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Basic Information

Item Value
gene id plagl2
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gene type misc
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047610.1
NCBI id CM018556.1
chromosome length 25111544
location 12897474 ~ 12934308 (-)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

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>TU300820
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Function

symbol description
plagl2 Predicted to enable DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific and RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding activity. Predicted to be involved in regulation of transcription by RNA polymerase II. Predicted to act upstream of or within transcription, DNA-templated. Predicted to be active in nucleus. Is expressed in several structures, including axial vasculature; immature eye; lateral plate mesoderm; nervous system; and otic vesicle. Orthologous to human PLAGL2 (PLAG1 like zinc finger 2).

NR:

description
PREDICTED: zinc finger protein PLAGL2

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GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II biological_process
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GO:0000981 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific molecular_function

KEGG:

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K19486 PLAGL2; zinc finger protein PLAGL2

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
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TU300820 False 1085 lncRNA 0.35 1 12897484 12898568
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XM_026920427.2 False 6187 mRNA 0.39 2 12897474 12904007

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
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snphb snph coding downstream 391511 12485170 ~ 12505963 (-)
LOC113530362 NA coding downstream 466979 12422647 ~ 12430495 (-)
LOC113530803 LOC108276244 coding downstream 481508 12412074 ~ 12415966 (-)
LOC113530792 pcmtd2,LOC108440950,LOC107559486,LOC107747485,LOC107690852,LOC100536777,LOC107707759,LOC107558232 coding upstream 41136 12975444 ~ 12987137 (-)
myt1b myt1 coding upstream 61112 12995420 ~ 13028887 (-)
tcea2 tcea2,LOC107681409,LOC107551521,LOC107571665,LOC107705683 coding upstream 506476 13440784 ~ 13451374 (-)
sla2 sla2 coding upstream 691590 13625898 ~ 13632021 (-)
ndrg3b ndrg3,ndrg3b,LOC103029397,LOC108429301,LOC107724194,LOC107705728,LOC107696989 coding upstream 701504 13635812 ~ 13699042 (-)
G254052 NA non-coding downstream 88875 12808380 ~ 12808599 (-)
LOC117599211 NA non-coding downstream 183394 12692345 ~ 12714080 (-)
G253977 NA non-coding downstream 188157 12661244 ~ 12709317 (-)
LOC113530910 NA non-coding downstream 289792 12606541 ~ 12607682 (-)
G253843 NA non-coding downstream 503821 12392363 ~ 12393653 (-)
G254107 NA non-coding upstream 34056 12968364 ~ 12970011 (-)
G254153 NA non-coding upstream 206703 13141011 ~ 13141219 (-)
LOC113530405 NA non-coding upstream 266711 13201019 ~ 13202631 (-)
G254270 NA non-coding upstream 493982 13428290 ~ 13488493 (-)
LOC117599295 NA non-coding upstream 529883 13464191 ~ 13465215 (-)
ptk6b LOC108276246 other downstream 729679 12155728 ~ 12167795 (-)
LOC113530816 LOC108276066,LOC108276064,LOC108276065,LOC108275619 other downstream 1038128 11838796 ~ 11859346 (-)
avpr2ab avpr2,avpr2ab,LOC108275514,LOC106567019,LOC106572707,LOC108436342,LOC107672000 other downstream 1328871 11549394 ~ 11568603 (-)
LOC113530309 NA other downstream 1434768 11456020 ~ 11462706 (-)
abhd6b LOC108275644,LOC108436291 other downstream 1872465 11020531 ~ 11025009 (-)
oprl1 oprl1,LOC107681404,LOC107727003,LOC107666560 other upstream 316832 13251140 ~ 13283885 (-)
LOC113530423 LOC108276099 other upstream 1194655 14128963 ~ 14150581 (-)
G255071 krt8,LOC108411779,LOC100304655,LOC107551542,LOC107681390,LOC107705700,LOC107666368,LOC102212080,LOC102292851,LOC102776167,LOC101486263,LOC103367855,LOC107391340 other upstream 1764964 14699272 ~ 14704270 (-)
LOC113530775 NA other upstream 2324177 15258485 ~ 15317365 (-)
znf512b znf512b,si:dkey-256k13.2 other upstream 2724028 15658336 ~ 15820241 (-)

Expression


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