tgfa (LOC108271731)


Basic Information

Item Value
gene id tgfa
gene name LOC108271731
gene type coding
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047596.1
NCBI id CM018542.1
chromosome length 35203048
location 16074046 ~ 16083778 (-)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>XM_026924805.2
ctCACTCTCATAAACGCGCAtacatgcacgcgcacacactctctcataaACGcgcatacatgcacacacacatactctcataAACGCGCATACATGCACGCGCGCACAAAAGTAATCAAGTGTGTGGAGGATGCGCCCTGCGTCAATTGCTTACAATTGTCTTCAGCGTTGGTAGTCCGGATCTAGTGGGGCAAGCGTCTGTTGCATGTAAAGAGTCTAGCAGAGCACTTCATAAGTTCATGTTTAAGTAAATCGACGCGTGGCTTATTTGAAGGACGCTAAACCACCATTTAATATCCACTGGTATGGAATCAAgcttaaaattgttttttttcgaTATTACTTTTGACAAGCAAACATTTGGGCCTTCACTGGAGGACAAACGTACTTACCTTCCAAATATACTTTAACTTAAGACGCCACGGATCCAAGGGAACACGTTGGAGCCTTATAATGATGTATCGCTCTTTTTGGGATACGTTATTCCTCCTTAGTGgctatttatttacatacagcCAAGTGCGAGAAAATGCTActtcagcagcagcaacaatGGTGATGACTCCCACCACTATAACTGCTACCAACACAACAGCAGTGTCAAGTACTGGTAGAAGCAAGTTCCTAGCAGCAGCAGTCCACTCTCACTTTGCTGACTGTCCTGACTCTCACAGCCATTTCTGCTTCCACGGCACATGCCGCTTCCTCATCCAGGAGGAGACaccagcgtgtgtGTGCCTCCCAGGCTTCATAGGTATGCGTTGTGAGCATGCAGACCTGCTGGCAGTGGTGGCAACCAACCAGAGCCAGCAGACACTGGCCACCATATTGATGCTGGGCATATTGGGCAGTGTCCTGCTTGTGCTGCTTTGCACCATAATAAACTTGTGGTGGAAGCGGGGCAGATGTAGGCGAGGACCTCTGCTTTCCTGTTTGTCAAAAAAACCAAAGGGCATCGTAAAGAGTGGGACGTCCTGCTGTCACTCAGAGACAGcagtttgaaatgaGTCCAGTGTAGTGCTGTTGGTGTACCTATGTTCTCCATTCTGCCACCTGAAATCCCAAGGATTATCCCTGGATTAAGCTACTGACTCATGTCAGCATGCTGAGAACCAAACCAGATGTGGAATTCAGAACTTACATACTCAGTGGAAGTAAACTTAGcctttcagtttttatttttttgtggaatgtaaaactaaaatgatggaAGACGGTTTATTTCCAATTTACGGTAACTTCCCAACACAGATATTGATCTCCTGGACTTTCATACTATTGTGTTGGAACAGATTACAGGAGTGAAGATCCAGTCAGACTTAAGATCCTGTGAGGAAAAGCTCTGCAGTGAAGGAGTAACGGACTAGTGCTTAAAGCCTGCTCAGCTGGATATGAAAAGTAAGAATGAGATTCAGaactctgaaaaaaaatcatgaattaaTGTGCTTAGGGTGCTTGGACATTCTCGAGACACAGAGAACTATGTTCATTTTGACATGAGAAGTGGACAGCATGATAAGAGGATGATAAGAGGAATATTTTGATTTTTCAAATCACAAAAAAGCTTGGAAAAACTAACAAAATGTTTATGGCATGTGACACCAAAAGAGAGATAGTACTTGTCAAAAGTTTGGATACACCTACTTGTAGAaagattttgtttaattttccacattaggactaaaataacaaaaaatccaaaaatgttGAATTTTACAGGGAACAAAAAttgctaaacaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaagaaaatagttaTTAACAAGCTTCATGAGAAATCTGTGAAGAGTTGGGTTAATTTCCAAGAGTTCCCATGTATGCTGAGCAGTTATTGGCTGTAGTTTCtaagttttaaatgaaaactatttatttttgcatttgaaaCAAATTTCAATCATATGCCTTTAGATATCTTTTAAGATTATCAAGACCAGTTAcatgtgtccaaacttttggtGTGTGGTGTAATGGAGAtacagttttaaatgttttagttaTTCAGGAGTGTCACACGCAGTTAATTGTTCTAAGAATGGAAGAATAATCTTAGATATCTTGGATCTTAAATGATGATAATCTTGGATGATAATAATGGACGAAGAAACAAGGTTTTCAGagtatttttcaaatatattaatatattcaataatgatatatttacaaattaacagTCATTGGCAGGCTTCTGATGAAAACAATTGGGTCTTGGAAACCAGAGGGTATTTTATGCTTatgttctttattattattgcacttgAGATATTCTTATTCACAGATTCCATTTAATAacataagtatgcatacttgcCTCACATACCCTTGAGTTGAGCTTTCTCCTGTTTCAGTTCTTGATAGTGGAAAGATCATTGTTACAAGGTTTTTGACAATATTGTATAACTTCTAAAATCAGACTCACAACATGTATGGTTTTGGCAGAAATTGCATTAATGATTGAAAGTTTGGGTGTGCACAAGTGTGTTTACACatatgcactatacactgttGCACCGCACTCTTACCCTGATGGCAATAGTAAAATAGACACTGGCTCTTTTCTGGAAAACAAAATCTGAAACGTGCTAAACAGGCCCAGTCCTTAGTGGGGCCTGATTTTGATTAAAGAGTGTTTGTAGATATAATTGTGATAAATCCACTAAATTCACTTCACAAAGCACTATGTACATGTTCACTTCTACATATAatccacacacatgctcacactcaACTATGTATACACATATAGACAGCCGTGACGGCTTTGTTTCTTATTTAAAGcttgttactgtttactgcaaatCTATTCCGAAAATTTTAGACTCTGAGTTTTAGAAAGTTTTAAACCTTGTTTAACATTGTGTATGTTGTCTTATTGACCCTCAAGCCTTTTGTCATTGTTCTTATGTAAATGTATGGTGACTAGGTGCATCCAGATACTGGTGAAACCTTGATACTGTTTTATTCAGTCATCGGCTTTTGCTGAACCCTAAAACTGCCCAATGACACAGTAGATGCAAACAGTCCTGCTTTATGCACAAGATGTTCCAAAATTAGAAATCATTAACACGAGTTACATTACTGTAGTAATAGTTCACAGTTTTAGGGAAAATTGATTGAATAAGACTTCATCCAAAGGACCGAGGGAGAGAGTGTTGCTGGCATTGAGCACTTTATATAAATGATGTCACTTAAAAAAACCTGATTATTTACTGGAGAAAAAATTCTAATCCAAActgaaagtaaagaaaaaaaaaaaagatgttataTTTAACATGAGCAAATACAGGAAATTAATTGGatattaaaggggaaaaaagtggttGCAAGCAAATGAATACTAATTGTGAGAGATGATTGAGATCTCATCTCTTCTGCTCTGTCTATTTGATCTATTTGATCatgtaaatctgtttattgGTTTACTTTGACACATTGTTTTTGTTatccagtatttaaaaaaaaaaaaaaaa
>XM_026924815.2
aactCACTCTCATAAACGCGCAtacatgcacgcgcacacactctctcataaACGcgcatacatgcacacacacatactctcataAACGCGCATACATGCACGCGCGCACAAAAGTAATCAAGTGTGTGGAGGATGCGCCCTGCGTCAATTGCTTACAATTGTCTTCAGCGTTGGTAGTCCGGATCTAGTGGGGCAAGCGTCTGTTGCATGTAAAGAGTCTAGCAGAGCACTTCATAAGTTCATGTTTAAGTAAATCGACGCGTGGCTTATTTGAAGGACGCTAAACCACCATTTAATATCCACTGACGCCACGGATCCAAGGGAACACGTTGGAGCCTTATAATGATGTATCGCTCTTTTTGGGATACGTTATTCCTCCTTAGTGgctatttatttacatacagcCAAGTGCGAGAAAATGCTActtcagcagcagcaacaatGGTGATGACTCCCACCACTATAACTGCTACCAACACAACAGCAGTGTCAAGTACTGGTAGAAGCAAGTTCCTAGCAGCAGCAGTCCACTCTCACTTTGCTGACTGTCCTGACTCTCACAGCCATTTCTGCTTCCACGGCACATGCCGCTTCCTCATCCAGGAGGAGACaccagcgtgtgtGTGCCTCCCAGGCTTCATAGGTATGCGTTGTGAGCATGCAGACCTGCTGGCAGTGGTGGCAACCAACCAGAGCCAGCAGACACTGGCCACCATATTGATGCTGGGCATATTGGGCAGTGTCCTGCTTGTGCTGCTTTGCACCATAATAAACTTGTGGTGGAAGCGGGGCAGATGTAGGCGAGGACCTCTGCTTTCCTGTTTGTCAAAAAAACCAAAGGGCATCGTAAAGAGTGGGACGTCCTGCTGTCACTCAGAGACAGcagtttgaaatgaGTCCAGTGTAGTGCTGTTGGTGTACCTATGTTCTCCATTCTGCCACCTGAAATCCCAAGGATTATCCCTGGATTAAGCTACTGACTCATGTCAGCATGCTGAGAACCAAACCAGATGTGGAATTCAGAACTTACATACTCAGTGGAAGTAAACTTAGcctttcagtttttatttttttgtggaatgtaaaactaaaatgatggaAGACGGTTTATTTCCAATTTACGGTAACTTCCCAACACAGATATTGATCTCCTGGACTTTCATACTATTGTGTTGGAACAGATTACAGGAGTGAAGATCCAGTCAGACTTAAGATCCTGTGAGGAAAAGCTCTGCAGTGAAGGAGTAACGGACTAGTGCTTAAAGCCTGCTCAGCTGGATATGAAAAGTAAGAATGAGATTCAGaactctgaaaaaaaatcatgaattaaTGTGCTTAGGGTGCTTGGACATTCTCGAGACACAGAGAACTATGTTCATTTTGACATGAGAAGTGGACAGCATGATAAGAGGATGATAAGAGGAATATTTTGATTTTTCAAATCACAAAAAAGCTTGGAAAAACTAACAAAATGTTTATGGCATGTGACACCAAAAGAGAGATAGTACTTGTCAAAAGTTTGGATACACCTACTTGTAGAaagattttgtttaattttccacattaggactaaaataacaaaaaatccaaaaatgttGAATTTTACAGGGAACAAAAAttgctaaacaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaagaaaatagttaTTAACAAGCTTCATGAGAAATCTGTGAAGAGTTGGGTTAATTTCCAAGAGTTCCCATGTATGCTGAGCAGTTATTGGCTGTAGTTTCtaagttttaaatgaaaactatttatttttgcatttgaaaCAAATTTCAATCATATGCCTTTAGATATCTTTTAAGATTATCAAGACCAGTTAcatgtgtccaaacttttggtGTGTGGTGTAATGGAGAtacagttttaaatgttttagttaTTCAGGAGTGTCACACGCAGTTAATTGTTCTAAGAATGGAAGAATAATCTTAGATATCTTGGATCTTAAATGATGATAATCTTGGATGATAATAATGGACGAAGAAACAAGGTTTTCAGagtatttttcaaatatattaatatattcaataatgatatatttacaaattaacagTCATTGGCAGGCTTCTGATGAAAACAATTGGGTCTTGGAAACCAGAGGGTATTTTATGCTTatgttctttattattattgcacttgAGATATTCTTATTCACAGATTCCATTTAATAacataagtatgcatacttgcCTCACATACCCTTGAGTTGAGCTTTCTCCTGTTTCAGTTCTTGATAGTGGAAAGATCATTGTTACAAGGTTTTTGACAATATTGTATAACTTCTAAAATCAGACTCACAACATGTATGGTTTTGGCAGAAATTGCATTAATGATTGAAAGTTTGGGTGTGCACAAGTGTGTTTACACatatgcactatacactgttGCACCGCACTCTTACCCTGATGGCAATAGTAAAATAGACACTGGCTCTTTTCTGGAAAACAAAATCTGAAACGTGCTAAACAGGCCCAGTCCTTAGTGGGGCCTGATTTTGATTAAAGAGTGTTTGTAGATATAATTGTGATAAATCCACTAAATTCACTTCACAAAGCACTATGTACATGTTCACTTCTACATATAatccacacacatgctcacactcaACTATGTATACACATATAGACAGCCGTGACGGCTTTGTTTCTTATTTAAAGcttgttactgtttactgcaaatCTATTCCGAAAATTTTAGACTCTGAGTTTTAGAAAGTTTTAAACCTTGTTTAACATTGTGTATGTTGTCTTATTGACCCTCAAGCCTTTTGTCATTGTTCTTATGTAAATGTATGGTGACTAGGTGCATCCAGATACTGGTGAAACCTTGATACTGTTTTATTCAGTCATCGGCTTTTGCTGAACCCTAAAACTGCCCAATGACACAGTAGATGCAAACAGTCCTGCTTTATGCACAAGATGTTCCAAAATTAGAAATCATTAACACGAGTTACATTACTGTAGTAATAGTTCACAGTTTTAGGGAAAATTGATTGAATAAGACTTCATCCAAAGGACCGAGGGAGAGAGTGTTGCTGGCATTGAGCACTTTATATAAATGATGTCACTTAAAAAAACCTGATTATTTACTGGAGAAAAAATTCTAATCCAAActgaaagtaaagaaaaaaaaaaaagatgttataTTTAACATGAGCAAATACAGGAAATTAATTGGatattaaaggggaaaaaagtggttGCAAGCAAATGAATACTAATTGTGAGAGATGATTGAGATCTCATCTCTTCTGCTCTGTCTATTTGATCTATTTGATCatgtaaatctgtttattgGTTTACTTTGACACATTGTTTTTGTTatccagtatttaaaaaaaaaaaaaaaa

Function

NR:

description
protransforming growth factor alpha isoform X2

GO: NA

KEGG:

id description
K08774 TGFA; transforming growth factor, alpha

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_026924805.2 True 3479 mRNA 0.37 6 16074046 16083776
XM_026924815.2 False 3368 mRNA 0.38 7 16074046 16083778

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
entpd8 entpd8 coding downstream 17359 16047993 ~ 16056687 (-)
fkbp5 fkbp5,LOC108271732,LOC108413698,LOC107712109,LOC107673486,LOC107667344 coding downstream 49577 16011998 ~ 16024469 (-)
LOC113536636 LOC108271735,LOC108413697,LOC105889205 coding downstream 98062 15960164 ~ 15975984 (-)
LOC113536633 LOC108271735,LOC108413697 coding downstream 122559 15935781 ~ 15951487 (-)
LOC113536620 slc6a13l,LOC108271591,LOC108436256,LOC107673491,LOC107567081,LOC107712076,LOC107658051 coding downstream 163974 15899291 ~ 15910072 (-)
patz1 patz1 coding upstream 23051 16106829 ~ 16119848 (-)
c2h1orf74 c11h1orf74 coding upstream 88892 16172670 ~ 16175112 (-)
ruvbl1 ruvbl1,LOC107721190,LOC107568195,LOC107667375,LOC107673590 coding upstream 98739 16182517 ~ 16187880 (-)
gata2b gata2 coding upstream 118610 16202388 ~ 16209962 (-)
si:ch211-157b11.8 LOC108271679 coding upstream 137387 16221165 ~ 16225200 (-)
G28256 NA non-coding downstream 28371 16035833 ~ 16045675 (-)
G28258 NA non-coding downstream 34253 16037983 ~ 16039793 (-)
G28232 NA non-coding downstream 140188 15929041 ~ 15933858 (-)
G28207 NA non-coding downstream 285893 15786853 ~ 15788153 (-)
G28191 NA non-coding downstream 348590 15720767 ~ 15725456 (-)
G28278 NA non-coding upstream 38951 16122729 ~ 16122949 (-)
G28325 NA non-coding upstream 97297 16181075 ~ 16181718 (-)
G28331 NA non-coding upstream 112796 16196574 ~ 16196867 (-)
G28376 NA non-coding upstream 175080 16258858 ~ 16259163 (-)
G28375 p4htm non-coding upstream 175658 16259436 ~ 16260312 (-)
oxtr oxtr,LOC107584509,LOC107673460,LOC107658098 other downstream 578837 15461950 ~ 15495209 (-)
G27925 cav3,LOC107749619,LOC107584510,LOC107577493 other downstream 613045 15456635 ~ 15461001 (-)
G27843 NA other downstream 775027 15297309 ~ 15299019 (-)
pxmp4 pxmp4,LOC103464829 other downstream 1198056 14872948 ~ 14875990 (-)
G27107 LOC108272123 other downstream 2015601 14050401 ~ 14058445 (-)
eif4enif1 eif4enif1,LOC107568191,LOC107584417 other upstream 42052 16125830 ~ 16135715 (-)
G29158 NA other upstream 1189177 17272955 ~ 17280173 (-)
si:dkey-44g17.6 LOC108271932,LOC107705318,LOC103038496,LOC107564436,LOC107555383,LOC105895117,LOC107678346 other upstream 1388552 17472330 ~ 17529315 (-)
G29263 NA other upstream 1865379 17949157 ~ 17949718 (-)
G29279 NA other upstream 1987209 18070987 ~ 18072909 (-)

Expression


Co-expression Network