G255645 (uckl1)


Basic Information

Item Value
gene id G255645
gene name uckl1
gene type non-coding
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047610.1
NCBI id CM018556.1
chromosome length 25111544
location 15611925 ~ 15623220 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>TU302592
CTTGAAAGGTCCTTCCTTCATAGTCCTGGCCTTGTGGGGTGTGAACAACACGAACCTGGTGAAAAGATAAGATTGAACCACAATTTACCATACtgaatttaaaaactgaaatattgtatatacaAAGTGATTTTCAGCTCCTGCTGTAGAGTAACAAAGAATAACCAACATTAAAAGGACTGATTTCACTGCAAAGAGTGAAGTCTATAACtcagtgttataaaaaaaaaaaaaaccttaaaatatgttaaaaagcaaaatgagCAGAATAGGACACCGAAGAGCTGCTGAGCTTTGATAGAGATTTTTAACTGTATAGGTTCTCTTGTGACACTTTGTAGTAGTTACGAATATATGCTGCCTCTTTGTGCCTTATGCTACTTGTTTTTTCCACTGCGGTGGACATGTAACCTTAGTTTCCACACACAAGGCACCGCctcaaaaacaaagaagaaagaacaaTGATTAAATATAGTCTACTTTTTTCTCCATTACAATTTTGTTTCTCTACTTTTTCCTCACCTGagatggaaggaaggagagTGCTCTCTCAATGAGGAGTCTCATCAGCCTTTTGGAGTAGAAGATGAACTCATCTCTGCTTGTTTCTTTATTCCtgtaacacatttattataatcGCAAATTTTTTGTTGAAACCCAAGACTGTGAGGATGTTCTATGTTAGTGGAATAACGTGATTTAATCAGTGAATTTAATAAGATGGAAGCACTGTAACTTCAGAAGTGAGCAGCAGACACAGAGATTCATTTGACACAAggaaaacaatatatttttatgcaagCTGAACACAAAAATGTAACTTCAGCAAAATCACAGATCTACAGGCCATTTAACAATTGTTTCACTCTAGCTGTTTTAGATCTAGAGCGTTAGAGGAGCATAAAATGTGAGCCCACATGTTGCACTGTGCTTGTTAGAAGTGCTGCTTCTACATGAGTGAGTGAAGCTTAAACACAATACAAATCCAACATCAGAGAATCACATTTACTACACattataatttttgtttaaatttttactCTCCAAAGCTGCCATGATTCTGCATCTTAGTTTCATAAGTAGTTGCACAGTAATGATACACATGAATAACCAGAAAATATATGCATACTCTGTTTGCTGTCTCACTATGTCATGCCACATTTTTATTGTatgttgtaattacagctgggCCAACTTCAGCTGTCCCCGAAAGGCTCTGCACTTGTGCATTCGATTTTTCGAATGAAGTTGTCCTGGTAGTGGGTGCAGAAAGGTGTAGATTGAATGAAGAATAGCTATAGGCTGCTGCTGCAACACAGTGTGGAATTGTATTAACAGTGATTTTTCCAATCAGTTTTAATAAACTATCCCTACACACAAGAAGCCTGACAAATGTAGCTTGAAAGAACAGCTATCTGCTCATCTATCTGAGAACAAATCACATCCATTTGTagctatttttttccatttaacatGTTACATTTGTGATCTTtttttatcaaaagaatttgaATTCACATGAGGAGAAATAATTTTAATCCTGTTTTGAACTCGATCACACTGTCAACTCTCAACTCTGAACATGTTCATTGCCCTGTgatgagcagcagtttaaaaagatgtgatgactggcttcatgtgtcttggaggaagcacatgctagccttcaccctccccagtttccCGGCTGAGaaaggggagagctggctggtgggtgttAATTGGCAAATGACATAttggaagattaaaaaaagcaaatgaattttgtcctgctgcttttgtcagcagtcacatcattaataaattcaagggaaccagttccattaGCAGCCATTCACGCCCACACCATAAGATGTGGTGgaatgctttggatcatgagcagttccttccatTCTTCatactcttcccatcattctggtacaagttgtcTTTGTCTCACCTGTCCATTGGATGCTAAAGAAATATACAGGATTTTTTTGAAGATGTTTTTGTCAAACACTAATCTGATCTTTCTGTTTTTGAGTCTTACCAGTGGTTTACCAATCTTGTGGTAaaacctctgtatttactctggtgaagtcttcttttgattgttgactttgacacagatatccctacctcctggagggtgttcttgatctggccaactgttgtgaaggggtttttcatCACCAgagaaagaattcttctgtcaatcaccacagttgttttccatggtcttctgggccttttggtgttcctgagcttaccagtgcattctttcttttaagAATGCACCAAATAGATGATTTGGCCTTACCTAATTTTTTCACCATCTCtgtgatgggtttgttttgatatATCAGTCTGAAGATGGCTTGCTTCAcaggcagtgacagctctttggatttTCATATTGAAAGTAGTAATAACAACAGCCACCTTTTACCTGCTTAATTATTACTGAAATAACACACAGTTAGCCATGGAACAGCTAAGCAGGCATACTTTTGGTCCCTGCTGTAATTCCTAGACTGTTCACtggatttggatgtaaataccctcaaattaaagtggaaagtctgcactttgagctcatactgattatttaatttcagctcCAATAGATTGTTgcagacagctaaaataacaataactttatgaatgtccaaatattcatggacctgactatataatTGTTGTCCTTTTTGTGTTGTCATCATATAATTTTATTCTACTGTTTCAGATTTGTTTAACATCTTAACAGCAGCACTGGATAATAGGTAAGTCTAATCGCACTGTGATATCTTAAATTAAAATAGAACATCCGACTGTGGGTCACAATTGTCATTCATAGCGCTGAAGGTTTGTGGGTCTGTTTGAGTGTGTCTGACCTGATAATGGTGTGCATACCGCGGACCTGCGGCGTGCTCTCCAAAACACAGAGAGTTTGGGGTAGGGGCTGAGCTTGATGGGCAGAGGCCAGCGCCGCCCTGTTACCATGGCcaccagagagagacaggaagtggtCAGTGGAATGTCACACTTAAACTGGGCCACCAGCACATGCAAATACACATGGACATGTCTACatcctctcgctctctcgctctctctctctcacacacacacacacacacacacacattagtcaTGTTAATGGAAATCATGTAGAGCATTACTGGGCACATTTACTTTCTTGCgggaaaaaagtgcaaatgAAGCAGCAAATATAGTCACTACCGCTCCTAACAGGGTCCCTTACAACCAAACTAACTGACAAATGTTCCTGAGTGTTTATGCATTATTTGATTACAGAAATGCCTTGCCATCAGTTCTTGGCCAGATCATGGCTACACATGTCCAGCATTATTTCCATTTAGAAAAGGTCAGTTTCAGTGACATTATTTAAATCACTCATTAATTATATATTCCAAGTTAGTCAGTCAAACATTGCACATTGCATTTTGTCTAAGCAAAAGAGCCAAACCTAAGTTTCCATTAAAAAGCTTATACAAAtcacacaattaaataaaaagttagGTGAATTCAGGTATATTGGGGCAGCAAGTAAATTAGgacagcattttattttctggcctgatAAATGAAAGTCAAAAAActtacactatttggccaaacgtatgtgggcacctgaccatcacactcctATGAACTTCTTGAATTTCCCATTCCAAAAGCTTGGGAATTCATTTGGAGTTGGCTTTCCAGTAGATTCTGGAATGTATCTGCTAGAATATGCACTCTACCAAACTTCAGCTCAATAGGACTTAtagttcctgagaaacagttgtTTGAACTTAGCCCCACTCCCATGTATGATAATGCCCAAAACCTATGCATATGACCTCAGAATGGTTTCCTGTATATGCCATATGTATATGTTTCATGCGAATGTGTGCAACCAATCATGCGTTAAAACTGTTTGAATAAATTAGGCCCCACCTCATAagaatttatttgcatttgatggctatattgtttaaaaatgtcaacttCTTTCTGataatattatacaattatCGTAAATTTGAGTGGGCGAAGCTAAACAGtccaaaatgcaattttataaACAGATTGAGCAAATCAAGTTAAAAAAGCAGTTTAACAGTACACTTGGTTTTGTATGCACGAACATGAATAGTCAccccccagtggccaatttcTGTGAGATTGCATGGGCAACACCCAGAACCTACCATTCAATTTTCTGACGTCAGCTCAATGATAACTCTGTAAAATGCCCGCTTAAATCTGACTGGCTGATGGCAaccatgttttttaattaatcataagggcatcatcaaaaatccacttacaCATTAGCACATAGATGCAGCATACTGAATTTGCAGCTCGATGAAACTTACAATTCCTGAGAAAGTTATCTCACCCAAAAGTTTGTACATGACCTTAGAATCTTGTCTTCTAGTTCCAGttaagggaaatcttaatgttaaagcacacaaaatccttttagacaactgtgtgcttccaacattgtggcaacagtgtggGGAAGACCCACAAATGGAcatgatggtcagatgtccacatacttcttataatgtattttacttAGCCCTTGCTGTGGAAATGCCTAATagaaataacattaattaattcatgtgATATCATATAAGGGGGTATTGGTAAGCATCGAACAGGAATGTGATCCCAAAAATTCTGGGGCAGGAAAAATGTCATATGCTttggctagttttttttttttttttcttcataaggttataaaattgtcatgaataatttattccacatatttatgatgcatatgttctactgtaacaaaataaaattagttcAAATCATGTGCAGATGTCAAgtgaagaaagaggaaaagggaAGGCATGTTACTTACCTTTTAGCTTTGGTTTTCTACTGTGATTATTACTTAATCTGTTCATACTGAATTTTAGAAAACACTGATTATGAATTTGGAAAATGTTGAAGATTTTCTACAGTCTATTACTATTGTTATT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Function

symbol description
uckl1 Predicted to enable uridine kinase activity. Predicted to be involved in pyrimidine nucleoside salvage. Predicted to be located in cytosol. Predicted to be active in cytoplasm.

NR:

description
transposase

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU302592 True 11241 lncRNA 0.38 2 15611925 15623220

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC113530581 NA coding upstream 71195 15519342 ~ 15540730 (+)
naa10 naa10,LOC107705681,LOC107693544,LOC107723122,LOC107696956 coding upstream 206278 15399806 ~ 15405647 (+)
ddx23 ddx23 coding upstream 220762 15364156 ~ 15391163 (+)
soga1 soga1 coding upstream 559534 15008121 ~ 15052391 (+)
lama5 lama5 coding upstream 638934 14899630 ~ 14972991 (+)
prpf6 prpf6,LOC107705744,LOC107673318,LOC107697009 coding downstream 272423 15895643 ~ 15943003 (+)
edem2 edem2,LOC107697010 coding downstream 353676 15976896 ~ 16034838 (+)
baz2a baz2a coding downstream 436092 16059312 ~ 16173060 (+)
plpbp prosc,LOC107715029,LOC107671833,LOC107598604,LOC107697965,LOC107707038,LOC107593998 coding downstream 966170 16589390 ~ 16620443 (+)
racgap1 racgap1,LOC107599350,LOC107594001,LOC107671897,LOC107697971,LOC107756422 coding downstream 1172080 16795300 ~ 16823847 (+)
G255507 NA non-coding upstream 156608 15454955 ~ 15455317 (+)
G255227 LOC108275774 non-coding upstream 354190 15247697 ~ 15257735 (+)
G255229 NA non-coding upstream 372689 15229733 ~ 15239236 (+)
LOC117599280 NA non-coding upstream 434703 15175584 ~ 15177222 (+)
G255218 NA non-coding upstream 516306 15093813 ~ 15095619 (+)
G255649 NA non-coding downstream 29626 15652846 ~ 15657627 (+)
G255650 NA non-coding downstream 34557 15657777 ~ 15658142 (+)
LOC113530859 NA non-coding downstream 200068 15823288 ~ 15825452 (+)
G255780 NA non-coding downstream 258166 15881386 ~ 15881865 (+)
G255798 NA non-coding downstream 325993 15949213 ~ 15949589 (+)
rps21 rps21,LOC107666483 other upstream 444257 15117070 ~ 15167668 (+)
G254991 krt18,LOC107681396,LOC107727028,LOC107666358,LOC107551541 other upstream 937973 14622317 ~ 14673952 (+)
wfdc2 wfdc3,LOC108276102,LOC105013800 other upstream 1539709 14070228 ~ 14072216 (+)
kif3b kif3b,LOC107690851,LOC107558233,LOC107559485 other upstream 2641916 12956130 ~ 12970009 (+)
rbbp8l rbbp8nl other upstream 2757545 12837051 ~ 12854380 (+)
LOC113530889 LOC108275684,LOC108443123,LOC107705670 other downstream 586870 16210090 ~ 16229406 (+)
spo11 spo11 other downstream 608793 16232013 ~ 16326614 (+)
LOC113530371 LOC108276302,LOC108443130,LOC107673205 other downstream 740326 16363546 ~ 16396245 (+)
G256046 NA other downstream 884805 16508025 ~ 16508380 (+)
itga5 itga5,LOC107599342,LOC107723722 other downstream 1447916 17071136 ~ 17124951 (+)

Expression


Co-expression Network