G219651


Basic Information

Item Value
gene id G219651
gene name NA
gene type unknown
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047608.1
NCBI id CM018554.1
chromosome length 25848897
location 2907326 ~ 2911165 (-)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>TU260175
TGCTTGAGCTGTTTGATCTCTAGCTGGGCTTTAAAAGCCTGGATCGTCGCCGCTCCATCGGAGAAGCGCCGCACAGGAGAAAAGCGCTCCATTGGTaagtgcagtgtgttacagtcttTATAGGACGACCTTcgagacacacacattcattaacagTTGTACAACTGGGAAATGTGGTAAATTCACATCTTACAAATCTGTGTTACTTCTGACACATTGATTAGTTATCCTAAACTACATATATATCAGTTACCCTATGCCATATTGACTGATTAGTTCAGCAATTAAATTGGCTGGGGCAAACCAACAAATAAGCAACCTTGAGGTGCCCGAAAATGACTAGTTATCCTACACCAACTCTAACGGTTAGCTATCATAGACTACACTGATTAATAATTTACCATGGAATAAACAGGTCTTACCTTCTCTCGCCATaacatttgcttctttagaTCATAAATCAAACAGATTCATATTTTACCCTAGACTGAACTGATGAATTAGTTACCTTATACTGAATTATGATCAGCAACCTTAGAACAAACTGATCAATTAGCTACCTTAGAAACCAACCCATTGATTAGTTACCTTACAACAAACTGATCGATTAACTACATTAGAACAATCTAATTCATAGGTTACTCTATCTAATTAATTACACTTGGCAAAACTAATCAGTTACTGGAGATCAAACCAATCAAAATAGTTGCCCTACTACACCAAGTCTAACATTCATAACATTAGCTAGACAAAGCCCATAGATTAGGTGCCCTGTACAAATCTTAATGACTAGTTATTCTACACCAAAACGATAAATAAGTTACTCTAGACCAAACTGATAATGCCGTTCTAAACCTATTAATTACCCTACCAAATCTAATGATCTAATCTAAATTTGTTATACTGGACCAAATCAAACATTTCATTAACCTAATCAATGCTGATTAGTTTCTTACCTTCAATCAAGGGCATTATTTATTCTAGACCGGGGTTCATCAAAGCACAGTGCGTGTTGGGTCCTACAAATGTCCACTCCCAATTTCCTAGGAGTCAGTAATGATGAGGTGGCCAAGCAGTACGTGTCTGATTATTCCACGGTAAACTGAACAAATAGTCGCCCAGTATAAATTAACTGACTACTTACTGTAGCCTCAAGTGATTAAATAGTTATCCTAAGCAATTAATTAGTCACCCAAGACTGAAGAGAGTCACACGAGACCATACCATTTGACATTTCATTTCTAGGGGACTTATAAATCCCTTCACAAGTATGACATGTGCTGTGAGTAgtgctaaaaataataattaaaataattaacaaatctAGTTAATTTAGTTATGTTAGACAAATTCTAGAGGAGCTTAACTTCTGCCCTAGAGAGATAAAAGTCCAGCCATTAATGGGAAAACCTCTACTACCTGTCCACggtaatatatttaaaatgcataGGTATTTCAATATTTTGTCTTGATTAATTACCCTAAACGGGTCAATTAGTTACCCTAAACTGGGTGATTAGTTATTAAGAACTGCTCAATTAGTTACCCAGATGACTTGATTAGTTGCCCTGAACAGTGTGATTAGTTGCCCTTAACTGCTTGATTAGTTAACAAGACAACTTGATTAGTTACAATGAACAGTGTGATTAGTTGCCCTGAACTGCTTGATTAGGTACCATTAACTGGGTGATTAGTTACCCTAAATTAAACTGCTTAACTAGTGACAATTAACTTAATCCTAGAGTGCTCGATCAGTTACCCTACACTGCTCGATCGGTTATCCTAAAGTGCTCGATTAATTACCCTAGACTGACTGATCAGTTACCCCACACTGCTCGATCAGTTACTTTACACTGCTCAATTAATTACCCTACACTGCTCGATCAGTTACCCTTCAGTGCTCGATCGGCTACCCTACACTGCTCAACCACAGACTGCTCGATCAATTACCCTACACTGCTGGATCAGTTACCCTACACTGCTGGATCAATTACCCTACACTGCTGGATCAGTTACCCCAGATGGCTCGAACAGTTACCCCAGATGGCTCGAACAGTTACCCCAGATGGCTCGAACAGTTACCTTACACTGCTCGATCAGGTACCCTACACTGCTCGATCAGGTACCCTACACTGCTCGATCAATTACCCTACACTGCTCGATCAGTTACCCTACACTGCTCGATCAATTACCCTACACTGCTCGATCAATTACCCTACACTGCTCGATCAATTACCCTACACTGCTCGATCAATTACCCTACACTGCTCGATCAATTACCCTACACTGCTCGATCAATTACCCTACACGGCTCGATCAATTACCCTACATGGCTCGATCAGGTACCCTAAACTGCTCGATCAATTACCCTACGCTGCTCGATCAGGTACCCTAAACTGCTCGATCAATTACCCTACGCTGCGCGATGTTACCCTACGCTGCCCGATCAGTTAATCTACACTGCTCGATCAGTTACCCTACGCTTCTCAATCAGTTACCCTACACTGCTTGATCAGTTACCCTACACTGCTCGATCAGTTACCCTAAACCGCTCGATCAGTTACCCTACGCTGCTCGATCAGTTACCCTACGCTGCCCGATCAGTTAATCTACACTGCTCGATCAGTTACCCTACGCTTATCAATCAGTTACCCTACACTGCTTGATCACTTACCCCAGACTGCTCGATCAGTTACCCTACACTGCTCAAACAGTTACCCCAGACTGCTCGATCAGTTACCCCATGCTGATTGATCAGTTACCCCAGACTGCTTGATTAATTTAGCTTAAGTAGTGACCCTGAAGTACTCGTTTCTTACACCAGCCTGGTCGATTAGTTACCTTTGACTAAATCCACTCATTTGTTGATTAAGAGATCAGTGTTTCAGActtgttaattatttgattaGCCAAGACAGATTTGTAATCCTAGACTATCCAGCGATAATAAATCACTCATCGGGGGATACACTGTACTACTCACACAGTGATAAGTCATAATGAGGTCATGGAGTCATAACAATAACGTCATGCAGGTCATGCAGCACTCGGGTCGTCCATGTCCAGtctgagccacacacacacacagagtcacacagctgtcagtgtgtctgtgtgtgagactggaGCTGGAGTTCACACCAGAGGTCAGGCAAAGGTCAAACCAAAAGACATGCATCTCACTCATGCTCTCAGTCCAAAGccctaacacactcacactgtgaGTCTGTGTCGCTTCAatgctggtgtgtttgtgtctgtctgtgtgtgcatgtatgagagagagagagtgtgtgttctctcaCCGTGAGTGCTCGGGGGTCCAGCCCCTTGTGCGTGCTCTCTGAATGTCGTTTGAGAGCTCAGTGGAGGTGTAGCTCGAGCTCGCTGCGTTGTGCGTTGTGTGTCGTTTGGAGCTGTTCGCCAAGTACCTGCGCCGTGGGAGTGAAGGGGAGGTGGCGGGGCAAAGACAGGAAGCAGCACAAATcagctctctgattggctgcctctTTGACAGGTCCGATTGGAAGACAGGATGTGTcctttgcattttgttttggatgcttactgttattaatattatgcaAAGCTTAGTCAGAAGCGAAGccggttctttttttttaatttggttttaGCAACAGAGATTTTAGGAgaatttagaattttgaaattagATTTGATAACAAGCCAGAACTCAATGGAATtatgggagagaaagagagagaaagaaagagggggagGAGGGATAGCGAAGGGAATGGCGCCCCCAGTGGCAGAAAGCAGTGCTGCAGCCTTTAGTACGCACCCTGCACCCGACG
>TU260177
TGCTTGAGCTGTTTGATCTCTAGCTGGGCTTTAAAAGCCTGGATCGTCGCCGCTCCATCGGAGAAGCGCCGCACAGGAGAAAAGCGCTCCATTGGTaagtgcagtgtgttacagtcttTATAGGACGACCTTcgagacacacacattcattaacagTTGTACAACTGGGAAATGTGGTAAATTCACATCTTACAAATCTGTGTTACTTCTGACACATTGATTAGTTATCCTAAACTACATATATATCAGTTACCCTATGCCATATTGACTGATTAGTTCAGCAATTAAATTGGCTGGGGCAAACCAACAAATAAGCAACCTTGAGGTGCCCGAAAATGACTAGTTATCCTACACCAACTCTAACGGTTAGCTATCATAGACTACACTGATTAATAATTTACCATGGAATAAACAGGTCTTACCTTCTCTCGCCATaacatttgcttctttagaTCATAAATCAAACAGATTCATATTTTACCCTAGACTGAACTGATGAATTAGTTACCTTATACTGAATTATGATCAGCAACCTTAGAACAAACTGATCAATTAGCTACCTTAGAAACCAACCCATTGATTAGTTACCTTACAACAAACTGATCGATTAACTACATTAGAACAATCTAATTCATAGGTTACTCTATCTAATTAATTACACTTGGCAAAACTAATCAGTTACTGGAGATCAAACCAATCAAAATAGTTGCCCTACTACACCAAGTCTAACATTCATAACATTAGCTAGACAAAGCCCATAGATTAGGTGCCCTGTACAAATCTTAATGACTAGTTATTCTACACCAAAACGATAAATAAGTTACTCTAGACCAAACTGATAATGCCGTTCTAAACCTATTAATTACCCTACCAAATCTAATGATCTAATCTAAATTTGTTATACTGGACCAAATCAAACATTTCATTAACCTAATCAATGCTGATTAGTTTCTTACCTTCAATCAAGGGCATTATTTATTCTAGACCGGGGTTCATCAAAGCACAGTGCGTGTTGGGTCCTACAAATGTCCACTCCCAATTTCCTAGGAGTCAGTAATGATGAGGTGGCCAAGCAGTACGTGTCTGATTATTCCACGGTAAACTGAACAAATAGTCGCCCAGTATAAATTAACTGACTACTTACTGTAGCCTCAAGTGATTAAATAGTTATCCTAAGCAATTAATTAGTCACCCAAGACTGAAGAGAGTCACACGAGACCATACCATTTGACATTTCATTTCTAGGGGACTTATAAATCCCTTCACAAGTATGACATGTGCTGTGAGTAgtgctaaaaataataattaaaataattaacaaatctAGTTAATTTAGTTATGTTAGACAAATTCTAGAGGAGCTTAACTTCTGCCCTAGAGAGATAAAAGTCCAGCCATTAATGGGAAAACCTCTACTACCTGTCCACggtaatatatttaaaatgcataGGTATTTCAATATTTTGTCTTGATTAATTACCCTAAACGGGTCAATTAGTTACCCTAAACTGGGTGATTAGTTATTAAGAACTGCTCAATTAGTTACCCAGATGACTTGATTAGTTGCCCTGAACAGTGTGATTAGTTGCCCTTAACTGCTTGATTAGTTAACAAGACAACTTGATTAGTTACAATGAACAGTGTGATTAGTTGCCCTGAACTGCTTGATTAGGTACCATTAACTGGGTGATTAGTTACCCTAAATTAAACTGCTTAACTAGTGACAATTAACTTAATCCTAGAGTGCTCGATCAGTTACCCTACACTGCTCGATCGGTTATCCTAAAGTGCTCGATTAATTACCCTAGACTGACTGATCAGTTACCCCACACTGCTCGATCAGTTACTTTACACTGCTCAATTAATTACCCTACACTGCTCGATCAGTTACCCTTCAGTGCTCGATCGGCTACCCTACACTGCTCAACCACAGACTGCTCGATCAATTACCCTACACTGCTGGATCAGTTACCCTACACTGCTGGATCAATTACCCTACACTGCTGGATCAGTTACCCCAGATGGCTCGAACAGTTACCCCAGATGGCTCGAACAGTTACCCCAGATGGCTCGAACAGTTACCTTACACTGCTCGATCAGGTACCCTACACTGCTCGATCAGGTACCCTACACTGCTCGATCAGGTACCCTACACTGCTCGATCAATTACCCTACACTGCTCGATCAGTTACCCTACACTGCTCGATCAATTACCCTACACTGCTCGATCAATTACCCTACACTGCTCGATCAATTACCCTACACTGCTCGATCAATTACCCTACACTGCTCGATCAATTACCCTACACTGCTCGATCAATTACCCTACACGGCTCGATCAATTACCCTACATGGCTCGATCAGGTACCCTAAACTGCTCGATCAATTACCCTACGCTGCTCGATCAGGTACCCTAAACTGCTCGATCAATTACCCTACGCTGCGCGATGTTACCCTACGCTGCCCGATCAGTTAATCTACACTGCTCGATCAGTTACCCTACGCTTCTCAATCAGTTACCCTACACTGCTTGATCAGTTACCCTACACTGCTCGATCAGTTACCCTAAACCGCTCGATCAGTTACCCTACGCTGCTCGATCAGTTACCCTACGCTTATCAATCAGTTACCCTACACTGCTTGATCACTTACCCCAGACTGCTCGATCAGTTACCCTACACTGCTCAAACAGTTACCCCAGACTGCTCGATCAGTTACCCCATGCTGATTGATCAGTTACCCCAGACTGCTTGATTAATTTAGCTTAAGTAGTGACCCTGAAGTACTCGTTTCTTACACCAGCCTGGTCGATTAGTTACCTTTGACTAAATCCACTCATTTGTTGATTAAGAGATCAGTGTTTCAGActtgttaattatttgattaGCCAAGACAGATTTGTAATCCTAGACTATCCAGCGATAATAAATCACTCATCGGGGGATACACTGTACTACTCACACAGTGATAAGTCATAATGAGGTCATGGAGTCATAACAATAACGTCATGCAGGTCATGCAGCACTCGGGTCGTCCATGTCCAGtctgagccacacacacacacagagtcacacagctgtcagtgtgtctgtgtgtgagactggaGCTGGAGTTCACACCAGAGGTCAGGCAAAGGTCAAACCAAAAGACATGCATCTCACTCATGCTCTCAGTCCAAAGccctaacacactcacactgtgaGTCTGTGTCGCTTCAatgctggtgtgtttgtgtctgtctgtgtgtgcatgtatgagagagagagagtgtgtgttctctcaCCGTGAGTGCTCGGGGGTCCAGCCCCTTGTGCGTGCTCTCTGAATGTCGTTTGAGAGCTCAGTGGAGGTGTAGCTCGAGCTCGCTGCGTTGTGCGTTGTGTGTCGTTTGGAGCTGTTCGCCAAGTACCTGCGCCGTGGGAGTGAAGGGGAGGTGGCGGGGCAAAGACAGGAAGCAGCACAAATcagctctctgattggctgcctctTTGACAGGTCCGATTGGAAGACAGGATGTGTcctttgcattttgttttggatgcttactgttattaatattatgcaAAGCTTAGTCAGAAGCGAAGccggttctttttttttaatttggttttaGCAACAGAGATTTTAGGAgaatttagaattttgaaattagATTTGATAACAAGCCAGAACTCAATGGAATtatgggagagaaagagagagaaagaaagagggggagGAGGGATAGCGAAGGGAATGGCGCCCCCAGTGGCAGAAAGCAGTGCTGCAGCCTTTAGTACGCACCCTGCACCCGACG

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU260175 True 3818 TUCP 0.43 2 2907326 2911165
TU260177 False 3796 TUCP 0.43 2 2907326 2911165

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
sidt2 sidt2 coding downstream 26033 2863388 ~ 2881293 (-)
paf1 paf1,LOC102790690 coding downstream 75313 2824607 ~ 2832013 (-)
LOC113544523 samd4b coding downstream 95146 2799782 ~ 2812180 (-)
LOC113544504 NA coding downstream 112808 2787772 ~ 2794518 (-)
psma6l psa6,LOC100701743,LOC102789735,LOC103033229,LOC105026880,LOC101155046,LOC106580837 coding downstream 129123 2772442 ~ 2778203 (-)
LOC113544469 NA coding upstream 35588 2946753 ~ 2953984 (-)
lsamp lsamp,LOC106612642,LOC106580806 coding upstream 121862 3033027 ~ 3690495 (-)
lrfn1 lrfn1,LOC108277437,LOC108440319,LOC107733400 coding upstream 1009623 3920788 ~ 4072868 (-)
LOC117599095 NA coding upstream 1347998 4259163 ~ 4269047 (-)
LOC113544495 LOC108277689 coding upstream 1406826 4317991 ~ 4336898 (-)
LOC113544648 NA non-coding downstream 68084 2832700 ~ 2839242 (-)
G219609 NA non-coding downstream 108375 2798193 ~ 2798951 (-)
G219593 NA non-coding downstream 221396 2685089 ~ 2685930 (-)
G219576 NA non-coding downstream 295165 2611394 ~ 2612161 (-)
G218917 NA non-coding downstream 487835 2336752 ~ 2419491 (-)
G219632 NA non-coding upstream 1515 2912680 ~ 2936069 (-)
G219678 NA non-coding upstream 58928 2970093 ~ 2991659 (-)
G219697 NA non-coding upstream 104751 3015916 ~ 3031001 (-)
LOC117599091 NA non-coding upstream 437198 3348363 ~ 3520487 (-)
G219836 NA non-coding upstream 677047 3588212 ~ 3588516 (-)
gal3st2 LOC108261785,LOC108277996 other downstream 277425 2612857 ~ 2629901 (-)
scaf4b LOC108411133 other downstream 586411 2281401 ~ 2320915 (-)
trnag-ucc_18 NA other downstream 1409915 1497340 ~ 1497411 (-)
trnag-ucc_17 NA other downstream 1410220 1496879 ~ 1497106 (-)
G218302 nyap2 other downstream 1752626 1154410 ~ 1154700 (-)
igsf11 igsf11 other upstream 816212 3727377 ~ 3807114 (-)
LOC113544484 NA other upstream 829117 3740282 ~ 3816835 (-)
LOC113544632 arap1 other upstream 1986785 4897950 ~ 4971519 (-)
nectin3a LOC108278241 other upstream 2639254 5550419 ~ 5599375 (-)
G220990 NA other upstream 2798933 5710098 ~ 5710891 (-)

Expression


Co-expression Network