LOC113539277 (nt5m,LOC107719901)


Basic Information

Item Value
gene id LOC113539277
gene name nt5m,LOC107719901
gene type coding
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047606.1
NCBI id CM018552.1
chromosome length 26563515
location 3815947 ~ 3830814 (-)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>XM_026934959.2
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>XM_026934960.2
ACAGTCTGGAATCACTGAGTAAAGCTGAGTAAGTCTACAGAGGGTTCATAACGTCGTTCATTGTTTCATGTCAAACATTGTTTGGTTCCATcatgaccagaataaagcatttactgaagatgaatgaatgaataaagcgAGTTACAGACGATTCTCTCAGGGTAGACCGCAGACTTGGATTTGTTTAATTCTATTTGGACCCTTCCAAAATGGCGGACACGTTGACGTATTTAGTAGCTAGCAACAGCGGCTAAAGCGGAACCTACAGTTTTCTACGGAAATGCGGAACATCTCACCATTACTAAATTATTTTGGGTGTTAAACAACCTATAAACAGCAGGGTCAACAGAGTAGTGGGCTAAAGTTGGACCGGGAGAGTAGTGAGGGTGAAAGCGCTCTCAGGATGGTATAAGCTACACGGCTTTATTGATTGGGCGCGTGAGAGCAGAGCGCCGCTGCACGGCTGTAAACAAGCCCAGACCCCAGCGCTGCACAGACACCGGCCGCGTGACCGGAGGTCAACACCGCTTCTCCATTCAGAGCGTCACTAAACTCACTCCAACAACAAACCCAGAGCAGGAGCAGAGTGAAAGGGCGGCACACAGGCCGAGTTTAAACTGGCTGCAGGACAACAGCCGCGGAAAGCTCCAGGCCGGGCCGGTGAATGACCGCCGCTCACAGGGCCCTTTAACGCAGAACAACTCCATGAAAAGCGACTCGGCGTTAAAGGACAACAAAGGAGCAGGTCTAAAGAGAAGACCTCCCCGGATCTCTGCACTGCCGTCGGTCAGTGAGTGAGTTAAAGGCCGGGCTCGATGGCGTTACAGCTGCGGAGGACCGCGCGGCTGCGGCTGCTGCTCCGCGGCGCTGCTCTCTCTCCCCGCAGGGGCTGTGCGGGACTGTCCCCCGCCTCCAGACTGCGCGTCCTGCTCGACATGGACGGCGTTATTGCGGATTTTGAGGGgggatttttaaagaaatatagaCAGAGATACCCGAATGATCCGTACATCAGCCTGGAGGAGCGCAGAGGGTTTTGGGTGTCGACTCAGTACGGAGAGCTGAGAGGAGacctgtgtGATAAAGCCATAAGCATTTGGGAGTCCAAGAACTTTTTCATGGAGCTCGAACCTATACCAGGAAGTGTGGAGGCTGTGAAGGAGATGGCCAAGATGAAGAATACAGATGTCTTCATTTGCACCAGTCCAATTAAACACTATGCCCATTGTCCATACGAAAAGtatgCATGGGTAGAGAGGCATCTGGGCCCTGACTTCCTGGAGAAGGTCATTTTGACCAGAGACAAGACAATAGTGAGTGGAGACATCCTCATTGACGACAAGCCGGACATCTTTGGTGTGGAGCCCAATCCATCCTGGGAACACATTCTTTTCACTGCCTGCCACAACAAGCACCTGCCTGCCAGCACCACCCAGAGGCGCCTCCTCTCCTGGGCTGATGACTGGAGGGGCATCCTGGAGGGCAAGCGCTAGTGAGAGCCTGGTGTACCTCCTCATGTCCTCACCACATCACCACTGGTCAACCTCATCCTCAGTGGACCAGCAGAAATAACATGGAAGCTATCAGTGGTGTAAGAAATCACTGCACTGTAACACTGTTATTCTCTTTTTGGTCCAAATTTAAAGCTTGATACACTGCATGACGAGAAGCCATTTTTATAAGTAAGGGACATATAAAAGAGGAGACAAGCCTGAGTcagttcatgaaaaaaaaaaactgagaaagaTGACATTTGCAAGACGTCATATCTATAGATATGGGACACAATGAAGGggatgtgaacatgaacatgtcCCTGACTTATGTCATGATGCCGATTACATGATGATCATTTAAAACACATGGTTATtgtgtaataacaataattcttTCTTATTGTTAACAAATCAATAGTAATTACTCCTTATTGGTTTTCTTTGGAGAACTGATAGATGGCCAGTTTACATTGAGCATAAACTGCCTCAAAGCTTGATTTTAGCAATCACATTTTATGTCatgcttataaaaaaaaaggggggggggaaCCACAGCACTACATGGTTGTTTCAGACCTTTTAGTGCACAAACATAATTTTATGATACAAAATACATTTCGTAAAATACTTTTATTGAATAGAGTTTTTTGTCAAAGGGTATTCATATACTGTAGAACGATGTgaattatacactgtataacAGAAGTGTATTAGTTTGTGTTCAGATTCATGTTGTATTGAAaatgattttacttttttttaattttattttattttattattatttgtgccTAAGGGAAAATATATCACAAAGTAAGCTGAAGGtgcacacactgtttattagTTACATCCCTTAATACATACGAATCTTTGAGCTTAAAtgtgaacctgtgtgtgtgagcactgaagaacattttagCCACAGTGTTAAATGTGACCAGGTTCAGCACATGGCAAAAATAATCATCTCACACCcttagaatttttttatgttgcgACACTGTGGTTTCCCCcatacacacaaattaaatattgtaatgcTGGTGGACCTGACTGCCTACAAATGATATGCATAGAACATATAACTAAATTGCTATATTGCTAAAACTGTAACAGATTTAGTAATCACATGCATTAAATAGTCTATACTGACATGCTTACACACAGAGTGAACATCAACGTGCTATGCTTTTGTTTCATATAAACTGTGGAAGACTTATTCTGCTTTCTTAAAAGAGTGGTCTAACTTTTACAGCTCTCTGATGCATTTGAGGTGTAACATCATTGCACTAAAAACACTCAGAAGCCTTCTCTTTCCCCTCAACTCCATTTAAAACTACATCCAGTCCACTGAATGTCTGCAAAGGAAAAGGGGCAGGGTTGAGCAGCTGGGACGGAGCTCATTTCTAGACCAGTGTAGTGATATATGTAGTCAGAAGCATGAACTGAAAAAAACTGGCCAGATCCATTTTATGGCAacattgtgaatattttttatatttaatgttgtagtattactgaaaagaaacactttaaacacatttttaaattacaaaccACACCTTCAAGGCATGTAAATAGTACATTATGCATCCAAATAAAAATCCACTTGAAAAATATTGAAGCAGAACTGATCTGTGTATGGGGAAAAATGGCAGTAGCACAGCaactgtagttttcagaacttaAACCATGActgcttctgtagcagatcctcagTTACAGCTTGTTGAAACTAATCACaggcatttatgtaaattatttacctgAAGGCAGGTCATTGAGAAAGAGAAGAGTTTTCACTTTAAAAGAGACTTTAATACATTTGCCCTCGCTTTTCTAATTAGTGAGAACATTGCTTGTTAAAAAAAGTCAGCAAcgaaaacaatgtttaaagacaATTGGACAGAGAACTACACATTTATTCTCTGCTTCAGATTCACACAGTTGTAGTGTGAGTCCTGAGcaccactacaaaacaaaatataaccgcttcaaattgttttatttatagccattaaccaatcattaatggttaagcattgaGAGGTAAAAGTTATCCTGCCCTTTGTAAGAAACAAATgttatgtaactggaccttcaCAAATGGTACTTGAATACTCCTGGCATAGGCGAATTGGgaatatagtgcactatgtaggttCTACAATGTCATTGTGTTAAAACACAATGACATTGTAGaacctacatagtgcactatattcCCAACAGAAAGACAGTTAATATTCTTCACAATTCACTTTAAAATCCTGAATTAGGAAAGTCCTATAGGTTGTATACAAACATAGTTACACTCTTGTATAAGATTTGTTACAGCTGgcacatttctgtaaaactgatGTAGCTGCATTATGGTTGCTTTAGTTTGCACGAGTTTTCATTTACTCAACACTGGTGCAGCTAGTTCTTTTCGACATGGAAAAACCTACAGATTTTACAAAATTGCAAACAGTATTCTGCTCACCCTAGTCCTAAATGTTACCAAatggtttttgttgttgtttttttgttttgttggtaAAACCATAATAGCTAGTATAGGAATATAAGTAGGATTATAATCATCAGCAGTAGTGTGGATATAGTAAATTGGATTTaatgaaagatttttaaatctTAGGTAAGATGTGGTTAACAATAGacaaatgtactgtatgttctaTACACAAAATCCAGCCAAATGggtaatttaacatttatttttctaaatcatttaggttttttttaatgttctaaaTTGatcaaatgtaatgttttaaatcagAAATCTACTTGGTATATGGAGTGTTGACTGGTGTTAATGGTTTATGGAGAGAGTAATTATGGATAATTCGTTTACAGTGCAAAACCACTAACATCTGCTGTTTATTCAGAGCTCTGAGAGTGCAGCTGCTGCTGTCTTTACATTGCACTGCTGATGATGCAGCTCTGTGATGTAAATAGGATGCAAGCTGTCAGATATTGATTGACAGCCATAATGATCATTAGTCTGGGAGTGAGCCAAGTGTGTGTGACTCACCTCATTAATGAATGTACTTGGTGCTCTACATCAATCATGTGTGGAGTGAAACAGGATCAAAGCCACTCACTCAAGGTTTTAATAAAGAATGCATTCAGTTTA

Function

symbol description
nt5m Orthologous to human NT5M (5',3'-nucleotidase, mitochondrial).

GO: NA

KEGG:

id description
K01081 E3.1.3.5; 5'-nucleotidase

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_026934959.2 False 4600 mRNA 0.40 5 3815947 3830814
XM_026934960.2 True 4638 mRNA 0.40 5 3815947 3830809

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
med9 med9 coding downstream 30817 3784309 ~ 3785130 (-)
LOC113539064 NA coding downstream 164923 3648368 ~ 3651024 (-)
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med1 med1 coding downstream 463398 3330026 ~ 3352549 (-)
LOC113547465 LOC108274351 coding downstream 494325 3278909 ~ 3321622 (-)
arg1 arg1,LOC108273904 coding upstream 99626 3930440 ~ 3935138 (-)
heatr1 heatr1,LOC107560530,LOC107675669,LOC102797743 coding upstream 107468 3938282 ~ 3971885 (-)
sstr2a sstr2a,LOC108274330,LOC108437322,LOC103031004,LOC107726267,LOC107719927,LOC107653975,LOC107693649 coding upstream 169635 4000449 ~ 4004877 (-)
LOC113527563 LOC108273452,LOC108437319 coding upstream 183033 4013847 ~ 4016313 (-)
sox9a sox9 coding upstream 461137 4291951 ~ 4295240 (-)
G190419 NA non-coding downstream 38975 3776733 ~ 3776972 (-)
G190354 NA non-coding downstream 118526 3693964 ~ 3697421 (-)
G190351 NA non-coding downstream 128439 3687306 ~ 3687508 (-)
LOC117598641 NA non-coding downstream 160337 3651026 ~ 3655610 (-)
G190336 NA non-coding downstream 183525 3615420 ~ 3632422 (-)
LOC117598488 NA non-coding upstream 14971 3845785 ~ 3849920 (-)
G190490 NA non-coding upstream 89377 3920191 ~ 3925230 (-)
G190563 NA non-coding upstream 205837 4036651 ~ 4037340 (-)
G190656 NA non-coding upstream 328962 4159776 ~ 4161007 (-)
G190731 NA non-coding upstream 423679 4254493 ~ 4258754 (-)
ndufa4 ndua4,ndufa4,LOC108443163,LOC103023526,LOC107745684,LOC107684782,LOC107569184 other downstream 960454 2852055 ~ 2855493 (-)
LOC117598559 NA other downstream 988195 2793046 ~ 2827752 (-)
LOC113547504 LOC108273577,LOC108273573 other downstream 1004556 2786081 ~ 2811391 (-)
smarcd2 smarcd2,LOC107569192,LOC107694073,LOC107684754 other downstream 1206174 2591237 ~ 2609773 (-)
LOC113547489 NA other downstream 1604968 2194344 ~ 2210979 (-)
trnap-cgg_3 NA other upstream 1080920 4911734 ~ 4918977 (-)
G191056 taok2,LOC108273910 other upstream 1118349 4949163 ~ 4952859 (-)
LOC113527048 LOC108274181 other upstream 1228684 5059498 ~ 5063418 (-)
gdpd3b gdpd3 other upstream 1653877 5484691 ~ 5490925 (-)
G191430 NA other upstream 1780306 5611120 ~ 5613954 (-)

Expression


Co-expression Network