G32466 (serbp1a,serbp1,LOC108271890,LOC107594603,LOC107692416,LOC107758366,LOC107384419)


Basic Information

Item Value
gene id G32466
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gene type non-coding
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
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NCBI id CM018542.1
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Sequence

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>TU38297
GTCAGGGATTGATGTTTAAAGAGCTGTCAGTTTACAGCATGGAGTTGGCATAAAACTTACAGATAGTGGTTTGGGTTGAAAGAAATCCTCAGTATTATACACAACTTTTTCTTTCCCAATCTTCCTTGAAAgcattgatattgatatttttaCCCATTTTACCCATTACCCATTTGCAGCAGATTAAACCTCCTGTGGTTAATGTAGAACACTTGgcaccctttaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaACTTCTCAGATTATCATTAGCAATGGTGAAGGCAGACAAATCAAAGATTTTGGCCTTGAGCTACAAATCATGTTACTTCACTGAGGATTTCAGAGCAGAAGCTGCTAATGACAAAGTCTTTAACCCAAATCTTTCTCTGCAACAGTTGAGTGATTCCCAGCCGTGCATCTAAGGCTTAAGTAGAAAGTAAGCCAAAGGGCACCACAATCTAACACACCCCTCACACGTATATTTGGAAATGCATATATGCAAGCAGCAGTACAAAAAAGGTATTCGTTGAGAATGCATaatgtctggggaaaaaaaaatactgtatgaaAACATCCCTGCTACTTTATTTCTGAATACAAAACCTCTACCGATAATTTGCTTCTGAGTAGCAAGAAGTcctttcaaatttttttttttttgtaagattttctccttttttctaaAACAAGTAAAATTCAGTCCACAAGAGGTGAGTGGGATGGATGACAGTCTTCCATCATATCATCTGCTGAAGGATCCATTAGCATGCAAGCCTCGTAGCGAAGGGCCCGGGGAAGCAGGGCTCAGTGGCAGGCTGATCAGAGCTACCCGTCAGGAAGCTTAAGCCAGAGCTGGAAAAGCCTCCGGGTCGTCCACATTGGGGGCAGATCCTCCGCTCAACTAAAGAGGGAAGAGACATgaagacttttacacagaatCACAAAACTCTGAATCACTCTGAATAAGGAACACTCCAGTAATGGGGCGTAACTGGATTTTTGCATTTGGAATTTGCAGTGTGAATTCTGGGTAAATTACCAGAATTATGTTTTACTATATTGCTTCATTGTTGGATAAAACACCATACACAGTGCTTTGCTAAGACACATTTGTTTTATCCCAAGTCCTTTTCTATTCTCTAATgtcatgaattattattatttttttttttttaaaacaaactctgaccaaaaaaaaaaaaagaactggttCTATGAAAATATGCATTGTAATTCTGTTGAAAATAGTTTAACTGACTGCCCCTTAGGGGAGTTTTGAGTAAACCTGTTTCGTTCTTTGCACAGgacacagaacaacaaaaaGAGAACCTATCTTAAACTCATTTTCATAAAGGCTTACAGCTGCAATAAATGCAATGTTAATACTGAGATTAAGACacaattttatttctgaatcaaaatatatttaagtaGCTTCCACTTTCAGAACACAGTGTTTActtaaaatgaaattgtttCAACAAGCAATGGTGTAATAAGAAGCTTGGCCTATCTGGGAACTTTTAATAAAAGGGTGAAGCTCCATCATGAAGCTTGGTGAGATGATGCCAAGAGTGTGTGAAATACTGTTCTCAATTTGAAGTgtaaaatagttttgatttgtttaacactCTTGTTCACTGCATGTGCATCACTGCACTGTAGCAAAATGTCATCATTACTATtgtaaaacagaagaaaatagtaaaaatgaagaCCTATGAGCAGAGATGTGTCCAAACTTGACTATAGATGTGGTAGATTATTCTGGAGGTTCCTTTCCTGCATCACATAAATGTTCCAGACATCCCAGTATTAGAAACCTATGCAGTGTAATTCCTACCAAACGATGACTCCACCCACCTTATCAGGCCTGCGCTCACGGGGCGGTCTGGTAGGTCCGCCCCCACGGGCTCCTCTTCCTCCACGGGGTCCTCCGCGGCCACGTCCAGGGCGGCCCAGGTCTCCAAAGTTAATCTCCAGCTGGGACGTGATGTCATTGGCAGGCTTGCGGAAGTGGTGATCACCAGCAGCATCATCTAATGGAGCATCCTTGGGCTTGGATTTGTGCAGCAGGTATCCTTTCTTCCAGTCAGTTCCCTCGTTGGCCTTGCGAAGGTTGAACTCAACCTTagttctttctttgtcctgctgGGCTTTCCATTCATCCAGGGTCATCTCCTTAGGCCCTTCCTCTTTCACCTCCTCAACCTCATTCTCCTTGTTCTCAGAGTCAGCGGGCGGGTGCTCCTCTCCCTCAGGGGTCTCCTCTGTGACATTTGACTGGTCAAGCTCACTCAGTTCGTCCTTGACAGTGCCCCAGTTATGagatcctcctcctcctcgcttCTCTTCTGGTTTAAGGGACCGGTCACTGCCACTGTGTCTGTCGAATTCACGTTTGCCACGCGAGTCAAATCCGTCACTGCGGCCCATGCCTCTGCCTCGACCTCCACGGGCTCCTCTGCCGCCGCCACGGCCTCGGAACGGCCGCTCACCAACAGACTTGTCCACAGAGAACTCTCCACCCTCGGCTGGCTTGTCCTCAGAGGGTTTATCTGATCTGCGCTCGCGTGGAGGCCTTCTCTCAGTGCGTCTTTCTGCCTGGGGGCGACCCTCGCCCTGACCCCCCtgcggctgctgctgctgctgctgctgctgttgttgctgcggTTGCTGCTGAGAGCCCTGCTGAGCCTGCTGCTGCTCTGGCCGCCGGCCCATCCTCCTCATgCCTCCTTCTTGAGAGGAACAGGCGTCGTGGTCTCTTCCTTCTTCTCGGGAAGAGGGACTTTCCTGTCCTTCTGCGACTCCTTCTTGGGCTGTTTGGCAGCCTGCGCCGCGGTCTTGGCGGCCCCCGGAGCGGCCGCGTCCTTCTTCTTGGTCTCGGCCTGCTTTAACACCTCGAACGGATCCTCTTCATCATCAAATAGCTGGTCGAACCGATTGGTTACGACACAGCCGAAGCCTTCTTGCAGATGTCCGGGCATGATGGCGCCCCTTCAGCAGGATTCTCCTCCGATTCTACGAGGCTTGGTGCGAACTTCTCGCTGCTAGATGCCACAAGATGGCTAGAAAGGACCTTCGCTTCTCTTCCG

Function

symbol description
serbp1a Predicted to enable mRNA 3'-UTR binding activity. Predicted to be active in cytoplasm and nucleus. Orthologous to human SERBP1 (SERPINE1 mRNA binding protein 1).
serbp1 Enables SUMO binding activity; mRNA 3'-UTR binding activity; and ribosome binding activity. Involved in PML body organization. Located in cytosol and nucleus.

NR:

description
PREDICTED: plasminogen activator inhibitor 1 RNA-binding protein-like isoform X2

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU38290 False 6767 lncRNA 0.42 2 23550349 23560789
TU38294 True 7216 lncRNA 0.37 2 23516404 23560789
TU38296 False 4290 lncRNA 0.43 3 23553647 23560789
TU38297 False 3093 lncRNA 0.46 8 23531302 23560789

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
trnaf-gaa_16 NA coding upstream 40381 23475951 ~ 23476023 (+)
lrp8 lrp8,LOC108272272,LOC107758363,LOC108238419 coding upstream 62741 23277943 ~ 23453663 (+)
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LOC113538433 LOC108271906 coding downstream 998144 24558933 ~ 24567675 (+)
LOC113538193 NA coding downstream 1007786 24568575 ~ 24570619 (+)
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LOC113538142 LOC108271661 coding downstream 2229175 25789964 ~ 25793678 (+)
G32310 NA non-coding upstream 57023 23455960 ~ 23459381 (+)
LOC113538428 NA non-coding upstream 329310 23177932 ~ 23187094 (+)
LOC117599173 NA non-coding upstream 489905 22988121 ~ 23026499 (+)
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G31944 NA non-coding upstream 931214 22582349 ~ 22585190 (+)
G32502 NA non-coding downstream 54074 23614863 ~ 23615065 (+)
LOC113538279 NA non-coding downstream 102165 23662954 ~ 23666933 (+)
G32662 NA non-coding downstream 383450 23944239 ~ 23944460 (+)
G32782 NA non-coding downstream 699204 24259993 ~ 24260377 (+)
G32795 brinp3a.2,LOC108440126,LOC108271609,LOC107711116,LOC107732449 non-coding downstream 773410 24334199 ~ 24334455 (+)
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dlg1 dlg1,LOC108271975,LOC108427717,LOC107738730 other upstream 2858324 20536973 ~ 20658080 (+)
LOC113543059 c11h1orf146 other upstream 3496178 20000046 ~ 20020226 (+)
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uhmk1 uhmk1,LOC107692420 other downstream 72817 23633606 ~ 23653555 (+)
G32684 NA other downstream 459589 24020378 ~ 24021036 (+)
LOC117598985 NA other downstream 1092201 24652990 ~ 24656248 (+)
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agap1 agap1,LOC108272907,LOC103044997,LOC107586321,LOC107688827,LOC107709574 other downstream 2704708 26265497 ~ 26408396 (+)

Expression


Co-expression Network