LOC117598838


Basic Information

Item Value
gene id LOC117598838
gene name NA
gene type non-coding
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047596.1
NCBI id CM018542.1
chromosome length 35203048
location 11325410 ~ 11327031 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>XR_004579381.1
TTATCCAcccccctcccctccctctctctctgtctcacgcTCTCACTCTTGTATTATTTAGTTGTGGGCATAAAAATAGAAGCAAACTCCCCTCCCTATTTCTAAAAAGTAAAGATGcctttatattaaaaatttaagCGCAAGATTATCATGCATGTAGTTTACATGTCATGAGGTGCACATTATGTCATGAGGTGCACATTATCACGCAGGTATTTTATATGTCTTGAGATGTACTGTACATTATCACGCAGGTAGTTTACATGTCATGAGGTGCACATTATCACGCAGGTAGTCTACATGTCATGAGGTGCACGTTATCACGCAGGTAGTTTACATGTCATGAGGTGTACGTTATCACGCAGGTAGTCTACATGTCATGAGGTGTACGTTATCACGCAGGTAGTCTACATGTCATGAGGTGCACGTTATCACGCAGGTAGTCTACATGTCATGAGGTGCACGTTATCACGCAGGTAGTCTACATGTCATGAAGTGTACGTTATCACGCAGGTAGTCTACATGTCATGAGGTGCACGTTATCACGCAGGTAGTTTACATGTCATGAGGTGCACGTTATCACGCAGGTAGTTTACATGTCATGAGGTGCACGTTATCATGCAGGTAGTTTACACGTCATGAGATGTACGTTATTATGCAGGTAGTTTACACGTCATGAGGTGCACGTTATTATGCAGGTAGTTTACATGTCATGAGGTGCACGTTATCACGCAGGTAGTTTACATGTCATGAGGTGTACGTTATCACGCAGGTAGTTTACATGTCATGAGGTGTACGTTATCACGCAGGTAGTCTACATGTCATGAGGTGTACGTTATCACGCAGGTAGTCTACATGTCATGAGGTGTATGTTATCACGCAGGTAGTTTACATGTCATGAGGTGTACGTTATCACGCAGGTAGTCTACATGTCATGAGGTGCACATTATCATGCAGGTAGTTTACATGTCATGAGGTGCACGTTATCACGCAGGTAGTTTACATGTCATGAGGTGCACGTTATCACGCAGGTAGTCTACATGTCATGAGATGTACGTTATTATGCAGGTAGTTTACACGTCATGAGGTGCACGTTGAGGTGCAGGTAGTTTACACGTCATGAGGTGCACGTTATTATGCAGGTAGTTTACATGTCATGAGGTGCACGTTATTATGCAGGTAGTTTACATGTCATGAGGTGCACGTTATTATGCAGGTAGTTTACATGTCATAAAGTACATAAAGTGTTGCAATAATAAAACTGTATCTTGTgttattactgtaattatttatatgcTTTTTATCCTGTTGGTT
>XR_004579382.1
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>XR_004579383.1
ATGTCATGAGGTGCACGTTATCATGCAGGTAGTTTACATGTCATGAGGTGTACGTTATCACGCAGGTAGTCTACATGTCATGAGGTGTACGTTATCACGCAGGTAGTCTACATGTCATGAGGTGCACGTTATCACGCAGGTAGTCTACATGTCATGAGGTGCACGTTATCACGCAGGTAGTCTACATGTCATGAAGTGTACGTTATCACGCAGGTAGTCTACATGTCATGAGGTGCACGTTATCACGCAGGTAGTTTACATGTCATGAGGTGCACGTTATCACGCAGGTAGTTTACATGTCATGAGGTGCACGTTATCATGCAGGTAGTTTACACGTCATGAGATGTACGTTATTATGCAGGTAGTTTACACGTCATGAGGTGCACGTTATTATGCAGGTAGTTTACATGTCATGAGGTGCACGTTATCACGCAGGTAGTTTACATGTCATGAGGTGTACGTTATCACGCAGGTAGTTTACATGTCATGAGGTGTACGTTATCACGCAGGTAGTCTACATGTCATGAGGTGTACGTTATCACGCAGGTAGTCTACATGTCATGAGGTGTATGTTATCACGCAGGTAGTTTACATGTCATGAGGTGTACGTTATCACGCAGGTAGTCTACATGTCATGAGGTGCACATTATCATGCAGGTAGTTTACATGTCATGAGGTGCACGTTATCACGCAGGTAGTTTACATGTCATGAGGTGCACGTTATCACGCAGGTAGTCTACATGTCATGAGATGTACGTTATTATGCAGGTAGTTTACACGTCATGAGGTGCACGTTGAGGTGCAGGTAGTTTACACGTCATGAGGTGCACGTTATTATGCAGGTAGTTTACATGTCATAAAGTACATAAAGTGTTGCAATAATAAAACTGTATCTTGTgttattactgtaattatttatatgcTTTTTATCCTGTTGGTT

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XR_004579381.1 True 1314 lncRNA 0.42 3 11325410 11327031
XR_004579382.1 False 977 lncRNA 0.42 3 11325892 11327031
XR_004579383.1 False 940 lncRNA 0.43 3 11325892 11327031

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC113533429 kcnq2,LOC107681271,LOC100537363 coding upstream 12485 11263130 ~ 11312925 (+)
ralgapb ralgapb,LOC107681280 coding upstream 72757 11213345 ~ 11252653 (+)
snta1 snta1,LOC107681301,LOC107587638 coding upstream 266428 11028308 ~ 11058982 (+)
necab3 necab3,LOC108271560,LOC108431835,LOC107666033,LOC107744391,LOC107681272 coding upstream 350889 10934704 ~ 10974521 (+)
LOC113537259 NA coding upstream 570788 10754515 ~ 10754622 (+)
stmn3 stmn3 coding downstream 3332 11330363 ~ 11335498 (+)
sp7 sp7 coding downstream 26541 11353572 ~ 11357653 (+)
igsf8 igsf8,LOC108431823 coding downstream 81745 11408776 ~ 11419440 (+)
LOC117595871 NA coding downstream 125041 11452072 ~ 11456090 (+)
dctn2 dctn2,LOC107558166 coding downstream 159706 11486737 ~ 11500516 (+)
G25110 NA non-coding upstream 90807 11234122 ~ 11234603 (+)
G25035 NA non-coding upstream 406906 10916056 ~ 10918504 (+)
G24989 NA non-coding upstream 478285 10821467 ~ 10847125 (+)
G24759 NA non-coding upstream 835122 10489288 ~ 10490288 (+)
G24751 NA non-coding upstream 872648 10452249 ~ 10452762 (+)
G25344 NA non-coding downstream 100368 11427399 ~ 11427789 (+)
G25355 NA non-coding downstream 115456 11442487 ~ 11444101 (+)
G25356 NA non-coding downstream 117136 11444167 ~ 11444584 (+)
G25357 kif5a,kif5ab,LOC106566150,LOC107558152,LOC107681593,LOC106582664 non-coding downstream 118093 11445124 ~ 11445436 (+)
G25371 NA non-coding downstream 130747 11457778 ~ 11458004 (+)
G25029 NA other upstream 416838 10906200 ~ 10908572 (+)
G24500 NA other upstream 1126955 10197966 ~ 10198455 (+)
manbal manbal other upstream 1384223 9938365 ~ 9941187 (+)
LOC113530691 LOC108410934,LOC108272263,LOC107696444,LOC107587591,LOC107744363 other upstream 1402245 9874708 ~ 9923165 (+)
LOC113532547 LOC108271588 other upstream 1721904 9591941 ~ 9603506 (+)
si:dkeyp-67f1.2 fam3d,LOC108272267 other downstream 877410 12204441 ~ 12213657 (+)
G25908 LOC108272198 other downstream 1199139 12526170 ~ 12527491 (+)
si:ch211-286o17.1 NA other downstream 1401962 12728993 ~ 12751277 (+)
si:dkey-238f9.1 si:dkey-238f9.1,LOC108271548,LOC103034279,LOC108427543,LOC107567673,LOC107729782,LOC107666167,LOC106582736 other downstream 1938757 13265788 ~ 13332177 (+)
tshba tshb,LOC108271948 other downstream 2163130 13490161 ~ 13506004 (+)

Expression


Co-expression Network