appbp2 (appbp2)


Basic Information

Item Value
gene id appbp2
gene name appbp2
gene type misc
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047608.1
NCBI id CM018554.1
chromosome length 25848897
location 10708252 ~ 10721333 (-)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>TU265074
CTATCTGAAGTATTGCGCCACACATATATACTGTGGCTGCACTCCTAATGCTAGGACAGCGTGCACGCTGAGGCAGGCTGGACAGAGAGACCCATCACTTTCTTGGGACAAGTGAAGGACAGACACGCACCACATATGCTTGTGTTTAAGTTCTTTATGAAGTTTGCCACTTCTCCACGCAATGCAGAGCCCTGCATTAATGATTACccatttgttctgttttggCAAGTATGTGTTTGGAAACCTGtgttacattttaatcatttctggtttctttttcctttcatgcCATGATGAGAGGAATGGACTTTATGGACCAGTGGATTTATTATTGCTTTTCATGcggagtttgttttttttttttcctgatttttgtATCCTTGCGTATTAGTATTGAcatagtttcatttaaaaatgccaATAATTTATATACAAAGTGTGCTATAAATTTGTAGGTGTATCATTGCAAGTGGATGAGCCAAAATGACTGATTAAAACTGATGGTGAGAACATGGCTGCCAATATGAGTGAGTAGAGGGGGAGAGgacacactaaccactgcaGAGTCAAACGGCCGAGCAACATTTAAACACAGCCTGACAATGGTGATGCACGCGAGTGTTTCGTGTGGCCTGCTCTAAttggtcattattattatcctttCAGAGCCCTATTCAGATTTGCACTGATTAAGGCCCTTGGCCCTCTGCCAGAGAAAAGAGCTGATCACTGCAACCGGCTTTGTGAAGAGGCTCCACTACAGAGGGACCAATTGTGTTACGGTTGTGTTTATAGTGTAGGGCTGGTGTGAACTGATGAGCACTGTCATGGAGGCAGACTTAATTAGTCACCATGTACCATGCACATGATGGCTGTAATCTCATACTCCTGATTAATTAAATCCTGACAGTTTGATTTCTGTTACTTATTAATGATCTCTCTCCACTTGTTCTAAAATCCACAACTAAAAAGATGCTTGGTGAAGCTTTAAACAAGGTTTACATAGAAGCATTTGTTACTTTTAACAGAGGCAGTATTCTCAAACACAACTTTCCCAATCACACATTCAAACATATGATTGTTATATTTTACAGGACTATTGTTTTAAATGATGTTGGggatttttttctctatattaGGTGACAAGATCAGATTGTGAAgtgtaatgtgtgaatgtgtgtgttaatagtaaaaaaaacaaaaaaacaacaacaacaaaatagaaTAGTAAATGCAGAGCGTTGCCTTGGTCTAGGTGGAGTGGTTTGGAATGTACCGATGCTGTCATGCTGCAGTGAAGACCCCAGCGCTAAGTAAAGTCCCAGCCTTAGCCTTAAAGGACGCTAAGCTGGTGGTGCTCTGGCTTTGTCAGCCCATACGTTTGCTTCAGACCCTGCCGTGAAATTAGTAAATTGAATTGCAACACTAGCTCTCTTTTAGCTCTCATATTCCACTTTTGAGTGCACTGAGGTTAGCCTCACCCATTATACTGTTGAAAATCTGATTTCAACACCTTGCAGATGATATAAAGGGAATGGGAGTAGTGAAAAAGTTTGCCTTgtttacacagaaaaatgtattattggAATATTACAACACAACCAATAAAAACAACCTGTGATCTTGATAATGAGTATTTCCCATTTGAGTGATGATTTGTAATAACAGGGCAGAGTTTTATTGATCATCCTGAGGATGTAGTCAGATATTTGTGactgtaaaataacagtaaagatgtaattttgttgtttgggaatacatttcatttcttccaCCATTGTAATAAGTTGATGTATGAGTCCATGCACATGAAAAATAAGgggagaaaaaacaacataaaaagtCAATCTATCTCACCCAGATTAGATACTTTTATTCTAAATGATTTGTATTCCTCAGTTGGTCCTGTATGGTGTGGTGTAACAGTGTAGCGCAGTGGAGATTTGGAAATCGTTGAAAGATCCGAAGGTATTCATTCTTGTCTCAATTTAGTGGGGCAATAGTTTCTAAAACAGAAATGATGGCCTTTCTTTATTAGTAGTCATCTATTGCATCTGTAATTACATATACACTGATGTATAAACTTGCAAATGGTTTATAATCCCAGAGAGTGCATTGCATATAAACAGAAATCTTGGAACTGAGAGAGTTTTCTGGCTCTAATTTGCACTGAATGAATCACTGTTGATGAACTAATAGAAAATGCTTGGAATGTTGAATGCTTTGTCAATTTATCactttactgttattactagATGGCTGAATACGTTacctgtataaaatatattgtatttgaGTCCGAACACTGCTGAGACTGGGAGCTATTTTCCCAGAGTGCATTGGGGAATAGACAGCACACTGCATGTTTCTGGAAGAAAGCCAGATCAGACACTGCAAACTATGAAAGGGAGCGGCCTTTCTCGAATACTTCATTAAATTTGGAAAAGGTGCACACAATACTGGGGGAAAAGCTCTTGTTataagtttatttataatttcctAGTAGTTTGTAGTAGCTTGACTGTCAACTGAATGATTTGGTTGAAATTCGCTTTTTCCGGGCTCCCAAAaggcacaacagaaaaatgtttgcccTGTCTTCAGGAGATCGTAAGTTtcaatcctgacaatgccacagctatcCATGGCCAGGACGCAAGGGATCACATTTGGCTATGTTCTCTGGGTTGGAGAGATgttctctccctcactctctctcacacttctgTGAGcccatgtatgcggaagagggtagatagcactttcttcTGAGTGTTATGCTGCGATGTGACGCAGCCTGAGCAGCAGTTGGAAAAGATCCTTCACCCTCCCCgtttggtagctgttgtatgataggaaGAGCTTGACACTTTTTTCCACCAGGCAGCAAGCCTGAACAAACTACTTATTATATGAAGATGCCAAGTTTAATGAAGTAATATTCAAGTTTATTTCAGGCTTATAATAAAGTAACATCAAAAggctttgctttttgttttcatgtaatTATGTACGTTTCTGTGCATTGTAGCTTTGATGGTAGCTGTGTAACTCAAGTTTTAGTAGCTTTCCCAACAGTGAGCCAAAAtgctaaatttatttttatttaaaaatatgtaatttttatgtcatgctaaaaaaaatctaattcagAAACATTTCCTTGACCAGTCTTGGCTCTGTTTTAATAGCATCGCTATAAACATGTTGATCACTTTGGAAGTGTGGAGACAGCGACACtgactttaataaaacacagctaGTTTAATCATGGAAATTGCCATCATCTATATTACTGCGTATGATCCTTTACTGTGGAATATTGctttaaaacttattttacaCATTGGGTTAGCACTTATGGAACATCTGTAGGAAGGAGGCTTTCTCTTGTTTAAAAAACAGACCTCAATAAAATACTTCTTTAACACACTTAATCACTATAGAGGTCATGAATCCTTGACATCTTCACTGTTGGATCAGTTATTTGTTGTaagtttgtatgtgtgtgtagctaAAATCATTTCTGCATCTGTAACCATCGaatttgttcagttttattGTATCCACAGCAGCTGTGAACACCTGTAACTAGGGGCAAAAAGAATATATAGCTGATGTGGGCcttgtaaattattttccttttgaCAAAATGATAAGACCAATATTAAAACATGATTGTCTTcaaatgttcattcatttgcaAATATCTATATAATGTATTGAATGTTTGACTCAAATGTTAAATGCAAACAGAGAAGATATATCCTgcactttttgggaaaaaaaaagagaaaaaagtaaaaaaaaataaaacccact
>XM_026924308.2
TTCGATAAACGTCTTCGGTAAAGAGGGAGAGGGGGGTTGGAGGACCAGATTTAAAATATGAGATTATGACCGGGTCGCGTTTATAACCCAGACGACAGCGATCCGTTTCGATCGCTCTTGGGTTTTTTAGCTGACTGAGGTGTATGAGGAGTGACGGAGAAAAGCGTTTTACCTTGATAAGGTAGCGAAGGAAGGGAAAGTAGAAAGGGGGCTGTTGCTGGATATTTGGAGAAGGAAAACAACATGGCCGCTGTGGAGCTGGAGTGGATCCCTGAGACCCTGTACAACACCGCTATATCAGCCGTAGTGGATAATTACAGTCGGTCGCGACGGGACATACGCTCACTTCCTGAAAATATCCAATTTGACGTCTACTACAAGCTTTACCAGCAAGGCCGGCTTTGCCAGCTGGGAGGGGAGTTCTGTGAGCTTGAGGTCTTTGCCAAAGTCCTCCGAGCCTCTGACAAAAGGCACCTCCTACACCACTGTTTCCAGGCACTAATGGACCACGGCGTGAAAGTGGCTTCAATCCTGGCCAACTCCTTCAGCCGTAGATGCTCGTACATTGCCGAGTCAGACGCTCATGTTAAAGAGAAAGCCATCCAATTTGGCTTTGTTTTAGGTGGCTTTCTGTCAGATGCCGGATGGTACGGGGACGCAGAGAAAGTCTTCCTCTCGTGTCTCCAATTGTGTATGTTACATGATGAGATTCTGCACTGGTATCGTGCACTGGAGTGCTGTGTGAGGTTGCTTCACGTGCGCAATGGCAACTGCAAATATCACCTGGGAGAGGAGACGTTCAAACTGGCCCAGTCGTACATGGACAAGTTAGCCAAACACGGTCACCATGCCAACAAGGCTGCACTTTACGGAGAACTGTGTGCTCTGCTCTTTGCCAAAAGCCACTATGATGAGGCATACCGCTGGTGTATAGAGGCCATGAAGGAGATCACCGTTGGCCTTCCTGTGAAGGTGGTGGTTGATGTCCTGAGACAAGCCTCTAAGGCATGTGTTGTTAAAAGGGAGTTCAGAAAAGCTGAGCAGCTGATAAAACATGCAGTATTTCTAGCACGggaacATTTTGGACACAAGCACCCAAAGTACTCTGATACGCTGCTAGATTATGGATTTTATCTTCTAAATGTGGATAACATTTGCCAGTCTGTTGCCATATATCAGACTGCCCTGGATATTCGGCAGTCTGTGTTTGGAGGGAAAAACATCCATGTGGCCACAGCACACGAGGACCTAGCATACTCCTCTTATGTGCACCAGTACAGCTCTGGAAAATTTGACAATGCACTatTTCATGCAGAACGGGCCATAGACATCATAACTCACATTCTCCCTGAGGATCATCTACTACTGGCCTCCTCCAAGAGGGTGAAAGCACTGATCCTGGAAGAAATTGCCATAGACTGCCAtaataaagaaacagaagagCGCCTTCTGCAGGAGGCCCACGACCTCCACCTCTCCTCCCTCCAGCTGGCCAAAAAAGCCTTTGGAGAGTTTAACGTCCAGACAGCGAAACATTACGGCAACCTGGGCCGTCTCTACCAGTCGATGCGCAAGTTCAAGGAGGCTGAGGAGATGCACATCAAGGCCATCCAGATCAAAGAGCAGTTACTGGGACAGGAGGACTATGAGGTAGCTCTGTCTGTGGGACACCTGGCCTCCCTTTACAACTACGACATGAACCAGTATGATGACGCTGAACGGCTCTACCTCCGCTCCATCGCCATTGGTAAGAAGCTGTTTGGAGAGGGCTACAGTGGACTGGAGTATGATTACAGAGGCTTGATCAAGCTTTACAACTCTGTGGGGAATTACGAGAAAGTGTTTGAGTACCACAACATCCTGTCCAACTGGAACCGTTTGAGGGACAGGCAGTTTGCAGTGGCCGACGCCCTAGAGGACGTCAACACCAGCCCCCAGGCCACAGACGAAGTGGTGCAGTCCTTCCTGCTGTCAAACAGCCACGCTGTAGGACGTTCCTGTATGGGTTAAATTACGGGACCTTGTGGTCTTCATTCCACACACCTACACTCACCTGCATTCTcacacatcctcatctggattTATTCACACCTAATCACACACAGCAGCGAGAGGGACTGGATCCTAAAGCTGCAAGGTCACCCATGTAAGCAGGTCCCACAGTCCTGTTATTCACATGAGCCCTGGTGAAGAGACATGACATCTCTACCAATGCTATCAGAACTCTTCTGGTGGAAAAACAGCCTTCTGATGGCACCAAGTTCACGTTCCTGTAAAGGATTTTTAGATTTCAGAGGACCTGATTATTTATCTgacttgctaaaaaaaaaaaaaatgagagaaaaataggcagaaaaacagaaagcagccTATTAGTTTTACAGATTGAAATATAAAATgccgttttttttgtttgtttgtttgtttgtttgtttgttggggGGGGGGCCTAGGGTGGGCTGCTATCTGAAGTATTGCGCCACACATATATACTGTGGCTGCACTCCTAATGCTAGGACAGCGTGCACGCTGAGGCAGGCTGGACAGAGAGACCCATCACTTTCTTGGGACAAGTGAAGGACAGACACGCACCACATATGCTTGTGTTTAAGTTCTTTATGAAGTTTGCCACTTCTCCACGCAATGCAGAGCCCTGCATTAATGATTACccatttgttctgttttggCAAGTATGTGTTTGGAAACCTGtgttacattttaatcatttctggtttctttttcctttcatgcCATGATGAGAGGAATGGACTTTATGGACCAGTGGATTTATTATTGCTTTTCATGcggagtttgttttttttttttcctgatttttgtATCCTTGCGTATTAGTATTGAcatagtttcatttaaaaatgccaATAATTTATATACAAAGTGTGCTATAAATTTGTAGGTGTATCATTGCAAGTGGATGAGCCAAAATGACTGATTAAAACTGATGGTGAGAACATGGCTGCCAATATGAGTGAGTAGAGGGGGAGAGgacacactaaccactgcaGAGTCAAACGGCCGAGCAACATTTAAACACAGCCTGACAATGGTGATGCACGCGAGTGTTTCGTGTGGCCTGCTCTAAttggtcattattattatcctttCAGAGCCCTATTCAGATTTGCACTGATTAAGGCCCTTGGCCCTCTGCCAGAGAAAAGAGCTGATCACTGCAACCGGCTTTGTGAAGAGGCTCCACTACAGAGGGACCAATTGTGTTACGGTTGTGTTTATAGTGTAGGGCTGGTGTGAACTGATGAGCACTGTCATGGAGGCAGACTTAATTAGTCACCATGTACCATGCACATGATGGCTGTAATCTCATACTCCTGATTAATTAAATCCTGACAGTTTGATTTCTGTTACTTATTAATGATCTCTCTCCACTTGTTCTAAAATCCACAACTAAAAAGATGCTTGGTGAAGCTTTAAACAAGGTTTACATAGAAGCATTTGTTACTTTTAACAGAGGCAGTATTCTCAAACACAACTTTCCCAATCACACATTCAAACATATGATTGTTATATTTTACAGGACTATTGTTTTAAATGATGTTGGggatttttttctctatattaGGTGACAAGATCAGATTGTGAAgtgtaatgtgtgaatgtgtgtgttaatagtaaaaaaaacaaaaaaacaacaacaacaaaatagaaTAGTAAATGCAGAGCGTTGCCTTGGTCTAGGTGGAGTGGTTTGGAATGTACCGATGCTGTCATGCTGCAGTGAAGACCCCAGCGCTAAGTAAAGTCCCAGCCTTAGCCTTAAAGGACGCTAAGCTGGTGGTGCTCTGGCTTTGTCAGCCCATACGTTTGCTTCAGACCCTGCCGTGAAATTAGTAAATTGAATTGCAACACTAGCTCTCTTTTAGCTCTCATATTCCACTTTTGAGTGCACTGAGGTTAGCCTCACCCATTATACTGTTGAAAATCTGATTTCAACACCTTGCAGATGATATAAAGGGAATGGGAGTAGTGAAAAAGTTTGCCTTgtttacacagaaaaatgtattattggAATATTACAACACAACCAATAAAAACAACCTGTGATCTTGATAATGAGTATTTCCCATTTGAGTGATGATTTGTAATAACAGGGCAGAGTTTTATTGATCATCCTGAGGATGTAGTCAGATATTTGTGactgtaaaataacagtaaagatgtaattttgttgtttgggaatacatttcatttcttccaCCATTGTAATAAGTTGATGTATGAGTCCATGCACATGAAAAATAAGgggagaaaaaacaacataaaaagtCAATCTATCTCACCCAGATTAGATACTTTTATTCTAAATGATTTGTATTCCTCAGTTGGTCCTGTATGGTGTGGTGTAACAGTGTAGCGCAGTGGAGATTTGGAAATCGTTGAAAGATCCGAAGGTATTCATTCTTGTCTCAATTTAGTGGGGCAATAGTTTCTAAAACAGAAATGATGGCCTTTCTTTATTAGTAGTCATCTATTGCATCTGTAATTACATATACACTGATGTATAAACTTGCAAATGGTTTATAATCCCAGAGAGTGCATTGCATATAAACAGAAATCTTGGAACTGAGAGAGTTTTCTGGCTCTAATTTGCACTGAATGAATCACTGTTGATGAACTAATAGAAAATGCTTGGAATGTTGAATGCTTTGTCAATTTATCactttactgttattactagATGGCTGAATACGTTacctgtataaaatatattgtatttgaGTCCGAACACTGCTGAGACTGGGAGCTATTTTCCCAGAGTGCATTGGGGAATAGACAGCACACTGCATGTTTCTGGAAGAAAGCCAGATCAGACACTGCAAACTATGAAAGGGAGCGGCCTTTCTCGAATACTTCATTAAATTTGGAAAAGGTGCACACAATACTGGGGGAAAAGCTCTTGTTataagtttatttataatttcctAGTAGTTTGTAGTAGCTTGACTGTCAACTGAATGATTTGGTTGAAATTCGCTTTTTCCGGGCTCCCAAAaggcacaacagaaaaatgtttgcccTGTCTTCAGGAGATCGTAAGTTtcaatcctgacaatgccacagctatcCATGGCCAGGACGCAAGGGATCACATTTGGCTATGTTCTCTGGGTTGGAGAGATgttctctccctcactctctctcacacttctgTGAGcccatgtatgcggaagagggtagatagcactttcttcTGAGTGTTATGCTGCGATGTGACGCAGCCTGAGCAGCAGTTGGAAAAGATCCTTCACCCTCCCCgtttggtagctgttgtatgataggaaGAGCTTGACACTTTTTTCCACCAGGCAGCAAGCCTGAACAAACTACTTATTATATGAAGATGCCAAGTTTAATGAAGTAATATTCAAGTTTATTTCAGGCTTATAATAAAGTAACATCAAAAggctttgctttttgttttcatgtaatTATGTACGTTTCTGTGCATTGTAGCTTTGATGGTAGCTGTGTAACTCAAGTTTTAGTAGCTTTCCCAACAGTGAGCCAAAAtgctaaatttatttttatttaaaaatatgtaatttttatgtcatgctaaaaaaaatctaattcagAAACATTTCCTTGACCAGTCTTGGCTCTGTTTTAATAGCATCGCTATAAACATGTTGATCACTTTGGAAGTGTGGAGACAGCGACACtgactttaataaaacacagctaGTTTAATCATGGAAATTGCCATCATCTATATTACTGCGTATGATCCTTTACTGTGGAATATTGctttaaaacttattttacaCATTGGGTTAGCACTTATGGAACATCTGTAGGAAGGAGGCTTTCTCTTGTTTAAAAAACAGACCTCAATAAAATACTTCTTTAACACACTTAATCACTATAGAGGTCATGAATCCTTGACATCTTCACTGTTGGATCAGTTATTTGTTGTaagtttgtatgtgtgtgtagctaAAATCATTTCTGCATCTGTAACCATCGaatttgttcagttttattGTATCCACAGCAGCTGTGAACACCTGTAACTAGGGGCAAAAAGAATATATAGCTGATGTGGGCcttgtaaattattttccttttgaCAAAATGATAAGACCAATATTAAAACATGATTGTCTTcaaa

Function

symbol description
appbp2 Predicted to act upstream of or within intracellular protein transport. Orthologous to human APPBP2 (amyloid beta precursor protein binding protein 2).

NR:

description
PREDICTED: amyloid protein-binding protein 2

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU265074 False 3822 lncRNA 0.37 1 10708252 10712073
XM_026924308.2 True 6151 mRNA 0.42 13 10708385 10721333

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
usp32 usp32,LOC108425843 coding downstream 14981 10651351 ~ 10693271 (-)
si:ch211-167j9.5 LOC108277907,LOC107734097,LOC107690468 coding downstream 57042 10642238 ~ 10651210 (-)
tmem97 tmem97 coding downstream 67219 10639861 ~ 10641033 (-)
rad1 rad1,LOC107601739 coding downstream 72427 10632864 ~ 10635825 (-)
bbc3 NA coding downstream 85115 10613646 ~ 10623137 (-)
pipox pipox coding upstream 104956 10826289 ~ 10838128 (-)
gemin4 gemin4 coding upstream 295819 11017152 ~ 11023330 (-)
tmem199 tmem199,LOC107592604 coding upstream 343268 11064601 ~ 11068228 (-)
trarg1a tusc5 coding upstream 452669 11174002 ~ 11185519 (-)
abhd15a LOC108278383 coding upstream 514307 11235640 ~ 11243992 (-)
G223827 NA non-coding downstream 71458 10636156 ~ 10636794 (-)
G223808 NA non-coding downstream 96404 10560426 ~ 10611848 (-)
G223766 NA non-coding downstream 295572 10412456 ~ 10412680 (-)
G223676 NA non-coding downstream 544880 10161783 ~ 10163372 (-)
G223449 NA non-coding downstream 607086 10100959 ~ 10101166 (-)
G223855 LOC108277744 non-coding upstream 35165 10756498 ~ 10761733 (-)
G224086 NA non-coding upstream 348351 11069684 ~ 11069958 (-)
G224287 ywhae,LOC107690422,LOC107578326,LOC106567579 non-coding upstream 384238 11105571 ~ 11168668 (-)
G224358 NA non-coding upstream 673387 11394720 ~ 11397828 (-)
G224360 NA non-coding upstream 702228 11423561 ~ 11423868 (-)
LOC113533081 LOC108277503,LOC108425821,LOC103022652 other downstream 395736 10308050 ~ 10312516 (-)
LOC113532707 LOC108277821,LOC108277480,LOC108277820,LOC108277479,LOC108277478 other downstream 995193 9677259 ~ 9713059 (-)
G222809 oaf other downstream 1761353 8941018 ~ 8946899 (-)
sorl1 sorl1,LOC107717255 other downstream 2229340 8404829 ~ 8478912 (-)
zgc:77784 LOC108277423 other downstream 3244753 7392415 ~ 7463499 (-)
aipl1 aipl1,LOC106612843 other upstream 466917 11188250 ~ 11220656 (-)
tbx4 tbx4,LOC107548556,LOC107685071,LOC107664909,LOC107589698,LOC107743740,LOC107757041 other upstream 1667533 12388866 ~ 12407489 (-)
bcas3 bcas3,LOC107743646 other upstream 1713873 12435206 ~ 12638725 (-)
akap1b akap1b,akap1,LOC108278245 other upstream 2199630 12920963 ~ 12999031 (-)
nf1a nf1 other upstream 2219577 12940910 ~ 13007559 (-)

Expression


Co-expression Network