattacaaaatgaaatatgtagcctgtttgataaaaaaaaaaggatgcaaGTGCTTGAAGAAAATTTGAAATTTGGGATGGTTTCATAGGACACAATGTCTCCTACAGGTGAAGCACTCATTGTTGTATATTGACTTTAtatgctgtgattttttttgtactaaaaGGTATTGTAGGATTTACATATAAGCACTGTGTAACCTTTAAATTCAAACTTTCATCACTCGTGGACTAACAATGAAACCTCGTGTTTCGTATTATGTATTGCATTAGCTAGTAATTATTATCCCTTTCCATACCTGCAGTGGGAATGTTGGATTCCTGATGCAGATATATTAGTGATttggattttcttttaaatatatattgtgctatttttaattataatgttGTAAGTAGTTgtcattttatgattttataataACAGTATGATATGAATAGTCACAAAGTTGATGAATAGGCTGATTTCCACAGCTTCATTTGTTTAACTTACAGTAATTGTCTGCCCATGTGGTAgaatctttatttcattttattttattttattttattttaatttactttattttattttattgatttttgcaTTGTATAAAACAAGCATATTACAAGCATGGCACTTAGATTTGCATGGTGTTTTTTGTAAGTCCTGTAGCCTTCACAGTGTGTATCTAAagggaaaagagaaataaactgtTGTAAATATCTGTTA

Function

NR:

description
PREDICTED: tumor suppressor candidate 5 homolog isoform X2

GO: NA

KEGG:

id description
K23897 PRRT2; proline-rich transmembrane protein 2

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_026914749.2 True 2645 mRNA 0.37 5 6253948 6259961
XM_026914750.2 False 2642 mRNA 0.37 5 6253948 6259961

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
kif22 kif22,LOC107654032,LOC107664627 coding upstream 1949 6241543 ~ 6251999 (+)
trnas-gcu_4 NA coding upstream 23645 6230222 ~ 6230303 (+)
trnas-gcu_3 NA coding upstream 28763 6225104 ~ 6225185 (+)
trnal-aag_3 NA coding upstream 29842 6224025 ~ 6224106 (+)
trnas-gcu_2 NA coding upstream 30331 6223536 ~ 6223617 (+)
cep55l cep55 coding downstream 1709 6261670 ~ 6268234 (+)
pde6c pde6c,LOC107557364,LOC107598595 coding downstream 13605 6273566 ~ 6283915 (+)
lgi1b lgi1,lgi1b,LOC107664615,LOC107743957,LOC107598600,LOC107654035,LOC107708938 coding downstream 42417 6302378 ~ 6310386 (+)
slc35g1 slc35g1,si:ch211-197g18.2,LOC107664634,LOC107664593 coding downstream 50944 6310905 ~ 6320106 (+)
plce1 plce1,LOC107743958 coding downstream 70516 6330477 ~ 6416809 (+)
G191711 NA non-coding upstream 36854 6215273 ~ 6217094 (+)
G191595 NA non-coding upstream 198743 6001068 ~ 6055205 (+)
G191591 NA non-coding upstream 305362 5946225 ~ 5948586 (+)
G191588 NA non-coding upstream 313101 5940621 ~ 5940847 (+)
G191568 NA non-coding upstream 345772 5906464 ~ 5908176 (+)
G191719 NA non-coding downstream 8563 6268524 ~ 6270885 (+)
G191866 NA non-coding downstream 200850 6460811 ~ 6461014 (+)
G191868 NA non-coding downstream 203428 6463389 ~ 6473466 (+)
G192029 NA non-coding downstream 436771 6696732 ~ 6696970 (+)
G192043 NA non-coding downstream 518203 6778164 ~ 6785596 (+)
G191581 NA other upstream 270711 5969743 ~ 5983237 (+)
LOC113527671 LOC108441166,LOC108273636 other upstream 513043 5730154 ~ 5740905 (+)
LOC113527051 LOC108274342,LOC108274341,LOC108425932 other upstream 913385 5330042 ~ 5340563 (+)
gngt2b NA other upstream 949039 5303077 ~ 5304909 (+)
G190865 NA other upstream 1414579 4755097 ~ 4839369 (+)
LOC113527389 NA other downstream 465360 6725321 ~ 6728391 (+)
asah2 asah2,LOC107598643 other downstream 562779 6822740 ~ 6836383 (+)
tfam tfam other downstream 1168584 7428545 ~ 7436372 (+)
G192484 ank3 other downstream 1346020 7605981 ~ 7628111 (+)
LOC113527534 dnah9 other downstream 3008532 9268493 ~ 9357961 (+)

Expression


Co-expression Network