slc48a1b (LOC108271834,LOC107585148,LOC108441111,LOC107733581,LOC107711080,LOC103044934,LOC107685336)


Basic Information

Item Value
gene id slc48a1b
gene name LOC108271834,LOC107585148,LOC108441111,LOC107733581,LOC107711080,LOC103044934,LOC107685336
gene type misc
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047596.1
NCBI id CM018542.1
chromosome length 35203048
location 1028827 ~ 1037596 (-)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>TU23548
GCGGGTTATAAACACAGCCATGAGCAGCTGGTGAACCGCGCAGGCTGGAAATAAAGCGGCTTTGGGATTAAACCGGAACCTCAGAGAGCTGCAGGATCCGCTGAGTCTCCGCCACAGCGACATGTTCACAGCTAACAGCGGGTGAAGTGGAATTTTAGAggtttaatgaaataattaaaggtGAAATGGCGCTCAGGAAGACGTACATCAGTGTGGGTTACTCCTGTGTCGGGGTCCTGGTGGGATTTTCTGCTTTCCTGGTGTGGAACATCGTCTACAGACAGCCCTGGACCTCCGCCATGGGAGGATTATCAGgggtgttgGCGCTCTGGAGCCTCATCACTCACGTCATGTACCTGCAGGACTACTGGAGAACGTGGCTGAAGGGTCTGAAGTTCTTTCTGTTCGTGGGCGTGTTTTTCTCCGTGCTCTCCTTCATCGCCTTCTTCTGCTTCCTGTCGGTGGCCGTCTCGCGTAGAGAGTcgctGAAGGACCCTAACAGCCTGTACCTGTCGTGTGTGTGGAGCTTCATGAGTCTGAAGTGGGCGTTCCTCCTGAGCCTGTACTCTCGCCGTTATCACAAAGAGTTCGCCGACATCGCCATCCTCAGCgacttctaacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacttacgcacacacactcaagcatGAACACACTTATCTCACAGGTTGAACAGTTCTCGCTTCTGTTTTTATAACGCTGTGAGGATGAAGGGGTGATGAGCGGTTGTTGTGAAgagattaaaggaaaactccagcgtttttattattattattattattattattattattgttattattttatccttatctctctctccactgtatCTGTAATGTATGTGATTACAGCATGGATGAGAATTTCATCACGTTTCCCTGCactgatgggaaaaaaaaacagaaaacgtGTTTTACGGCAAACTCTTTTCTAACAGAAGTCAAGGGGCAGATGTTTAAAGTGGAAATCTTCTCTTAAAGCTGTTTAACTGAGTAAGAGCGCAGATCCTTAGCGATAGATTTCATGATCTTTTTTAGCACTTtatatttgcactttattttatcTCTGATTAAATCGAGTGCCTGTTCAGGGGATCCCTGGTTATCCACAGCAGCCTGCTAACGCTAGTTATCCTGCTAACGCTAGTTATCCTGCTAACGCTAGCTCCAGGAGGAAACAATATGATTTCTTATGCTGAGTTGCCAAagtatgtaaacttttttaaTCCCTTCAGCTTCATAAAACCAGAAATGCTCCCAAATTCCATCTTTTAAAGACGAAAGTGCTGATTTCACGTCTTGGCGTGGAAAGTTCTGACTGTTTGCCTTCTCCGATgaaatctctccatctctccttctGCGTAGCTCTACGTCTGCGTAGCTACACAACTTCTGGAATCGGCTgaattttaaacaaacagaagTTAAAGAGTTTGGTACGAATTTTGCTTTTAATGATCAATTCTTAAGTTTCTTTTGCGTCGATGTAGAATCTTTAAGAAACGCATCGCAACGCATCGTACAACTTCCCTCACCTTTAATAACGCCTtgtggttaccgtaaaacccttaacacacacacacacacacacacacacacacaagtttctACTTTAGACAAGCGCTTTGTGaaagaatgattttaaaaatgtacgaCGTTTCTCCTACGCTTTATTCCTCTTCAAGGCTGTCAGGTCTGTTTGGTATAAAATGAGTATAAAATACCACAAAACTTTCAGGAAAGTGTAAACTTTGACCCGGAACTACTTTTTACTTCACTACTGTgttgctgcagtgtgtgaaagTTGAAGATAAATGTCCATAAGTGCAGATTTGTCTCATGCTGTAGTTATAtagttaaatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgttatagtcgcgtaatttaaatgtttaaatgtttatcacTGTAATTCAGCAGCTGCCCCTAGACTTCCATTATGGCTGAATTGGCAgtaaactgttttgttttctgttttcttttttttgttttgttttgtttggaaaGGTGTTGaaatttttgtatatattatattgtaattttacacacacacacacacacacacacacacacacacacaaacagtgctTTAGGATTatcgggaaaaaaaaacaaaacgctgGAGTTGTCCTTTAATGCAGGTTGTATGACgtttgatagattttattagCGTGACGCTGCCGGGTGCTTTAATCTACTTTTATATAATCGTGTGATGAACCTAGGGGGCATTTCTAAGCCTTTGGCAGTTAAAAATTGTCAAAAAAATGAagacattaatttttttttttcgctttttAAGAAAGGCGTGGCTACGGAGCGTTGCTGGTGATGTCACTACTTCATAAAAATACTGCGTGACCGTGAGTAAGATAATTAAATATGGCGTGATCGTCGTGTTGTGActacagtctggagtgtgtatatatatacacaaggtTTTACGGTAACCATGGTGACTGTAGCATGTATATGGACATGACTGTGTACGCAATGTAGAGGTTAGAAAAGTTCACATTTTAggttatgaattattattaattactgtatgtaatatttttttcttaaaacatAGAAACATCTAAAAGATAGAAAACATCTGTTCTGTAGACTACAATGTCATAGTTTCGTTTTATTGAAGCTATTTTTCCGTGTATAATTTTCCAATTTGTCTCAGTAAATGGATTTCATACTAAAGAACAATTCATTACACATCGTACTATTAATAatttgtctattttattttctgtttccatAAAAATCGATTGCTTTAATTGAACAAACTTGCGCAAAGTgaacattatattttaataggAAAAGATGTTGCATACAGAAATTaatgagaaggtgtgtgtgtaaccttTTCTAGTGTCTACTAGCTAAACTTAGCTAGCTTAACTAATACAGCTAGTCGGGTTTTTACCTCCCAGGCACCTGGTGTTTAAAGTAAAACATCGTATATATGTGCACTTCTGTTTGGAGGAACAAAAACAACGATCACAGCTTATTAAGACGTAGCTGCAATTAATTATCTTGGCTGCACGCATTAATAAATCGTGGCCACGCATTATTTATTAGAGGTGTAACGATTCGATGATTTGAAGCGTTGCGTTGATTTTTACAAGGCAACAAACATAAATCGATTATTAtcaaaaaaggacagacaagtgatgtgtaaaaaataattcatattttgaaattgattaaattatttaatagacTCGCAACACTATTTAGCCGTAATTGAGTCACGTATCGATCAGAGGATAATTAATCGCGTCGTATCGTCAAATCAAATCCTTGCCTTATGAATCGTATCGTAACGTGCAGAAGCGTGAATTTTACACCCGTATTATTTTATCACCAGCGCGGTTCTGAACGCATCGTATCCGGGATCATTGCATTACGATAAGGATTGTGGAGATGCGTAATAATTTTAACGTATTTTTTATTTCCGGTGTATTTGTGCCTGTATATTAATCTCAGCTCCAGAACGCAGAATTCAGCACCGCAGTAACACGACTGAGTGAATATTGTTGGCTGTTTGTCAACTTCGTAAGTAAAAATGTCGTTAAACACGTTAATGTAGCGAATCATTTGAAGTGCGAATTTTACCACGTAGCTCATATCAGTCATAACGCGCCGCAAGTTTCAGTCACTCgtatttgtttttctgattttacgaggagaacaaatataaatgttttattgttattaatcctatgaataatgtttgtgtgtctttctaTACGTTTCTGCGTGGAC
>XM_034314826.1
GGCTGTGTGTTGCATAATAATCGCGGGTTATAAACACAGCCATGAGCAGCTGGTGAACCGCGCAGGCTGGAAATAAAGCGGCTTTGGGATTAAACCGGAACCTCAGAGAGCTGCAGGATCCGCTGAGTCTCCGCCACAGCGACATGTTCACAGCTAACAGCGGGTGAAGTGGAATTTTAGAggtttaatgaaataattaaaggtGAAATGGCGCTCAGGAAGACGTACATCAGTGTGGGTTACTCCTGTGTCGGGGTCCTGGTGGGATTTTCTGCTTTCCTGGTGTGGAACATCGTCTACAGACAGCCCTGGACCTCCGCCATGGGAGGATTATCAGgggtgttgGCGCTCTGGAGCCTCATCACTCACGTCATGTACCTGCAGGACTACTGGAGAACGTGGCTGAAGGGTCTGAAGTTCTTTCTGTTCGTGGGCGTGTTTTTCTCCGTGCTCTCCTTCATCGCCTTCTTCTGCTTCCTGTCGGTGGCCGTCTCGCGTAGAGAGTcgctGAAGGACCCTAACAGCCTGTACCTGTCGTGTGTGTGGAGCTTCATGAGTCTGAAGTGGGCGTTCCTCCTGAGCCTGTACTCTCGCCGTTATCACAAAGAGTTCGCCGACATCGCCATCCTCAGCgacttctaacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacttacgcacacacactcaagcatGAACACACTTATCTCACAGGTTGAACAGTTCTCGCTTCTGTTTTTATAACGCTGTGAGGATGAAGGGGTGATGAGCGGTTGTTGTGAAgagattaaaggaaaactccagcgtttttattattattattattattattattattattgttattattttatccttatctctctctccactgtatCTGTAATGTATGTGATTACAGCATGGATGAGAATTTCATCACGTTTCCCTGCactgatgggaaaaaaaaacagaaaacgtGTTTTACGGCAAACTCTTTTCTAACAGAAGTCAAGGGGCAGATGTTTAAAGTGGAAATCTTCTCTTAAAGCTGTTTAACTGAGTAAGAGCGCAGATCCTTAGCGATAGATTTCATGATCTTTTTTAGCACTTtatatttgcactttattttatcTCTGATTAAATCGAGTGCCTGTTCAGGGGATCCCTGGTTATCCACAGCAGCCTGCTAACGCTAGTTATCCTGCTAACGCTAGTTATCCTGCTAACGCTAGCTCCAGGAGGAAACAATATGATTTCTTATGCTGAGTTGCCAAagtatgtaaacttttttaaTCCCTTCAGCTTCATAAAACCAGAAATGCTCCCAAATTCCATCTTTTAAAGACGAAAGTGCTGATTTCACGTCTTGGCGTGGAAAGTTCTGACTGTTTGCCTTCTCCGATgaaatctctccatctctccttctGCGTAGCTCTACGTCTGCGTAGCTACACAACTTCTGGAATCGGCTgaattttaaacaaacagaagTTAAAGAGTTTGGTACGAATTTTGCTTTTAATGATCAATTCTTAAGTTTCTTTTGCGTCGATGTAGAATCTTTAAGAAACGCATCGCAACGCATCGTACAACTTCCCTCACCTTTAATAACGCCTtgtggttaccgtaaaacccttaacacacacacacacacacacacacacacacaagtttctACTTTAGACAAGCGCTTTGTGaaagaatgattttaaaaatgtacgaCGTTTCTCCTACGCTTTATTCCTCTTCAAGGCTGTCAGGTCTGTTTGGTATAAAATGAGTATAAAATACCACAAAACTTTCAGGAAAGTGTAAACTTTGACCCGGAACTACTTTTTACTTCACTACTGTgttgctgcagtgtgtgaaagTTGAAGATAAATGTCCATAAGTGCAGATTTGTCTCATGCTGTAGTTATAtagttaaatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgttatagtcgcgtaatttaaatgtttaaatgtttatcacTGTAATTCAGCAGCTGCCCCTAGACTTCCATTATGGCTGAATTGGCAgtaaactgttttgttttctgttttcttttttttgttttgttttgtttggaaaGGTGTTGaaatttttgtatatattatattgtaattttacacacacacacacacacacacacacacacacacacaaacagtgctTTAGGATTatcgggaaaaaaaaacaaaacgctgGAGTTGTCCTTTAATGCAGGTTGTATGACgtttgatagattttattagCGTGACGCTGCCGGGTGCTTTAATCTACTTTTATATAATCGTGTGATGAACCTAGGGGGCATTTCTAAGCCTTTGGCAGTTAAAAATTGTCAAAAAAATGAagacattaatttttttttttcgctttttAAGAAAGGCGTGGCTACGGAGCGTTGCTGGTGATGTCACTACTTCATAAAAATACTGCGTGACCGTGAGTAAGATAATTAAATATGGCGTGATCGTCGTGTTGTGActacagtctggagtgtgtatatatatacacaaggtTTTACGGTAACCATGGTGACTGTAGCATGTATATGGACATGACTGTGTACGCAATGTAGAGGTTAGAAAAGTTCACATTTTAggttatgaattattattaattactgtatgtaatatttttttcttaaaacatAGAAACATCTAAAAGATAGAAAACATCTGTTCTGTAGACTACAATGTCATAGTTTCGTTTTATTGAAGCTATTTTTCCGTGTATAATTTTCCAATTTGTCTCAGTAAATGGATTTCATACTAAAGAACAATTCATTACACATCGTACTATTAATAatttgtctattttattttctgtttccatAAAAATCGATTGCTTTAATTGAACAAACTTGCGCAAAGTgaacattatattttaataggAAAAGATGTTGCATACAGAAATTaatgagaaggtgtgtgtgtaaccttTTCTAGTGTCTACTAGCTAAACTTAGCTAGCTTAACTAATACAGCTAGTCGGGTTTTTACCTCCCAGGCACCTGGTGTTTAAAGTAAAACATCGTATATATGTGCACTTCTGTTTGGAGGAACAAAAACAACGATCACAGCTTATTAAGACGTAGCTGCAATTAATTATCTTGGCTGCACGCATTAATAAATCGTGGCCACGCATTATTTATTAGAGGTGTAACGATTCGATGATTTGAAGCGTTGCGTTGATTTTTACAAGGCAACAAACATAAATCGATTATTAtcaaaaaaggacagacaagtgatgtgtaaaaaataattcatattttgaaattgattaaattatttaatagacTCGCAACACTATTTAGCCGTAATTGAGTCACGTATCGATCAGAGGATAATTAATCGCGTCGTATCGTCAAATCAAATCCTTGCCTTATGAATCGTATCGTAACGTGCAGAAGCGTGAATTTTACACCCGTATTATTTTATCACCAGCGCGGTTCTGAACGCATCGTATCCGGGATCATTGCATTACGATAAGGATTGTGGAGATGCGTAATAATTTTAACGTATTTTTTATTTCCGGTGTATTTGTGCCTGTATATTAATCTCAGCTCCAGAACGCAGAATTCAGCACCGCAGTAACACGACTGAGTGAATATTGTTGGCTGTTTGTCAACTTCGTAAGTAAAAATGTCGTTAAACACGTTAATGTAGCGAATCATTTGAAGTGCGAATTTTACCACGTAGCTCATATCAGTCATAACGCGCCGCAAGTTTCAGTCACTCgtatttgtttttctgattttacgaggagaacaaatataaatgttttattgttattaatcctatgaataatgtttgtgtgtctttctaTACGTTTCTGCGTGGACATCatgttaataaaacacttttattcaaaTTA

Function

NR:

description
PREDICTED: heme transporter hrg1-A-like

GO:

id name namespace
GO:0048821 erythrocyte development biological_process
GO:0015886 heme transport biological_process
GO:0005765 lysosomal membrane cellular_component
GO:0010008 endosome membrane cellular_component
GO:0016021 integral component of membrane cellular_component
GO:0015232 heme transmembrane transporter activity molecular_function

KEGG:

id description
K15380 SLC48A1, HRG1; solute carrier family 48 (heme transporter), member 1

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU23548 False 3817 TUCP 0.44 3 1028859 1037574
XM_034314826.1 True 3871 mRNA 0.39 3 1028827 1037596

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
trnaq-uug_1 NA coding downstream 67220 961536 ~ 961607 (-)
LOC113545880 LOC108272227 coding downstream 147437 875845 ~ 881390 (-)
LOC113545884 NA coding downstream 169438 856085 ~ 859389 (-)
LOC113545881 NA coding downstream 178184 847168 ~ 850643 (-)
gpr84 gpr84 coding downstream 197676 827574 ~ 831151 (-)
bin2b LOC108271832,LOC105024783 coding upstream 2625 1040221 ~ 1059082 (-)
stk35l LOC108271833,LOC108441132,LOC105016730,LOC104935842,LOC103372836,LOC106583621 coding upstream 26096 1063692 ~ 1072919 (-)
ube3a ube3a,LOC107711083,LOC107582722 coding upstream 60685 1098281 ~ 1110797 (-)
atp10a atp10a,LOC107711085,LOC107733604,LOC107673579,LOC107685287,LOC102782040 coding upstream 104658 1142254 ~ 1194624 (-)
gabrb3 gabrb3,LOC107711086,LOC107685288,LOC107673538,LOC107585149 coding upstream 200031 1237627 ~ 1282665 (-)
G19748 LOC108272216,LOC107585146,LOC107711077,LOC107667372,LOC107582718 non-coding downstream 12031 996059 ~ 1016796 (-)
G19775 NA non-coding downstream 68730 958768 ~ 960097 (-)
G19753 NA non-coding downstream 114132 914487 ~ 914695 (-)
G19485 NA non-coding downstream 230676 767198 ~ 798151 (-)
G19467 LOC108429265,LOC107705699,LOC104951482,LOC107559866 non-coding downstream 321037 702048 ~ 707790 (-)
G19742 NA non-coding upstream 101076 1138672 ~ 1148673 (-)
G19895 NA non-coding upstream 301475 1339071 ~ 1343865 (-)
G19943 NA non-coding upstream 424088 1461684 ~ 1461933 (-)
G20140 NA non-coding upstream 687617 1725213 ~ 1725710 (-)
G20156 NA non-coding upstream 787054 1824650 ~ 1863172 (-)
LOC113545844 LOC108272247 other downstream 415439 594565 ~ 613388 (-)
LOC117595947 LOC108272222 other downstream 461307 546880 ~ 567520 (-)
LOC113545841 LOC108272248 other downstream 505230 504575 ~ 523597 (-)
slc9a7 slc9a7,LOC107711095,LOC107673530,LOC107753405 other upstream 718564 1756160 ~ 1822668 (-)
LOC113545802 NA other upstream 1567058 2604654 ~ 2633680 (-)
tlk1b LOC108271645,LOC108438044,LOC107557139,LOC107746598 other upstream 2310712 3348308 ~ 3371154 (-)
npepl1 npepl1,LOC107666140,LOC107554193 other upstream 2678211 3715807 ~ 3736886 (-)
rab22a rab22a,LOC107554197,LOC106517659,LOC108231697 other upstream 2712422 3750018 ~ 3777988 (-)

Expression


Co-expression Network