uhmk1 (uhmk1,LOC107692420)


Basic Information

Item Value
gene id uhmk1
gene name uhmk1,LOC107692420
gene type misc
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047596.1
NCBI id CM018542.1
chromosome length 35203048
location 23633606 ~ 23653555 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>TU38347
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>XM_026933151.2
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Function

symbol description
uhmk1 Predicted to enable protein serine/threonine kinase activity and ribonucleoprotein complex binding activity. Predicted to be involved in peptidyl-serine phosphorylation; positive regulation of translational initiation; and regulation of protein export from nucleus. Predicted to act upstream of or within protein phosphorylation. Predicted to be active in neuronal ribonucleoprotein granule and nucleus. Orthologous to human UHMK1 (U2AF homology motif kinase 1).

NR:

description
PREDICTED: serine/threonine-protein kinase Kist

GO:

id name namespace
GO:0006468 protein phosphorylation biological_process
GO:0005524 ATP binding molecular_function
GO:0003676 nucleic acid binding molecular_function
GO:0004672 protein kinase activity molecular_function

KEGG:

id description
K08877 UHMK1, KIS; serine/threonine-protein kinase Kist

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU38347 False 2847 lncRNA 0.36 1 23650634 23653480
XM_026933151.2 True 12905 mRNA 0.38 8 23633606 23653555

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
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il23r LOC108272282 coding upstream 103222 23495748 ~ 23530384 (+)
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G32502 NA non-coding upstream 18541 23614863 ~ 23615065 (+)
LOC113538216 NA non-coding upstream 70973 23560722 ~ 23562633 (+)
G32466 serbp1a,serbp1,LOC108271890,LOC107594603,LOC107692416,LOC107758366,LOC107384419 non-coding upstream 72817 23516404 ~ 23560789 (+)
G32310 NA non-coding upstream 174225 23455960 ~ 23459381 (+)
LOC113538428 NA non-coding upstream 446512 23177932 ~ 23187094 (+)
LOC113538279 NA non-coding downstream 9399 23662954 ~ 23666933 (+)
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G32795 brinp3a.2,LOC108440126,LOC108271609,LOC107711116,LOC107732449 non-coding downstream 680644 24334199 ~ 24334455 (+)
LOC117596090 NA non-coding downstream 995463 24649018 ~ 24650283 (+)
tmem69 tmem69 other upstream 1030170 22597595 ~ 22603436 (+)
insl5a insl5 other upstream 2615739 21014838 ~ 21017867 (+)
dlg1 dlg1,LOC108271975,LOC108427717,LOC107738730 other upstream 2975526 20536973 ~ 20658080 (+)
LOC113543059 c11h1orf146 other upstream 3613380 20000046 ~ 20020226 (+)
smx5 lsm2,LSM2,smx5 other upstream 4096409 19534345 ~ 19537197 (+)
G32684 NA other downstream 366823 24020378 ~ 24021036 (+)
LOC117598985 NA other downstream 999435 24652990 ~ 24656248 (+)
trak2 LOC108271640 other downstream 2103259 25756814 ~ 25784890 (+)
agap1 agap1,LOC108272907,LOC103044997,LOC107586321,LOC107688827,LOC107709574 other downstream 2611942 26265497 ~ 26408396 (+)
st6gal2b LOC108273345,LOC108272416,LOC107559918,LOC108437696,LOC107748583,LOC107688887,LOC103032506 other downstream 2960095 26613650 ~ 26649387 (+)

Expression


Co-expression Network