G260779


Basic Information

Item Value
gene id G260779
gene name NA
gene type non-coding
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047610.1
NCBI id CM018556.1
chromosome length 25111544
location 24970399 ~ 25028961 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>TU308820
tagtgtgtgtgtgtgtgtctatgtgagagtgtgtatgtgtgtgtgtgtgtctatgtgagagtgtgtatgtgtgtgtgtctatgtgagagtgtgtatgtgtgtgtctatgtgagagtgtgtgtgtgtgtgtgtctatgtgagagtgtgtatgtgtgtgtgtctatgtgagagtgtgtatgtgtgtgtgtctatgtgagagtgtgtatgtgtgtgtgtgtgtctatgtgagagtgtgtgtgtgtgtgtgtctatgtgagagtgtgtgtgtgtgtgtgtctatgtgagagtgtgtgtgtgtctatgtgagtgtgtgtgtatgtgtgtgtctatgtgagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtctatgtgagtgtgtgtatgtgtgtgtgtctatgtgagagtgtatgtgtgtgtctatgtgagtgtgtgtttgtgtgtgtgtctatgtgagagtgtgtatgtgtgtgtgtgtctatgtgagagtgtgtatgtgtgtgtgtgtctatgtgagagtgtgtatgtgtgtgtgtgtctatgtgagagtgtgtatgtgtgtgtgtgt
>TU308821
tagtgtgtgtgtgtgtgtctatgtgagagtgtgtatgtgtgtgtgtgtgtctatgtgagagtgtgtatgtgtgtgtgtctatgtgagagtgtgtatgtgtgtgtctatgtgagagtgtgtgtgtgtgtgtgtctgtgagagtgtgtgtgtgtgtgtctatgtgagagtgtgtatgtgtgtgtctatgtgagagtgtgtgtgtgtctatgtgagagtgtgtatgtgtgtctatgtgagagtgtgtgtatgtgtgtgtctatgtgagtgtgtgtatgtgtgtgtgtctatgtgagtgtgtgtatgtgtgtgcactgtaGTTGAAGTGGTTTGGGAAACTTGGTGAGGAACTCTCGGTCTCCTCGGCTAACTTTCCTCAAATGGGCTTtc

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU308820 True 554 lncRNA 0.44 3 24970399 25027793
TU308821 False 387 lncRNA 0.45 4 24970399 25028961

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
zgc:56304 g3bp2,zgc:56304,LOC107748926 coding upstream 88759 24870669 ~ 24881640 (+)
txk LOC108275609 coding upstream 101567 24856580 ~ 24868832 (+)
zgc:158659 pik3ca,zgc:158659,LOC107571432,LOC107653898,LOC108275608,LOC102200943 coding upstream 143716 24807517 ~ 24826683 (+)
LOC117599305 NA coding upstream 165986 24803171 ~ 24804413 (+)
LOC117599304 LOC108275642 coding upstream 167870 24801892 ~ 24802529 (+)
hmgb2b LOC108276448 coding downstream 14397 25043358 ~ 25046146 (+)
LOC117599273 ccdc171 coding downstream 40954 25069915 ~ 25072941 (+)
G260761 NA non-coding upstream 32378 24937479 ~ 24938021 (+)
G260737 NA non-coding upstream 35458 24919021 ~ 24934941 (+)
G260751 NA non-coding upstream 45845 24914254 ~ 24924554 (+)
G260748 NA non-coding upstream 59936 24909719 ~ 24910463 (+)
G260725 NA non-coding upstream 130912 24838415 ~ 24839487 (+)
G260812 anp32b,LOC108275503,LOC108412630 non-coding downstream 18590 25047551 ~ 25053519 (+)
G260813 sh3gl2,LOC108276379,LOC107568960,LOC107730358 non-coding downstream 26187 25055148 ~ 25060232 (+)
ddx58 ddx58 other upstream 334270 24624937 ~ 24636129 (+)
rnf146 rnf146,LOC107751835,LOC107599252,LOC107697902,LOC101069158,LOC107735261,LOC106571496 other upstream 516861 24400584 ~ 24453538 (+)
G260483 LOC108275756 other upstream 701132 24268577 ~ 24269267 (+)
G260415 NA other upstream 937675 24032227 ~ 24032724 (+)
G259993 NA other upstream 1581085 23387538 ~ 23389314 (+)

Expression


Co-expression Network