LOC117596099


Basic Information

Item Value
gene id LOC117596099
gene name NA
gene type non-coding
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047596.1
NCBI id CM018542.1
chromosome length 35203048
location 19553052 ~ 19582043 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>TU35407
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>TU35408
CCTCCACAGCCATACACTATACCGAGTGTACACGGAGTTCCTATTCACACGGACCGAGCTGTTTTAGCCTGTCGCTCTGCtcatatttagttttttttttctttttttcttttttagaaatACGTTCCACTTTTCGTTCCTCTTCGGTGCGGACTGCTGCTAAACAATGAGCAGgggtttatttatgtttttggttTGAGCAGGATTAAGCCTAAAGGCATTATATATTTGaaaaactgatatttttttccctcacgtCTTGGATTTTATAATGTACATTCCGTGTGGTGTCTCTTGCCTGCTTTTGTCCTTGTCGAGCTATATGTGTCAGAAACGTGCATGGCATTGCTGTAAGTAACGGGTTAATATGCTGGTGTACacgttcagtgtgtgttttaatagcatttaagaacatttagaGTTGTGAGTAGTTCCAGTAGACGTGCATTGCACAACAAAGTGCATTAGTTTTACTCCTGCTGGGTTTCATTACAGTGTTTCCAGCTGCATACAACTGCAGTGCAACTTATTTCAACATTAACACTGTGAATTAAGTTATTAAGCTGTGTAATATCCAGGTGTATGCTAtatcactgaaaagaaaaaacctaaATGTATTGTTATTCACCAAGTAAGCAGGTTTAAGTGTTGGTTTAACTCTTTAATATTAGTTCAAATGATGTCTAAACCTTTTCATGCTTTTGACCAAAGTAAGCAGCAGTAGTGCcttgtgtttatatataatacatacatatataagtatatagcaatatattatatattgtattatattatatataagaaaatatattgaatatatatgtatatatattgaatatatatattcatatattcaaaatatgtgtatataacatacacacatacatcgACTCACATACTgaatgtaactaaaaaaaataaaaagtacagtgtTGCTAGTACCAGACTTCTAAAGTGACACGGTAGACGTGTCATTAAGAGAATCACCAAACACAGAGGCAAAATCTGCAGGTATTTTGCTCTGATTTTACTCTAAAAGGCAATAATACTTGCTCTCACACCCTGCACTGAGCATGCAGTAGTGACAGGTTAGCTTGAGAAGAATATAGggtggtgtgaatgtgtgtatacgtgtgtgagCGACAGCAGCTGATAACACATGCAggataacttttatttttaacttttaacttaattttttgGGCACTAAAATATATTGGGCTTTTAATTTGAGAATTAAGTAATTCCACTTGTTTGCACTTAGTGATGGAGGAGATGTATGGACAAGTTGCGTGGACAAGTTcaaaaaacacagataaaatAAGAACAGGTGAACTCGCTGCTGTGTTGGAGAAAGTCACCTAACTGTGTGTCCAAACTAAACACGCTGTCCTGTGGGTTAAAGGGCAATCAGGTTTTATCTGTAACACGGTTACAAGCAGTTACATTACAGACAGATTCAGTTATTTCACATAGAgtgccaaaataataataacaacaataacaacaacaacaatactactactactactaatttttgttattattattattattagtagtagtagtagtagtattagtattgtgtaattataattgaatattaaagtcattaatattatattaaatgcaCACAATTCTTATATGTATTAGTGTCATGGATGATATGAGTGTCTTATTGTTTCCAGGTGTTGATGCATAACTGAGATTCCTTGAgcttattattgtttttaaagaaaataattctacatttttgttattgCCAGCCACATTGTACATGCATCACTGAATTGGAATAATGTCATTGTCTAAACAATGTTAAGGCACAAAATGTTCTAGATAAACGTGGCCTGGCCTTTAACCCACAATAGAGCGTGTTTAGCTTGGTGACCGAGTTGGGTGAGATTCTGCAGCACAGCAGCTAGTTTACTTGTTCTTATTTTATCTGTGTTTCTTTATCAGAAGTGGCTGATCTATGTAACTAATTTTACCTAATTAATGTAATAGACGTAAGTTGACTCAGTCTGAGTAGAATATTTCGCTCTATTCAATTTGAAGAGTGTGATATTGTGGGAAAACAACAAGCCATACGCCTGCATGCTTCGACAgcacagcgagtgtgtgtgctgattgggCAGGGTTGCATATTTTTCAACCTGAGACCTGTTGCTGACATGGCAGAGCAGCACCTTCTGATATGAACAGTTCTGTCATTTTTGCCTGTAGGTTTGCAAGTATTTGTGTACGCATACACAGTGTACTGGTAAaggttattttcatataatgtGCAGTCTGCGGGTAATTTACAAAGCAGGCTTTCTACTTTTGCAGTACTGAAAAGGCTTTGACCACTGACAGCTTCTTTCCCTGATTGTCACAAACCACAAAGTGTTCATGTAATTCTGTATTTTGTGCTTGTTTGcatataatttaatatgaatttgTTATTATCTTTGTGCAAATATAACTTTGCAGCTGCAATAAAAGGATTTCTGTCCGTAACTCTGATTTCAGCTCTTTAATTTATACGCTGTCTCAGATCAAGGACATTTCAAGTGAGACATTTGGCACATTGAATTTTATTGCCTCTCTGGGAGATTGTAAAATCTAGTTAATGATTCTTTAATCTATAATGTGACATAtgacacacactaatcactTTTATCATGTCCGATTACAATCAGCTGTTATTTTAACATGATCAGAGGAACTATTTTgttagaattttaaaattatggttaaacaaattttttttgcacacttttaaaataatgtatttgtgtgtatatctgtatataataTGCGTAAAACAGGATACTAGTGGGTTATCTTCATCTCGCTGTGTGTAGGAGCTACTGTACTAAAGCAGCTTGAGGAGCGACAGTATCCTTGGTGGCTTGGTGGTGAGTAATCTCTCAGAATTGAGTTTAGCCTCAGACATACACAATTTACCTTTCCATTACACCTTATtcataaaatgtctaaaataggTATGTGCCAATAATTAGTTGTATGACATATCAAGATGTTCAACAGGTACAGTTCTCTCTAAGCAGTGAATAAGTTTGCTTAATTTGTGCAAATTTTGAATGAAGCATCACTTGTGTCCTTCTTGGTGACGCATTTCCAGAAGTCTGTTCACAAGACACAACttggatttaaaatgatttcctAATGTTGtataacaaaattattattgtacagATTCTGTCATtgagttatttaaaaatggctgtagATGTAATATAGACTTTCTTGGGATGCAGACAGGGTCCAAAACACACAGAGgctattttataaaaacaattatGTCAACACCACTATATTACAGCAAAATTACACTCAACTTCAATACTGCTGATGCTCAAAGCATGTCAATAATATGATCAACAAATGAGAAATAATAAAGTACAATGCCACGACTTACAACAGTTCATTTTGTCTAATGCTTCACATCAGAGCCACCTGAGGACTCTGGCTAATGATGGAAGTCCGATGATTGCTGCTTAGCTGTGAGCTGATAGTTCTGTAGATAAACTAGTGATCGAAGGGCTGGCAATATATCACTACACCTGCCTGACCTTCAGtaaattcattttcaaataaaaatctctGGTAATTAGAATTAGCTGTTTTGACATGCAGTACTATTCCGAACAAAGACATGTTCTTGCACTTTCCCCACAGGCCTtaaagtgtttttgtgttttttttttcactttaaattaCACCTCAGTATTAAGCAGAGCCCAATTCTATACGaataataaatatctataaatacGAAAAACTCATTACACACCCAACTAATCGCACACAACACACTCCAGCCTGTAGCCATTTCCTCAtgcaaacattaaaaacacacacattccagaGCAAAAGCCAATCGATTAAAAAAGTACTGTAGCACAAAAAACTACTAAACCTACTAAACTAAATATAGTATATGGTATTGTGAGGGTGTCTGCAAGTGAGATCCACTAGCAGCTGatcataatgatgatgatgatgatgatgatggtcgtGGTCATGGTCGTGGTGGTGGTCCAGCTGTATTATGACATTTACCCTTGTTAATGTTGTTTGTTGCGTCTGCTCCCATCACCTCtggtatttttaaattattattatttttaatatctgagATTCTTTATGTTTAATCCACATTGTATTATACACCCTATCAAGCCAGCACAACAAGGTAATTGCAAGATAATAAACAATGGTAATTGACTAGAACCACAATCTGGAATCATATTGATGTATAAACAATTTctgtaaaacatgtaaaacatttcttttcctATCGCttaacatgatatttttttgGAGCGACATTGTCACATATTATAGCCACACGTCTGGGTAGGGAAGTCAAAGTGtagtttattgtgtttttattacagttttctgATATCATAAACCATGATAAAAGCAATTATTatgatatgaaaatgtaatagCACTACATGCCCTAGAATAAACCAGAGGGACAACCTGTTAGATGTCTAATTGCTCTTATGTCCCAGCTCTTCTTTTCAGTCATGCTGTTTCTACTTCACATTTCTAAGGACGGTCAGGATAAACGTTAAAAACAGGgtgagagaaagtgaaggaattGACATAGACGGTTCAGTTTGGGGCTCTACATTTTTGCTCGTTttggaaaaaaaggagagaaaaaggaaaagcaagCACTGGTAAGAAAGGTCTCCATAGTACAAAAGCTTAAATGATCTCTTCTTTCTAATCTGTGTCCACTTATCTTATTCTCTGAGGGTCTATTTACAAAGAAGATCATATATTTAACTTGGGTTAAATGATTTGTGGACAGATGTTTGAACAGCCTGGTGTATCTCACAATCTACTGCACGTTTGCCTAGTTTTGTCTAGGAACACAGGGAAATCGTCTTGTAAATAATTTGTGCTTTTCTGTATGCAGTTGCTTTACTATGAGCAGGACGTTCCTTCAGTCTCTGAGTGTGTCACGCTGATAT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>XR_004577276.1
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>XR_004577277.1
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Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU35407 False 2396 lncRNA 0.45 1 19553171 19555566
TU35408 True 5467 lncRNA 0.36 1 19553171 19558637
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XR_004577277.1 False 1092 lncRNA 0.45 6 19553052 19582043

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
inpp5d inpp5d coding upstream 20247 19509832 ~ 19532805 (+)
gpr17 gpr17,LOC107717943,LOC107752663,LOC107694121,LOC107590682 coding upstream 46195 19501596 ~ 19506857 (+)
LOC113527823 LOC108271983,LOC108427680,LOC108271985 coding upstream 52445 19477978 ~ 19500607 (+)
LOC117595738 LOC108271985,LOC108271983,LOC108427680 coding upstream 78319 19465393 ~ 19474733 (+)
sap130a sap130a,LOC108271984,LOC107696772,LOC107590658,LOC107552246,LOC108427679 coding upstream 89735 19448315 ~ 19463317 (+)
lpp lpp,LOC108271779,LOC108427685,LOC107717931,LOC107590653,LOC107684332,LOC107696776,LOC107752632 coding downstream 6784 19588827 ~ 19803848 (+)
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rpl5b LOC103397662,LOC103368809,LOC104921761,LOC101078338,LOC107590646 coding downstream 522161 20104204 ~ 20112519 (+)
LOC113537321 NA coding downstream 528087 20110130 ~ 20110225 (+)
G29985 NA non-coding upstream 11804 19540939 ~ 19541248 (+)
G29984 NA non-coding upstream 12142 19540629 ~ 19540910 (+)
LOC113533855 NA non-coding upstream 12935 19537985 ~ 19540117 (+)
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G30382 nme7,LOC107732015 non-coding downstream 651932 20233975 ~ 20234772 (+)
G30436 NA non-coding downstream 751700 20333743 ~ 20334121 (+)
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LOC113533886 espnl other upstream 465841 19061097 ~ 19087211 (+)
boka bok,LOC107733256,LOC107752647,LOC107694130,LOC107696759 other upstream 604315 18932683 ~ 18948737 (+)
G29569 hdlbpa,hdlbp,LOC107694132,LOC107733253 other upstream 717331 18774770 ~ 18835721 (+)
LOC113543059 c11h1orf146 other downstream 418003 20000046 ~ 20020226 (+)
dlg1 dlg1,LOC108271975,LOC108427717,LOC107738730 other downstream 954930 20536973 ~ 20658080 (+)
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tmem69 tmem69 other downstream 3015552 22597595 ~ 22603436 (+)
uhmk1 uhmk1,LOC107692420 other downstream 4051563 23633606 ~ 23653555 (+)

Expression


Co-expression Network