G253367 (naca,LOC106571941)



Basic Information


Item Value
gene id G253367
gene name naca,LOC106571941
gene type misc
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information


Item Value
chromosome id NC_047610.1
NCBI id CM018556.1
chromosome length 25111544
location 11892150 ~ 11900364 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence


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>TU299950
ATAGCCATCAAGCCACAACTTTATTTCTCTTGGGTATAAATTGTACAAATAGTGTAGATTAATTCAGCAACATCTCATTCTGCCCTGCTCTGATATCCACCTACATCGTCAGTTCCTGTGAAGAAAGGGAAGATGGGGAATAGGTTTATTAAGCCATATGTATGAAACATGCAGAATTAAGAAAAATCAACACCCAGCTCTTCTCAGAACAGATATTTGGCTTCAGCAGACTCAGAAGAACGAAAGTCATGCTGTTGAATCATCACAGAACTATTTCTGTACACTGGAGATGACGTAATTGTCTAAACTCACCATAATGGCATTGACAATGTCGTTGTTGTTATTCTTCAGTGCGCGAACAGCCTTTGCCCGTGATACGTTGGCTTGAGACATGACCAGCTCAATGTCCTTAACCTCTACTCCGGTCTCATCaaccttaaaataaaacagatttatgaCTTTTAAAATGTGCCTCCTGCAGAACAAATGCAGATGCCCTTGATGCAGTAAATAGTATTTAGTTAGGCTGAGTATAGCTATAATAAGAGTGTCCTCACCTCTTCCTCTTCGCTTTCCTCGTGTACTGTAGGCGTCTGTGTGCTTTCTTGTATGTTTGATGCTGCTTCTCCCTGGACCTTGAACTTCTCTGCAGCAGCCAGCTGAGCTTGCTGGGACAAGTCCTCGATCTAAGTCTCCGAAGACAATATAAGTGTCTGAAGCGGGACTTTTGTAGACGTCTGGTTTGGTGATGACAAACAGAATATTCTTAGACTTGCGAATGGTTACCCTGGTAACTCCCGTCACTTGTCTGAGACCCAGTTTGGACATTGCCTGGAAAAATATAAGCCAGATGAAAAACTTAGCTTTGgataacaaaaccaaaaaacaatcATGAGAAAACCTGTCATTTCCacctttcttgctttcttttcgCTTCTGCTTTGTTTGGCTTTACTGACAGGCTCCTCGTCAATTTCGGCAGCAGCTGCAAGCTGAGAAAGGGATAAAACAGCTTTCAATATAATTTTCTTTGATATCAgaatcctttatttttttccccaaattatttcacaaaaaaattctacatacattaaaaaatataaaccatAATACCTACAAAATTGATAGATTCCATCTTTTAGGTAAGTGTTACGCATGTATAGGTGCAGTCCTACCTGCGCCTGCTGCGTCTGTGTCTGTGCAGAATCCTGCTCCTCCAGTTCAGGAACAGATTCATCACTGTCTGATTCAGTGCCGGACCCTTTAACATAAAACCCAGAAGCTACTTAATATAAAAGGCAAGAGAATGCATTGCTGAAGTACCATTTTACCTTGTGTCTGCCTCACTAGTAATTCAAAGCTCACACATGTAAAAAAGCATATACTAAAATGTAGATTTGTTTAGAAGGAAAAGACTGGCCAGTGACTTCTCTCTTAATTTCCTGAGTAGAgtttcatgtttaatattaacACTCTGGATTTAAAACCattatactgtttattaattaCATAACTGTAATATTACATATAATCTAAACCATTTGTACATGGGCTATTGTCAAGaaccattattaaaaattaattcagTGTATTAATCCAGTGGGAAATAATCACTTTCACCTTAAGCGTGAAACCAATAGCAATAAGTAAATAGGTGCTCTgcaaatcataaaaatatactGGGCATAAAGTAAGcctatttttaaacaaattctcTTTTGTCCAAGTTAAAACCACATCATTAAAATTGaggtttaatatttatttaacattaaaagcaaTGGCAAAAGTACTTTTCtgtctttacatttttactgcaTCAATGTCCTTAAAACACTCATCTTTTTTCAACCGAATGGCTAAGTCTGGTTGCCTGTTCGTAGACACATATTTAAAGCTGCTCAATTTGTCGCAGCTCTCCACTGTTTGGGGAAACTCACAGCGCgataaaaaacagaattaatcGTGCAGCCACCATgactacactgaaaaaacagtCATTCAAACCCACAGTCCAGGACAAAggcacagaaagacagatggacagacagagagaaataccCTTGTCATTCTTGATTACTGGTTCCGGTTTGGATGGGGCTTTTACTGGTGTAGGGTCAGGCTGAGATTTAGCAGGTGTAACAGTGGCTTTGGGACCAGCTGGCGGCACAACAGCTTTAACTACAGGGTCTACTTTAGGTGAAGCCTCGACCACAGGTTGGGGTTGGAAAACAGGCATTGTGGCAGGCTTCTCAGGTGGAATAAGTGGAGGGAGgtcgtcctcctcctccagagGTGAAATGGAAGACTCAGGAGTTGCTGCCAGAACAGTAGAGGGAGCAACGCTTGGCTCCTTTTGGGGGCCTCTGCCTTTACTTTAGAAGCAGTAGCTGGAGCTGACTTTGCTTTTTGCACTGGAGATAAGGCAGGTACAGGCTGAGCCTTTGGAGATTCAGGAGCAGCTTTGGGTACTTCAGCACTCTTCGGGGTTTCTGTAACAACTGCAGGAGCCTTTGGGACTTCTGGCACCTTAGGTGCTACTGGGGTCTCATGAACAACCTTCGGGATTTCTGGTACTTTGGGTGGGCTACATGCCACAACCTCAGAATATGATTTGGGTGCGTGGGCAGCTGACTTGGAAACTACTTTAAAAGCCTCAGGAGCTACAGTAGTTTTAGGAGATACTGGAGTAGGTGCTTCACCCTCTAATGGTTTTGCACCCACTGGGGCAGGGACAGCAACATTAGAAGTGGCTGGTGCAGGTGCAACACTTTTCACCTGCAGCACATCAACTGGAGTTGGGGCAGCAGCTTCGTCCTTCAGTAGTTTTGTCTTCACTGGAGCTGGGGCAACATCTTTAGCTGAGGCTGGTGCAGGACCCTTCACCAGCATCACATCAACTGGAATTGCGGCTGGGGCAACTACTTCACCCTTCACTGGTTTTGCCTCCACTGGAGCTGGGACAACTTTTGCAGCACCTTTCACCTGGTTTACCTTTCCTGGAGCAGCAATAGTACCTTTAGGAGAAGCTACAGTAGGGCCTGCACCTTTTGTTGGTTTTACCTCCACTGAAGCTGAGGTAGTTGCTTCAACTTTCTCTGGTTTTGCTTCCACTGGAGCTGGGACATCTTTATCAGAAGCGAGTGCAGGTGCTTCAGCTTTCACTGGAGCAGCTGCTGCACCCTTCTCCTGTTTTGCCTTCACTGGAGAATCAGTGGTACATTGAAGAGAGTCAGCTGCAGGGCCTGCACCTTCTACTAGTTTTGCCTCCACTGGAGCTACACCAGCAGCTTTAGGACATACAGAGGCAGTAGCTACACCCTCCACTGGTATATTAGCCACCTTGTTAGAGGTTGGGGAAGACTCATGTGCTGTTTTAGCCTCTGAGGGTGTAGCAGAAGGTAGGGTTGCCTGCTGAGGTTCAGcaattttaaaatctgctttCTTGGGTTTTGCTTGTTTACCAGCCTTCACAACCTTGGGAACAACTGTCTCAGGTTTCCCTGCACCTGGGGAGCGAGCTGTAGGAGATGCTAGTGGAGAACAAGGTGGGGTGGCTCGAGGGCCAGAGGCTGATTTGGGTGAAGtgggagaagaggaagaagcgGAAAGCGAGGAGCGCTTCCGGCGGCCCACAGGAACAGGCTTGGGGGCAGAAGAGTGTGGAGATGAGCCAGCCTTAGCCCCTTTAGTCTTTGGCTGAGAGACAGCAGGAActgaagcagcagca

Function


symbol description
naca Predicted to enable unfolded protein binding activity. Acts upstream of or within definitive hemopoiesis and myofibril assembly. Located in cytoplasm and nucleus. Is expressed in cardiac muscle; hematopoietic system; skeletal muscle; and somite. Orthologous to several human genes including NACA (nascent polypeptide associated complex subunit alpha) and NACA2 (nascent polypeptide associated complex subunit alpha 2).

GO: NA

KEGG: NA

RNA


RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU299946 False 3790 lncRNA 0.44 2 11892150 11896137
TU299947 False 777 TUCP 0.49 8 11892150 11900364
TU299948 True 7772 lncRNA 0.41 3 11892150 11900364
TU299949 False 6054 lncRNA 0.43 6 11892150 11900364
TU299950 False 3730 lncRNA 0.44 2 11892150 11896137

Neighbor


gene id symbol gene type direction distance location
pm20d1.2 pm20d1 coding upstream 70390 11808991 ~ 11821760 (+)
lemd1 NA coding upstream 83448 11785870 ~ 11808702 (+)
mfsd4ab mfsd4a coding upstream 124957 11761199 ~ 11767193 (+)
nucks1b nucks1,LOC108435247,LOC107563650,LOC107737648 coding upstream 134275 11752133 ~ 11757875 (+)
tafa1a fam19a1,fam19a1a,LOC108275576,LOC108436303,LOC107560881,LOC107741340,LOC107657002,LOC107563677 coding upstream 177340 11671398 ~ 11714810 (+)
tfip11 tfip11,LOC107737658,LOC107671994,LOC107657044,LOC107741308 coding downstream 34 11900398 ~ 11907918 (+)
bhlhe23 bhlhe23 coding downstream 121292 12021656 ~ 12023438 (+)
dnajc5ab LOC108276181,LOC108435236,LOC107103370 coding downstream 189183 12089547 ~ 12112153 (+)
tpd52l2b tpd52l2,tpd52l2b,LOC108276205,LOC108435235 coding downstream 222767 12123131 ~ 12137818 (+)
dnmt3bb.1 dnmt3bb.1,LOC108276083,LOC108435229,LOC107672053,LOC107563667,LOC107747976,LOC107657059,LOC107603157 coding downstream 416551 12316915 ~ 12364148 (+)
LOC117599271 NA non-coding upstream 92846 11797257 ~ 11799304 (+)
G253329 NA non-coding upstream 108086 11782908 ~ 11784064 (+)
G253301 NA non-coding upstream 162858 11729040 ~ 11729292 (+)
G253248 NA non-coding upstream 429393 11461714 ~ 11462757 (+)
G253212 NA non-coding upstream 515530 11372995 ~ 11376620 (+)
G253548 NA non-coding downstream 38715 11939079 ~ 11941237 (+)
LOC117599216 NA non-coding downstream 45968 11946332 ~ 11974544 (+)
LOC113530280 NA non-coding downstream 91276 11991640 ~ 11992121 (+)
G253593 NA non-coding downstream 112915 12013279 ~ 12013495 (+)
G253599 NA non-coding downstream 182679 12083043 ~ 12083656 (+)
hsd17b10 hsd17b10,LOC107562460,LOC107560905,LOC107741341,LOC107737644 other upstream 251243 11594504 ~ 11640907 (+)
arhgap4b arhgap4b,LOC108276080,LOC108436338,LOC107560914,LOC107672018,LOC107737637,LOC107741320 other upstream 384400 11483419 ~ 11507750 (+)
zgc:103759 LOC108276081,LOC108436299 other upstream 412774 11470051 ~ 11479376 (+)
wu:fa11c10 fam110a,LOC108276421,LOC106566438,LOC107562466,LOC104960682 other upstream 476701 11392434 ~ 11415449 (+)
oard1 oard1 other upstream 654783 11231378 ~ 11237367 (+)
trim101 LOC108276180 other downstream 213258 12113622 ~ 12121372 (+)
ppdpfb pdpfb,ppdpf,LOC107747982,LOC107563664,LOC107657053,LOC107560892 other downstream 241108 12141472 ~ 12143527 (+)
LOC113530266 dnmt3b,dnmt3bb.2,LOC107559473,LOC107747973,LOC105013881,LOC107603154 other downstream 466249 12366613 ~ 12385996 (+)
rbbp8l rbbp8nl other downstream 936687 12837051 ~ 12854380 (+)
kif3b kif3b,LOC107690851,LOC107558233,LOC107559485 other downstream 1055766 12956130 ~ 12970009 (+)

Expression



Co-expression Network


Homologous


species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location